（一）中共中央对游击战争的部署
在过去很长一段时间内，史学界通常认为，中共中央对红军的战略转移（长征）是毫无准备的，对留守苏区更是没有具体部署，完全放弃了中央苏区。但是，通过对史料的重新解读与新史料的不断发掘，可以确定，红军主力长征之前，中共中央和中革军委为了使南方各苏区能继续坚持斗争，保卫土地革命的胜利果实，为此做了较为充分的战略部署与准备。中共中央在准备实施战略转移后，就把留守苏区的问题与红军长征的问题结合起来考虑，一同做出了较为周密的安排。
在组织方面，中共中央安排了留守苏区的领导人；确立了党的组织领导，成立了中共中央分局、中华苏维埃共和国中央政府办事处和中央军区。
野战军突围转移的前一月即1934年9月初，中央书记处调项英回瑞金，安排他留下来负责领导苏区军民继续坚持革命斗争。10月上旬，中共中央通过会议决定，红军长征后在中央苏区成立中共中央分局和中华苏维埃共和国中央政府办事处并组织中央军区。中央分局由项英、陈毅、贺昌、瞿秋白、陈潭秋五人组成；项英为书记，瞿秋白为宣传部长，陈潭秋为组织部长。中央政府办事处由陈毅担任主任，梁柏台任副主任，谢然之任秘书长（后叛变）。中央军区则由项英担任司令员兼政委，贺昌任政治部主任，龚楚任参谋长（后叛变）。中央分局和中央政府办事处总的任务是领导留守苏区的红军部队和群众，开展游击战争，保卫苏区；同时牵制敌人兵力，掩护红军主力突围。
10月9日，周恩来接到陈毅报告自己伤情和要求做手术的信后，当即和朱德命令卫生部长贺诚取出已装箱的医疗器械，派两名医生为陈毅手术。并在次日赶到医院看望，传达了中央关于成立中央分局、中央政府办事处的决定，付以重托，深情地说道：
中央决定留下你坚持斗争，你斗争经验丰富，特别是有井冈山斗争的经验和苏区几次反“围剿”的经验，相信你一定能够依靠群众，依靠党的领导，坚持到胜利。
除项英、陈毅和中央分局、办事处其他组成人员之外，中央还留下了其他一些重要领导人。另外，各省负责人在野战军出发前也全部换动和最终确定。各省留下坚持斗争的领导人有：江西省委代理书记曾山，福建省委书记万永诚，闽赣省委书记赖昌祚，赣南省委书记钟循仁等。这些地方领导人中的大多数人不仅能力出众，而且政治坚定，在群众与军队中都具有极大的影响力、号召力与凝聚力。可见，中央的人事安排是经过缜密考量的，综合考虑了各种因素。
在军事方面，中共中央改组了地方武装部队的指挥系统，留下主力部队红二十四师及部分独立团作为坚持斗争的武装骨干，确定了游击战争的斗争方针，并进行了军事行动布置。
1934年9月13日，为了使留守苏区的红军能在新的斗争形势下进行游击战争，中革军委发布了《组织各级军事部的命令》，决定对中央苏区各级苏维埃政府军事部和地方武装的指挥系统进行改组，凡是留在敌占区或即将被敌占领区的县区军事部，立即改为县区游击司令部和游击政治部。这一新的指挥系统为地方迅速转变领导方式和斗争方式，更有效地进行游击战争发挥了积极的作用。为了使地方部队快速进入游击战争的状态，军委要求改组计划需在9月25日以前完成，最迟在10月10日前改组完毕。按照中革军委的命令，赣南各县、区成立了游击司令部，组建或扩建了独立团、独立营和游击队，为游击战争的开展做好了初步的军事准备。
为了保卫苏区与掩护红军主力转移，中共中央决定留下红军独立第二十四师作为主力部队坚持斗争。该师师长周建屏，政治委员杨英，政治部代主任袁血卒，下辖三个团，即第七十、七十一、七十二团，约2000人枪。还留下了一些红军独立团，其中有：归中央苏区直接指挥的独立第三团、第七团、第八团、第九团、第十一团、第十五团、第十六团；归江西军区指挥的独立第一团、第二团、第三团、第四团；归福建军区指挥的独立第十九团、第二十团；归闽赣军区指挥的独立第十二团、十七团、十八团；另外还有其他军区的一些独立团。各县还有一些独立营，保卫队等。红二十四师和地方部队总兵力约1.6万余人。红军医院的伤病员也留在苏区，继续接受治疗，人数共约2.5万余人。与此同时，中革军委还划定瑞金、会昌、于都、宁都之间的三角地带为基本游击区和最后坚守的阵地。
