特异功能现象不稳定，难以任意重复，尤其在对特异功能进行严格的考察和实验时，考察、实验条件越严格，特异功能可重复性越低，演示成功的可能性越小。造成这种状况的原因主要是特异功能是在特异状态下实现的（这种状态可称为特异态或功能态，特异态与正常态的显著区别在于，特异态时逻辑思维中断，发功者要进入松静状态或以一念代万念）。特异态受功能者当时的情绪、周围的环境影响很大。尤其在进行严格实验时，受试者心理紧张、情绪波动等因素会影响受试者进入特异态，或根本进不了特异态，因而影响演示的可重复性。
特异功能现象超出了现代自然科学的知识范围，无法解释。
很多科学家曾经针对一些特异功能现象提出过一些假说。但这些假说往往只能牵强地解释这些现象，而不能解释其他现象，或者就这些现象稍作调整便不能自圆其说。
如有的学者认为人体特异功能与电磁辐射有关。很多功能者在发功时能对检测电磁波的仪器产生影响，使其指针摆动或有所显示，由此看来似乎电磁辐射理论能够成立。但是进一步的实验又否定了这个理论，在进行实验时若把检测电磁波的探头或其他接受部件去掉，检测仪器的指针仍然摆动或有所显示。
又如用意念使物体穿越实物屏障，特异功能者可用意念使封在玻璃瓶中的药片从瓶底掉下来，用高速摄影机记录这一过程，从高速摄影的照片上可以看到完整的药片一点一点地穿越玻璃瓶。面对这一现象科学家们提出了物质异态说。认为药片在穿越瓶子时是处在异态之中，这时药片中的分子键力减弱了或者不存在了，药片便可从瓶底掉出。但这却是用未知解释未知，因为人们既不知道这种异态为何物，也不知道它的分子键力为什么消失了，以及照片上的药片为什么在这时仍然还是一个完整的形象。
另一些现象更使得现代自然科学一筹莫展，例如特异功能者怎么能从外面进入完全封闭的房间里？如何能控制他人的思维及行动？何以神不知鬼不觉地将物体由一处移至另一处？等等。所以，兰州大学物理系的王水在“物理学面临的危机”一文中说：“正如恩格斯所说：‘凡在人类历史的领域中是现实的，随着时间的推移，都会成为不合理的，因而按其本性来说已经是不合理的，一开始就包含着不合理性’。如今不管你是否原意相信，物理学毕竟又出现了危机：在中国传统文化之一的气功和由来已久的人体特异功能面前，已有的物理学手段和规律都显得无能为力。”“物理学的危机早已开始，革命迫在眉睫。”“对于从事物理学研究的人，‘气功与特异’是一个方向，但愿能有更多的人从事这一探索。”
八仙过海 各显神通
——美苏两国的“特异功能研究”
1958年，美国制造的世界第一艘核潜艇“鹦鹉螺”号（或译成“鱼”号）出航北极并穿越北极冰盖，成为第一艘穿越北极冰盖的船只。1960年2月，法国的《科学与生活》杂志发表了编辑梅萨蒂撰写的文章《美国海军在核潜艇上运用超感官知觉（ESP）》。文章的引言是：“人体信息传感是新的秘密武器吗？特殊感应机能是未来战争的决定因素吗？美国军方掌握人体特异功能的秘密了吗？”该文绘声绘色地报道了“鹦鹉螺”号在北冰洋洋底航行时，收到了来自美国马里兰州威斯汀豪斯公司实验中心的心灵感应信息的事。
这则新闻很快就被苏联人注意到了。相关报道被源源不断地送到苏联列宁格勒大学心理系系主任瓦西列夫教授手中。1960年4月，瓦西列夫对外宣称：“美国海军在他们的‘鹦鹉螺’号核潜艇上测试了心灵传感，我们的科学家其实早在25年前就已经进行了多次成功的传感实验。我们应该尽快抛弃自己的偏见，重新投入这项重要的研究领域。人体潜能的发现和原子能的发现一样重要。”这一建议得到了苏联政府的支持。就在那一年，在苏联政府的支持下，瓦西列夫在列宁格勒大学成立了第一个专门研究心灵学的实验室，接着于1962年出版了《遥距影响实验》一书。当然，他是很谨慎的，一直宣称是以唯物主义为指导，从心理学的角度来验证这些心灵感应的实验结果，以防被指责为搞迷信活动或宣传唯心主义。
瓦西列夫于1966年去世，这时，苏联各地已成立了20多个“超常现象”研究所。1967年，用于这项研究的国家预算为1300万～2100万美元！
有趣的是，多年后，“鹦鹉螺”号船长安德森写了篇回忆文章，说：“这艘潜艇曾执行过各式各样的任务，但是不包括参与心灵感应的实验。”他还说：“梅萨蒂等人的文章说，我们在1959年7月24日于北冰洋下开始了心灵传感实验。可是这个时候核潜艇正停泊在新罕布什尔的朴次茅斯港，进行第一次大检修。我们谁也没有在艇上，又能做什么实验呢？”
