辛亥，赠故吏部尚书赵南星少保兼太子太保，諡曰「忠毅」。南星子清衡自庄浪戍所赦还，疏陈父冤云：『臣父南星素励风节，怀忠秉政。见忌群奸，必欲杀之而后快；矫诏命抚按提问追赃，凌辱备至，又用立枷暗杀。臣父及臣若非知府蔡官治委曲调护，性命万不能保，何以得睹天日，向圣明一诉冤哉！总之，臣父守正，为群小仇恨独深；臣父罹冤，较诸臣戮辱更酷。恳乞圣慈早赐赠恤并复臣廕，以慰忠魂』。上亦悯南星冤，悉从所请；并赠諡冯从吾、王纪、高攀龙、王图、杨涟、周炳谟、顾宪臣、魏大中、周顺昌、刘应秋等有差。逆奄当日欲杀诸臣，有罪不至死者，每用立枷毙之。奄党欲杀南星，授意山西巡抚郭尚友、巡按马逢皋两人——皆南星大计所斥者也，密嘱真定知府蔡官治；官治乃阳示荷较而阴脱之，自为橐饘，昼夜护持，南星父子得以不死。故清衡逢人，即流涕道官治更生大德云。
顺天府尹刘宗周言：『陛下励精求治，宵旰非宁。时举祖宗故事，召对文华殿；盖躬勤细务，朝令夕考，庶几太平立至。然程效太急，不免见小利而慕近功。今日所汲汲于近功者，非辽事乎？陛下锐意中兴，有囗囗囗。当此三空四尽之日，竭天下之力以养饥军而军愈骄，聚天下之军以冀一战而战无日；此计之左也。今日所规规于小利者，非理财一事乎？民力竭矣，司农告匮；一时所讲求者，皆掊克聚敛之术。近年并水旱灾伤一切不问，条列纷纷，展转病民。有司以掊克为循良，而抚字之政绝；上官以催征为考课，而斥陟之法亡：皆言利有以启之也。功利之见动，而庙堂之上不胜其烦；于是名实相溷，法令滋张。顷者严赃吏之诛，自执政以下坐重典者十余人，可谓得救时之权；然贪风不尽息也。贪风之不息，由于导之者未尽善也』。其后国事决裂，尽如宗周言。
是月，巡抚陕西右佥都御史刘广生奏报：雒川县曹店村、宜川县龙耳嘴各贼混天王、王子顺等千余人掠韩城之龙门渡，守将失利；督粮道参政洪承畴同抚院中军李满、都司艾穆、千总费邑宰击破之，贼走清润。
冬十月戊午，进袁崇焕太子太保。
庚午，召见宣大总督魏云中于文华殿。
戊寅，清兵入大安口，杀参将周镇——镇，世禄子也；分入龙井口，游击王纯臣、参将张安德败走；又分入马兰谷，参将张万春降，山海关总兵赵率教以兵出援。先是，蓟镇塞垣颓堕，又汰兵，军伍益缺；而三卫属部，清已尽收之。至是，大举临边；巡抚顺天右佥都御史王元雅遣将援马兰谷，兵溃。己卯，围蓟州。
河套憨干儿骂犯宁夏，总兵尤世禄击斩之。
十一月壬午朔，京师戒严。
河南府推官汤开远上言：『皇上急于求治，诸臣救过不给。临御以来，明法敕罚，自小臣以及大臣与众推举或自简拔，亡论为故为误，俱褫夺戍配不少贷，甚则下狱拷追。凡于刑乱国（？），用重典矣。故诸臣欲奉公营职而虑及天威不测，梦魂亦惊，耳目俱荧；欲鼓豪杰之气奏精勤之理，不亦难哉！至在外诸臣惕于参罚之严，一切加派、带征、余征，将无民矣；民穷则易为乱。皇上宽一分在臣子，即宽一分在民生。如此，诸臣幸无罪矣。臣尤望皇上宫府之际，推诸臣以心；进退之间，与诸臣以礼。申谕中外法守，勿畏勿怵；锦衣禁狱，非有寇贼奸宄不可入：而谓大小臣工不图报安攘者，未之有也』。
丙戌，清兵围遵化；遵化人内应纵火，诸军各奔救，众溃，巡抚右佥都御史王元雅自缢；遂进兵又取抚宁。
召廷臣平台，问「方略」；命廷臣署举分曹谘试。
丁亥，都督总兵官满桂以五千人入援；上召赐玉带、貂裘，封东平侯。
