由于雍正的努力，《大义觉迷录》成为当年中国最畅销的书籍。通过此书，雍正希望消弭谣言，让世人知道，他的帝位是光明正大得来的。但谣言的吊诡在于，面对谣言时，你不理它，不解释，谣言会自己退潮。你越是解释，越是要澄清，这谣言看起来就越真实，波浪也就越汹涌。各种有关雍正的传闻，从皇宫恩怨，杀父杀兄，再到吕四娘报仇，遍传民间，为世人所津津乐道，而雍正言辞真切的自辩则被忘得干干净净。幸好，他的儿子意识到了父亲的错误，并及时加以挽回。乾隆登基后，立刻下令在民间查禁《大义觉迷录》，并将曾静、张熙师徒处死。
顺治、康熙年间，各类高举反清复明旗帜的闹事者频现。在清廷残酷的武力镇压下，此类闹事在渐渐绝迹。到了雍正朝，斗争已走向无声的战场，争夺的是人心与思想。朋党之争不过是官僚集团内部的斗争，不会威胁到清廷的统治。而思想之争中，如“华夷之辨”之类的造说，则从根源上质疑清廷统治的合法性。曾静一案的意义在于，它使雍正意识到思想必须加以打击和控制。而要加强对思想的控制，就必须集中皇权，创设一个专为皇帝服务的私人机构。
皇权必须独尊
对于雷厉风行，刚猛迅疾的行事风格，雍正自我解释道：“朕就是这样汉子，就是这样秉性”，“朕就是这样皇帝”。
“秉性汉子”雍正登基之后，整顿吏治，肃清朝政，禁止官员勒索骚扰地方。几年内风气为之一转，各级官吏无不战战兢兢，唯恐怠慢了政务，招来天子的训斥。雍正朝的新气象，连朝鲜也能体验到。往昔派往朝鲜的使者，总是大肆勒索，让朝鲜人头痛无比，雍正登基后，派往朝鲜的使节也收敛了许多，朝鲜人对此评价道：“雍正新立，操切亦严，因而来使亦意在律己。”
面对着朝廷内的新气象，雍正却是思绪连连，回想起康熙四十二年的往事，那时康熙正当壮年，英武逼人，带了几个儿子从京师出发，游历江南。江南的繁华，让人留恋，皇子们都爱上了这里的迷离气息，然而胤禛却对此毫无兴趣，作诗云：“茫茫吴越事，都付与东流。”
南巡的终点站是金陵，康熙命从行的大学士马齐去明孝陵祭拜。早在康熙二十三年，康熙第一次南巡到达金陵时，即亲自前往祭拜明孝陵。在明孝陵前，康熙行三拜九叩首大礼，其礼数极尽尊崇。康熙对明太祖之崇敬，让当时的金陵人无不惊讶，“父老从者数万人，皆感泣。”
太子允礽，对康熙尊崇朱元璋很是不解。
康熙解释道：“明太祖天授智勇，崛起布衣，纬武经文，统一方夏，凡其制度，准今酌古，咸极周详，非独后代莫能越其范围，即汉唐宋诸君诚有所未及也。”
胤禛口中唯唯诺诺，心中却不认可，在他看来，明洪武创设的政治模式，在实际运作时流弊多多。
明开国之初，皇帝与大臣们刚刚齐心协力开创天下，因此在职权的分配上集权专制的色彩并不十分强烈。明初中央设左右丞相，地方设行中书省。朝中大小事由丞相处理后奏闻皇帝，行中书省总管一省军、政、司法。
胡惟庸拜相后的一段时间内，君臣、帝相之间相安无事，但在胡惟庸任久熟练之后，即开始与朱元璋产生分歧并引发冲突。胡惟庸权倾朝野，朝廷大政，不经过皇帝之手就自做主张，趋炎附势之徒也纷纷奔走于其门下，声势日隆。忍耐良久之后，洪武十三年（1380），朱元璋果断出手，以“谋不轨”的罪名，迅速杀掉胡惟庸。
除掉胡惟庸后，朱元璋分相权于六部。六部尚书执行皇帝命令，直接对皇帝负责。随后朱元璋宣布不许再议置丞相，大臣如敢奏请者，处以重刑。明朝还实行特务统治，对臣下进行监控。太祖时设锦衣卫，成祖时设东厂，宪宗时设西厂。三者只对皇帝负责，无须经司法机关批准即可随意缉拿官民。
在地方上，朱元璋首先废行中书省，在全国设十三省，置左右布政使司各一人，主管一省民政和财政；另设提刑按察使司管刑法，都指挥使司管军队。三者合称“三司”，互不统属，分别归中央有关部门管辖，这种权力分散，条块分割的机构设置，利于皇帝集所有大权于一身。
其实朱元璋与胡惟庸的矛盾，只是皇帝看着丞相运用权力时如鱼得水的姿态，在心理上产生出的权力失落感。皇帝担心臣下的权位过重，危及自身统治，于是便急急对官僚体系加以整肃，以维护自己的无上权力；而在至高无上的皇权面前，臣下唯有俯首被戮的份。
