三十七年正月，倭仍连艘环泊梅花、定海等处，戕杀男女，备极惨毒。所掠富家儿，揭名于路，令以数百金行赎则放还。沿海庐舍，焚燎一空，春燕归，巢于林木。
三月，诏锦衣卫官校逮系巡抚福建右副都御史阮鹗赴京，以言官劾其刮民间金帛赂贼故也。阮自浙参政超拜其地巡抚，寻移镇闽，实意不在兵，未一年所费闽库银六十余万。
夏四月，闽各县李树上生桃，福清县有猪蜕彀色如丹。
四月，倭蹂连江，逾北岭，复逼会城，转攻福清县，陷之。执知县叶宗文，劫库狱，杀虏男女无算，焚官民廨舍一空，训导郭中涵、举人陈见死焉。
三十八年，倭由福宁寇福州，城门昼闭，遂掠近郊，陷永福而遁，义士谢介夫战死。介夫，长乐人，故吏也，好勇喜侠，前岁倭屯城南门外，日暮酒酣，皆投戈熟寝。介夫结死士欲夜袭其营，阮巡抚意在和倭，乃痛箠之。介夫既挫，村野居民虽得贼首级，无敢报矣。阮巡抚逮去，有司复遣介夫追贼，竟为所杀。时有福清夏叔慎亦战死。
五月，倭攻福清，巡按御史樊献科劾巡抚都御史王询、参将黎鹏举失律，夺俸抵罪有差。
三十九年，倭舟尚屯沿海，刘巡抚焘下令大开城门，往来不禁，亲率兵追贼于闽安镇。刘精骑射，家蓄健儿数十辈，俱习战。贼素慑其威名，遁去。
四十年，倭寇泉州，分其党围福清。广兵王凤等作乱，自江西渡关，欲乘虚窥福州，至茶洋，闻有备，不敢下，刘巡抚单骑谕之，还所虏男女七百余人。
四十一年正月朔，地震有声。三月，三卫军郭天养等作乱。先时，巡抚囗震得遣兵往古田山寇，通判彭登瀛与指挥王毫争礼不相得，师旋无功。彭通判委罪于指挥，巡抚怒，斩队长四人。三卫军因阅校场，大哗，侮辱监军副使汪道昆，围之，自旦至暮。马侍郎森、陈参政元珂出谕乃定。
八月，倭攻福清，围未解，游巡抚告急于浙江，总督胡宗宪遣戚参将继光率戴都司冲霄、把总胡守仁等兵万人，由间道趋闽。戚御兵有律，所过秋毫无犯。福清民大悦，家具簟食饷兵，人屯于城，夜半出击贼，斩首千余级。贼退屯牛田，泥涂数里，以官军不能至。继光忽下命人负草一束，将领不知所为，明晨疾驰贼营，以草填地。贼愕，奔遁，赴迳江，死者万计。
十月，卫军郭天养等再作乱。以藩司勾算月粮，众噪聚鼓楼前，公署皆闭。天养等益骄，突入龚祭酒用卿家，斧其柱。莆田黄侍郎太用新构将军山居，毁之。马侍郎森复出谕，乃散。
四十二年，大将戚继光大破贼于兴化。既解其围，遂分别将趋福州，合击长乐贼，破之，斩首二百余级。倭屯海上者尽遁，残寇五百，由北岭窥会城，千总胡世兵驱之，多赴海死。先时，倭为闽患累年，华亭徐相公忧之，荐刘巡抚，又不合于严相，病免，闽乱益滋。山寇起，卫兵骄，人情汹汹，莫保其生。至是徐相得专政柄，适倭陷莆，乃与兵部杨尚书博，谋超拜谭参政纶为御史大夫，又以巡按福建御史李邦珍屡荐戚继光战功，用为总兵，发南京库帑二十二万两助饷。谭巡抚至，以戚麾下千人自卫，始申法令。时粮储为戚囗囗召乱军郭天养囗之，三卫股栗。山海诸寇，遣诸将以次讨平。由是流亡复业，闽人始甘食其土矣。故议者谓勘定祸乱，虽诸将戮力，若非仰赖世皇帝之知人善任，其成功未必若是之速也。盖真所谓：“其备不在边疆，而在囗朝廷”云。
四十五年正月朔日，地震。
隆庆元年，诏蠲福州府逋税。
万历二年八月，昼暝，空中有声如雷，地大震，方山巨石坠于田。
五年，巡抚庞尚鹏奏蠲福州府军饷未输者数万两。
六年五月，大水，侯官、怀安稼损十之八。是秋大旱。
七年正月，丈量官民田亩。先是升平日久，田亩冲崩及里胥飞洒，各县浮粮难以数计。巡抚刘思问奏请丈量，报可，乃沿丘履亩，逐一清丈。然奸猾舞文，其害尤甚。不过取足原额而已，阎闾之病未廖也。
三月，裁怀安县，并入侯官县。
六月，新作贡院成。六年，给事中萧崇业册封琉球，暂为使馆，家人弗戒，毁于火。至是重建东西号舍，始改砌以砖。
十八年正月，不雨至八月。
十九年夏，大旱。
二十年三月二十五日，有星陨于闽县东南者三。
二十一年，闽县知县王仰为家奴毒死，仰子廷试手杀家奴三人于城隍庙。
