胡惟庸虽然死了，可是李善长依然活在世上。帝国权力中枢的大部分官员还是李善长在任时的老部下，他们面对胡惟庸已死、皇帝对他们日益不满的现实，只能回到李善长的羽翼之下，以寻求庇护。
这种做法在朱元璋看来，就成了官员们结党营私和图谋不轨的双重罪责。朱元璋明白，自己要想实现皇帝权力的最大化，就要想办法分化官僚集团，各个击破，千万不能再让他们形成抱团之势。
李善长的存在让那些文官功臣集团心有所属，这是朱元璋最为不安的地方。
对于朱元璋来说，淮西集团虽然因胡惟庸之死受到了重创，但是只要他们的带头大哥李善长还活着，淮西勋贵集团就一天不会消失。事实也的确如此，外廷的大部分政府部门都由这个集团的人把持。在洪武十四年（1381年）成立了大理寺和都察院，和刑部一起并称三法司。刑部掌天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正，形成了大明朝廷正常的司法程序。但三法司的人也多是文官集团的人，朱元璋觉得实在靠不住。最让朱元璋信任的人，莫过于身边那些检校。
检校从建立之初就为朱元璋一手掌控，为朱元璋夺权、弹压官员立下过汗马功劳。检校只是个职务名称，并非真正意义上的官僚机构。虽然检校有侦查权，却不能扣押人犯和判罪量刑。要想让检校发挥更大的作用，就必须赋予他们更多的权力。如果将检校并入外廷文官系统的三法司，只会让他们拘束于国家法律和程序，无法做到任意妄为。
朱元璋要找到清洗大臣的理由，其实很好找，就两个字——谋反。和谁谋反呢？和胡惟庸。要向天下人证明一个死人谋反并非多么难的事，死人是不会开口说话的。朝堂上的淮西集团的官员，面对栽赃于死人这件事，他们也有口莫辩。
朱元璋要的就是他们有口莫辩。不辩就等于默认，默认就意味着他们都是胡惟庸的同党，一个也不能少。
洪武十八年（1385年）起，早已尘埃落定的胡惟庸案再生波澜，犯罪性质也从当初暧昧不清的“擅权枉法”变成十恶不赦之首的“图谋造反”。从洪武十八年到洪武二十三年（1390年），在短短的五年时间里，被胡惟庸案牵扯进去的功臣有一公、二十侯，其中连坐、死罪、黥面、流放的有数万人之多，朝中文臣几乎为之一空。
树欲静而风不止，这个案子流出的最后一滴血，正是李善长的血。
洪武二十三年（1390年）春天，注定又是一个不平常的季节。虐杀的阴云在天空几度徘徊和犹疑，最终还是决然地降落到李善长的身上。
一月，李善长定远老家的一段老房子的墙体倒塌，惊吓了这位年近八旬的古稀老人。他只想在一个能遮风挡雨的屋子里安度余生，他不忍心惊扰乡里，便给自己曾经的战友汤和写了一封信，要求借三百名士兵修缮房屋。
就在这三百名士兵到来的第二天，在他家十五里外的濠塘镇上发生了一起惊天大案。
如果说朱元璋对这个案子还有一点儿家丑不愿外扬的顾忌在里面，那么汤和这块落井的石头却正好砸中了朱元璋的脚。在汤和借兵给李善长的同时，他拟好的一封告密信也正在赶往京城的路上。有人说汤和太过无情，可是在权力斗争中，无情要别人的命，有情却有可能会要了自己的命。汤和毕竟年轻许多，还想在这个世上多活几年，他更不想让妻儿有一天跟着自己上断头台。他目睹了身边的战友们被朱元璋一个一个收拾掉，变得惶惶不可终日。这么多年的权力斗争，让汤和明白了一个道理：主人不会将自己豢养的所有猎犬一网打尽，最后肯定会留下一条，用来看家护院、装点门面。当他发现朱元璋的杀气再次出现后，为了能够成为笑到最后的那条看家犬，汤和不得不出卖昔日的战友。
