1“有学生流血，我要和你拼命！”
1949年冬天，朝鲜战争尚未爆发，美国第七舰队也尚未驶临台湾海峡，台湾时局已动荡不安，人心惶惶。
在岛上，有钱的人纷纷携款逃往海外。在最高学府台湾大学，少数不肖之徒在学生中散布谣言说：“校长傅斯年夫妇已经办妥离台手续，旅行证件握在手中，到紧要关头，他们远走高飞，顾不得你们学生的生死存亡了。”
傅斯年闻知，立即贴出布告，要学生安心读书，并保证他绝不离开台湾，誓与学校共存亡，他拿出来台湾后所写的一条“归骨于田横之岛”的横幅，坚定地表明他与台湾共存亡之决心。
1949年1月20日，傅斯年正式就任台湾大学校长。当时的台大中文系教授黄得时仰慕傅的声名，请其写几个字作为留念。一向以齐鲁之士自居和自豪的傅斯年，挥毫写下了“归骨于田横之岛”的短幅相赠。众人见之，顿生凄凉之感，更想不到竟一语成谶。
台湾虽然存活下来了，傅斯年却不幸“归骨台湾”，竟成谶语！
20世纪的50年代，台湾处在风声鹤唳的白色恐怖时代，傅斯年在台湾最后的两年，几乎天天处在与蒋介石抗衡、与蒋经国为首的大小特务周旋的日子里。
他在台湾仅短短的两年，已赢得了朝野与学界的无比敬重，就因为他的坚定意志，在与台湾当局的抗衡中，最终也获得蒋介石的尊敬和器重，成为蒋介石一生无法收在掌中的一块顽石。
傅斯年出任台湾大学校长是蒋介石无奈的选择，他原本希望傅斯年终老于“中研院”，另外找一个听话的人。但在美国人的干预、美援的要挟以及学界的瞩目之下，蒋介石不得不把已到口的肥肉吐了出来，但对学生和学校而言却是好消息，因为傅斯年关怀备至，几乎以校为家，最后把自己的生命奉献给了台大！
当时治安当局为防患间谍，规定学校教职员工必须互相“联保”思想纯正，彼此没有间谍行为。傅校长认为此种做法并无实际效果，且极不方便。他对治安当局提出：“所有台大教职员工，皆由我校长一人保证，一切问题皆由我负责。”傅斯年虽然讨厌透了特务，但对学潮更为反感，他希望学校是一个专心读书的地方，对台大师生，特别是对台湾一帮光复后仍闹独立的本土政客，常常在学校或各地搞反蒋倒蒋活动一直深恶痛绝。
但他同时认为，如没有真凭实据，当局不能肆意进入校园在师生中搜查，更坚决反对随意指责他人为共产党。当年西南联大爆发学潮，并闹出了人命，他在致其妻子俞大彩的信中谓：“西南联大学潮地方当局荒谬绝伦，李宗黄该杀，邱清泉该杀！”这便是他做人处事的主张与原则。
当时台大师生反对国民党腐败无能、以权谋私等令人激愤的丑行，学潮一浪高过一浪，而傅的对立面借着学潮运动趁机发难。
当时有国民党政客在报纸上发表致傅斯年的公开信，指责台湾大学优容共产党，并指名道姓地说法学院院长萨孟武“参共亲共”，某某院长、系主任是“共产党分子或参共分子”，他们把持院系，排除异己，把各院系变成培植共产主义势力的温床等，企图置傅氏于不忠、不孝、不仁、不义的绝地。
傅斯年读了报上对台湾大学师生的指责后，既恼又怒，毫不顾及地以“三字经”开骂起来，而后采取以牙还牙的战略进攻态势，在报上两次发表措词强硬的檄文予以反击：“学校不兼警察任务”，“我不是警察，也不兼办特工”，“若当局有真凭实据说某人是共产党，我将依法查办，但是我办理这种事，决不能含糊其辞，血口喷人。”
最后声明：“……贪官污吏及其他既得利益阶级把事情办坏了的，我不能引以为同志。”傅斯年声色俱厉与咄咄逼人的态势，令对方不得不暂时退却，伺机而动。
机会很快到来。1949年3月底，台湾师范大学与台湾大学学生联合闹将起来，并且高呼祖国大陆时期的学运口号“反内战、反饥饿、反迫害”等，引发台湾当局的严重关切，认为台湾校园确实受到共产党的统战与渗透，必须捉拿主谋分子，给予严厉惩治。
须知当年，国民党政府败退台湾后，对间谍问题防范特别严密，尤其对大学生监视得特别严密，常常以间谍名义进校园抓人。1949年4月6号，终于不幸发生军警进入台大校园逮捕学生的“四六事件”。
