清朝内阁总理袁世凯已经奉隆裕太后旨意组织临时政府，后来又有孙总统让伍代表转交的电报，这下袁世凯心满意足了，立即回复电报说：
南京孙大总统黎副总统各部总长参议院同鉴：共和为最良国体，世界所公认，今由帝政一跃而跻及之，实诸公累年之心血，亦民国无穷之幸福。大清皇帝既明诏辞位，业经世凯署名，则宣布之日，为帝政之终局，即民国之始基，从此努力进行，务令达到圆满地位，永不使君主政体，再行于中国。大众听着。现在统一组织，至重且繁，世凯极愿南行，畅聆大教，共谋进行之法。只因北方秩序，不易维持，军旅如林，须加部署，而东北人心，未尽一致，稍有动摇，牵涉全国。诸君皆洞鉴时局，必能谅此苦衷。至共和建设重要问题，诸君研究有素，成竹在胸，应如何协商统一组织之法，尚希迅速见教！
临时总统孙中山接到这份电报，立即向参议院提出辞职书，上面写着：
中华民国临时大总统孙咨：前后和议情形，前已咨交贵院在案，昨日伍代表得北京电云云，又接北京电云云。两电见前，均从略。本总统以为我国民之志，在建设共和，倾覆专制，义师大起，全国景从。清帝鉴于大势，知保全君位，必然无效，遂有退位之议。今既宣布退位，赞成共和，承认中华民国，从此帝制永不留存于中国之内，民国目的，亦已达到。当缔造民国之始，本总统被选为公仆，宣布誓书，以倾复专制巩固民国图谋幸福为任。誓至专制政府既倒，国内无变乱，国民卓立于世界，为列邦公认，本总统即行辞职。现在清帝退位，专制已除，南北一心，更无变乱，民国为各国承认，旦夕可期。本总统当践誓言，辞职引退，为此咨告贵院，应代表国民之公意，速举贤能，来南京接事，以便解职。
附办法条件如下：临时政府地点，设于南京，为各省代表所议定，不能更改。辞职后，俟参议院举定新总统，亲到南京受任之时，大总统及国务各员，乃行解职。临时政府约法，为参议院所制定，新总统必须遵守颁布之一切法律章程。此咨。
除此之外还有一篇推荐信：
今日本总统提出辞表，要求改选贤能。选举之事，原国民公权，本总统原无容喙之地。惟前使伍代表电北京，有约以清帝实行退位，袁世凯君宣布政见，赞成共和，即当提议推让。想贵院亦表同情。此次清帝逊位，南北统一，袁君之力实多，其发表政见，更为绝对赞同共和。举为总统，必能尽忠民国。且袁君富于经验，民国统一，赖有建设之才。故敢以私见贡荐于贵院，请为民国前途熟计，无失当选之人，大局幸甚！此咨。
这两篇文章都到了参议院，议员们决定在二月十五日召开临时大总统选举会。这一天，孙总统带领各部的部长和上将一起到明太祖的陵墓祭祀，并借机宣布汉族统一。司仪念完祭文后，两旁奏起了军乐，军乐悠扬传遍四方，将士们都欢呼雀跃起来，在一旁参观的各国领事也不约而同地赞叹起来。
祭祀结束后，大家重新回到临时总统府，举行了南北统一的典礼。先是鸣了十七记响炮，然后各部部长依次向孙总统鞠躬敬礼，孙总统一个个回礼后，郑重地发表了演讲：
清帝退位，南北统一，这皆由无数志士，无数义师，用无数热肠铁血，掉换出来。但北京一方面，全赖袁公慰庭，惨澹经营，方得成功，是袁公实我民国至友，民国成立以后，不应将他忘怀。今日参议院选举总统，若果袁公当选，想必能巩固民国。况前日得他复电，曾有永不使君主政体再现中国之语，他是当代英雄，日后宜不食言。不要相信他，恐怕有些靠不住。惟临时政府地点，仍须设立南京。南京是民国开基，长此建都，好作永久纪念，不似北京地方，受历代君主的压力，害得毫无生气，此后革故鼎新，当有一番佳境。我虽解任，总是国民一份子，仍愿竭尽绵薄，为新政府效力，耿耿此心，还祈公鉴！