但官僚体系一旦形成，即成为一个客观的存在，它有着自己发展运行的轨道，不完全依君主的主观意愿而存废，它是皇权进行统治不可或缺的工具。以整个官僚体系的中心宰相为例，在所有的官职中，宰相的变化最多，这是由于君主既需要宰相帮助办理政事，又担心宰相的权位过重，危及自身的权力。
朱元璋废除过相权，但最后不得不以四辅官制代替。明成祖时，因为政务繁忙，选了七人入值文渊阁，帮助皇帝处理政务，在此基础上，内阁发展出来。初期的内阁并无公开身份，内阁成员品秩不过五品，被视作是皇帝的顾问和机要秘书。
内阁出现后，其地位日益重要，皇帝的诏书谕旨，无不出于内阁之手。此后内阁的品秩也被提高，内阁大学士开始兼各部尚书衔，权势日重。在内阁制度成熟定型后，内阁首辅的地位相当于宰相。朱元璋绞尽脑汁想除去的相权再次出现，且权力日益增强，并在一定程度上分散了皇权。
而内阁对皇权的分散，则来自“票拟权”。
明代各级官吏递交给皇帝的公文，首先要送到内阁，由内阁用墨笔在纸条上先拟旨，然后贴在公文上交给皇帝审定。皇帝如果同意，就用朱笔批改，即“批朱”。一般而言，皇帝都是“照阁批朱”。皇帝对 “批朱”这样的差事感到腻烦，于是设立了司礼监秉笔太监来帮助自己“批朱”。这样，只要内阁摆平太监，双方合作，也就能操作一切政务，这也是明代太监得以弄权的一个重要原因。内阁权势一大，也出现了如张居正、严嵩这样的权臣。
之所以历代帝王不能清除掉相权，因为中国是一个依赖于文官和文书统治的国家，再天才横溢的皇帝，一个人也无法处理繁重如山的政务，批阅无尽的文书。皇权与相权之间，彼此存在着互为利用的关系。在一定的历史时期，皇权来不及集中权力，造成相权的膨胀，而引发皇权与相权之争。历史上，相权命运多舛，名字多变，最后变化的只是称谓，相权仍然是君主统治中的不可或缺的一环。
集中了皇权，苦的是皇帝；分散权力给内阁，皇帝却不高兴。在皇权与相权上，清代多有变化，总的趋势是在抑制相权的同时，创设其他机构，以提高军政效率，保证皇权集中。
努尔哈赤初定国政时，有五大臣议政，即费英东、何和里、扈尔汉、额亦都、安费扬古五人。皇太极时期，设立议政王大臣会议（又称“议政处”），权势极重，“军国重务，不由内阁票发者，皆交议政大臣。”
同时皇太极借鉴明朝的政治机构，设立了内阁与六部，但议政王大臣会议的权势凌驾内阁之上，相权不复再有明代之势。
议政王大臣会议，是清廷“会议国家机要事宜”的机关。议政王大臣最初是武职，以适应满清入关时的战争需要。到满清入关之后，开始重视“文治”，相应地文官增多。议政王大臣会议始终为满洲贵族所垄断，人数变化较大，最多时达五十人，康熙朝保持在二十人左右，雍正朝军机处设立后则寥寥无几。
对用人行政，军国大事，议政王会议有议论权，无决定权，最后的决定权在皇帝手中。但议政王大臣会议也对皇帝形成了一定的制约，并对皇帝的决策产生影响。皇帝如果得不到议政王大臣会议的支持，其政务也难推行。
康熙年间，为消除议政王大臣会议的影响，康熙于1677年设立南书房，与议政王会议、内阁三足鼎立。南书房设在乾清宫西南，本意是让翰林院的官员在此间陪皇帝研究学问，吟诗作对。陪伴皇帝，自然得挑选才学优异者入值，这些人称“南书房行走”。
康熙所挑选的都是当世之名士，如王士祯、查慎行、高士奇、方苞、沈荃等。除了名气与才华之外，康熙还要亲自面试入选者，以判断是否可用。如张英入宫面试时表现上乘，康熙极为满意，当即入选南书房。由于汉人读书好，学问高，自然入南书房的占据多数。
招了一批才华横溢的人在身边，康熙就让南书房根据自己的意思起草各类诏令，拟写谕旨，这样南书房得以干预政务。在南书房重要性日益提高的情况下，其工作人员的选择标准开始提高，也更注意保密性，南书房渐渐地成为了皇帝的御用秘书机构。南书房这个地方，除了康熙及工作人员之外，绝无外人可到，极其机秘。工作人员也都“慎密恪勤”，注意保密。
总体说来，南书房分散了议政王会议和内阁的权力，而因其形式灵活，依附于皇帝，可控性强，保密性佳等特点，使它备受康熙青睐，也为军机处的成立提供了雏形。
