在获得了西藏、青海之后，康熙所采取的策略都是分封地方实力派，让彼此制衡。到了雍正年间，西藏各派势力彼此争斗，内讧不已。噶尔丹策零此时提出要入藏，怎能不让雍正心生警惕。
雍正在谕旨中训斥噶尔丹策零：“现在西藏地方上两派力量正在举兵相拒，你提出去煎茶设供，似属非分。你准噶尔不过是西北一个小部落，释教广行与否，与你煎茶又有什么关系？”雍正在谕旨中也严令务必将罗布藏丹津给交出来，但准噶尔部对雍正的训斥置之不理，这点燃起了雍正的征战之心。
在政局稳定，权力巩固之后，雍正积极筹划，以备对准噶尔用兵。准噶尔的存在，终究是边陲动乱的根源，且又牵连到西藏事务。汲取康熙朝对准噶尔部多次用兵仍不能奏效的教训，雍正特设军需房，整合六部与各省力量，集中财力人力物力，为军队提供充沛的后勤支持。到了雍正七年，军需房又演变为军机处，处理军机要务。
创设军机处，既是对准噶尔用兵的需要，也是集中权力的需要。军机处创设之后，早先的议政王大臣会议徒具虚名，议政王大臣成为了虚衔，无应办之事，有名而无实，在乾隆年间最终被裁撤。南书房虽仍为翰林入值之所，但已不参预政务，主要负责文词书画。但入南书房行走却一直是清代士人心中的最大荣耀，皇帝也常让亲信大臣入南书房作为奖励。
经过充分准备之后，雍正七年二月，以准噶尔部不肯交出罗布藏丹津为名，雍正对准噶尔用兵。清军兵分两路，北路以傅尔丹统领军队，西路以岳钟琪统军。为了此次出兵，雍正准备了将近三年，希望毕其功于一役，彻底清除准噶尔部这个大患。
雍正对于此次用兵的充分准备是相当得意，曾道：“四海升平之时，国用充裕，朕细加筹画，计议再三，凡命将遣官派兵运饷，以及车马甲胄兵器耕具之属，无不经理周详。”
此次用兵结果如何呢？
插曲来了。雍正的爱将岳钟琪带兵走到半路，突然碰到噶尔丹的特使特磊。特磊很是奇怪地道：“我押解罗布藏丹津前往北京，路上突然碰到几个逃犯，说你带兵来犯。我赶紧给噶尔丹策零报信，噶尔丹策零就让将罗布藏丹津转送回伊犁，再派我轻骑过来看看。”
特磊这一来，就堵住了雍正出兵的借口。雍正出兵的借口是准噶尔不肯交出罗布藏丹津，现在特磊跑过来惊讶地说：“啊，我正要交人，你怎么带兵过来了？”
特磊这一搞，雍正出兵就名不正言不顺了。雍正爱惜自己的羽毛到了极致，为挽回面子，他不惜用一百个谎言去掩饰自己的一个错误。特磊的出现，让雍正面红耳赤，一时找不到理由继续用兵，就下令暂停进军一年，命岳、傅二人回京商议。
清军暂停攻势之后，准噶尔军却开始了出击，袭击清军后方，战事正式展开。在初期的战事中，清军处于被动状态，屡遭败绩。雍正九年六月，北路傅尔丹部被围困在和通淖尔，大批官兵阵亡，傅尔丹狼狈突围。
此后清军一触即溃，望风而逃，根本无法与准噶尔部交锋。值得注意的是，此战中准噶尔军使用了新式炮兵。负责准噶尔部炮兵的乃是一名瑞典军官。这名叫作列纳特的瑞典军官被俄国俘虏，从西伯利亚出逃到了准噶尔。列纳特精通大炮铸造技术，受到噶尔丹策零的重视。在列纳特的组织下，准噶尔部建立了一支炮兵部队。此战中列纳特亲自指挥炮兵，立下大功。