演说完毕，只听掌声雷动，又是一阵军乐响起，一派喜气洋洋的场景。礼毕后，全体呼喊了三遍“民国万岁”，才各自散去。
下午参议院开会选举总统，一共是十七个省份的议员，共十七票。袁世凯全票通过，当选为民国第二任临时大总统。参议院立即发电报到北京，请袁世凯来南京就职。孙中山也以个人名义给北京发了电报：
临时政府，已报告参议院，提出辞职书，并推荐袁为总统，惟袁公必须先至共和政府任职，不能由清帝委任组织。若虑北方骚扰，无人维持现状，尽可先举人材，电告临时政府，即当使为镇抚北方的委员。
看官您想想，这袁世凯的势力全在北方，如果他真的来南京就职，那就是剪掉了他的羽翼啊！袁世凯本来就老奸巨猾，怎么肯孤身南下来做临时政府的傀儡总统？于是他立即给孙总统回复了电报：
清帝辞位，自应速谋统一，以定危局，此时间不容发，实为唯一要图，民国存亡，胥赖于是。顷接孙大总统电开提出辞表，推荐鄙人，属速来宁，并举人电知临时政府，畀以镇安北方全权各等因。世凯德薄能鲜，何敢肩此重任？太属客气。
南行之愿，前电业已声明，然暂时羁绊在此，实为北方危机隐伏，全国半数之生命财产，万难恝置，并非因清帝委任也。孙大总统来电所论共和政府，不能由清帝委任组织，极为正当，现在北方各省军队，暨全蒙代表，皆以函电推举为临时大总统，清帝委任一层，无足再论。此语隐隐自命。然总未遽组织者，特虑南北意见，因此而生，统一愈难，实非国家之福。若专为个人责任计，舍北而南，则实有无穷窒碍。北方军民意见，尚多纷歧，隐患实繁。
皇族受外人愚弄，根株潜长，北京外交团，向以凯离此为虑，屡经言及。又举外人，抵抗南京。奉、江两省，时有动摇，外蒙各盟，迭来警告，内讧外患，递引互牵。若因凯一去，变端立见，殊非爱国救世之素志。若举人自代，实无措置各方面合宜之人。明明谓舍我其谁。然长此不能统一，外人无可承认，险象环集，大局益危，反复思维，与其孙大总统辞职，不如世凯退居。盖就民设之政府，民举之总统，而谋统一，其事较便。
今日之计，惟有南京政府，将北方各省及各军队妥筹接收以后，世凯立即退归田里，为共和之国民。当未接收以前，仍当竭智尽能，以维秩序。总之共和既定之后，当以爱国为前提，决不欲以大总统问题，酿成南北分歧之局，致资渔人分裂之祸，恐怕言不顾行，奈何。已请唐君绍仪，代达此意，赴宁协商。绍仪即绍怡。前避宣统帝溥仪名，因改仪为怡，此次清帝退位，仍复原名。特以区区之怀，电达聪听，惟亮察之为幸！
孙总统接到电报后，又赶到参议院询问议员们的意见。委员长李肇甫和议员谷钟秀等人都说：“不如就把临时政府的地点设在北京吧，既然是政府，那就是全国的行政机关。设在可以驾驭全国的地方，才能巩固整个国家，才能联合各个民族四万万人民的心。之前指定设在南京，只是因为长江以南还是清军的势力范围，现在情况不一样了，应该要因时制宜，还是北京更适合一点。”这些话一出，立即就有几个议员反对，最后只好投票表决。投票的结果是，赞成在北京的有20票，在南京的只有8票，少数服从多数，最后的地点选在了北京。
