4月下旬，刘伯承、徐向前、邓小平在辽县西河头召开会议，研究具体行动部署。一是决定将全师主力以平汉铁路为分界编为左右两路纵队，左纵队为“路东纵队”，由七六九团和一一五师六八九团及曾国华支队组成，由徐向前副师长率领，向冀南挺进，飞兵下太行。二是成立冀南军区和晋冀豫军区，由宋任穷和倪志亮分任司令员。开展平原游击战，表明了敌后抗日游击战争进入了新的重大战略意义的新阶段。从此，八路军开始在华北地区实行从山区到平原的第二次战略展开。
5月20日，八路军总部接到中共中央毛泽东主席致总部并长江局电报：徐州失守，武汉危急，我军准备向鲁、苏、豫、皖四省挺进。
遵照中共中央指示，八路军总部准备向南移动，经过紧张的准备，1938年5月23日，朱德、彭德怀率八路军总部离开寨上村，转移到沁县南底水村。
（第五节）八路军总司令部驻地——砖壁村
1939年7月初，日军纠集了5万余人的兵力，在第一军军长梅津美治郎的亲自指挥下，对晋冀豫抗日根据地进行大规模的“扫荡”，即第二次九路围攻。当时，八路军总部驻扎在潞城县中村以南的龙泉山（现为长治市郊区管辖）。由于龙泉山距长治较近，日军的行动，对我总部造成极大的威胁，为避开日军锋芒，八路军总部决定立即转移，7月7日离开了龙泉山。与此同时，总部侦察人员根据总部首长指示，迅速赶到武乡进行选址，通过侦察，初步选定砖壁村。
砖壁村位于武乡县东部太行山深处，东面靠着大山，南、北、西三面临崖，只有几条险道可通行，地势极为险要，是一个易守难攻、攻守兼备、便于隐蔽的战略要地。7月15日，总部机关经襄垣、黎城等地，渡过漳河，进驻武乡县砖壁村。总司令部住在玉皇庙，参谋处办公室在玉皇庙正殿，总部会议室在玉皇庙南殿，一科（作战科）参谋人员住玉皇庙东西配殿，总部秘书长办公室和秘书处下设的参议室在玉皇庙戏台的东西耳房，三科（通讯科）住马奎元家，四科（管理科）住旧楼院李水秀家（代号“西湖”），五科（机要科）住王进才家（代号“芜湖”）；朱德总司令住在靠玉皇庙不远的新楼院，彭德怀副总司令住在紧靠玉皇庙的李家祠堂，左权副参谋长住在玉皇庙后面的奶奶庙；后勤部住马国英家（代号“新昌部”），电台设在张生尧东房（代号“巫山部”），总部特务团六连住小场的东西两串院，手枪排住李冯贵家，六连和手枪排负责警卫司令部机关的安全。哨所则分别设在村周围的官地圪梁、风神庙、池岭上、龙王庙、小松山、文昌庙、望乡台和葫芦嘴等关口要塞。中共中央北方局、八路军野战政治部等机关分别驻在周围的村庄。
总司令部在砖壁村指挥了第二次反九路围攻战斗。在这次反“扫荡”战斗中，八路军共进行了大小战斗70余次，歼灭日伪军2000余人，收复了榆社、武乡、沁源、高平等县城，粉碎了敌人聚歼八路军主力和总部的企图。同时，还组织召开了许多重要会议：8月9日，召开了武乡士绅会；13日，召开了纪念“八一三”暨追悼平江惨案殉难烈士大会；9月11日，在西堡村召开了晋冀豫区党委第一届党代会；18日，在土河村隆重召开了“追悼冀东抗日联军政治部主任杨裕民大会”；同日，在土河村召开了为期3天的武乡士绅名流座谈会；10月3日，召开了总部干部会议……
由于没有足够的旱井，百姓饮水十分困难，尽管朱德带领八路军战士曾为村里修下了蓄水池，但池修好后，天未下雨，蓄水池未能蓄水，还是无法解决饮水问题。10月11日，总司令部移驻西南10公里的王家峪村，砖壁村仍有留守人员。