雍正登基之后，培养亲信大臣，打击朋党，整顿吏治，集中皇权，又在思想领域打击异端，争夺舆论阵地，宣传清廷统治的合法性。在此系列过程中，雍正已开始构思创设一个政治机构，这个政治机构专属于皇帝，由皇帝任命，唯皇帝是从。这个政治机构效率极高，又具备保密性，但却没有专属府衙，也没有专门官吏。它既能满足皇帝集权的需要，又能高效地处理军政，控制思想，预防朋党。
雍正七年，带着这个机构的蓝图，雍正一手创设了影响清国国运，主持清国大政一百八十三年的军机处。
创设契机：征战准噶尔
王朝内持续不断的的朋党之乱，各地涌现的反清思潮，刺激了雍正的权力控制欲，而对准噶尔部的用兵，则直接导致了军机处的产生。
有清一代，对于天下大势有着清晰的主线，即要经略中原，就要联盟蒙古各部；要得到蒙古支持，就要控制住藏传佛教；要控制藏传佛教，则须保持对西藏的影响力。
清初，西藏一直处于蒙古和硕特部的控制之下，与清廷关系和睦，彼此相安无事，直到准噶尔人出来争雄。
准噶尔（又称绰罗斯）部本是蒙古四卫拉特（准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特）的一部，在历史上四卫拉特分化演变，彼此争雄（卫拉特在明代音变称为瓦剌）。至17世纪，由于内部人口压力，土尔扈特部转向伏尔加河流域发展，和硕特部则向青海、西藏发展。此时藏传佛教内部的争执，也为和硕特部的发展提供了契机。
藏传佛教的噶举派，面临着新崛起的格鲁派的挑战。在藏语中，“噶举”中的“噶”字本意指口，而“举”字则意为传，“噶举派”即口传宗派。噶举派僧人的僧裙中加有白色条纹，又称“白教”。噶举派开创于宋朝，在明代盛极一时。明代，青海藏人宗喀巴进西藏大雪山修行，破关而出后创立格鲁派，喇嘛均戴黄帽，故称“黄教”。至清代，噶举派与格鲁派斗争激烈，噶举派得到了西藏与青海等地方势力的支持，反对以达赖为领袖的格鲁派。
格鲁派在1635年派出“温萨活佛”向蒙古和硕特部求援。和硕特部遂进入青海，以支持格鲁派。在击败西藏、青海地方势力的军队之后，和硕特领袖顾实汗发现青海水草丰美，土地广袤，遂决意将部落的大部分人口迁至青海，由此也奠定了和硕特部对青海、西藏的控制权。
到了康熙二十一年（1682），五世达赖去世，权势人物第巴桑结嘉措立仓央嘉措为六世达赖，又联合准噶尔汗噶尔丹，驱逐和硕特部。准噶尔入藏干涉宗教冲突，也导致了清廷出兵干涉。此后，与准噶尔的战事，经历了康、雍、乾三代帝王，持续了将近百年。
噶尔丹本来是没有机会走上历史前台的，只是1670年，噶尔丹的哥哥，准噶尔的首领僧格，被同父异母兄弟车臣台吉、卓图巴巴图尔谋杀。正在西藏当喇嘛的噶尔丹还俗，在达赖喇嘛和僧格旧部的支持下，平息了内乱（噶尔丹取自藏文甘丹，意弥勒菩萨的兜率天）。此后，在噶尔丹领导下，准噶尔部日渐强盛，以伊犁为中心，纵横天山南北，控制着中亚的辽阔地域。此时清廷正忙于平定三藩之乱，对准噶尔的崛起与扩张，暂时无暇顾及。
噶尔丹是个魅力型的人物，身材高大，长相威武。他十三岁时前往西藏，跟随四世班禅学经。四世班禅圆寂后，又转到五世达赖门下学经，深得五世达赖喜爱，并被认定是“温萨活佛”的转世。“温萨活佛”是第四世班禅的师傅，曾在卫拉特各部传教，直接推动了1640年卫拉特四部的会盟，在蒙古各部影响深远。
噶尔丹被认定是“温萨活佛”的转世，无疑增加了他的政治与宗教影响力。在蒙古卫拉特地区，噶尔丹被视为“神”。当他刚返回准噶尔部时，“众人审视惊喜，下马罗拜为神。”在平息内乱的战事中，噶尔丹亲自冲锋陷阵，“入其军，莫敢当，皆大惊以为神，弃其弓，下马趋拜降。”
既是宗教地位最高，知识最渊博的活佛，又是僧格的弟弟，且神武过人，诸多条件合于一身，噶尔丹得到万众膜拜，一呼百应。噶尔丹迅速平息内乱，进而统一了卫拉特各部。
在噶尔丹领导下，准噶尔部崛起于中亚。1678年，噶尔丹统一卫拉特各部，建立准噶尔汗国。此后，噶尔丹又将势力延伸至天山南路，并向中亚积极扩充，而喀尔喀蒙古部也成为了准噶尔吞并的对象。