投票结果到达孙总统手里后，孙总统还是坚持设在南京，他按临时政府组织条例又到参议院参加复议。原来，之前临时政府大纲中有规定，如果临时总统对参议院的决定有不同意见，可以在十天之内向参议院提出复议，并且说明理由。
参议院接受了孙中山的复议，再次进行投票。这次，投票的人里除了李肇甫、谷钟秀几个人外，其他人居然纷纷投了南京，双方于是彼此争论起来，最后经过中立的人调解才又投了一次票，结果支持北京的7票，南京19票。唉，这么重大的问题，一晚上的时间就改动了好几次，真是令人费解啊！孙总统接到复议的结果后，立马给北京回电，请袁世凯即日来南京就职，并且派使者专门去北京迎接。袁世凯接到电报后，立刻给孙中山回了电报：
昨电计达。嗣奉尊电，惭悚万状。现在国体初定，隐患方多，凡在国民，均应共效绵薄。惟揣才力，实难胜此重大之责任。兹乃辱荷参议院正式选举，窃思公以伟略创始于前，而凯乃以辁材承乏于后，实深愧汗。凯之私愿，始终以国利民福为归，当兹危急存亡之际，国民既以公义相责难，凯敢不勉尽公仆义务？惟前陈为难各节，均系实在情形，素承厚爱，谨披沥详陈，务希涵亮！俟专使到京，再行函商一切。专使何人？并何日启程？乞先电示为盼。肃复。
接着袁世凯又给参议院发了一份电报：
昨因孙大总统电知辞职，同时推荐世凯，当经复电力辞，并切盼贵院另举贤能，又将北方危险情形，暨南去为难各节，详细电达，想蒙鉴及。兹奉惠电，惶悚万分，现大局初定，头绪纷繁，如凯衰庸，岂能肩此巨任？乃承贵院全体一致，正式选举，凯之私愿，始终以国利民福为归。当此危急存亡之际，国民既以公义相责难，凯何敢以一己之意见，辜全国之厚期？惟为难各节，均系实在情形，知诸公推诚相与，不敢不披沥详陈，务希涵亮！统候南京专使到京，商议办法，再行电闻。
在袁世凯拒绝做总统到接受做总统的期间，临时副总统黎元洪也递交了辞职书。二月二十号，参议院又进行了临时副总统选举会，仍然是黎元洪当选，民心所向，他也不好再推辞。于是南京临时政府派了教育总长蔡元培做代表，加上汪兆明和宋教仁等人一起去北京。刚好唐绍仪也到了南京，他知道已经没有协商的余地了，便和南京代表一起回北京。二十七号就到了北京城。
正阳门外已经搭好了彩棚，到处张灯结彩，还用柏树枝扎了斗大的“欢迎”两个字，旁边还竖着象征民族共和的五色旗。彩棚前面站着军队，士兵们立枪致敬，还有袁世凯特派的专员出城迎接。城门大开，军乐悠扬，又鸣了十几记响炮，真是热闹非凡啊！蔡元培和其他人一下车就有人向他们行礼，进入城内，又有早就布置得干净雅致的宾馆为他们接风。宾馆外还有前来保护的禁卫军。寒暄几句后，唐绍仪就回去找袁世凯复命了。
这天晚上，北京城里的有识之士都过来拜访南京代表们，互相问候了几句后，就开始谈论袁世凯南下的利弊，无非是说些南方人民都渴望袁世凯接任总统，早一天南下早一天安心之类的话罢了。其实这些都是试探的话，北京也想留住袁世凯，袁世凯一去了南京，北方就没有寄托了。况且元、明、清三朝国都都在北京，这一迁移不仅很不方便，恐怕北边那些地方都很难管理了。这些都还得防范于未然。
其实，这其中的事情人民又怎么会知道，全是孙中山和袁世凯的个人意见罢了。双方又谈论了一会儿，天色已黑，大家相互告别后，南京代表们就上床休息了。第二天一大早，大家收拾了一番后，就去见已经当选的袁大总统了。