1940年6月27日，日军突然包围王家峪，总部安全受到严重威胁，在警卫部队与游击队的掩护下，首长及机关工作人员紧急转移，八路军总司令部机关二次进驻砖壁村。7月上旬，针对日军在华北各地增修道路以围困封锁八路军的阴谋，彭德怀与左权多次研究，左权副参谋长还亲自到榆社县谭村征求一二九师刘邓首长意见，决定乘青纱帐起对日军进行以交通线为破袭正太铁路战役，也就是后来着名的“百团大战”。7月22日，八路军总部在砖壁村正式下发了破袭正太铁路的《战役预备命令》：指示晋察冀军区、一二〇师及一二九师，以不少于22个团的兵力，破袭正太铁路。经过一段时间的充分准备，8月20日晚，战役正式开始。大战进程分三个阶段：8月20日至9月10日为第一阶段，中心任务为交通破击战，重点破击了正太路主要目标；9月20日至10月5日为第二阶段，作战任务是继续扩大第一阶段成果，重点则在歼灭交通线两侧和深入我各根据地内部之日军据点；第三阶段从10月6日开始至翌年1月24日，中心任务是反击日军大规模的报复“扫荡”。百团大战，是抗日战争中八路军在华北地区发动的一次规模最大、持续时间最长的带战略性的进攻战役，也是在砖壁村指挥的时间最长的一次战役。百团大战严重地破坏了日军在华北的主要交通线，收复了被日军占领的部分地区，粉碎了日军的“囚笼政策”，给了侵华日军以强有力的打击，推迟了日军的南进步伐。百团大战对坚持抗战、遏制当时国民党妥协投降暗流、争取时局好转起了积极作用，进一步鼓舞和增强了全国人民夺取抗战胜利的信心，用事实驳斥了国民党顽固派对共产党、八路军“游而不击”的诬蔑，提高了中国共产党和八路军的声威。
9月下旬到10月上旬，北方局与总部在砖壁村召开党的高级干部会议，重点讨论了形势、统一战线、财政经济政策、经济建设和1941年的经济建设计划，10月14日，日军分路进袭，总司令部离开砖壁村，轻装转移，经石瓮村到达黎城县西井镇。
日军撤退后，八路军总部再次返回武乡，一边派侦察人员到砖壁村侦察情况，一边经拴马村到达宋家庄村暂住，得知敌人已经在我军打击下退回原地，10月24日，总部机关再次回到砖壁村。
此时，敌人并没有放弃在武乡寻找八路军主力的企图，10月28日，沁县之敌冈崎大队800人，又摸到武乡东部的关家垴附近，与我军相遇后占据关家垴高地，企图以险拒守。彭德怀得知这一消息，立即下令集中在武乡的部分部队，歼灭在关家垴宿营的冈崎大队。29日晚，彭德怀赶往石门村召集各部队负责人开会，作了战斗部署，决定调集三八五旅、三八六旅和新十旅主力及决死一纵队两个团，围歼该敌。10月30日凌晨4时发起总攻，双方鏖战两昼夜，31日下午日军又调集1500余人，在10余架飞机配合下分两路增援。在歼敌500余人后，彭德怀下令撤出战斗。关家垴战斗之后，日军在武东一带往返窜扰，企图捕捉我八路军总部，寻机报复。由于百团大战期间电台讯号过于频繁，总部住址有所暴露，11月3日，敌多路进袭，为了保证指挥机关的安全，4日总部离开砖壁村，向辽县武军寺一带转移。
1942年5月下旬，日军纠集3万多兵力，向辽县、武安进行铁壁合围，我八路军总部惨遭袭击，副参谋长左权不幸以身殉国。总部突围后，于27日，再返砖壁村，并在此为左权副参谋长举行了第一次追悼会。6月17日，总部又迁回麻田村。
