西汉初期，汉武帝采纳董仲舒的建议——“罢黜百家，独尊儒术”，这一政策的核心是罢黜诸子百家，只允许通晓儒家学说的人做官，以此来统一思想，加强专制主义中央集权制度。在这一政策指导下，汉朝在太学设立五经取士，用儒家经典来教育贵族子弟。选拔官吏，也以儒家学说为标准，从此，儒家成了中国封建社会唯一的统治思想，成为维护封建统治的正统思想。这是中学课本都有的历史事实，中国理论界把它当作一个千真万确的学术信条，在古今中外涉及儒学的著述中被广泛征引，然而有人对这一观点提出了质疑。
持这种观点的人认为，汉武帝从未采纳董仲舒“罢黜百家，独尊儒术”的建议，更未真的有过“罢黜百家，独尊儒术”的实际行动，他只是“绌抑黄老，崇尚儒学”。汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”与汉初的政治、经济以及思想斗争的实际情况不符，也与汉武帝以后的整个中国思想史不合。因此，汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”是学术谎言。这一观点提出后，在学术界引起了轩然大波，赞同和反对声一直不断。
为什么会将“罢黜百家，独尊儒术”的思想与董仲舒连在一起呢？主要由于董仲舒在著名的“天人三策”中提出“《春秋》大一统者，天地之常经，古今之通谊也。今师异道，人异论，百家殊方，指意不同，上亡以持一统，法制数变，下不知所守。臣愚以为诸不在六艺之科，孔子之术者，皆绝其道，勿使并进。”因此，董仲舒长期以来因“独尊儒术”成为儒家元老，也因此一度而成为罪魁。那么，董仲舒该不该为这一思想的提出负责呢？关键在于董仲舒的“天人三策”在哪一年提出。
据《汉书·武帝本纪》记载：“建元元年，诏举贤良方正、直言极谏之士。承相缩奏：‘所举贤良，或治申、商、韩非、苏秦、张仪之言，乱国政，请皆罢。’奏可。”这就是说，在建元元年（公元前140年）就已经有了“罢黜百家”之说。在元光元年（公元前134年）岁首《孝武本纪》记载，“窦太后治黄老言，不好儒术，使人微得赵绾等奸利事，召案绾、臧，绾、臧自杀，诸所兴为者皆废。”又在五月记载了汉武帝诏贤良对策的事，“五月，诏贤良……于是董仲舒、公孙弘等出焉。”如果董仲舒在元光元年刚刚被举孝廉并参加对策，那么，他就不是“罢黜百家”的创始人了。
反对者认为，历史上宣传的汉武帝采纳董仲舒的建议“罢黜百家，独尊儒术”，实际上指的是从武帝元年开始到武帝六年截止的几次大的思想斗争或学术斗争。根据司马迁的《史记》和后来班固的《汉书·武帝纪》记载，汉武帝初期有儒家学者两次大的思想斗争：一是罢“申商韩苏张”之言，其中心人物是丞相卫绾；二是“议立明堂”，其参加者有赵绾、王臧、申公、窦婴、田蚡，反对者是窦太皇太后。第一次进行得较顺利，第二次则遭受了惨重的失败。王、赵被杀，申、窦、田免官。不过，经过这番较量，儒学反而更深入人心了。《史记·儒林列传》载：“及窦太后崩，武安侯田蚡为丞相，绌黄老、刑名、百家之言，延文学儒者数百人。”董仲舒提出的“罢黜百家，独尊儒术”的建议，晚于田蚡“绌黄老、刑名、百家之言”，而且根本就没参与武帝六年以前的所有尊儒活动。因此，不是“汉武帝采纳董仲舒的建议‘罢黜百家独尊儒术’”，而是田蚡“绌黄老、刑名、百家之言”后才出的董仲舒，董仲舒只是“延文学儒者数百人”时所延的一个儒者。
