康熙五年丙午（一六六六）春正月丁未（二十六日），福建总督李率泰卒；遗奏：『闽海余氛远窜台湾，奉旨撤兵与民休息，洵为至计。惟是将众兵繁，若撤之太骤，不无惊惶；太迟，又恐贻患。目下当安反侧之心，日久务防难制之势。红毛夹板船虽已回国，然而往来频仍，异时恐生衅端。闽省兵马、钱粮专望协饷，倘若外解不周，即有意外之虞。至数年以来，海禁甚严，迁移之民尽失故业；宜略宽界限，俾获耕渔，稍苏残喘』。得旨：『李率泰原以才能，蒙世祖章皇帝特简浙闽总督。自任总督以来，克副简任之意，殚力报效；剿抚贼寇，多建功绩。且忠清素着，正资调度料理。今以久任岩疆，积劳病殒；深可悯恻！应得恤典，着察例具奏。余着该部议奏』。
己酉（二十八日），以张朝璘为福建总督（原任江西总督）。
二月庚午（十九日），以平广东碣石卫逆贼苏利功，增给平南王尚可喜俸银一千两。
夏五月丙午（二十六日），命定南王孔有德婿孙延龄为广西将军。
秋七月壬辰（十三日），浙江总督赵廷臣奏：海逆郑锦下伪都督李顺率伪官、兵船投诚。命授都督同知衔。
九月辛卯（十四日），兵部议覆：『广东镇海将军王国光奏：海贼驾舶七十余只突犯甲子所港口，总兵官许龙败之。其水师提督常进功等因修造船只，未及追击，分别降罚』。得旨：『甲子所港口系极内之地，七十余贼船直入，提督常进功等假托修船，不亲领官兵剿灭。尔部见议浙江提督总兵官见海内贼船四只，不亲领兵追赶，俱降二级；今以七十余只之贼船直入内地，不行剿灭，止议提督罚俸一年、总兵降职一级。尔部所议轻重，任意颠倒徇情，殊为不合！其常进功等议罪尚轻，着另议』。寻降常进功二级，照旧管事；张国勋降二级调用。
康熙六年丁未（一六六七）春三月丙申（二十二日），以祖泽溥为福建总督（原任山东总督）。
夏四月丙午（初二日），户部议覆：『海上投诚郑世袭奏请给还伊父郑芝龙原产，查此系已经入官、估价变卖之产，不便准给』。得旨：『此项田产，仍着给与郑世袭』。
五月己酉（初六日），兵部遵旨议覆：『海澄公黄梧归顺之后，攻剿招抚，着有劳绩。所得公爵，应准其袭替』。得旨：『海澄公黄梧投诚之后，攻取闽安镇、克复厦门，招抚投诚兵丁，实心效力，屡着劳绩。着授为一等公，准袭十二次』。
辛酉（十八日），平西王吴三桂以目疾求解云、贵两省事务。得旨：『王久镇岩疆，总理两省，勋劳茂着，倚毗方殷。览奏知两目昏瞀，精力日销，皆因事繁过瘁，深轸朕怀！云、贵两省事务应作何管理？着该部议奏』。寻议：『吴三桂以目疾辞两省事务，已奉谕旨；应将该藩所管各项事务，照各省例责令该督、抚管理。其大小文官，亦照各省例由臣部题授』。从之。
秋九月丁卯（二十六日），云南贵州总督卞三元、提督张国柱、李本深合词请平西王吴三桂仍总管滇、黔事务。得旨：『该藩以精力日为销减奏请，故照所请允行。今地方已平，若令王复理事务，恐其过劳，以致精力大损。如边疆地方遇有军机，王自应料理。该部知道』。
康熙七年戊申（一六六八）春二月辛未（初二日），广东提督常进功奏：『逆贼魏韬啸聚朝阳海面，臣会同左翼总兵官于奋起搜剿；康熙六年十月，大败贼众，获伪参谋吴俊、亲信陈阿五等，贼渠弃舟潜逃』。下部知之。
夏四月辛卯（二十三日），海澄公黄梧奏：『海疆底定，非昔日强寇出没可比。福建全省之兵并归经制，独同安城守一营官兵尚属臣标。请将城守营副将一员、兵一千名悉归经制，听总督、提督管辖』。从之。
六月丁亥（二十日），平南王尚可喜奏：请遣子之信入侍。允之。
康熙八年己酉（一六六九）春二月丙辰（二十三日），以刘兆麒为浙江福建总督（原任四川总督）。
十一月癸巳（初四日），兵部议奏：『福建水师提督施琅自海上投诚，授为右都督。今已归入镶黄旗，应照例改为精奇尼哈番。但施琅投诚后劳绩甚多，请加伯衔』。从之。
康熙九年庚戌（一六七○）春二月甲申（二十六日），叙克取铜山、金门功，授福建随征总兵官一等精奇尼哈番王之鼎为三等伯。
夏四月乙巳（十九日），以刘斗为福建总督（由甘肃巡抚迁）。