1949年3月20日晚间9点多，师院（就是今台湾师范大学）学生李元勋和台大学生何景岳共乘一辆脚踏车，被中山北路一派出所警察发现，发生争执，两人被押往第四分局——大安分局，用手铐铐于办公桌脚，并遭殴打，恰有师院同学路过看见，回校通报。11点，两百多位师院同学赶去救人，提出三条件：惩处警察、赔偿医药费、登报道歉，但是被当局悍然拒绝。
3月21日上午10点，台大及师院加上台北市各中等以上学校及高中职学生（当时台北市只有台大、师院、台北工专三所大专院校）加起来竟然有千余人，走上街头游行，唱歌，呼口号，后来包围了中山堂旁台北市警察局，要求局长公开向李、何两位同学道歉，并登报保证不再发生类似事件。局长口头答应，同学因而和平解散，但事后当局并未履行承诺。
3月29日晚上7点多，两校及中等以上学校学生千余人集结在台大法商运动场，就是现林森南路与济南路交叉口的台大法商学院学生宿舍，成立“学生联盟”，燃烧营火并呼口号及唱歌，到11点散会。会中许多同学都察觉有特务、警察及国民党职业学生穿梭其间，并搜证监视。
然而学生沿路高唱祖国大陆时期的学运歌曲、解放区歌曲，并且高呼祖国大陆时期的学运口号——“反内战”、“反饥饿”、“反迫害”，那些在解放战争时吃过大亏的政客，一听到“红歌”就心慌，引发当局高度关切，认定校园受到中国共产党的统战与渗透。
消息传到时任台湾省主席兼警备总司令陈诚那里，他正有意镇压学生运动，遂下令当时担任警备副总司令的彭孟缉缉拿“主谋分子”。
4月5日，陈诚得到蒋介石的默许，自南京抵台，下令逮捕学生主谋分子，名单上台大有21人、师院7人。5日傍晚逮捕行动开始，师院学生自治会主席周慎源首先被抓，但他后来从捕送车上跳脱逃走。
两校宿舍在4月6日凌晨为军队所包围，师院全面抵抗，军队攻坚后逮捕250余人，皆押进现在中正纪念堂旧址军营里审讯。两百余人经数日审讯后由学校领回，其余转送保安司令部保安处刑讯，数目未详，随即有7人被枪杀。
这就是震惊中外的“四六事件”。
傅斯年对当局不经法律程序进入台大校园内逮捕师生表示不满，亲自找国民党最高领导人蒋介石交涉，蒋没接见，傅斯年失望已极，但他仍不放弃，转而打电话给情特头目，要求进入台大逮捕师生必须经过校长批准，并同时强硬宣布，他将不会同意军警进入校园。
整个事件中，台大校长傅斯年唯一的目的就是力保学生免于被抓的厄运，他强硬的作风让蒋氏父子头痛，他甚至跟在台大大门前布哨警察呛声说：“如果要抓学生，就先抓我。”
警察没办法，就向上面反映，警察局长也不敢做主，把傅斯年的问题报告给上面的更高阶特务，傅斯年对特务滥捕滥刑，极为愤恨，一再要求并提醒台湾当局，逮捕审讯学生一定要经过校长批准，他甚至对蒋介石的爱将、警备副总司令彭孟缉警告：“要是有学生流血，我要和你拼命！”
彭孟缉被傅的气势镇住了，不敢造次，遂当场保证：“若有人流血，我便自杀。”未久，台大被捕的学生多数被放回，而师范大学不但近百名学生被送进监狱，还有7名学生以反革命罪名被枪杀。
听说蒋介石听罢特务头子彭孟缉与儿子蒋经国的汇报后，也被傅斯年的正气所慑，连声叹道：“罢了！罢了！就让他出出风头吧！”
“四六事件”过后，省立台湾师范大学受到了停课整顿、师生重新登记并接受军训、校园戒严等惩处。而台湾大学虽受波及，但比台湾师范大学要好得多。许多年后，台湾师范大学师生还就这次事件与台大相比，并大骂当年的学校领导者软弱无能，几乎就是一文不值的臭狗屎一堆，而对傅斯年夸赞不绝，此皆得益于傅斯年竭力庇护、斡旋之功。
反观台湾师范大学，当时前、后任校长谢东闵和刘真，固无力阻止警察抓人，造成两校日后学术风气的大相径庭，甚至保守的校风至今仍存在于台湾师范大学校园之中，从学生对校务改革的漠不关心，到学生会主席约10％的超低投票率。
至今，台湾大学仍保留了傅钟、傅园，纪念这位视学生如己出的校长。而台湾师范大学则选择填平了学校大门口前的喷水池，竖立起统治者威权象征的蒋氏铜像。现实中地理距离相去不远的两校，校风、社会评价却是有天壤之别。