二十二年二月，不雨至夏五月，谷涌贵，饥民大噪，掠劫城中，越三月乃定。先是岁比不登，至三四月间，斗米百钱。仓有备赈谷数万石，知府何继高执以先经报部，不肯发，而巡抚许孚远又下令抑民短价和籴。东门李章以卖米为活，有陈七者向李求籴，勒从短价，李与争，遂至相殴，观者塞道。李家素饶，饥民乘机尽掠之。巡抚遣坐营古应科往谕，不听。是夜，无赖啸聚群集，首攻仙塔许家，去军门仅数武，喧声如雷。巡抚惊缩，莫敢问也。一夕遂连掠十数家。明日，布政使管大勋、兵备佥事张乔松出道上，见众汹汹，相顾仓皇，力求抚院宽其讨。于是众益肆，而邓三、吴和尚等跳梁无忌，通国之户昼闭矣。越三日，乱未已，始部浙江巡城中，缚行劫者馘以徇，仍发仓廪，众乃安戢。后巡抚金学曾至，奉旨斩邓三等于市。
二十七年，督矿税太监高宷至。
二十九年八月，九仙山新台毁。初，内使建台于九仙山之巅及乌石山之麓，形家以为非宜，后诸生以关路毁其亭，寻复建。三十九年，抚院丁囗言之内使，遂撤去。
三十年七月，飓风作，长乐渡舟覆，溺死三十余人。
八月二十五日夜，长星亘天，头大红色，尾尖白色。
三十二年十一月初九日，地大震，有声。时方夜，动摇不止，屋若将倾，人争惊避，墙垣多颓塌，江浙之震皆然。
三十四年八月初七日，大风，阳岐江五舟并覆，溺死千余人。是时，兴、泉、漳三郡生儒就试，不得入，急欲发舟，舟人止之，不从，中流起风，五舟俱覆，乃讹以为峡江，误也。
三十六年夏五月，大饥。时连年荒旱，巡抚徐公学聚给引招商，听其兴贩。于是商贾转运，鳞集江干。谷价虽腾，民鲜饥色。故江淮苏松之米浮海入闽，自徐公始也。民受其赐大矣。
秋九月，闽县鼓山石崩，有声如雷。
冬十一月二十二日，东门守门军苏九郎妻郑氏一产二男二女。
十二月十七日已时，布政司火药库火。库四旁皆隙地，锁扃甚严，中有佛狼机大铳数门，忽火自内出，奔突冲击，人皆惊仆，满城屋瓦尽震。
三十七年五月二十六日，大水入城。本年五月二十四日，建宁蛟水发，冲坏城郭，漂流庐舍，压溺男女以数万计。是日，延平之将乐、顺昌等县蛟水亦发，所荡村落悉为丘墟。二十六日，澎湃而下，势若奔马，倏忽间，会城中平地水深数尺，郭外则丈余矣。一望氵弥漫，浮尸败椽，蔽江塞野，五昼夜不绝。故老相传以为二百年来未睹也。水皆卤浊色，人不敢饮于江者浃月。当事以异灾闻奏，请囗蠲赈。然是时水旱遍宇内，朝廷亦不能每人济矣。
八月，大雨。初六日，乌石山崩。山南有新立阮公祠近仁王寺，是日雨暴山崩，祠尽毁，压死者数人。
是月，风雨弥旬。初六日，贡院内水深数尺，文场垣舍倾坏，巡按御史陆梦祖改初场试期，至初十日始入试。
三十九年，改大田驿官路由扈屿至仙岐渡江抵阳岐入省。寻又改从吴航过江。
四十年二月十一日，大风，马江渡覆，死者百余人。
论曰：《春秋》，鲁国史耳。然上下二百四十年间，灾异必书，垂鉴戒也。其所谓礻几祥而大有年而已，非若后世之芝房兴歌，宝鼎纪瑞也。余记闽事，窃以前车戒焉。夫禹汤水旱，郅治之世不能免也。顾早图豫计，即九年水七年旱，不为忧矣。闽省僻在南服，地狭民稠，水耨火耕，仅足糊口，一逢旱涝，将朝夕之不给是虞，安所望卒岁哉？曩在甲午，饥馑相仍，士大夫有廑桑梓忧者，告于大中丞敬庵许公，曰：“救荒无奇，其备在豫。”中丞公以为迂也，笑而不答。居无何，而民变告矣。余言父老言“甲午之饥，不甚于嘉靖甲辰也”。甲辰之按闽者，为东粤古林何公，高价招商，兴贩云集，粜渐以平，是岁饥而不害民，至今德之。若甲午，则官靳于发，棠民抑其减籴，是所令非所好，直教之乱耳。昔宋范文正公浙西救荒，价听其翔涌，俾四方商贾逐利竞趋，谷渐增则价渐短矣。若减价以救荒，犹抱石而拯溺也，亡其何日之有？盖中丞公夙以道学鸣，迨建节也，日谈性命，民务鲜关其衷，故一遇变生，莫知所应。呜呼！时值卧鼓息烽，尚可哆口高论，假令戎马生郊，其去佛门诵经有几哉？今故不讳言之，愿后之秉诠者，勿以唇吻性命之伦，轻莞海国封疆之寄也。