从1939年7月15日第一次进驻，到1942年6月17日最后一次离开，八路军总司令部经历了“四进四出砖壁村”的过程，总计驻扎229天，这是八路军总部历史上驻扎次数最多的一个村庄。
（第六节）八路军总司令部驻地——王家峪村
由于砖壁村吃水困难，1939年10月11日，八路军总司令部移住王家峪村。王家峪村坐落在一个狭长的山谷里，一条小河从村子的中央流过，这里地形复杂，是一个四叉沟的汇集点，非常便于疏散隐蔽。总司令部迁驻该村后，总司令部首长住在张昌绪家院内，朱德总司令住东房；彭德怀副总司令住东院西房；左权副参谋长住南房；房东住正面的窑洞里。参谋处住张照来家；秘书处住郝书尧家；机要科住张俊祥家。
这年年底，在蒋介石的授意下，阎锡山发动了“晋西事变”，使得国民党第一次反共高潮明朗化，中共中央从抗日大局出发，指示八路军对山西反共旧军要区别对待，对阎锡山要继续争取他抗日；同时，对阎锡山要加强戒备，掩护支援新军自卫，谨慎而坚决地同阎锡山反共行动进行必要的斗争。我党提出了“人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人”的自卫原则，根据党中央的指示，朱德总司令、彭德怀副总司令坚定不移地执行党在统一战线中独立自主的原则，对国民党顽固势力，进行了“有理、有利、有节”的斗争。
从1939年12月至1940年1月，总部电台曾先后发出《朱德总司令彭怀怀副总副司令通电全国反对枪口对内、进攻边区》、《朱德同志就山西“十二月政变”发表谈话》等电讯，晓以民族大义，电请国民党中央杜绝摩擦，巩固团结，坚持抗日，并制止了阎锡山进攻山西新军势态的扩大；彭德怀副总司令还亲自到陕西宜川秋林镇会见了第二战区司令长官阎锡山，并到洛阳会见了第一战区司令长官卫立煌，就国共摩擦问题进行了商谈。但国民党方面的挑衅不仅没有得到制止，而且还在升级。1940年2月，朱德总司令、彭德怀副总司令、左权副参谋长、北方局杨尚昆书记、野政陆定一副主任等在八路军总部招待所驻地下合村，与国民党冀察战区政治部主任、九十七军军长朱怀冰，进行了为期7天的谈判，力陈我党团结抗战的主张，痛斥了国民党顽固派闹分裂、破坏团结的言行。3月3日，八路军总部又在下合村南的城墙根一片空地上，召开了“晋东南各界反汪拥蒋大会”，号召全国各界同胞，加强团结，声讨汪逆，肃清内奸，抗战到底。参加会议的各界人士及根据地军民，共计3万余人，朱德、彭德怀、杨尚昆、傅钟、陆定一、罗瑞卿、聂荣臻、吕正操等八路军领导出席了大会。朱德总司令、彭德怀副总司令在会上发表演说。
但是，反共急先锋朱怀冰仍然执迷不悟，谈判桌上没有得到的东西，他想用武力来解决，于是数次与八路军发生摩擦，在忍无可忍的情况下，3月5日至8日，我八路军以一二九师部队及晋察冀军区南下支队共13个团的优势兵力，一举歼灭朱怀冰三个师，击退了国民党顽固派的第一次反共高潮。进一步巩固了我太行山抗日阵地。
3月16日，朱德总司令亲自赴晋城与第一战区司令长官卫立煌进行谈判，争取双方休战，共同抗日。根据谈判协议，双方划定以临屯公路及长治、平顺、磁县一线为界，该线以南为国民党军驻防区，以北为八路军驻防区，界上不驻军，两军不越界。我军坚决维持抗日民族统一战线，主动退出太南、晋豫区，史称“太南退军”。5月，根据实际情况，同国民党军签订了以漳河为界的作战线，也叫“漳河划界”。