冬十月丁亥（初三日），浙江福建总督刘兆麒奏：伪宁远将军林伯馨、伪都督施轰率伪官百四十四员、兵千六百九十名、船三十只自台湾赴浙江投诚。下部议叙。
庚熙十年辛亥（一六七一）春正月戊辰（十六日），靖南王耿继茂奏：『臣父子、祖孙受国厚恩，忝列王爵；捐躯报效，乃臣职当然。乃臣自去年八月至今，旧疾日剧；闽省滨海重地，盗贼蠢动不测，病躯岂能料理。臣长子耿精忠侍从多年，在臣军前阅历又经四载，尽堪报效；伏祈恩赐管理军务，俾祗奉简书，以任国事』。得旨：『览王奏积劳成疾，情词恳切；准伊子耿精忠暂管军务，王仍加意调理痊愈，副朕倚任至意』。
夏六月丁未（二十八日），以故靖南王耿继茂子和硕额附耿精忠袭爵。
秋八月乙酉朔，福建总督刘斗奏：『海寇自撤水师之后，帆樯出没，侵犯靡常；甚至在各岛屿盖造房舍。臣等密商机宜，配发水陆官兵陆续搜剿，今已搜剿六十余岛，斩溺贼众五千三百八十余人』。
冬十月乙未（十七日），靖南王耿精忠奏：台湾伪总兵柯乔栋率伪官五百四十九员、船十一只投诚。下部议叙。
十一月壬戌（十五日），平南王尚可喜以疾奏请其子之信回粤暂管军务。从之。
康熙十一年壬子（一七六二）冬十月壬子（十一日），以范承谟为福建总督（由浙江巡抚迁）。
康熙十二年癸丑（一六七三）春三月壬午（十二日），平南王尚可喜奏：『臣年七十，精力已衰，愿归老辽东；有旧赐地亩、房舍，乞仍赐给。臣量带两佐领甲兵并藩下闲丁、孤寡、老弱共四千三百九十四家，计男妇二万四千三百七十五名口。其归途夫役口粮，请敕部拨给』。得旨：『王自航海归诚，效力累朝，镇守粤东，宣劳岁久。览奏年已七十，欲归辽东，情词恳切；具见恭谨，能知大体，朕心深为嘉悦！今广东已经底定，王下官兵家口作何迁移安插？议政王大臣等会同户、兵二部确议具奏』。
辛卯（二十一日），吏部议覆：『平南王尚可喜奏：臣年老且病，请以王爵令臣子尚之信承袭。查藩王见存子无移袭之例，应无庸议』。从之。
丁酉（二十七日），议政王大臣等议奏：『平南王尚可喜奏请复归辽东，应如所请。但该王之子尚之信仍带领官兵往居粤东，则是父子分离，而藩下官兵父子兄弟宗族亦至分离。今粤省已经底定，既议迁移，似应将该藩家属兵丁均行议迁。惟广东左、右两营绿旗官兵仍留该省作何归并之处？交兵部另议』。从之。
夏四月甲辰（初五日），兵部奏：『平南王藩下向有绿旗左、右翼总兵官二员，游击、守备、千总各八员，把总十六员，兵六千名，俱驻扎广州府。今平南王尚可喜父子已令迁移，此缘旗官兵应仍留广州府，令广东提督管辖；其官员升转，亦照各省缘旗官员例』。从之。
秋七月庚午（初三日），平西王吴三桂奏：『臣驻镇滇省，臣下官兵家口于康熙元年迁移、至康熙三年迁完。虽家口到滇九载，而臣身在岩疆已十六年。念臣世受天恩，捐糜难报；惟期尽瘁藩篱，安敢遽请息肩。今闻平南王尚可喜有陈情之疏已蒙恩览，准撤全藩；仰恃鸿慈，冒干天听，请撤安插』。得旨：『王自归诚以来，克殚忠盖，戮力行间，功绩懋着；镇守岩疆，宣劳岁久。览奏请撤安插，着议政王大臣等会同户、兵二部确议具奏』。
丙子（初九日），靖南王耿精忠奏：『臣袭爵二载，心恋帝阙。只以海氛叵测，未敢遽议罢兵。近见平南王尚可喜乞归一疏已奉俞旨，伏念臣部下官兵南征二十余年，仰恳皇仁，撤回安插』。得旨：『王祖父以来，世殚忠盖，戮力行间，功绩懋着；及王袭封镇守，劳着岩疆。览奏请撤安插，恭谨可嘉！今福建已经底定，王下官兵家口作何搬移安插？着议政王大臣等会同户、兵二部确议具奏』。
乙未（二十八日），议政王大臣等议奏：『福建今已底定，地方有防守官兵。靖南王既请自福建迁移，应将王本身并标下十五佐领官兵家口均行迁移』。从之。