准噶尔军气势如虹，一路南下，攻到喀尔喀境内。噶尔丹策零得悉喀尔喀亲王策凌不在游牧地，领兵偷袭，掳走策凌妻儿。噶尔丹策零应该后悔自己此次对喀尔喀的用兵，因为他惹到了强劲的敌手策凌。
策凌是何许人也？
在大漠之西的准噶尔部的进逼之下，大漠之北的喀尔喀部人纷纷出逃，策凌也随着母亲一起投奔清国，并在北京居住。成年之后，策凌仪表堂堂，武功精湛，深得康熙的青睐。
康熙四十五年，康熙将二十二岁的六女儿许配给了策凌，此时三十余岁的策凌早已成婚，并生下了两个儿子。被皇帝看中，福祸交集，不管策凌多么爱他的妻儿，只能迎娶了六公主。六公主在三年半之后也就去世，留下了两个幼子。对女儿的去世，康熙无比心痛，将她葬在安定门外，后世称此地为“六公主坟”。如今的六公主坟只存下了地名，而坟却已不知在何方。
策凌是成吉思汗的二十一世孙，他血脉中流淌的是弯弓射雕的万丈豪情。京师的纸醉金迷，汉人文化中的之乎者也，宫廷的烦琐礼仪，丝毫没有消磨去他的勇武精神。一代天骄之后的策凌，在清国的鼎力支持下，凭借着自己出色的武功，整合了喀尔喀部，磨砺了万千骁勇之士，兵力强盛，军威甚壮，称雄于漠北草原。
部落被准噶尔部给偷袭，妻儿被掳走，策凌闻讯后怒发冲冠，“割辫发及所骑马尾，誓以复仇”，随即调集各处军马，在额尔德尼昭布阵（位于杭爱山东侧鄂尔浑河畔，意为宝寺，汉名光显寺，故此战又称光显寺之战）。
策凌将八旗军布置在河南岸，自己统领的蒙古军埋伏在河北岸。准噶尔军一看与其对阵的是八旗军，心生鄙视，因为八旗军在蒙古骑兵面前是不堪一击的。开战后，八旗军果然狼狈溃逃，准噶尔军追击八旗军时，策凌率伏兵杀出，大败准噶尔军，“积尸如山，河水尽赤”。光显寺之战后，策凌从容于马上弹琵琶唱胡曲以归。
此战之后，雍正想直捣准噶尔的大本营伊犁。但军事行动在险隘无数的天山之中，却是难以取得突破。准噶尔部一度还发起反击，取得胜绩。对准噶尔用兵失败后，雍正恼羞成怒，将岳钟琪革职囚禁。事后雍正还想起，自己曾赏给岳钟琪三名太监，遂让张廷玉将太监收回宫中。
战事陷入僵局之后，双方发现，唯一的选择只能是议和。雍正十二年，双方开始议和，清军也逐步撤出。雍正十三年，双方缔约，中国控制区域为杭爱山以东地区，准噶尔则得到杭爱山脉以西和西南地区。
然而，战事只是暂时停息。乾隆接位后，将延续他爷爷与父亲的遗愿，以天朝的强大国力，来耗尽准噶尔部的精血，将天山南北，草原东西，纳入天朝的版图。而雍正创设的军机处，也成为乾隆实现壮志，扩张版图的利器。
首任首席军机大臣允祥
传教士宋君荣在写给耶稣会盖雅尔神父的信中，描述了他亲眼所见的雍正皇帝：“这是我初次见到这位君主。他身材魁梧，口齿不错，但讲话速度较快，看来他挺有头脑，而且精神焕发。”
与精神焕发的雍正相比，雍正七年，允祥不过四十四岁，可他已有疲惫苍老之感。昔日的皇兄，今日的皇上，时常召见自己，这在外人看来是无比的恩宠。可允祥知道，在皇上面前丝毫不能懈怠。年羹尧曾受过雍正的无上信任，不过刚露出骄横之态，就招来杀身之祸。
