根据中央关于分散的指示，东北局认真地进行了一系列分散的布置。他们坚信抓军事建设在战争年代是头等重要的大事。不论是集中还是分散，抓军事建设没有错。
彭真、陈云等依据中共中央、中央军委的指示，组建了军事和行政领导机构，并对进入东北的部队进行整编、扩编。
1945年10月9日，中央同意组建东北临时性军事指挥机关，并指示东北局：这一临时性军事指挥机关，定名为东北军区司令部，对外不公开，暂以程子华为司令员，彭真为政委，伍修权为参谋长，东北军区司令部受东北局指挥。东北军区司令部成立后，程子华、彭真、伍修权为加强先期抵达东北各部队的协调工作，对老部队进行整编和扩编。此外，在此期间，还以萧华率领的山东军区部分机关人员为基础，在安东成立东满临时指挥部，统一领导由山东挺进东北的部队。
我党在踏上这片黑土地之初，力量的确太小了，因此只得在东北招兵买马以迅速扩大武装力量。然而这不仅直接刺激了国民党，而且也引起了苏军的不安。因为有约在先，他们认为不仅向蒋介石方面难以交代，对美国人亦不好交代。为了这一缘故，苏军代表甚至通知彭真，要中共军队退出沈阳。在不得已的情况下，李运昌所部于10月6日撤出沈阳，将司令部移至锦州。但东北局机关最终留在了沈阳。
中苏条约对中共的限制太大了。八路军先期进入关东的部队，大多驻扎于南满地区，就是今天的辽宁省境内。中东铁路为苏军控制，中共不能使用。由此形成北满广大地区中共仅有少量干部活动的局面。彭真等为打开局面，经中央同意，决定组织人民代表会议形式，以图将地方的行政权力纳入中共领导范围。而此间东北局只是一个空架子，八路军、新四军主力尚未到达，彭真手里既缺武将，又缺文官。为解决东北局急需大批干部的困难，延安把所有能够派出的干部都给派出了。在林枫、陶铸等带领下，800名干部千里转战，于10月23日到达沈阳，同时到达的还有张平化、倪志亮、程世才、袁任远、刘澜波、雷经天等人。这些干部一到沈阳，即马不停蹄地奔赴各地开展工作。不仅如此，我党中央派出的由李富春率队的第二批延安干部也正在赴东北的途中。毛主席在给彭真的电报中还专门询问彭真：“10月底止已到东北及热河之干部，计有山东2000，林枫1，900，晋察冀500，太行、太岳600，冀鲁豫350，黄永胜1500，万毅80，共计6，980，张启龙、倪志亮、伍晋南等批尚不在内，是否均收到？”为了争得这片黑土地，毛泽东从长计议抽空了陕北和其他一些根据地的军政力量，并把大批得力的部队和干部派到这里，展现了毛泽东战略运筹上的远见卓识。
先期进入东北的八路军、新四军和抗日联军部队，为阻止秦皇岛等地国民党军进占东北，根据中央军委指示和形势的变化，在军事部署上做了几度调整。
从1945年8月到10月，共产党进入东北的部队共约4万人，除冀热辽军区先期到达8个团外，还有晋绥第32团，晋察冀第31团，晋冀鲁豫第24团，山东军区第6、第7师，第5师一部及两个支队，另有党政干部7，000人。按照中央实行分散”的方针，东北局将部队部署在靠近苏联、朝鲜、蒙古地区，实行有依托、有重点的分散配置，以建立持久斗争的基地，收编改造伪军，迅速发展壮大队伍，进而夺取和控制交通干线和各大城市。
10月9日东北军区司令部成立后，合理调度各方，迅速实行初步的新老部队合编，配合各级党组织建立民主政权，肃清敌伪残余势力，发动群众，扩大地方武装，展开清剿土匪等项纷繁复杂工作。并抢先占领安东、营口、葫芦岛等处重要港口，从陆上扼守了连接关内外的咽喉要道一一山海关及中间地带冀东、热河。同时华北、华东解放区也相应地控制着通往东北的几条交通干线，从战略上予以配合，由此造成了阻隔国民党军运兵东北的陆路通道，迫使国民党只能从西南大后方及越南、缅甸、九龙经海上和空中运兵东北的形势。依据这一良好的客观局面，中共独占东北，即全部控制东北的设想在毛泽东头脑中占了主导地位。
美国政府一直没有忘记帮助蒋介石调兵遣将，其驻华海军、空军在支援蒋介石运兵方面是十分称职的。如果没有美国盟友”的全力相助，蒋介石的正规军将不可能染指东北。随着形势的变化，尤其是美军不断帮助国民党军海运北上，争夺东北的战争迫在眉睫。毛泽东由重庆返回延安后，10月16日，便决心调整***所提出的东北现行的分散方针，改行集中“方针，于是，指示彭真：蒋军从秦皇岛登陆，向山海关、锦州攻击前进，是必然的。除令在途各部兼程急进，胶东方面星夜海运，并令林彪急至沈阳助你指挥作战外，望你就现有力量加强训练，并动员民众坚决阻止登陆，争取时间就在10月16日这一天，中共中央又电示彭真、陈云、程子华等。电文日：蒋军在东北登陆及从任何方面进入东北之蒋军，须坚决全面消灭之凡我到东北之曾克林、万毅、萧华等部，须迅速集中加以补整，全力消灭蒋军。除早已分散者外，不要再分散。此刻我军须集中作战，暂时不能分散如能消灭蒋军先头部队，即可使蒋军后续部队有所畏惧，方可争取时间……万毅、吕正操、萧华、李运昌应暂留辽宁，指挥作战；整训部队，战胜蒋军登陆，是目前中心一环，其他一切均为此服务。
