太医院是专为宫中服务的医疗机构，明清两代太医院都设在天安门前东南侧，原礼部隔壁。明代太医院，初设于1367年。太医院正使为正三品，到洪武六年（1373）在宫内设御药房，由宦官管理，与太医院共同负责皇帝及其家眷的医病诊治。明成祖朱棣建都北京后，设置与南京同。清代太医院的主管称院使（正五品），副职称左右院判（从五品），另有御医、吏目、医士、医生等若干人，统称"太医"。这些太医是各方面的专家，分别"掌九科之法以治疾"。所谓九科，分别是大方脉科、小方脉科、伤寒科、妇人科、疮疡科、针灸科、眼科、口齿科、正骨科。日常太医院的御医们按专业分班入宫承值，称"宫直"，在外廷者称"六直"。
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