既然汉武帝从未采纳董仲舒的建议“罢黜百家，独尊儒术”，那么这一说法是怎么产生的呢？史学家司马迁在《史记》中绝口未提此事，他自始至终认为是田蚡“绌黄老、刑名、百家之言，延文学儒者数百人”。“罢黜百家，独尊儒术”这一说法的始作俑者是东汉史学家班固，他在《汉书·董仲舒传》的结尾处有这样一段话：“自武帝初立，魏其、武安侯为相而隆儒矣。及仲舒对册，推明孔氏，抑黜百家。立学校之官，州郡举茂材孝廉，皆自仲舒发之。”
班固这段话既背离了《史记》，也背离了其《汉书》的《武帝纪》和《儒林传》。唐代韩愈写《原道》时，根本未将董仲舒列为汉代重要的儒学传人。到了宋朝，班固的说法被司马光借鉴，他在其史学名著《资治通鉴》之《汉纪》这样写道：武帝元年“冬，十月，诏举贤良方正直言极谏之士，上亲策问以古今治道，对者百余人。广川董仲舒对曰：‘……《春秋》大一统者，天地之常经，古今之通谊也。今师异道，人异论，百家殊方，指意不同，是以上无以持一统，法制数变，下不知所守。臣愚以为诸不在六艺之科、孔子之术者，皆绝其道，勿使并进，邪辟之说灭息，然后统纪可一而法度可明，民知所从矣！’天子善其对，以仲舒为江都相。会稽庄助亦以贤良对策，天子擢为中大夫。”同时，司马光在《通鉴考异》中解释：“今举孝廉在元光年十一月，对策在下五月，则不得云自仲舒发之，盖《武纪》误也。”司马光在这里把董仲舒在元光元年贤良对策的时间提到了建元元年。
南宋人洪迈不同意司马光的说法，他认为应该是元光元年，“对策者百余人，帝独善庄助对、摧为中大夫。后六年，当元光元年（五月），复诏举贤良，于是准仲舒出焉。”清人王先谦也赞同此说，并作补充说：董仲舒对策中有“夜郎康居，殊方万里，说德归谊”之语，据《汉书·西南夷传》记载，夜郎之通，在建元六年发生，次年，也就是元光元年董仲舒对策时才可能说出夜郎归德的话。
千百年来，对于建元元年和元光元年五月两说对峙，直至今日。施丁先生同意并证明了元光元年之说，因为董仲舒对策中有“今临政而愿治，七十余岁矣”之语，汉自建立至建元元年并没有七十年，而到元光元年，正好有七十二年，这一论断与《董仲舒传》中的“皆自仲舒发之”不矛盾，这里的“发”可以理解为“发挥”、“发表议论”。况且，设置《五经》博士，也并非从建元元年开始，在文景之时就有了。
孙景坛先生则坚持建元元年之说。他认为，元光元年的诏贤良与建元元年的举贤良不同，前者对策的内容为《五经》，后者为百家。《五经》对策，必须以五种经学内容为理论根据来回答皇帝的提问，用其他理论回答均不对。《汉书·武帝纪》记载：武帝五年才“置《五经》博士”，如果没设置《五经》博士，是不可能用《五经》策问的，所以不可能有董仲舒“罢黜百家独尊儒术”的建议。张大可先生也同意孙景坛的说法，并作了补充。他认为，从史实上看，武帝一朝举贤良名系列传的有董仲舒、冯唐、袁故生、严助、公孙弘等五人，据《史记》、《汉书》记载，这五个人都是建元元年举贤良，没有一个人为元光元年举贤良。由此这两人认为，把董仲舒对策的时间提到建元元年是站不住脚的。董仲舒对策不是武帝“绌黄老、刑名、百家之言，延文学儒者数百人”的起因，而是其结果。司马迁与董仲舒生活在同一个时代；而司马光不仅跟董仲舒的时代相隔久远。《资治通鉴》的基本原则是“谨名分”，董仲舒是宋明理学的思想先驱，司马光有可能给董仲舒“谨名分”，所以伪造“汉武帝采纳他的建议‘罢黜百家，独尊儒术’”。
总之，董仲舒的“天人三策”作于何时关系到他是否提出“罢黜百家，独尊儒术”，由于古代史书对这一时间的记述出现了偏差，所以导致了现在对董仲舒是否提出“罢黜百家，独尊儒术”的疑问。至于这一争议何时休止，除非出现确凿史料证明，否则将会永无休止地继续下去。