汤和借出的三百名士兵使朱元璋很容易就联想到了刺杀太子的数百名刺客。按照朱元璋以往的脾性，他根本不会在这件事上多做周旋，肯定会在得到消息的第一时间里下旨捉拿李善长归案。不过这一次朱元璋欺骗了所有人的直觉，他居然忍住了。刺杀太子的罪名虽然很重，但是并不符合他心中的布局。朱元璋没有利用这个事件对胡惟庸案下手，因为这桩刺杀案对他而言，还有另外一层深意在其中。
朱元璋决定再忍一忍、再等一等，他相信李善长还会祭出更加愚蠢的昏招。他已经等了十一年，也不在乎再多等几个月时间。
李善长就像是一个走在布满陷阱的道路上的盲人，他压根儿就没察觉到自己已经从鬼门关转了一圈，毫无知觉地走过了第一个陷阱，却再也逃不过第二个陷阱。这一年的三月，他的一个转弯抹角的亲戚丁斌犯事被判流放。夫人在他面前痛哭一番，讲述丁斌如何对李善长心存孝敬。或许真是人一老，耳根就会变软。夫人的痛哭让李善长无法驳回情面。他第二天就上奏朱元璋：“恳求陛下看在老臣当年的微末之功的分儿上，给丁斌一个改过自新的机会。”
只可惜皇帝的耳根却不软，朱元璋从这封信中寻觅到一个绝佳的机会。既然李善长想为丁斌求情，那么就以丁斌作为突破口。
朱元璋当即密令左都御史詹徽追查丁斌案。朱元璋在交代任务时，并没有将事情挑明。可是詹徽却在只言片语的交代中揣测到了圣意，他连夜拷问丁斌。李善长一心替丁斌脱罪，可他万万没有料到，丁斌会反过来出卖他。在詹徽的利益诱导下，丁斌供出了李善长之弟李存义与胡惟庸共同谋反的细节。
这里不得不佩服詹徽心机之巧，他之所以选择李存义为突破口，是因为此人既是李善长的弟弟，也是胡惟庸的亲家，是沟通李、胡二人的天然桥梁。李存义很快就供出足以置李善长于死地的供词：胡惟庸多次请求他找李善长共举大事，李善长不许，胡惟庸亲自来说，李善长终于长叹：“我已老，汝等自为之。”
这句“汝等自为之”是詹徽最得意的手笔，它符合李善长的身份，轻一点儿说是知情不报，但往深处想就是默许胡惟庸造反。他虽然没有参与其中，但也心有此意。用今天的话说就是，李善长有作案动机。
即便是造反未遂，那也是一项重罪。詹徽随即大规模网罗罪名。重赏之下、必有勇夫，李善长的家奴纷纷跳起来告状，绘声绘色地编织了一个又一个子虚乌有的故事。直到此时，文武百官才如梦方醒。或许是怕李善长案牵连自己，文武百官也纷纷跳出来展开大规模的口诛笔伐。千夫所指，李善长求生无门。四月，朱元璋批下此案。
洪武二十三年（1390年）春，太师李善长参与胡惟庸谋反案，赐死，夷其三族，赦其长子驸马李祺及临安公主所出嫡二子李芳、李茂死罪，贬为庶民。李善长遭到灭族当然是一大冤案，是朱元璋为了剪灭勋臣有计划、有预谋的行动。
就在李善长死后的第二年，一个小小的五品郎中王国用上书，替李善长说了一番公道话。
王国用的原话是这样说的：“善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣。藉令欲自图不轨，尚未可知，而今谓其欲佐胡惟庸者，则大谬不然。人情爱其子，必甚于兄弟之子，安享万全之富贵者，必不侥幸万一之富贵。善长与惟庸，犹子之亲耳，于陛下则亲子女也。使善长佐惟庸成，不过勋臣第一而已矣，太师国公封王而已矣，尚主纳妃而已矣，宁复有加于今日？且善长岂不知天下之不可幸取。”
