胡斯又写一封信给一个悔改作福音信徒的神父。在信中胡斯谦虚地提到自己的过失，自责说：“我曾经喜爱穿华丽的衣服，并在虚浮荒唐的事上旷废时间。”随后，他补充了以下动人的劝告：“愿上帝的荣耀和罪人得救的问题充满你的思想，你不要追求名誉，地位和财产。不可装饰自己的房屋过于修养心灵；务要专心建造属灵的房屋。要以虔诚和虚心对待穷人，不可在吃喝宴乐上耗费资财。如果你不悔过而戒除虚浮的事，我怕你会受严厉的责罚，像我一样。……你很熟悉我的教训，因为你从小就受我的教育；所以我无需多写。但我凭着主的怜悯嘱咐你，不可在你见我陷入虚浮的事上效法我。”在信封上他写着：“朋友，请你不要拆开这封信，直到你确知我已经死了。”
胡斯在沿途到处都看见传播他教训的迹象，以及一般人对于他的赞助。各地人民蜂拥的来欢迎他，而且某些城镇的首长竟在街道上护送他。
胡斯初到康士坦司时，他享有完全的自由。除了皇帝的护照之外，教皇还向他提出保护的诺言。但过不久，这些屡次郑重提出的保证竟被破坏了。教皇和红衣主教团竟下令逮捕这位改革家，把他囚禁在可嫌厌的地窖里。后来他被关在莱茵河对岸的坚固堡垒里。不过教皇自己并不能因这不顾信义的手段而有所收获；不久他也被关在同一个牢狱里了。会议上证实他除了谋杀、贩卖圣职和奸淫等“不堪述说的罪”之外，还犯了其他极卑鄙无耻的罪。这是会议所宣布的，于是他被免职，并被囚入狱。至于其他2个敌对的教皇，他们也被废除，会议则选了一个新的教皇。
前一个教皇所有的罪行虽然远比胡斯控告神父们的罪行更为卑鄙，虽然胡斯也是要求教会在这些事上进行改革，但那免了教皇职分的同一个会议转而加害于这位改革家了。胡斯之被监禁，在波希米亚引起了公愤。大有权势的贵族对此暴行向会议提出严正的抗议。当时皇帝也不认可人违犯他所发的护照，所以也反对会议对于这位改革家所采取的手段。可是胡斯的敌人心地狠毒，意志坚决，他们用种种方法引起皇帝的偏见、恐惧和对教会的热心，他们花言巧语，强词夺理地证明“叛教徒或是有叛教行为的嫌疑犯，虽有皇帝或君王所发的护照。人也不应向他们守信。”这样，他们终于胜利了。
胡斯因疾病和监禁而身体衰弱了。因他所住地窖里的潮湿瘴气使他生了一场大病，几乎丧了性命。后来他又被带到议会上去了。他全身带着锁链，立在那曾经发誓保护他的皇帝面前。在那一次长久的审讯中，他稳重地坚持了真理，并在许多国家和教会的领袖面前，对教廷的腐败罪行提出了严正而忠实的抗议。及至他必须考虑取消他的言论，或者是受死刑的时候，他就决定为道殉身。
上帝的恩典支持了胡斯。在未宣判之前的几周内，上天的平安充满了他的心。他写信给朋友说：“我在牢狱里手上带着锁链写这一封信。明天大概就要宣判死刑了。……将来我们靠着耶稣基督的帮助能在来世甜美的安乐中再次会面时，你就必知道上帝曾经如何地怜悯了我，并在我的试炼和考验中用他的大能支持了我。”
胡期在地窖的黑暗环境中展望到真理信仰的最后胜利。他在梦中回到他从前在布拉格讲道的会堂里，看见教皇和他的主教们在那里涂抹他在会堂墙上所画基督的像。“这一个异梦令他非常地不安；可是翌日他又看见有许多艺术家将基督的像重新画到墙上去，而且画得更多，色彩更为美丽。有很多的观众围绕着这些艺术家，及至他们画完了，便说道：‘现在让教皇和主教们来吧；他们再不能涂掉这些画像了。’”这位改革家讲述这梦以后，就作结论说：“我认为这是必然的，基督的像是永远不能抹杀的。他们要想毁掉它，但将来必有比我更能干的传道人把这像描绘在众人的心里。”