允祥小心翼翼地揣测着雍正的心意，时刻不敢显露倦态，才能走到今日。皇上现在搬到圆明园来住，允祥也跟着到附近住下，既可以随时进宫，也可以修养下累垮的身体。
允祥不是个有野心的人，在康熙帝的三十六个儿子里，他排行十三。允祥生于康熙二十五年（1686），生母章佳氏出生平凡，十四岁那年，章佳氏去世，死后被封为“敏妃”。章佳氏过世之后，允祥由胤禛的生母乌雅氏抚养。
胤禛是乌雅氏的第一个儿子，不过这个儿子并没有由她抚养，而是给皇后懿仁抚养。皇后只生过一个女儿，不幸早夭，故而将胤禛抱去抚养，以填补无子之痛。乌雅氏虽然舍不得儿子，但皇后能看上自己的儿子，这是天大的面子，家世平凡的乌雅氏，又有什么可以抱怨的呢。
胤禛年长允祥八岁，作为哥哥，自然承担了教育弟弟的任务。由于康熙早就确立了太子，一切已经成为定数，其他皇子自然也没有什么分外的想法。胤禛将主要的时间都花在了读书上，对这个小自己八岁的弟弟，自然也花了更多的时间照看。成年后，允祥还时常回忆起皇兄教自己数学的经历。
幼时的允祥，虎头虎脑，一副淳朴形象，备受父皇喜爱。对于父亲康熙，允祥也是无与伦比的崇拜。一次康熙与诸王子在宫内游玩，年幼的允祥也跟着一起同游。康熙与众皇兄走过之后，允祥未能跟上，一个人被落在了后面。呆萌的允祥，突然做出了惊人之举，他趴在地上，如条狗般，“寻履迹伏地嗅之”，想追踪父皇的踪迹。
在康熙心目中，允祥总是那么体贴，那么听话，时刻都能想父皇所想，认为他“生秉粹质，至性过人”，对他也是格外宠爱。康熙三十七年，十三岁的允祥第一次跟随父皇去盛京，拜谒远在辽东的大清先祖们的陵墓。此后，不论是巡游江南，秋狝塞外，视察河工，康熙总是将允祥带在身边。
康熙一共六次南巡，允祥陪同了四次。康熙四十二年，允祥跟随父皇南巡。由于允祥写的一笔好字，康熙特意命胤禛与允祥一起书写对联，在群臣的注目下，允祥一气呵成，文墨工敏，群臣无不称赞。
然而，允祥的命运和性格，在康熙四十七年皇太子允礽被废后，却发生了天翻地覆的改变。
苏州人何焯号“义门先生”，早年落魄，在苏州靠教授私塾为生，后经李光地推荐，以草泽遗才而入南书房，并奉旨在八阿哥府侍读。在给友人的信中，何焯提到：“十三殿下乃康熙帝所钟爱者。”这还不够，有着一颗非凡八卦之心的何焯，在给弟弟的信中，又生动地描述了杨国维被选出陪伴皇十三子读书，而康熙一直认为杨国维诗文无人能出其右，现在让他陪伴十三殿下，应该是对允祥的特别钟爱了，皇十三子“将来遭际不可知也”。何焯是八阿哥允禩身边的侍读，而允禩又是皇位继承人最有力的竞争者，连何焯都如此看，一时间，十三阿哥要成为太子的风声，传得风风火火。
形势突然急转，允祥被冷落了。对允祥的冷落，表现在方方面面，往昔康熙出行，身畔总是少不了允祥，此后不管去何方，再也不见允祥的踪影。康熙四十八年，康熙帝大封皇子，允祉、胤禛、允祺被封为亲王，其他诸王子，或为君王，或为贝子。没有受封的成年王子只有允祥，此时他已二十四岁。康熙五十一年，康熙遍赐银两，上至亲王，下至御前侍卫，都得到了封赏，就连因争夺太子之位而被拘禁的允禩也得到了赏银，但允祥却一两赏银也没有。