这句话就是说：李善长和陛下是一条心，“出万死以取天下，勋臣第一”。生是国公，死后会封王，儿子娶了公主，亲戚做大官，位极人臣。他没有冒险造反的必要条件，更何况参与成败尚未可知的造反。有人说他想辅佐胡惟庸造反，更是大错。李善长与胡惟庸是侄儿结亲，与陛下则是亲子亲女结亲。他即使辅佐胡惟庸造反成功，无非封太师国公王而已，男的娶公主女的嫁给王子而已，难道能比今日所得富贵更进一步吗？李善长难道不知，江山社稷并不是靠侥幸就能夺取的吗？
朱元璋看完王国用这封上书，竟然没有怪罪于这个五品郎中，可见他在内心也是认同这番话的。李善长被灭族，固然是朱元璋刻薄寡恩所致，但和李善长参不透帝王心思也有很大关系。王国用所说“出万死以取天下，勋臣第一”，这是李善长生前的荣耀，也是置他于死地的刀锋。
不知道白发苍苍的李善长临刑前是怎样一番心态，想当年李斯与儿子一起被绑缚至刑场，李斯发出了“牵犬东门岂可得乎”的人生感叹。不知道李善长会不会有相同的慨叹。很多搅进权力场中的知识分子，至死也不会有这种醒悟的。就算生命重新再来一次，权力依然是他们的心头好。
李善长和胡惟庸的死并没有让朱元璋停下脚步，他派出检校，四处收集所谓的谋反证据，把胡惟庸一案的新账旧账拿出来反复清算。在这种滚雪球似的清算方式下，死了的胡惟庸依然还在起作用，罪名也在不断地升级改造中，由最初的“擅权枉法”发展到私通日本、蒙古，再到串通李善长等人谋反。
罪名每升级一次，打击面就扩大一次。牵连的人员也由与胡惟庸关系紧密的亲族、同乡，延伸至故旧、僚属以及其他有关系的人。凡是能够牵扯上一星半点儿关系的，皆被问罪受刑，先后杀掉了三万多人。和管理百僚的李善长、参与军机的刘基相比，宋濂作为一代文宗，只不过是替朱元璋起草文书、教育太子，对江山的威胁应当不如两人，但朱元璋仍然不放心，害怕他泄露宫中的秘密。好在宋濂守口如瓶。有一次他与客人饮酒，朱元璋派人秘密监视。第二天，皇帝问宋濂昨日是否饮酒，客人是谁，用了什么样的下酒菜。宋濂具实回答，朱元璋笑言真是这么回事，宋濂没有说谎。一个大臣连私生活都要受到皇帝的严密关注，就算取得富贵，怕也难以体会到人生的快乐。
宋濂的下场也不好，他的长孙被牵连进胡惟庸案，朱元璋准备杀他，马皇后对朱元璋说，老百姓为子弟请老师，尚且以礼仪对待始终，何况天子。况且宋濂致仕在家，未必知道此事。在马皇后的劝说下，朱元璋饶了宋濂一命，但仍将他被发配到茂州，最后死在了四川夔州。
在胡惟庸死了十二年后，帝国再度掀起“蓝玉案”。作为一代名将、开国功臣的蓝玉，受封凉国公，为人桀骜不驯。蓝玉是常遇春的内弟，而常遇春的女儿又是太子朱标的妃子，所以蓝玉和太子朱标就有了亲戚关系。
《明通鉴》中记载，蓝玉身为太子朱标的亲戚，极为关心东宫的权力之争。他曾经提醒朱标要提防燕王朱棣：“燕王在国，抚众安静不扰，得军民心，众咸谓其有君人之度……臣又闻望气者言，燕地有天子气，殿下宜审之。”意思是说，燕王朱棣不是一般人，收买人心，迟早是要造反的，我找过人望他的气，燕地有天子气象。
朱标却不以为意，淡淡地说“燕王事我甚恭谨”。蓝玉在说这件事的时候，曾经专门叮嘱太子朱标不要传扬出去，可结果还是传到了朱棣的耳朵里。等到太子朱标病死，燕王朱棣在入朝奏事的时候就对朱元璋说：“在朝诸公，有人纵恣不法，如不处置，将来恐成尾大不掉之势。”朱棣这句话虽然没有指明蓝玉，但大家心里都清楚，蓝玉曾经在太子面前说过朱棣的坏话，朱棣现在要施行报复，再加上“纵恣不法”四字，更是确指蓝玉。