对留守苏区的斗争方式，中共中央明确规定苏区军民应采取群众性的游击战争。同年10月3日，在《为发展群众性的游击战争告全苏民众书》中，中共中央要求民众实行广泛的游击战争，认为游击战争是“每个苏区工农群众保护自己的生命、儿女、土地、财产的自卫的最好方式。同时也是牵制扰乱、疲惫和分散敌人，帮助主力红军取得胜利的重要工具之一。”这是中共中央根据苏区局势采取新斗争方针的明确宣告，游击战争的重要性及战略意义得到充分重视与体现。10月8日，中央委员会给中央分局的训令中再次指出，党的基本任务是发展广泛的游击战争，来反对敌人与保卫苏区，“游击战争应该并且必须成为目前战斗的主要方式”。为了进一步统一思想，适时地转变斗争方针，中革军委于10月22日发出《关于成立中央军区发动群众开展游击战争的指示》，要求分局发动群众，广泛地开展游击战争。同月，为了具体指导游击战争，中央革命军事委员会发布了由毛泽东亲自起草的《关于游击队动作的指示》，系统地论述了游击队的任务、游击队战斗动作的要则、袭击敌人、对付敌人的“围剿”和追击、游击队的政治工作等。此指示为苏区军民有序地开展游击战争提供了“教材”与详细指导，是军民认识与掌握游击战争要义的基本资料，充分体现了中共中央对苏区游击战争部署安排的周密。
中革军委对苏区的军事行动也做了指示。10月11日，军委主席朱德和副主席周恩来、项英联合发布了《中革军委命令》，指出包括苏区留守部队在内的所有军事部门必须保持军事秘密，加强警戒封锁消息。10月13日，中革军委主席朱德致电项英，要求对所属部队应建立通信网络，向军委及时报告情况。
在政治动员方面，中共中央在进行严格保密的同时，含蓄地透露红军主力即将进行战略转移，并向留守干部和军队进行了解释；对民众进行了宣传，着重指出了游击战争的重要性。
1934年9月29日，张闻天代表中央政府在《红色中华》报第239期发表题为《一切为了保卫苏维埃》的社论。这是一个非常重要的信号，暗示中央苏区红军主力即将突围转移。在这种政治氛围下，10月3日，中共中央、中华苏维埃共和国中央政府联合签署发表《为发展群众性的游击战争告全苏民众书》，强调在苏区最紧急与最紧张的关头，苏区人民应参与到游击战争中来，粉碎国民党军的第五次“围剿”，并号召民众：
为着保卫我们的政权、生命，保卫我们的儿女婴孩，保卫我们的土地谷子，保卫我们的牛猪鸡鸭，反抗敌人的屠杀、摧残……我们应该用我们的梭镖、鸟枪、土炮、快枪，一切新旧武器，武装起来，团集本村子本乡本区的群众，组织游击组，游击队，尤其使赤少队、模范赤少队积极行动起来，袭击敌人侦探采买，断绝敌人的交通网络，使敌人日夜不宁，坐卧不安，更加上我们的坚壁清野，断绝白军的柴米伙食，以及我们瓦解白军，号召他们暴动，拖抢过来的宣传鼓动，我们不但能胜利的保卫了本村本乡，而且我们将使敌人全部消灭，使苏维埃红旗飘扬全国！
10月上旬，毛泽东在于都接到中共中央有关准备战略转移的秘密通知后，立即赶回瑞金梅坑，召集临时中央政府各部的领导人开会，布置善后工作，宣布和说明撤离中央革命根据地的决定，并强调革命是有前途的，要大家加强革命信心，要把各部的善后工作做好，要使留下的同志能够更好地继续革命斗争，更好地联系群众。
10月8日，中共中央发布了给中央分局的训令，明确指出中央分局在红军主力突围后应该适时地在党内干部中进行解释工作，要求“必须解释而且要使干部了解”，并说明了解释工作的重要作用和意义。这些举措使苏区干部更加明确了红军主力战略转移的意义和坚持斗争的重要性。
中央分局和中央政府办事处对游击战争的具体准备与动员
中央分局和中央政府办事处于10月13日在瑞金梅坑正式成立。中央分局和中央政府办事处成立以后，根据中共中央的指示积极开展军民的政治动员工作，做好开展游击战争的各种具体准备。他们动员广大军民参与到保卫苏区的游击战争中来，瓦解白军；同时巩固和纯洁党和部队，提高战斗意志。
为贯彻中共中央《告全苏民众》的精神，1934年10月18日，项英发表了《开展广泛的群众游击战争保卫中央苏区》一文。文中指出：“发展游击战争是我们中央苏区整个党与苏维埃目前最中心的任务！只有完成这个任务，才能解决我们在五次战争中“死亡或者胜利”的历史问题”；并号召“全苏区的工农群众，不论男子、女子、老年人、小孩子，都要鼓动他们加入游击队伍，发展最广泛的群众游击战争”。