三屯营副总兵朱来等夜遁。总兵朱国彦忿甚，榜逃将名氏于市，散赀享士；北拜，同妇张氏自经。
戊子，巡抚四川都御史张论至泸州，水西安位乞降。
己丑，谕诸臣率家人协同城守。
召户兵大臣、锦衣卫官于平台。
以吏部左侍郎成基命为礼部尚书兼东阁大学士，直文渊阁。
特命孙承宗以兵部尚书兼中殿极大学士，督理兵马，控御东陲，驻通州；起家，陛见。
袁崇焕入蓟州，以故总兵朱梅、副总兵徐敷奏等守山海关，参将杨春守永平，游击满库守迁安，都司刘振华守建昌，参将周宗武守丰润，游击蔡裕守玉田；昌平总兵尤世威仍还镇，护诸陵；宣府总兵侯世禄守三河。保定总督刘策兵亦至，令还守密云。
辛卯，遣干清宫太监王应朝监视行营。
都督山海关赵率教入援；清兵于遵化逆战，率教败没。
翰林院庶吉士金声奏：『通州、昌平为京师左右翼，宜以重兵掎角；而天津漕粮并集，防御尤急。恐将士不足任，有草泽义士曰申甫，朝士多知之，屡荐未用；顾仗陛下威灵，同申甫练敢战之士为陛下杀贼』。上从之。申甫，本游僧，善小术；尝夜观干象云：『木星入太微垣帝座前，患在踰旬』。声疏入，立召见，利口称知兵；授都指挥佥书、副总兵，遂作战车。
上闻援蓟兵入城，命阁臣谕兵部议营城外，联络掎角；令勳戚大臣同给事中御史监守城门。
兵部尚书王洽下狱。洽不习边事，闻警仓皇，无以应；遵化陷，再日始得报。上怒其侦探不明，故罪之。
清兵值辽兵于马伸桥，战不利。
以都城悬帘狭薄，下工部尚书张凤翔及主事史维堡、唐昌世于刑部狱。
以申用懋为兵部尚书。超擢翰林院庶吉士刘之纶为兵部右侍郎，协理京营戎政。以金声兼山东道御史，监申甫军。
令总兵满桂、王威、黑云龙御囗，宣大总督魏云中、宣府巡抚梁廷栋、保定巡抚刘策、河南巡抚范景文、山东巡抚王建义、山西巡抚耿如杞皆入援。诏应天、凤阳、陕西、郧阳、浙江各省直巡抚俱勤王入卫。
癸巳，清兵破石门驿，袁崇焕移营城外。初，以二百骑尝崇焕，崇焕军闻炮遽退，竟日不见一骑。
甲午，清兵将西越蓟州，崇焕引兵西拒之；攻蓟州，取玉田、三河、香河、顺义诸县。
丁酉，孙承宗入朝，袁崇焕抵左安门。时戒严，报不即入；漏下，始驰奏薄城下。都人竞谓崇焕召囗；上心动。已，满桂、侯世禄等皆至京。
戊戌，遣太监冯元升核军毕，诏下户部发饷；又命太监吕直劳诸军。
己亥，赐崇焕玉带、彩币六，祖大寿玉带、彩币四；余大将各绯蟒衣一袭。
户部给各军刍粟；已饥再日，私掠。
令参将刘天禄夜袭虏营；至高密店知有备，不得入。
谕襄城伯李守錡协理京营戎政，兵部尚书李邦华、右侍郎刘之纶经理守御事宜。特命徐光启、李建泰指挥训练。
庚子，清兵大至，侯世禄、满桂俱屯兵德胜门；世禄退避，桂独战。城上发大炮，误伤桂兵殆尽；桂负创，卧关将军庙。袁崇焕令都司戴承恩择地广渠门，祖大寿阵于南、王承胤等阵西北、崇焕阵于西待战。午刻，有骑兵突东南，力战稍却；承胤竟徙阵南避。游击刘应国、罗景荣、千总窦浚等帅兵追虏于运河，虏酋精骑多冰陷，所伤千计；京兵亦伤失数百人，夜收兵。上赐酒食劳军。
诏募勇力智略之士及出奇能劫虏营、焚攻具者论功叙赏，一无所靳。
壬寅，开得胜门瓮城，屯满桂余兵。
癸卯，清兵徙屯南海子。薄暮，有旨趋督师进兵。
