拿破伦为了巩固自己对德意志西部和中部部分地区的统治，决定建立莱茵同盟。1806年7月21日，德意志各国君主根据拿破伦的命令和塔列朗在巴黎签订了相应的条约，莱茵同盟正式形成。虽然外交大臣并不赞成对欧洲原政治机制的破坏，但他还是尽力使新机制能尽量有利于欧洲稳定。参加同盟的有巴伐利亚、符腾堡、巴登等16个西部和南部的德意志国家。同盟选举拿破伦为自己的“保护人”。为了对皇帝的“保护”表示感谢，同盟有义务在发生战争的情况下为拿破伦提供10万名士兵。许多以前服从奥地利哈布斯堡王朝皇帝的独立小国，现在都要受到莱茵同盟各国君主的管辖，他们的领土也都划入莱茵同盟各国。纽伦堡被并入巴伐利亚，法兰克福并入巴登，传统归奥地利和哈布斯堡的神圣罗马帝国“骑士领地”也划归莱茵同盟。整整存在了1000年的“神圣罗马帝国”名存实亡。
普莱斯堡条约使拿破伦树敌甚多。成立莱茵同盟国不仅使奥地利愤怒，而且严重打破了在对法战争中至今仍然保持中立的普鲁士的平衡（虽然在第三次反法同盟和法国的战争中，普鲁士和俄国签定条约对法国开战，但是在普鲁士军队还没有达到战场的时候战争就结束了，而事后普鲁士立刻派人修复同法国的关系，使得两国一直都保持着和平的关系），最后导致懦弱、胆怯的普鲁士国王弗里德里希•；威廉三世铤而走险——与法国开战。在此时普鲁士一直都有着欧洲传统陆军强国的称号，虽然这是从很多年前流传下来的，已经很久没有经过战争的考验了，但在欧洲还是没有哪个国家敢轻易的招惹普鲁士，毕竟人家的二十万精锐陆军也不是当作摆设的。虽然1806年2月15日普法签订了和平条约，但普鲁士和沙俄一直保持暗中来往(至少是由于普鲁士皇后路易丝对沙皇亚历山大有好感，因为亚历山大长的十分的高大英俊。而拿破伦则是个小矮子，路易丝经常公开的发表一些侮辱拿破伦的话)。莱茵同盟国威胁到普鲁士的领土。3月，拿破仑将被称为“世界上最美好的礼物”的克利弗公国和伯格公国赐封给缪拉和卡罗琳后，形势更为严峻。缪拉成为大公爵后，立即向普鲁士“扩张”领土；拿破伦未加阻拦，使普鲁士深感芒刺在背。
在无法击败英国的情况下，拿破伦选择了向动扩张。德意志一直都处于分裂状态，这就给了他很好的机会。在德意志分裂的那些国家中，除了奥地利帝国和普鲁士王国以外，其他的都是一些实力很弱小的邦国。通过三场战争，奥地利这个在德意志所有成员里面最强大的国家被法国打的元气大伤，割地赔款，再也没有了昔日的神圣罗马帝国的荣光，已经暂时不能对拿破伦的东侵计划造成威胁了。剩下的普鲁士实力虽然要比奥地利弱一些，但是要打败她的话法国还是要耗费不少的国力的。所以拿破伦才决定扶持法国控制下的那些小国家组成一个联盟，用她来牵制住普鲁士要比法国直接和普鲁士对抗划算的多了。
普鲁士是传统的强国，莱茵联盟的总体实力也不差，在加上背后站着法国。两虎相争，得利的自然就是扮演猎人角色的法国了。即使不能打败普鲁士，也得让她没有精力影响法国未来与欧洲其他国家的战争。
在给塔列朗的信中，拿破伦表达了使普鲁士保持中立的意向：“普鲁士是个大国，允许它进一步扩大地盘应视为严重错误……对策是建立崭新的德意志国家与之抗衡。”该德意志国家的首都应定在韦塞尔和杜塞尔多夫(在缪拉的公国)附近。将克利弗公国和伯格公国赐封给缪拉正是拿破伦这一计划的体现。而缪拉在得到这两个公国以后则迅速的向北方扩张，严重的威胁到了普鲁士的安全。普鲁士国王弗里德里希•；威廉三世对此严重不满，警告缪拉退出普鲁士的势力范围，要不然就战争。而有拿破伦撑腰的缪拉则根本就不将弗里德里希•；威廉三世的警告放在眼里。于是冲突不断的放大，最终到了不可调和的地步。随后，拿破伦命令第2军团和第三军团开进莱茵同盟，这更激怒了弗里德里希•；威廉三世。
拿破伦的军队进驻了起到枢纽作用的德意志各大公国。纽伦堡的爱国书商帕尔姆出版了反对法国领土扩张的书籍，激怒了拿破伦，他命令贝尔蒂埃的军队将帕尔姆绑架杀害，如同他当年对待当甘公爵一样。拿破伦的妄想自大狂是如此厉害，他的权力是如此巨大，他不再考虑别的国家对他的行动会怎么想了。
同时，拿破伦也开始了同英国的谈判，他不希望在他行动的时候海峡对岸的大敌扯他的后腿。开始是塔列朗和新近释放的英国囚犯亚默思勋爵进行谈判；接着，1806年8月5日，英国大臣劳德雷尔出乎拿破伦和塔列朗的预料来到巴黎，根据外交大臣福克斯的命令，对法国做出了相当大的让步。福克斯愿意承认约瑟夫为那不勒斯国王、路易为荷兰国王，同时承认莱茵同盟国的地位。英国愿将荷兰的殖民地(除了好望角以外)归还给荷兰，并从西西里撤走。作为交换，塔列朗同意英国保留马耳他并将汉诺威归还英国。可是拿破伦在当月不作任何解释就否决了这项已经草签的和约，从而放弃了和英国媾和的最后机会。要让拿破伦把吃进嘴里的东西再吐出来基本上是不可能的。次月，失望的福克斯去世，他对英国国会做出的争取和平的承诺未能兑现。机会不会再有了，由于法国统治者的原因，战争将一直进行到底。
普鲁士国王弗里德里希•；威廉三世以及普鲁士贵族眼看拿破伦的势力已经深入到德意志的心脏，普鲁士的领土完整受到严重威胁，加之有消息说拿破伦已经答应英国外交大臣福克斯将汉诺威归还英国，而原来拿破仑私下许诺将汉诺威给普鲁士的。1806年7月21日，法国宣布莱茵同盟成立，并立即将维尔兹堡和萨克森包括在内，使位于波茨坦王宫里的普鲁士国王弗里德里希大为震惊。普鲁士王朝传统上一直惧怕和嫉恨萨克森(位于柏林南面，包括莱比锡和德累斯顿两个城市)，现在被包括进了拿破伦的新德意志帝国，自然十分震怒。其实拿破仑心中明白，他故意煽动普鲁士的怒火。
弗里德里希的怒气已经无法控制了，9月26日，他给拿破伦发出了一封很长的信，实际上是最后通牒——通牒措辞激烈而直截了当，强烈谴责莱茵河同盟国的缔造和缪拉对韦塞尔的占领。欧洲对“这种持续的恐惧和不安的热病”已无法承受。
于是，战争再也不可避免了。
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