在这种情况下，蓝玉竟然毫无收敛，仍是率性而为。蓝玉在战场上是不可多得的将帅之才，出征西番，擒得逃寇，且捉住了建昌卫的叛帅。可是一旦离开战场，他的表现只能用一介莽夫来形容。在战争结束的归途中，他就干了一件颇为让人不齿的事。他用暴力霸占了元主的老婆，结果这位妃子羞愧自杀。蓝玉的行为违反了朱元璋的民族政策，也不得人心。他的这种做法让朱元璋十分愤怒，但考虑到蓝玉功劳很大，便没有深究，而蓝玉却以为这是默许他的作为，于是更加放肆起来。
在这之后，蓝玉的这类胡作非为越来越多。比如说他在回到喜峰关口时，由于已经是黑夜，守关的官员休息了，听到有人叫关就立刻跑去开门，而蓝玉却干出了谁也想不到的事情。他命令自己的士兵攻击关卡，打破城墙强行闯入，还颇为扬扬自得。
蓝玉还纵容家奴侵占民田，当御史对其家奴的不法行为进行质问时，他毫不顾忌后果，竟然堂而皇之地驱逐御史。
诸如此类不靠谱的事件让朱元璋极为恼火，他原来准备封蓝玉为梁国公，为了警告蓝玉，他把“梁”字改成了“凉”字，从这里就可以看出朱元璋对蓝玉态度的转变。
蓝玉征西归来，以为回朝后会得到封赏，没想到朱元璋根本就不理他。到册立皇太孙时，他满以为会让自己做太子太师，却没想到自己还是太子太傅，反倒让冯胜、傅有德两人做了太子太师。这让蓝玉十分愤怒，扯着袖子大喊道：“难道我还做不得太子太师吗？”他这一番闹腾弄得朱元璋更加不高兴了。
自此以后，蓝玉上朝奏事，没有一件能够获得批准。蓝玉不仅没有收敛，反而变得更加肆无忌惮。有一次，他见朱元璋的乘舆远远经过，便指着说：“那个乘舆的人已经怀疑我了！”锦衣卫听到了这句话，立刻报告蓝玉谋反，并说他与鹤庆侯张翼、普定侯陈垣、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、东莞伯河荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等人私底下相互勾连，准备起事，欲劫皇上车驾。
朱元璋正愁找不到借口，便将其拿下，亲自审问，再由刑部刑讯逼供，以假作真。据称蓝玉在受审时对他的叛逆罪供认不讳，同时在他的招供过程中，又把许多侯爵以及吏部尚书詹徽都牵扯进来。詹徽曾经主持审理过李善长的案子，现在又奉旨受理蓝玉一案。让人意想不到的是，蓝玉的供词把詹徽也拉了进来。
洪武二十五年（1393年）三月，蓝玉被公开肢解。蓝玉作为军队统帅部属众多，受株连的人数众多，而且最后的下场都是族诛。也就是一人犯罪，或受株连，就按家按族屠戮。在蓝玉一案中，许多开国功臣都跟着成了刀下冤魂。这就不免让人猜测，朱元璋之所以要实行这种大清洗，就是要除掉可能威胁皇位继承人的帝国权贵们。
事后，朱元璋为了辩明自己行为的正确性，他想出了各种办法。胡惟庸案结束以后，朱元璋搞了一个《昭示奸党录》布告天下；蓝玉案结束以后，朱元璋又搞了一个《逆臣录》，并且是朱元璋“手诏布告天下”，列名《逆臣录》的，有一公、十三侯、二伯。朱元璋这样做的目的，显然是想给蓝玉和胡惟庸两件清洗案做个了结，同时向帝国的权力集团和民间社会传递出一个信息：这两件大案是钦定的，谁也不准来翻这个案。