与此同时，为了发展国际统一战线，争取国际上对我抗日战争的支持和援助，八路军总部进行了许多的外事活动。11月7日，在野战政治部的直接参与下，由经过改造的日本俘虏成立了第一个日人反战组织——“日人觉醒联盟”。朱德总司令、彭德怀副总司令在王家峪总部，接待了前来华北敌后支援中国抗战的各国朋友。1939年12月21日，朱德总司令在王家峪接见了印度援华医疗队爱德华、柯棣华、巴苏华以及德国医生米勒等国际友人；12月24日，总部在王家峪主持召开了追悼为支持中国抗战而病逝的国际主义战士白求恩大夫大会；接见了从重庆来到前方的朝鲜义勇队负责人石鼎；还接见了几位从南洋归国参加抗战的华侨谢宾元、白刃、黄登保等。
1940年4月20日，根据毛泽东、王稼祥电示，朱德总司令离开总部前往洛阳与国民党第一战区司令长官卫立煌进行谈判，并准备亲赴重庆面见蒋介石。朱德总司令在洛阳停留8天，此间多次与卫立煌商谈，并取得共识，维持了国共两方军队的抗日统一战线。因而，根据中共中央指示，朱德总司令改变行程取消去重庆的计划，经西安回到延安，主持延安总部工作，此后，朱德总司令一直在延安工作，前方总部由彭德怀副总司令主持。
反顽斗争结束后，八路军总部组织有关领导进行了讨论研究，全面总结经验教训，根据形势的变化，确定巩固和发展抗日根据地的方针，把分散的政权统一起来，制定和完善各项政策，成为摆在共产党面前的紧迫之作。为此中共中央北方局于3月底在王家峪村召开会议，讨论了根据地建设及财经政策、建立银行、发行货币、加强青委工作等问题，并决定召开北方局高干会议。4月11日，由北方局主持，在黎城县北社村召开了有冀南、太行、太岳等根据地主要领导参加的高级干部会议（通称黎城会议）。会议的中心议题是：根据毛泽东主席提出的党在抗日民族统一战线中“发展进步势力、争取中间势力、孤立顽固势力”的方针，总结华北地区两年10个月的工作，提出今后任务是建党、建军、建政，巩固抗日根据地。
1939年秋到1940年春，日军的对抗日根据地加紧“扫荡”，在华北大力修筑公路、铁路，挖壕筑堡，由点连线，由线成面，扩大其占领区。抗日根据地日益被封锁、切割，对华北实行“囚笼”政策。为此，一二九师刘伯承、邓小平首长提出了“面向交通线”的口号，在总结平汉路破袭经验的基础上，制订出了破袭白晋线的计划。在八路军总部指挥下，一二九师所部和参战民兵、自卫队3.5万人，进行了白晋线破袭战，对来远至段柳段的白晋铁路进行全线出击，激战两昼夜，给敌人以沉重打击，并使其补给线受到严重破坏。
八路军总部在王家峪驻扎期间，朱德总司令、彭德怀副总司令和左权副参谋长是八路军的主要领导人，但他们处处以普通士兵的姿态出现，保持了我党我军艰苦朴素的优良作风。当时，总部首长在繁忙的工作之余，常常帮助老乡春种、夏锄、秋收。1940年春播关头，旱象十分严重，朱德总司令、彭德怀副总司令便组织总部和警卫连战士帮助老乡担水点种，保证了王家峪1000多亩农作物全苗旺。日军“扫荡”时，战士们就帮助老乡空室清野，掩护群众安全转移。
6月27日，驻扎在段村的日军突然包围了王家峪。总部安全受到严重威胁，在警卫部队与游击队的掩护下，首长及机关工作人员紧急转移，同时对村里的百姓也进行紧急疏散。当天，总部分路突围，离开王家峪村，再次进驻砖壁村。
（第七节）八路军总司令部驻地——石瓮村