胡斯最后一次被带到议会前，那确是一次极大而声势显赫的集会，——有皇帝，王侯，贵族的代表，红衣主教，主教，神父，和当日旁听的广大群众。从基督教世界的每一角落，都有人来观看这第一个为争取信仰自由的持久战而牺牲的勇士。
这次会议吩咐胡斯作最后的决定，他便表示不肯否定自己的言论，随即定睛望着那不顾羞耻违犯自己誓约的皇帝说：“我是经过在场皇帝公开的保护和诺言，而自动的出席这次议会。”西基斯孟皇帝在众目睽睽之下，面红耳赤，羞惭万分。
罪状既已宣判，侮辱的方式便开始了。起先由主教们拿神父的礼服穿在囚犯身上，正穿的时候，他说：“我们的主耶稣基督被希律王送到彼拉多面前时，人用白袍给他穿上，侮辱他。”当害他的人再度逼他收回自己言论的时候，他便面向群众说：“如果收回，我将有何面目望天呢？又怎能见那些听过我传讲纯正福音的人群呢？不，我重视他们得救的问题过于这个已经定了死刑的身体。”随后主教们将礼服一件一件地从他身上剥下来，每剥一件，就咒诅一次。最后他们“给他戴上一顶纸糊的尖帽子，在上面画着可怕的妖精鬼怪，并在前面写着‘叛教罪魁’。胡期说：‘耶稣啊，我为你的缘故戴这可耻的冠冕是极快乐的，因为你曾为我戴荆棘的冠冕。’”
他穿戴完毕之后，“主教们便对他说：‘我们现在将你的灵魂交给魔鬼。’胡斯约翰则仰首向天说：‘主耶稣啊，我将我的灵魂交在你手里，因为你已经救赎了我。’”
于是他们将他交给政府当局，把他送到刑场。有无数的群众跟在后面，其中有成百的武装人员，有穿着富丽衣服的神父主教们和康士坦司的居民。及至胡斯被绑在火刑柱上即将燃火的时候，他们再度劝这位殉道者务要否定自己的谬论，以救自己的性命。他回答说：“要我否定什么谬论啊！我不知道自己讲过什么谬论。我请求上帝作见证。我所写的和所讲的完全是以抢救生灵脱离罪恶和灭亡为目的；所以我极乐意用自己的血来坚定我所写作和所传讲的真理。”当火焰在四面燃起的时候，他便开始歌唱一首诗，题目是“大卫的子孙耶稣啊，可怜我吧！”他继续歌唱，直到歌声永远停息为止。
连他的敌人都被他的勇敢所感动。一位热心的罗马教廷首领描述胡斯和以后随之殒命的耶罗米的蒙难情形说：“二人临终时都非常镇静。他们准备受火刑，好像是预备赴婚姻筵席一样。他们没有一次叫痛，当火焰上升时，他们却开始唱诗，而且烈火似乎难以止住他们的歌声。”
胡斯的身体烧尽之后，他们便将他的骨灰连同身下的尘土一齐抛入莱茵河中，借此送入海洋。逼迫胡斯的人妄想这样作就是将他所传的真理连根都拔去了，却没有梦想到那天所流入海洋的骨灰要像种子一样，散布到世界各国；而且将要在他们所不知道的地带结出丰盛的果子，就是许多为真理作见证的人。那天在康士坦司议会厅里发言的声音将要响到永远。胡斯固然已经不在了，可是他殉身所见证的道却永不消灭。他忠诚坚贞的榜样将要鼓励许多的人，冒着酷刑和死亡坚持真理，不让一步。他的死刑已经向全世界说明罗马教廷不守信誉的残酷，所以事实上真理的敌人却在无意之中推进了他们所想要毁灭的运动。