中共中央发出以上两电后，还不放心，10月19日毛泽东和中共中央再次指示东北局。指出：我党方针是集中主力于锦州、营口、沈阳之线，次要力量于庄河、安东之线，坚决阻止蒋军登陆及歼灭其一切可能的进攻，首先保卫辽宁、安东，然后掌握全东北，改变过去分散的方针。
目前我在东北工作的部署，应该是全力加强辽宁、安东两省的工作，守住东北的大门，争取时间，以便开展全东北的工作。
毛泽东及中共中央的以上指示，将原来分散发展的方针一下子改为“集中”方针，而且决心相当之大，正如毛泽东在10月23日给东北局的电示中所述：总之，竭尽全力霸占全东北，万一不成，亦造成对抗力量，以利将来谈判。
其间，苏联红军按中苏条约规定已经撤离了热河的承德、平泉两地区。八路军黄永胜部进入该地区后根据中央指示进驻下来，未再北上。毛泽东分析了东北整个情况后认为，我军在东北力量薄弱，又是新到，立足未稳，如果苏军按期于1945年底全部撤离东北，面对蒋军在东北的登陆，我军将难以对付。因此特别需要得到苏联的配合和帮助。为了得到援助，毛泽东于10月27日，代表中共中央致电斯大林。电日：（一，推延撤退时间至明年1月或2月，热河友军则请留至12月底才撤。（二）在上述期间请求友军拒绝蒋军登陆及接收政权。（三）允许我方接收政权，民选地方政府及组织武装力量。
中共中央的三条请求中尤以阻止国民党军在大连登陆最为重要。当彭真等向苏方转达了中共中央的这一请求时，得到了苏方的允诺。彭真将以上情况报告毛泽东后，毛泽东感到甚为欣慰”。当时，苏联红军也确实给了中共以很大支持。首先是允许我军在不使用共产党和八路军名义的情况下，可以进入东北地区；其次是要求中共迅速接防东北各城市以及内蒙地区，并在以上地区先入为主，遍地开花。这一切，都离不开当时的苏联。对此，重庆谈判结束后，毛泽东曾经不无感激地说过：对我们帮助最大的是苏联，开始蒋介石以为中苏条约对我们不利，但后来我党并不如此。
国民党军在大连登陆问题解决后，东北现存的当务之急的问题就是如何阻止国民党军在华北出海口秦皇岛登陆。对此，毛泽东对李运昌的冀热辽八路军部队寄予了很大的希望。
10月25日，毛泽东电示彭真、程子华、李运昌指出，将李运昌的冀东部队抽出有战斗力的1，5万至2万人，编为7至10个团，总称冀东纵队。由运昌亲率位于机动地区，准备迎战来自海上和承德方面的国民党军。毛泽东此时过于乐观，认为如果照冀热辽军区部队的发展速度，到年底有望组成160万地方军，加上苏方暗地里帮助，在两个月内阻止国民党军登陆是有把握的。
毛泽东调给彭真的文臣武将其数量已相当可观，但是还有一位统帅全东北军事工作的大将尚未登场。他就是四平之战的总指挥林彪。
对于林彪的使用和安排，毛泽东早已心中有数，眼下最令毛泽东焦急的是林彪自10月中旬中央电令其速去沈阳以来，已经有十多天没有音信了！
直到10月30日，中共中央还在连发两电追问林彪下落。一是毛泽东问彭真：林彪等现在何处？二是***致电林彪、萧劲光，指出：你们现在何处？中央前电要你们即速赶到沈阳，收到否？你们意见如何？久未得复，甚为焦念。现美蒋军急于在营口、葫芦岛登陆，苏军恐难以拒绝，我军必须坚决抵抗，以阻止蒋军进入东北。在此情况下，冀东战略地位，已不如沈阳重要。望你们星夜赶去沈阳，指挥作战。
林彪等不是没有收到中央的电示，而是苦于没带电台，他后来到了东北仍无大功率电台，指挥部队也得借用下面部队的电台，所以十多日未与中共中央联络。10月29日，当林彪乘火车到达沈阳还未来得及喘口气时，山海关一线就已经打起来了。林彪遂赶往锦州指挥战斗。
东北自林彪到来后，彭真有了一位主持军事工作的大将，东北局各项军事工作就有了进展。
10月31日后，中共中央又决定，成立东北人民自治军总部，这是进入东北的我党各支武装力量的最高指挥机构。进入东北的八路军、新四军部队与抗日联军统一组成东北人民自治军，实行统一指挥，林彪任总司令，吕正操任第一副司令，李运昌任第二副司令，周保中任第三副司令，萧劲光任第四副司令兼任参谋长，彭真任第一政治委员，罗荣桓任第二政治委员，程子华任副政治委员，伍修权任第二参谋长，陈正人任政治部主任，周桓任政治部副主任，叶季壮任后勤部部长，吴溉之任后勤部政治委员。
东北人民自治军，一支人民自己的武装，出现在白山黑水之间。