康熙冷落允祥，其中的原因，是他以为这个让他喜爱的皇子，也开始觊觎太子的位置。晚年的康熙已是杯弓蛇影，被儿子们给伤透了心。他最厌恶的就是皇子们流露出来的野心，曾放出狠话：“如有钻营为皇太子者，即国之贼也。”
允祥固然没有想当太子的心思，可民间的各种风传，终究传到了康熙的耳里。爱之愈深，恨之愈切，自己最喜欢的皇子，曾经在地上嗅着气味追寻父皇踪迹的允祥，竟然也有如此野心。失望悲切之下，康熙开始冷淡允祥，并告诫其他大臣皇子警惕他。
在其他皇子的请安奏折上，康熙批示时明确地流露出了对允祥的厌恶，认为他是“不大勤学忠孝之人”，“尔等若放任之，必在一处遇着他，不可不防”。康熙生病了，在病榻之上还传谕旨给步军统领托和齐，让他留心允祥：“现在朕龙体欠佳，流言蜚语四起。这些言语皆出自正蓝旗，你一定要切实留意。”
皇子和群臣们心里都明白，老皇帝虽不点名，但他所说的正是属于正蓝旗的允祥。
在康熙的整个晚年，允祥仿佛是被遗忘了的人。允祥默默地旁观着其他皇子们的激烈角逐，他仿佛超然于世外，除了皇四兄胤禛，他不与其他人来往。
允祥与四兄胤禛感情深厚，胤禛的第五个儿子弘昼八岁时得了重病，四处求医而不能治愈。允祥亲自出马，多方奔走，觅到良药，救了他的命。后来胤禛对弘昼说：“汝命，叔父所活也，宜呼之为父。”
允祥知道四兄胤禛的能量，虽然康熙一直说四兄胤禛性情急躁，可四兄在诸皇子中，雪藏最深，最会隐忍。其他各皇子，无不野心勃勃，大打出手。胤禛则与喇嘛频繁来往，在王府大做佛事，甚至自号“天下第一闲人”。在外人看来，胤禛清心寡欲，潜心佛学，无心帝位。可允祥知道，四兄外表虽超然，但他内心隐藏的却是汹涌的火山，他也在布局，也在角逐，只是他做得更隐蔽高明。
对于康熙这样的老人来说，垂暮之年，最大的乐事就是儿孙绕膝，安享天伦之乐了。四兄胤禛用他俊俏明朗、聪慧过人的儿子弘历，成功地俘获了康熙的心。
康熙六十一年春天，胤禛带着十一岁的儿子弘历来到圆明园。此日天气晴朗，繁花怒放，康熙心情极佳。对于胤禛的这个儿子，他还从来没有见过。突然看到一个俊帅的孙儿出现在眼前，且谈吐聪慧，举止稳重，康熙立刻就爱上了这个孙儿，让将弘历送到宫中亲自养育。
此后康熙褪去了帝王的威严，尽显祖父慈爱的一面。每日康熙边教导弘历读书，边批阅奏章，接见官吏时也让弘历陪伴在一旁。木兰秋狝时，康熙特意带上这个爱孙。康熙先用火枪将一头熊击伤，然后让弘历再去补上一枪，以创下初次围猎就射杀熊的美誉。不想弘历刚刚上马，熊突然立起扑了过来。弘历毫不惊慌，康熙则赶紧补了一枪，将熊击毙。事后康熙称赞这个孙子“伊命贵重”。圆明园中，不时有着祖孙情深的一幕发生。康熙在游船上，船还未靠岸，弘历已呼喊着从山上飞奔而下前来迎接。爱孙心切的康熙，不等船停稳，就跳上岸去一把抱住孙子。