朱元璋掀起的这场“连环三击”前后持续了十多年，被卷进去受诛的文武功臣各色人等，有五万人之多。效果是达到了，可天意民心却难以交代过去。
其中有些人的确属于罪大恶极，自取灭亡。譬如永嘉侯朱亮祖仗着手中的威权，横行霸道，可谓恶贯满盈。但更多的人死得实在是冤枉，罪名安的也是不清不楚。朱元璋巧妙地借助朝臣之间的矛盾，将诬陷栽赃运用到了极致。他先后以谋逆、谋反、通倭等种种罪名把胡惟庸、蓝玉、李善长等几大权力集团全部收拾干净，只杀得刀锋卷口。
“蓝玉案”发生一年后，宋国公冯胜在缸上设板，用碌碡在上面打稻谷，声响远震数里。有仇家状告冯胜私藏兵器，朱元璋将其召入京城，赐以毒酒，冯胜毒发而死。颖国公傅有德，奏请土地，不仅不准，反被赐死。定远侯王弼躲在家里偷偷叹息：“皇上春秋日高，喜怒无常，我辈恐怕很难活下去了！”结果被检校监听并告密，也被朱元璋赐死。
经过这么上上下下的一番折腾，帝国的开国功臣已经所剩无几。依然有幸存活于世的，一个个都远离权力核心地带，自己笼起袖子晒太阳去了。徐达、常遇春、李文忠、汤和、邓愈、沐英六人没有因罪获刑，死皆封王，但徐、常、李、邓四人都是死在胡蓝大案之前，沐英镇守云南，天高皇帝远。只有汤和躲过了这一场接一场的血腥清洗，实在是不容易。要知道汤和同颖国公傅友德是儿女亲家。他洁身远引、解甲归田，绝口不谈政事，享年七十多岁，得以寿终正寝。
朱元璋的分权制衡体系就这样在血腥中建立起来，那些可能威胁到朱明王朝统治的功臣被一个个剔除，但事情还远没到结束的时候。虽然这时候相权被生生剥离出了权力系统，但由于朱元璋的血腥杀戮毫无节制，使得帝国权力结构中的辅政系统损毁严重，最后竟然到了形同虚设的地步。
这就形成了一种局面：在那个庞大的复式立体化的权力系统中，行政机构都变成了花瓶式的摆设，看上去很美，可中看不中用。官员们事无巨细都要跑到朱元璋面前去请示汇报一番，皇帝没有拍板的事，谁也定夺不了。这就像在一个几十口人的封建大家庭里，所有的事都让一家之长拿主意。如果一个人饿了喝碗牛肉汤、渴了泡壶龙井也要来个请示汇报，一次两次算是尊重长辈，天天如此，谁也受不了。一个家庭尚且有轻重缓急，运转一个偌大的帝国又岂是一个人能够忙得过来的。
朱元璋虽然是劳模皇帝，可劳模皇帝毕竟也是肉身凡胎而不是神灵精怪。他面对的是庞大的官僚机器，面对的是没完没了的复杂政务，这让他陷入了身心俱疲的境地。
十七世纪的英国政治思想家约翰?洛克认为，在君主专制政体下，对个人权利造成最大伤害的却往往是国家权力。他认为人们若把财产交给专制君主来保护，便无异于为了防止狐狸的骚扰而甘愿为狮子吞食。出现这种现象的原因就是君主政体下政府的权力过分集中，缺乏对权力的制约，为了防范政府超出人们对它的授权，更好地保护人们的权利，分权便是必要的了。
朱元璋进行的权力整顿运动可以说是官家制度的重大变革，这项以强化皇权为目的的变革是中国政治史上的一件大事。与皇权较劲了一千五百多年的相权就这样在朱元璋手里化为无形，这也开启了明、清两代五百多年的官家权力新格局。