八月癸卯（初六日），议政王大臣等议奏：『平西王吴三桂具题请撤安插，应将王本身并所属官兵家口均行迁移在山海关外，酌量安插。云南地方有土司、苗蛮杂处，不得稍疏防御；今既将王迁移，应暂遣满洲官兵戍守。俟戍守官兵到日，该藩起程。满洲官兵如何派拨及四营缘旗官兵作何归并？该藩沿途须用钱粮人夫等项，俱听该部详议』。又一议：『吴三桂镇守云南以来，地方平定，总无乱萌。今若将王迁移，不得不遣兵镇守。兵丁往返与王之迁移，沿途地方民驿苦累；且戍守之兵系暂居住，骚扰地方亦未可定。应仍令吴三桂镇守云南』。得旨：『吴三桂请撤安插，所奏情词恳切，着王率领所属官兵家口俱行搬移前来。其满洲官兵不必遣发；如有用满兵之处，该藩于起行时另行奏请，然后遣发。俟官兵到后，王来亦不至迟误。余依议』。
壬子（十五日），差侍郎折尔肯、学士传达礼往云南，户部尚书梁清标往广东，吏部右侍郎陈一炳往福建，经理各藩撤兵起行事宜。
乙卯（十八日），命侍卫传谕福建总督范承谟：『尔向有贤声，与他人不同。且福建边疆重地，海氛未靖；尔其益加勉励，副朕委任。于常例赏赐外，加赐衣帽及内厩鞍马一匹』。
壬戌（二十五日），议政王大臣等议奏：『投诚官兵慕化来归，若移驻别省，则离故乡；亲戚未免苦累。以后将投诚官兵停其移驻』。从之。
冬十一月己巳（初四日），平西王吴三桂奏：『臣部下官兵家口，三十年来蒙恩豢养，生齿日众；恳将赐拨安插地方较世祖章皇帝时所拨关外至锦州一带区处更加增廓，庶臣部下官兵均沾浩荡之恩矣』。得旨：『王所属官兵家口迁移远来，自应安插得所，俾有宁居，以副朕怀。此所请增赏地方，着速议具奏』。
十二月丙辰（二十一日），差往贵卅备办吴三桂夫船刍糗事务兵部郎中党务礼、户部员外郎萨穆哈驰驿到京，奏称：『云南贵州总督甘文焜向臣等言：吴三桂于十一月二十一日杀云南巡抚朱国治，以所部兵反。前差往搬移吴三桂家口侍郎折尔肯等被留，臣等星夜驰驿来京』。上召议政王大臣等面议曰：『今吴三桂已反，荆州乃咽喉要地，关系最重。着前锋统领硕岱带每佐领前锋一名兼程前往保守荆州，以固军民之心；并进据常德，以遏贼势。前往官兵若沿途住歇，秣马必至迟误；着派户部贤能司官于每日宿处齐备草豆应付。其陆续遣大兵征剿之处，着议政王大臣等速议具奏』。寻议奏：『派八旗、满洲、蒙古每佐领前锋各一员、护军各七名、骁骑各十名，汉军每佐领骁骑各五名，官员酌量兵数派出』。从之。
丁巳（二十二日），四川湖广总督蔡毓荣奏：『吴三桂反，伪称「天下都招讨兵马大元帅」，以明年甲寅为周王元年；贵州提督李本深叛应之。......』。
停撤平南、靖南二藩，召梁清标、陈一炳还。
以广西境邻贵州，授孙延龄为抚蛮将军、以线国安为都统，令统兵固守。
己未（二十四日），命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，总统诸将；贝勒察尼、都统觉罗朱满、鄂内、伯宜理布、觉罗巴尔布、护军统领伊尔度齐、额司泰、前锋统领硕岱，参赞军务；都统范达礼、王国诏、副都统鲁西巴图鲁、托岱、穆舒浑、希福、阿晋泰、肯齐、赫苏虎、济根特、祖泽纯、宜思孝、柯彝、赵赖等同往。
壬戌（二十七日），命都统赫业为安西将军，率兵同将军瓦尔喀等由汉中入蜀；护军统领胡礼布为副将军，偕署前锋统领穆占、副都统颜布往。
康熙十三年甲寅（一六七四）春正月庚辰（十五日），湖广总督蔡毓荣奏：『贼于十二月二十九日陷阮州，总兵官崔世禄被执；澧、辰路梗』。上命大将军顺承郡王勒尔锦于所领兵内每佐领先出骁骑二名，以都统一员领之；继都统巴尔布之兵，速往荆州。并令都统巴尔布、护军统领伊尔度济、额司泰等于所领护军内简选肥马，以护军统领一员领之；继前锋统领硕岱之兵；驰赴荆州。
己丑（二十四日），四川巡抚罗森、提督郑蛟麟、总兵官谭弘、吴之茂等以四川叛，降贼；声言将分路寇汉中，下夔州。命彝陵总兵官徐治都自常德仍回彝陵防守。
二月辛酉（二十七日），广东广西总督金光祖奏：『广西将军孙延龄反，杀都统王永年、副都统孟一茂等，执广西巡抚马雄镇』。
癸亥（二十九日），谕兵部：『江西一省，东接福建、南界广东、西通湖广，为三省要地；令前往兖州副都统根特巴图鲁、前往安庆副都统席布率兵速赴江西省城，原驻江宁副都统马哈达将自京所带甲兵移驻安庆。其察哈尔左、右两翼官兵于兖州秣马之后，左翼官兵赴江宁，听将军统辖；右翼官兵赴安庆，听马哈达统辖』。
