甲骨文研究也持续深入。首先是郭沫若主编、胡厚宣总编辑的《甲骨文合集》13册从1979年到1982年间陆续出版，与其配套的释文和材料来源表也先后出版。而事实上，这部采用董作宾五期分类说编排的著录，也许隐藏了潜在的问题，因为没有证据表明，这种分期是合理的甚至是正确的。其他一些大型字典、类书也纷纷出版，比如徐中舒主编的《甲骨文字典》、姚孝遂主编的《殷墟甲骨刻辞类纂》，这些集大成的甲骨文巨制在80年代前后的集中问世，标志着甲骨文基础研究的逐步淡出。因为很显然，人们已经将研究重点转移到句式、文法、习卜、甲骨学史等方面。当然，考释文字还是兴奋点，只是令人兴奋的发现越来越少，或者说，当一个体系稳固之后，这个体系的“掌门人”已经没有能力接纳所谓的新发现。
甲骨文发现100周年后，甲骨学虽由私学转换为公学，但已经由一门“显学”转化为一门“绝学”，问津者逐步减少，老学者纷纷谢世，不少资深学者也退出此研究领域，转向其他更容易说清楚、有成果、有用的、能够商业化的领域，甲骨文专家变身为青铜器专家的李学勤先生即为一例。
甲骨文是怎样一直被当作“卜辞”的？
那么，甲骨文是怎样被定义为卜辞的呢？这个问题在流传于世的主流资料中很难找到直接的答案。令笔者非常惊讶的是，如此重大的甲骨文性质判断，怎么会没有专题论述？倒是章太炎先生曾经发出过极端并且错误的质疑，他认为甲骨文是伪造的，至少是无法辨其真伪的。此后，再没有人质疑甲骨文作为文物的真伪，但是，也没有人质疑过甲骨文的卜辞性质。
甲骨文性质被定为卜辞，笔者分析有如下两点原因：
第一，确实有占卜痕迹和典籍记载的文献根据。
一般来说，甲骨文字的背面，往往是钻凿烧灼而成的所谓占卜痕迹；也有双面都刻字的，骨片居多，龟甲居少；也有只有刻辞而没有钻凿烧灼痕迹的，但是情况比较复杂，不排除作伪的可能；还有只有钻凿烧灼痕迹却没有刻辞的。以上各类各占出土甲骨总数的比例不详，第一类占绝大多数。
根据传统甲骨学的推断，甲骨成为卜辞载体，是有较为复杂的程序的。首先是要把甲骨处理干净、修整好，其次是钻凿，然后是烧灼，最后是刻辞。实际上这些程序今天已经很难还原，举例来说，钻凿的工具是什么？为什么有的钻孔很圆，有的却很不规则？烧灼到底是整个烧烤还是局部灼烫？再比如，到底是先刻辞再烧灼，还是先烧灼再刻辞，还是交替进行的，或者二者之间并无联系？
另外，清晰辨认甲骨文确实让人头疼（特别是墨拓本），刻辞表面除了文字以外，还分布着各种纹路，这些纹路到底是怎样形成的，好像很少有人归类。我的归类是：1、沿着龟甲天然的吻合线路在外力作用下（比如钻凿的打击力、烧灼的膨胀力、埋藏堆压的重力、自然风化的理化张力）裂开的，兽骨的裂开主要是因为骨质及其骨密度的不同而产生的应力线（带）在外力作用下形成的。2、龟甲表面的天然线路。3、人工刻划的线路。4、完全由于外力的作用并未沿着原有的自然线路而产生的裂纹。早期著录（即使是现在的著录）中很多不刻文字的背面，所以更搞不清楚这些裂纹的性质。
搞清楚裂纹的性质非常重要，它关乎甲骨文是卜辞这个重要命题是否成立，下文将加以详述。
不管怎样，甲骨文确实与钻凿烧灼痕迹是紧密联系的，一正一反的关系，这是铁证，也是甲骨文被认定为卜辞的重要依据。
早在商代之前，就有了所谓的甲骨占卜一事。此事并无文献史料记载，却有考古发现。1952年郑州二里岗（属二里头文化，距今3800年左右），就出土了有钻凿烧灼痕迹的卜骨，其钻孔很圆，不是所有钻孔都被灼烫过，骨面有一些裂纹，与钻孔和灼烫高度相关，但没有发现文字。卜骨旁边还伴随有铜制器物两件，被推断为钻孔的工具。
人们只能理解这样的行为不是偶然随机的，而是有意所为，并且推断这就是商人占卜之滥觞。然而，没有文字记载表明：商或更早，就已经有占卜活动存在。《尚书》、《礼记》中关于占卜活动的记载，都是关于周代的，而且，《周礼》是一部未被施行的方案，其中所设置的角色可能来自于现实，也可能来自于想象，而不少学者至今仍质疑《周礼》的来源，认为这是汉代经学家们的杜撰。至于《左传》中的记载，则更是战国期间的事情。
当人们发现了大量的出土甲骨后，结合《周礼》、《左传》的典籍记载，就认定甲骨上的痕迹应当是占卜的痕迹，再参以《史记》中对占卜技术的详尽记载（太史公有《龟策列传》，但有录无文，文为唐人补记），进一步证实甲骨文就是商代帝王占卜的记录。
第二，没有形成科学的研究体系，甲骨学先天营养不良。
即使考古发现了商以前的卜骨（这也很难说，因为占卜这种行为很多元化，不能看见一根有钻凿烧灼痕迹的骨头就断定这是古人的占卜行为遗迹），周代以后又有占卜的典籍记载，也无法断然下结论，甲骨文就是卜辞，因为缺乏严密的科学论证。
即使到今天，也很难讲甲骨学界已经具备科学思维体系和科学方法体系，遑论甲骨学早期阶段。早期建立起的非科学体系，一直深刻地影响着甲骨学，以至于后来无法撼动业已形成的框架。