此后康士坦司将要再竖起一个火刑柱。另一个见证人的血必须为真理作见证。耶罗米向胡斯辞别的时候曾勉励他务要刚强坚稳，并说，如果胡斯遇到危险，他必定亲自赶去相助。所以这位忠实的门徒，一听到这位改革家被监禁，就立即准备履行他的诺言。他没有得到通行护照，只带着一个人为旅伴，便向康士坦司出发了。他一到那里，就发觉自己不能作一点有助于营救胡斯的事，只是徒然危险而已，于是他逃出了那地方，但中途被逮捕了，并加上锁链，由一队兵士押到康士坦司。在他第一次站在议会想对控告他的人为自己辩护时，会众喊叫说：“把他烧死，把他烧死！”他们将他关在牢狱里，用锁链把他锁住，使他保持一种不自然的姿势，使他受非常的痛苦；他所吃的只是面包和清水。过了几个月，耶罗米因监禁的痛苦，以致病得很重，几乎丧命；他的仇敌恐怕他死去，就减轻了他的痛苦，此后他继续被监禁达1年之久。
胡斯殉道的结果，并不如中世纪罗马教廷所希冀的一样。皇帝所发护照的被破坏引起了普遍的公愤，于是议会定意不焚烧耶罗米，而尽力设法使他放弃自己的信仰。他们把他带到会场上，吩咐他放弃他的信仰，否则必受死刑。其实鉴于他所已经受的痛苦，如果在他初被监禁时就治死他，倒是善待他了；如今衰弱的病体、监牢里的严酷，以及焦虑和悬念的摧残，又因与朋友的隔离，再想起胡期的死亡，他灰心极了。他一时向议会屈服，表示愿意依从议会的决定。他起誓顺服罗马教廷的信条，并接受议会罪责威克里夫和胡斯之教义的议案，只是声明对他们所讲的“神圣真理”仍然相信。
耶罗米想用这种权宜之计抑制良心的责备，苟存性命，可是在他回到寂寞的牢狱之后，他便更清楚地认识到自己作为的真相。他想起胡斯的勇敢和忠诚，再考虑到自己如何否认了真理；他也想起自己起誓要服事的主，如何为他的缘故忍受了十字架的死。在他屈服之前他身体虽受痛苦，但精神上仍因确知得蒙上帝的喜悦而有安慰；如今悔恨和怀疑使他精神上非常痛苦了。他也知道，如果与罗马教廷妥协到底，他势必作更多的让步。他所已经走上的路结果必是完全的叛道。于是他下了决心，再不为苟免暂时的痛苦而否认他的主。
不久他又被带到议会前。他第一次的屈服未能使审问他的人满意。他们嗜杀的心因胡斯的死而受了鼓舞，非得新的对象以逞其欲不可。耶罗米若想苟全性命，就必须毫不保留地放弃真理。可是他已经决心辨明自己的信仰，并跟随他殉道的弟兄到火刑场去。
这次耶罗米否定了他第一次的反悔，并以临死者的身份要求有机会为自己辩护。主教们恐怕他的话发生太大的影响，就限定他对控告的罪状或承认或否认。耶罗米就向这种残酷和不公正的待遇提出抗议说：“你们把我关禁在污秽、肮脏、臭恶可怕的牢狱中，也不给我一样需用的东西，已有340天了；然后你们才把我带出来，并依着我仇敌的意思，不肯听我为自己辩护。……如果你们真是智慧人，又是世界的光，那么务要谨慎，免得你们违背正义。至于我本身，只不过是一个软弱而必死的人；我的性命无关紧要；我现在劝你们不可下不公正的判决，还是为了你们，而不是为自己着想。”
大会终于准了耶罗米的要求。于是他当着众人跪下祈祷，求圣灵指引他的思想和言语，叫他不要说什么与真理相背或不与耶稣相称的话。上帝向早期的门徒所发的应许那天实现在耶罗米身上了。那应许说：“你们要为我的缘故被送到诸侯君王面前，……你们被交的时候，不要思虑怎样说话，或说什么话。到那时候，必赐给你们当说的话。因为不是你们自己说的，乃是你们父的灵在你们里头说的。”