虽然废除宰相制度让他的工作量翻了几番，他甚至感觉到了力不从心，但他从没有想过再度恢复宰相制度。前朝的前车之鉴摆在那里，朱元璋不能不警醒。每次皇权与相权博弈之后，当皇权取得主动，皇帝为了分流相权，往往会让自己的官家系统生出新的权力枝节，也就是新的辅政机构。这就形成了权力的恶性循环。在每一次循环过程中因为新的权力危机，不是宦官（太监）干政，就是皇亲国戚篡权。我们可以统计一下，历史上哪一次宦官专权不是由开国君主为了加强皇权而埋下祸端，自己美滋滋地得到了现实利益，报应却落在后辈中的无能者身上，不是被宦官专权，就是引发朝纲混乱，权力易主。朱元璋对废相后面临的权力困境还是认识不够，可他并不愿意在历史的铁律面前乖乖就范。他要走出一条权力的新路，一条可以打响其个人品牌的道路。
既然要推倒一切重新来过，那就索性闹他个天翻地覆。朱元璋以此为由头，对新帝国的官吏队伍进行了大规模的清洗。除了朱元璋本人，谁也未曾料到这样的一场清洗会以如此暴烈的方式。
朱元璋在杀伐决断上绝对称得上一名快刀手，只要他感到不快或者不安时，他会毫不犹豫地出手，而且出手的速度快如闪电。让人不解的是朱元璋在对待胡惟庸的问题上却是另外一番情形，纵容，再纵容。甚至在长达十多年的时间里，胡惟庸在洪武朝的权力结构中都是一人独揽大权，即一个人当丞相，时称“独相”。但是对其他人朱元璋却缺乏足够的耐心，要知道在胡惟庸前面垮台的那些人中，常遇春、徐达、刘伯温等人的地位与威望哪个不曾超越胡惟庸？可这根本挡不住朱元璋清洗的脚步。
为什么说朱元璋这个快刀手对胡惟庸表现出了足够的忍耐，甚至是纵容？让我们拿李善长与其比较一下。李善长是朱元璋的“大管家”，和朱元璋有老乡和亲家的双层关系。在古代中国那样一个讲究“地缘效应”的官僚体系中，朱元璋连他都不能够完全信任，又能信任谁？他曾经被朱元璋比喻为自己身边的萧何，是公认的大明王朝第一开国功臣，在军民中的声望可谓一时无两。然而就是这样一个人，朱元璋在给予他崇高的赞誉之后，偏偏不让他继续做丞相。
李善长在58岁时就被朱元璋强迫退休回家抱孙子了，77岁时又被拉进胡惟庸奸党案。朱元璋一口气杀掉他全家七十多口人，只赦免了他的儿子和儿媳，因为他们是驸马和公主。与李善长居于同等位置的还有刘伯温，刘伯温的才干、品性与威信也远在胡惟庸之上，他被朱元璋比作自己的张良。朱元璋同样也不让他做丞相。朱元璋是铁了心要让能折腾出动静的胡惟庸待在丞相这个位置上。
朱元璋需要胡惟庸这样一个权欲熏心、利令智昏的人物，需要他替自己清除障碍，比如消灭刘伯温。他还需要这个人闹出点儿大动静，为自己提供一个取消丞相制度的理由。这个理由是给官僚集团和天下百姓看的，只不过是掩耳盗铃罢了。这盘棋从一开始就完全落入了朱元璋的掌控之中。
废除丞相制度之后，朱元璋对帝国的权力结构进行了重大改组。也就是前面说到的，由六部和监察机关分食相权这块大蛋糕，皇帝总领全局。为了将这种制度延续下去，朱元璋在《皇明祖训》中留下一句极为酷烈的话：“后代有敢建议立宰相者，灭九族。”
这种权力系统的设置与前朝的官僚体系相比，最大的特点就是简单透明，透明是为了方便皇帝能够对庞大繁杂的权力结构一览无遗。所有的权力全部被皇帝攥在手中，即所谓“大权一归朝廷”。朱元璋这么做就是逼着自己的子孙们不要偷懒，对待自己的家族企业要做到亲力亲为。此项制度在各种因素的交互作用下，闪转腾挪，演变得面目全非，可以说大明官家制度表现出来的种种乱象，都与此有关。朱元璋的权力整顿运动，让人产生矫枉过正之感，为明王朝的后世之乱埋下了一枚重磅炸弹。