甲辰，召袁崇焕、祖大寿、满桂、黑云龙及兵部尚书申用懋于平台。崇焕不自安，留中使于营，自青衣玄帽入；至朝中，张皇囗囗惧朝臣冀成款。及见上，上慰谕久之。崇焕惧上英明，终不敢言款，第力请率兵入城，不许；赐貂裘、银盔甲。满桂解衣示创，上深闵之，命与同出。
丙午，袁崇焕求外城屯兵如满桂例，并请辅臣出援；不许。
丁未，清兵攻南城。
戊申，袁崇焕遣乡导任守忠以五百人持攻潜攻清兵于南海子，清兵稍退。
庚戌，召大臣于平台。
是月，巡抚陕西刘广生奉命入援。适子疹，对洪承畴、刘应遇而泣；留八日，始行。至陕州，上命驰谕广生，令急歼流孽，不必入卫。时大盗混天王等扰延川、米脂、清涧等县，复召前总兵杜文焕使剿之。
十二月申亥朔，司礼太监沈良佐、内官太监吕直提九门及皇城门；司礼太监李凤翔总督忠勇营，提督京营。
召袁崇焕、祖大寿、满桂、黑云龙于平台。崇焕方遣副总兵张洪谟等蹑囗，闻召议饷，乃入见；上问以杀毛文龙，今反逗留，何也？不能对。命下锦衣狱。赐桂等馔，随太监车天祥谕慰辽东将士；命满桂总理援兵、节制诸将，马世龙、祖大寿分理辽东兵。
桂前被流矢，视之，皆袁军矢也。崇焕按兵不动，物论藉藉。是日，清兵移营而南。
壬子，清兵围固安，知县刘伸遁走雄县。
李守錡奏：城上悬帘未备；命杖工部郎中许观吉、管玉音、朱长世、周长应，下锦衣狱。观吉、长世创重卒。
癸丑，皇次子慈烜生。
甲寅，给申甫新兵。时甫所募多市丐，金声轻信之，欲倚为用；识者知其必败云。
辽东兵溃。辽兵素感崇焕恩，满桂与祖大寿又互相疑贰，大寿辄率兵归宁远，远近大骇。
孙承宗上言：『辽东兵溃约万五千人，自通州南趋张湾。臣闻之，急以手札慰谕祖大寿，并传檄三军，令游击石柱国力谕诸将校；将校多垂泪曰：「主帅已戮城上，又以火炮歼我，故逃避至此」！臣思大寿危疑之甚，又以身贵不能受制同列，故乘吏卒惊疑，全军尽溃陷，人以自护；非诸将尽叛也。急宜敕关内、关外两道慰谕将领，解散士卒，大开生路以收人心』。上从之。大寿抵山海关宣圣谕，吏卒乃安。
禁抄传塘报。
癸亥，清兵夜传令固安趋诸部合战，明日出良乡。
甲子，孙承宗至山海关。
御史高捷劾大学士钱龙锡曰：『袁崇焕罪案自定，臣不必言。独发纵指示之龙锡，不胜伤心之痛！前逮崇焕时，大寿口不称冤，两日后遂扬去；此非龙锡与崇焕挑激之哉！崇焕之杀毛文龙也，龙锡密语手书，往来不一，可覆案也。又崇焕与王洽书，言「关东款议，庙堂主张已有其人。文龙能协心一意，自当无嫌无猜；否则，斩其首，崇焕当效提刀之力」。伏乞推原主谋者，以慰边士心』。上曰：『辅臣佐理忠顺，卿无多言』！壬申，钱龙锡引疾去位。
丁卯，设文武经略，以梁廷栋、满桂为之，各赐尚方剑，营西直、安定二门。桂始屯宣武门瓮城内，谓援寡未可战；中使趣使亟战，桂不得已，挥涕而出，以五千人同孙祖寿等战安定门外，俱败没，麻登云、黑云龙被执。申甫以七千人战柳林、大井、芦沟桥，亦败没：都人大惧。
癸酉，巡抚山东都御史耿如杞、总兵官张鸿功援兵溃于良乡。
清兵破张湾，守备房可宗遁。
乙亥，总兵官马世龙遇清兵，战于良乡；进世龙武经略，赐尚方剑。
丁丑，清兵入香河，杀知县任光裕；攻三河，不克。戊寅，攻宝坻，知县史应聘拒之。
进礼部侍郎周延儒、何如宠、钱象坤为礼部尚书兼东阁大学士，直文渊阁。
清兵入玉田，知县杨初芳降。
庚辰，兵部右侍郎刘之纶求入通州，户部主事林弘衍、参将魏都梁不纳；即纵兵道掠。
追恤故经略袁应泰——以殉辽阳之难；予祭葬，赠諡。
