贝多芬慢慢地长大，约翰越来越发现难以控制小贝多芬的行为了，所以，他决定将小贝多芬送入宫廷乐队去演奏。当时的乐队总指挥是路奇雪，是一位音乐造诣颇深的音乐家，但是他并不把贝多芬放在眼里。
贝多芬八岁的时候跟随宫廷风琴家艾登学习，艾登是一位年过花甲的老音乐家，他启发了贝多芬对乐器奥妙的了解。当贝多芬长到能用手触摸到琴键并用脚踩到风琴踏板时，他就转到波恩的一座修道院，接受科学的音乐指导；另外，还接受修道院另一位风琴师的指导。这里的风琴比他以前用过的风琴都要大，这让贝多芬十分感兴趣，此时，贝多芬才十岁。
贝多芬的学习是刻苦的，他对音乐学习的欲望似乎永远没有衰减，有的课程他甚至早早地就学完了。
在乐器方面，贝多芬不是十分喜欢独奏乐器，他钟情于钢琴、配器、和声等复杂的东西。在对各门功课有了更多的了解后，贝多芬将更多的精神投入到创作中。
贝多芬曾经说过：“我并不是没有犯过错的，因为从孩提时代起，我就非常敏感，往往当灵感到来时，我还不知道，一旦记录下来，才发觉是十分美好动听的音律。”
后来他在柴撒的门下做学生时，创作了一首风琴曲，令柴撒十分震惊。因为像他这样年龄的儿童，对于创作还处于“无知”期。
艾登去世以后，由歌·尼法任宫廷风琴师。他在1780—1781年之间成为贝多芬唯一的作曲指导老师，一直到贝多芬离开波恩为止。尼法对贝多芬的影响很大。
尼法很早就看出了贝多芬的天赋，并加以指导，又把他自己最早的专业经验传授给他。他训练贝多芬成为主力宫廷风琴师，并且在1782年6月就让他暂时代理职务；没有多久，他就把“键盘音乐师”的职位交给了这个年仅十二岁的学生来接替。这个职位的任务是要带领管弦乐队的演奏，并且要看着乐谱立即演奏出来。尼法十分关心贝多芬，他还为贝多芬早期的作品安排出版，并且在1783年3月2日写了一篇通讯稿给《音乐杂志》，公开介绍贝多芬，称“他（贝多芬）必定会成为第二个莫扎特”。
尼法教给了贝多芬许多宫廷中学不到的东西，如依·巴赫的奏鸣曲、萨·巴赫的序曲和随想曲。尼法还曾鼓励贝多芬创作了三首钢琴奏鸣曲。一年后，尼法受皇帝之命，创作一幕歌剧。这段时间里，贝多芬就协助尼法进行歌剧创作。
在此期间，老皇帝驾崩，新王位成为各派政治力量争夺的目标。1780年，马克雪比林·弗朗兹在他的母亲皇妃玛丽亚·茜丽莎策动下，被选为科隆的公爵。他首先进了科隆的一所教会学校，仅经过了三个星期的短暂培训，就成为一位虔诚的教士。1784年圣诞之夜，弗朗兹在波恩的法格林教堂里，披上了庄严的礼服，正式接受洗礼之后，名正言顺地登上了皇位。
弗朗兹皇帝对艺术十分重视，他把维也纳的流行音乐带到了波恩，使波恩从此成为世界闻名的音乐之城。在执政时期，他为了拓展艺术事业，倾尽全力，创办了一个国立图书馆。在他的倡导下，整个波恩都被音乐陶醉了。贝多芬在这样的氛围中汲取了丰富的音乐营养。弗朗兹皇帝所做的另一件事情就是了解宫廷中每一位乐师的才干，并调查他们各方面情况。在男中音歌手约翰·贝多芬的档案中，如此写着：“他的声音能持续很久，并在宫廷中已表演多年；家境困苦，但其为人正直、举止端庄。”
当时，贝多芬已是宫廷乐队中第二风琴师。在他的档案中，有如下记载：“路德维希·贝多芬，年龄十三岁，生于波恩，在宫廷中已服务两年，尚无薪金；在乐队指挥缺席时，由该人顶替，很有才干，乐队中，数他年龄最小，举止文雅，但家庭较为贫困。”
后来尼法被辞退，其理由是：“此人并不熟悉风琴的演奏。”因为尼法是个外国人，还是一个偏激分子，被当局认为是不必要的人物，因而设法由贝多芬取代了他的位子，以节省宫廷开支。不过，弗朗兹皇帝得知这一情况后，挽留了他，但是将尼法的薪水减为原来的一半。而皇帝特意把贝多芬父亲的薪金，拨了三分之一给贝多芬。
虽然贝多芬当时只有十三岁，但他在音乐上所表现出来的造诣却很惊人。贝多芬在风琴或钢琴独奏中，表现得十分潇洒而流畅，很少有过失误。因此，他对自己充满自信。他认为，自己的才干要远远超过他所担任的职位。而目前的所为，则是屈尊而就，这让他无法再忍受下去。于是在演奏中，他有时会擅自修改曲谱，即兴变奏，把自己的创作渗入到作品中去。
韦革勒说：在这一年圣诞礼拜演奏时，贝多芬大胆地将弗·海勒的《依里米亚之悲哀》的旋律进行了修改。演奏时，音乐似乎是从天空中倾泻下来，让人听得如痴如醉。但是这让海勒很不高兴，他去觐见了皇帝，对贝多芬的随意修改提出了抗议，他讥讽这种修改为“小聪明”。贝多芬的学生兼朋友安东·辛德勒后来这样记载：“皇帝颇为宽宏地指责了贝多芬，不允许他今后再即兴演奏了。”然而就是这一次，贝多芬的天才如金子般闪出夺目的光彩。
1781年，英国驻德国宫廷大使格里桑纳去世，贝多芬专为他写了一首哀乐，因为他是贝多芬家的好友。宫廷乐队指挥路奇雪完全被这支曲子吸引了。大提琴家莫勒说：“在第一次公开演奏时，贝多芬新颖的创作引起了极大的震动；经过几次演奏后，他的名气大增；最后，他赢得了观众的所有欢呼和掌声。”
在当时，十三岁的贝多芬还享有了一种皇室所给予的特殊荣誉——他可以吻皇上的手。他颇以这种新的社会地位为荣。此时，他的外表看上去，已经有了一个宫廷乐师的样子：上身海青色的大礼服，下身是带扣子的绿色齐膝的短裤，腰上佩戴着一把宝剑，头上戴着一顶三角形的帽子。