对于这时候的朱元璋来说，他所能体验到的只有两点：一是手中的权力足够大，二是皇帝的工作负担也的确够重。
根据《明太祖实录》的记载，洪武十七年（1384年）九月十四日到二十一日，八天之中，全国共有1160份各类文书报告送到朱元璋的案头，其中涉及各类事项3391件。平均计算，朱元璋每天需要批阅文件的字数约为二十万字（一本书的容量），处理事务423件。这样的工作量，即便朱元璋不眠不休，一个小时也要阅读8000字以上，并在二十多件国家事务上做出决断。
这种工作量连年轻人都会感到畏惧，更别说一个快接近六十岁退休年龄的老人了。就算皇帝个个龙筋虎体，就算他对自己的职业有着无限的热爱，处身于那样一个岗位上也是形同苦役。朱元璋试图找到一个两全其美的办法，既可以解决皇帝工作负担过重的问题，又能够使皇权不至于旁落。
在废除丞相制度之后，朱元璋先是设立了四辅官，称为春、夏、秋、冬四辅官。后来又设置了华盖殿、文华殿、武英殿、文渊阁和东阁等大学士，但这些人的工作能力与先前被杀的那几位丞相相比，是不可同日而语的。另外由朱元璋一手营造出来的恐怖专政的政治氛围，也让这些人战战兢兢无心恋位，他们怕的是一觉醒来就赴了黄泉。在朱元璋看来，在帝国的权力系统制造那些大案、要案并非常态，只是一时权宜之计，他宁愿由自己来当这个罪人，为子孙“拔刺”，他希望帝国的车轮能够纳入正常法治的轨道。
无可否认的是朱元璋推行的权力整顿，带来了吏治清明的大好局面，权力监督也较以往到位。但是如何设置皇帝辅政机构的问题，始终没有得到有效地解决。作为开国之君，朱元璋只有无奈地把这个难题留给了自己的后世子孙，而在这期间官家权力结构经历了一个非常漫长的嬗变过程。
洪武三十一年（1398年），朱元璋带着遗憾离开了这个世界，按照他生前的安排，他的皇长孙朱允炆即位，是为建文帝。
1644年7月，中国南方虽然已进入到盛夏时节，但素有“火炉”之称的南京却依然凉意袭人。不仅如此，全国各地也屡有“夏雪不止”的反常气候报告。自然史学家做出的解释是，明朝最后的近一个世纪——差不多从16世纪中叶到17世纪中叶——恰逢地球进入人类文明纪元以后遭遇的一段最寒冷时期，称为“小冰河期”。
现代人可以用科学解释自然现象，而在当时的人们看来，这种“千年极寒”以及它所带来的自然灾害正是改朝换代和乱世降临的不祥征兆。也就在三个月前，李自成率领叛军攻破北京城，大明王朝最后一个皇帝朱由检（崇祯）在煤山自缢身亡。
一个多月前，朱由检的堂兄弟福王朱由崧在南京即位，改年号为“弘光”。此时的南直隶应天府，一派紧张不安而又忙乱兴奋的景象。自成祖朱棣于永乐十八年（1420年）宣布迁都北京以后，南京这个明朝的“龙兴之地”已有两个多世纪没被当作正式都城了。现在，它将要再度承担起“光复明室”的历史使命。
照理说，面对各地烽烟四起的叛乱和北方异族的大兵压境，南明小朝廷应该有处理不完的军国要务。但就在这样十万危机的时刻，它做了一件令一般现代读者难以理解的事情——为一桩发生于明朝初年的政治血案平反。
弘光朝廷诏告天下，在“靖难之变”中被武力推翻的本朝第二代君主建文帝朱允炆是大明的合法天子，并追谥其为“让皇帝”，定庙号“惠宗”。朝廷同时给予“靖难”中殉国的所有大臣平反，旌表其忠义事迹。242年前的这个时候（1402年7月），正是在这座古老的京城，朝廷开门迎纳燕王叛军，皇宫起火，二十五岁的朱允炆下落不明……