红军主力突围之前与初期留下了大批的伤员，其中大多数都是具有强烈革命意志的红军战士，中央必须对他们进行动员解释，防止他们出现浮躁不安的情绪。当时还是伤员的陈毅在伤病员中具有一定的号召力，分局便派他担任了这个重要任务。陈毅动员伤兵打埋伏，并对伤兵们讲：野战军走了，中央苏区的局势可能好，也可能不好。每个人都要做准备，回家种地也好，打游击也好。万一被敌人抓住了，不要叛变。也许野战军大发展，中央苏区恢复，那时你们再出来。伤兵们经陈毅说服，都高高兴兴地分散到群众家里潜伏下来了。
为了从政治上瓦解白军战斗的意志，缓解红白军对立的局面，同年的11月7日，中央政府办事处主任陈毅、副主任梁柏台共同签署发布了《中华苏维埃中央政府办事处布告》，揭露了白军所受的压迫“天天辛苦不停，干饭两顿不饱，军饷克扣干净，受尽官长打骂”和国民党所犯的罪行“出卖满洲华北，半个中国送尽。屠杀革命人民，围攻苏区红军”；并鼓动白军士兵“快把枪头掉转，实行暴动兵变。杀死反动官长，加入红军作战”
但是，中共中央对游击战争的部署和准备也有不足之处。
组织上，各负责人调动和确定的时间比较迟，他们缺乏长期坚持游击战争的心理准备。
陈毅是在红军主力长征前一天，由周恩来转达的，而且有伤在身，对局势的掌握有客观的困难，也造成了在具体事务领导方面上的不足。红军长征后的很长一段时期，中央苏区留守主要负责人实际是项英，而项英思想观念转变不够快捷，对苏区传统的做法舍不得放弃，造成了一些不必要的损失。各省负责人都是等到野战军要出动时才全部换动，县一级也是临时调换得相当多。这种过大的新陈交替必定给革命工作带来许多消极影响。
军事上，中共中央在缺乏客观分析的基础上给中央分局框定了必须坚守的“三角地带”，而没有正确估计战争的残酷态势、主张突围保存力量，致使分局长时间跳不出中央定的思维模式。另外，地方部队不但未加强，反而把有基础的地方部队改编到独立团，一部分有基础的独立团随野战军转移了，这样就使地方武装大大削弱。地方武装中不懂军事的新兵成分占了多数，结果在敌人打击之下不会灵活进行游击战争而瓦解和失败。
政治上，在保守军事秘密的原则下，政治动员做得不够。中共中央始终只有一次会议的讨论——即10月上旬召开的中央书记处会议，此次会议主要还是以野战军为主体的附带讨论，并且也偏于组织上的解决，没有对于苏区斗争的前途及其斗争内容进行讨论。
但是，也正因为各项工作保密，才使国民党方面深受其迷惑，使其错过了追歼野战军的最佳战机。当时负责清剿中央苏区红军的国民党陆军第八师师长陶峙岳对野战军突围的“隐蔽”、留守部队的配合及国民党上当后的感受曾有过一段这样的描述：“赤匪（即红军）主力西窜，号称为‘野战军’出动。此尽匪军欺骗民众之词。其留置赣南及赣闽边境之伪中央区（即中央苏区），及伪福建军区，所辖部队，尚达万人。其策略为用游击战术，巩固苏区；并发展游击战争牵制国军之后，使我不能拼力西剿，此其策略之恶且毒也。”
（二）主力红军撤离后的形势与留守红军的继续作战
根据中共中央、中革军委的指示，中央分局和中央政府办事处在红军突围之前和初期，首先担负起了掩护野战军安全转移的任务。1934年10月7日起，为确保野战军在于都河流域集结休整，并尽快战略转移，中革军委命令红二十四师和地方部队开始接替主力红军的防务。同时，还要求中央分局在东线战场、北线战场、西线战场、南线战场阻滞敌军，配合野战军转移。
东线战场：10月8日，朱德、周恩来给周建屏、杨英发出指示，要求红二十四师实行伪装以迷惑敌人，派出小部队向敌人游击，扰乱敌人。10月20日，中革军委命令红二十四师停留在东路河田以北休整，并准备迟滞敌李延年纵队的前进。至11月3日，中革军委指示项英，红二十四师可以灵活战斗。
北线战场：9月下旬开始，江西军区的独立一团与红五军团换防，阻止从广昌向宁都进犯的国民党军。10月7日开始，独立七团、独立十一团和石城等县的地方武装，逐步实现与红三军团和红十五师的接防。10月9日，朱德致电彭绍辉等人，命令他们担任在石城以南阻止敌人前进的任务，“在陈敌由石城向南前进时，独七、独十一两团则向坪山及石城河南岸，沿石瑞大道节节抗退”。10月13日，中革军委又要求独七团在石城、头陂之线活动，扰乱敌军罗、樊两纵队向头陂集中；而独立十一团继续在石城以南阻敌。
西线战场：10月18日，红五军团从兴国撤退向于都集结，江西军区独立二团、三团和兴国等县的地方武装接替防务，担任游击，阻止从永丰向兴国进占之敌。
