东晋初期的叛乱先是由王敦引发的。王敦是当时宰相王导的族兄，因拥立元帝有功，在朝廷有很大的权力，而且掌握了南京以西长江流域一带的军权。他和宰相王导虽然同出一族，但两人的性格非常不同，这从下面的一段故事可以看得出来。
西晋末年，王恺跟石崇斗富的时候，王导和王敦曾应邀赴王恺的酒宴。酒宴上，有一歌伎只因弄错了笛音，就被王恺当场殴杀。一座大惊，只有王敦，颜色自若。王恺宴客时非常残暴，他要美女挨次替客斟酒，假使轮到客人不肯喝，就立刻把她杀掉。在某一次豪奢的宴席上，美女斟酒到了王敦的面前，王敦故意移开酒杯，不肯接受。美女大惊失色，不胜悲戚，王敦傲然佯作不知。王导就和王敦不同，他本来是个不会喝酒的人，但是为了美女的生命，他常勉强把酒喝下去。
王敦这种傲然冷酷的性格，当然不容易服人。他以东晋创业功臣的身份掌握了长江中游的军权，扼住了首都建康的咽喉。元帝永昌元年（公元322年），他声称那些想要压制自己势力的元帝亲信是奸臣，而举兵叛变，进逼建康。王导也只好出兵征讨同族叛将，但是，官军作战不利，朝廷只得听命于王敦。明帝太宁二年（公元324年），王敦病死，叛军才被平定。
苏峻是山东即墨人，永嘉之乱时，招集流亡百姓，组成盗匪集团，到处掠夺。后来，因讨伐王敦有功，被封官。过不久，就竖起叛旗（成帝咸和二年，公元327年），从安徽进逼建康，纵火焚烧宫殿，任意掠夺财物，并侮辱宫廷女官，驱使百官搬运货品，命令男女脱光衣物，极尽侮辱之能事。百官仕女哀号之声达于远近。金、银、布、绢、钱，一切都掠夺殆尽，王公大臣只用煮剩的米来充饥。不久，各地义军纷纷来救，苏峻之乱才在陶侃和温峤的领导下被平定。
宫廷被烧毁以后，豪族中有人主张迁都会稽，王导坚决反对。于是，开始重建建康宫殿，东晋首都才稳定下来。此后，东晋还遭受桓温和桓玄等军阀的压迫，也曾被前秦苻坚进犯。