其实蒋氏父子不了解傅斯年，他早在祖国大陆时期就救过他的学生免于被诬为“间谍”。他的学生陈盘早期曾被诬指为共产党员，幸得恩师相救，故陈盘在怀念故恩师傅孟真先生时有以下叙述：那是一个夏天的上午，陈盘在看守所会见傅斯年的时间不过二三十分钟。万万想不到，这短短二三十分钟的遭遇，就决定了他未来的命运。他得救了！
他回忆，就在当天下午3点左右，他在校长的办公楼会客室呆坐着，傅先生进来了，陈盘回忆道：“他看见我，问我是不是找他？我说沈教务长（鹏飞）叫人找您来的，不知道有什么事情。”说完，傅先生沉思了一下说道：“放心，没事的！”说完就忙着开会去了。一会儿，陈就被公安局释放了！
陈盘自述：“我之被拘禁，不明白是什么罪名，有何证据。但我心里明白，这是我的少数同乡诬陷我，说我是什么党。因为我常常以口头或文字的方式攻击地方上的腐败而恶劣的分子，得罪了不少人，他们就捏造罪名，告到公安局。这样，我就成了囚徒了。”
他被奸邪之辈硬指为是“政治嫌疑”分子，当公安局的人要把他带走时，他便请求沈教务长，把事情告诉正在开会的傅先生。
傅先生得到消息，即刻和主持校务会议的戴季陶校长商量营救，结果戴先生打了一个电话给公安局郭世增局长。大约是第四天，傅先生亲自到公安局交涉，于是他就恢复自由了。
陈盘犯的是什么罪？为何被不知名的什么人带到局里去，就立刻被关起来了？至今他不清楚，但他清楚的是他被恩师傅斯年所救！
“这是一场噩梦——可怕的噩梦”，陈盘回忆道。他在公安局，被关在一间约25平方米的房里，里面共有十几个所谓犯人。起居饮食，大便小便，也全在里面，而卫生设备，一点没有。
他又说，里面的人，最怕是半夜被点名，被点到的，一去就不见回来了。“就是幸而不死，他把你的案子来一个悬而不决，把你转解到河南（珠江南岸）南石头，关上三年两载，那是司空见惯。人生到此，惨状那就不用说了。”
他以感恩的语气说：“我入狱后一两天，恩师营救我的消息传出了，于是陷害我的人，特地去看孟真师，用恫吓的语势说我是共产党的重要分子，请他不要管我，否则将会对他不起！”
“恩师当然不理会他们这一套。”陈强调说，“这是我出狱后，同乡中的同学对我说起的。”
多年后的一个夏天，在台大一个硕士学位考试的场合中，陈见到傅斯年的侄子傅乐成，谈起他那回被诬入狱的经过，傅乐成告诉他：傅师为了营救他出狱，还一次付出了一百块洋钱。这是傅师母跟傅乐成聊天时，无意中说出来的。
“当然，傅师母又是在傅师生前，听到他无意中透露出来的。但这事情，从前我一点不晓得。”
“傅师不是鬻恩市义的人，当然他不会告诉我，但对于家人偶尔谈起，顺口带出，这自然是情理之常。所以我相信，这事情是千真万确的。”他说到此已是哽咽得说不出话来。
同时他也相信，这不是什么贿赂的钱，而是傅师担心他在狱中受苦受难而“打点”狱吏、狱卒的钱，因为恩师知道狱吏、狱卒之尊，在中国历史上向来是有名的。“我入狱以后，当天晚上被传讯过一回，那只是简单地问了几句。以后直到出狱，都没有被传讯过，所以在这方面，我一点没有受到折磨、痛苦，相信这就是傅师花了一百块洋钱的功果了。”他感激地说：“我是那么渺小，而师之爱护我，替我设想，则实在太周到了！太周到了！”
据当时传言，那次傅斯年为了救学生，竟然找到台湾最高当局。据说蒋介石与部属见面，只有傅斯年是敢在蒋面前“从容地跷起二郎腿，抽着烟斗”的人。那次傅师救徒见蒋有没有“跷起二郎腿”？陈认为：“救徒心切，应该没有！”
“四六事件”有惊无险地过去了，但横亘在前的危机却有增无减，直到把他整死为止。
1950年冬至的前一天上午，傅斯年离开家，去农复会参加蒋梦麟主持的一项会议。会中，他一如往常，发言时神采飞扬。中午，他开完会，回家吃了中饭，休息了一小时余，便揣了一包早上他太太在门口买来的芙蓉牌烟丝，匆匆赶去南海路的省“参议会”。
下午，将近6点10分，他答复完了第二次质询，走下讲台。这时，没有人注意到他缓重的脚步、苍白的脸色。会议散了，傅斯年却因脑溢血晕厥。当晚，没到子夜，他就死在象征民主的“参议会”里。
抵台后的傅斯年仍兼任随迁的“中央研究院”史语所所长，但主要精力则投入台大的兴建改革之中。
