十八日（辛巳），谕军机大臣曰：『福康安等自攻克小半天后，该处距埔里社不远，各路分派之兵当早已会集，合力搜捕，逆首林爽文自必早就擒获，日内亦应有奏报擒渠信息；何以尚未见奏到？总之，逆首林爽文若于此数日内奏报擒获，方为妥协；设再迟延日久，恐逆首辗转潜匿，搜捕较为费力。此时福康安既已派兵在内山各隘口分路堵截，其内山东面大洋并无口岸，自无虑其逃窜；而北路又有熟番等帮同官兵堵截，亦难窜逸。惟向南一路山径毗连，或林爽文竟从此路逃窜，与庄大田聚合一处。该处俱属内地，不难分派官兵悉力剿捕，将贼目、贼首一并擒获。福康安惟当倍加奋勉，探明逆首逃往何路，跟踪追捕，立就擒缚，毋令乘间远逸；若首恶渠魁稽诛漏网，竟至全无下落，尚复成何事体耶！朕为此事日夜焦劳，着再传谕福康安务遵节次谕旨直入内山，将林爽文迅速拏获，毋得再事迟缓』。
十九日（壬午），谕曰：『全德奏：「据两淮商人江广远等呈称：台湾逆匪梗化，现在大兵进剿，克日荡平；商等志切同仇、心怀报称，情愿公捐银二百万两以备犒赏」等语。该商等因台湾贼匪荡平，同深欢庆；合词抒悃，输纳情殷。自应俯如所请，以遂其报效之忱。至该商等踊跃捐输，殊属急公；着该盐政查明咨部，照例分别议叙，以示奖励』。
二十一日（甲申），谕军机大臣曰：『福康安自十一月二十五日攻克大里杙后，迟至十二月初四日始由平林仔发兵；及攻克集集埔，在水里社擒获林爽文父母家属，又复延至十八日，始攻剿小半天，辗转稽迟。此必系福康安到彼听信恒瑞之言，以生番素称顽梗、犷悍异常，若官兵轻进，必致扰动生番、别滋事端；是以徐徐进兵隘口，惟事招致、悬立重赏，冀生番等自行擒献。殊不知此等生番可以威慑，而不可徒以利诱。况各社生番，岂能一一赏赉；其未经得赏者，又安能望其出力为官兵擒拏逆首耶！计小半天地方相距林爽文窜匿之埔里社埔尾，至迟不过三日路程，官兵即可到彼；若将逆首擒获，自必具折驰奏，计本月十七、八日即当奏到。今已阅七日，尚未据奏到；擒渠之信，又属无望！畏事之人称内山系生番地界，不种五谷，该处生番俱系打牲觅食；林爽文带领伙匪数千，即在彼潜匿，无从得食。但自林爽文窜入内山以后，于福康安前此发折时已阅二十余日，逆首等并未因人众乏食，尽皆饿毙；又岂可徒在隘口堵截！林爽文一日不获，即官兵一日不撤；经年累月，与贼相持。虽驻兵日久，经费亦属小事；但台湾地方一交三月，气候即已炎热，所调官兵内如屯练、贵州及别省兵丁素来不耐湿热，若至彼时尚在该处驻札，必致易生疾病，其气更馁。或林爽文闻知官兵不习水土、多有疾病，竟乘间潜出滋扰，或拦截官兵运送粮饷、火药之路，或将官兵前往府城道路中间拦截，关系甚重；皆不可不虑。况南路庄大田现在纠众肆扰，常青祗办自守，不能望其带兵剿捕；设林爽文又在北路逞其狡狯伎俩、牵掣大军，更复成何事体耶！朕意福康安此时与其在彼驻守，未能直入内山将逆酋实时擒获，岂可老师糜饷，不为改弦易辙之计！约计此旨到日已属二月中旬，如福康安已早将逆首擒获，带兵前往南路搜捕庄大田，固属甚善；倘福康安接奉此旨时尚未生擒逆首，不可不急思变计，竟当趁气候尚未炎热之时将各隘口官兵撤回，径趋南路，将贼目庄大田拏获，收复凤山，肃清道路。其北路一带转不妨示贼以隙，使林爽文闻知大兵业已撤去，或自内山逸出，希冀逃往他处自寻生路；则逆首窜入内地，转可易于搜剿。彼时福康安于廓清南路后，复移兵北向，四面截拏，拦其入山之路，自无难将逆首一鼓成擒。即使大兵撤后，难保林爽文不逃入内地复行煽惑；但此亦不足为虑。前此林爽文在北路及嘉义滋扰，各处村庄民人原俱被其煽诱迫胁；而大兵一到，无不立时歼除解散，纷纷奔溃。况林爽文当逃窜之余，岂能复行纠结！即使潜相勾引，该处民人已知官兵声势，岂肯一一听从！纵有听纠入伙者，亦断不能如前之多；官兵再行搜剿，自必如摧枯拉朽，易于扑灭，反可净尽根株：此事理之显然者。福康安如尚未拏获逆首，竟当遵旨而行，不必心存疑虑；倘更有何善计较此为胜者，亦不妨速行。总期大功克日告蒇，原不必拘执也』。
二十三日（丙戌），谕曰：『柴大纪往嘉义县剿捕贼匪，县城被贼围困数月，始终保守无虞；是以特沛殊恩，用昭懋赏。嗣据福康安奏其「为人狡诈，不可深信」；朕尚以柴大纪有守城之功，未便以无据空言加之罪谴。昨德成查勘海塘回京，据奏：「风闻柴大纪自复任台湾总兵，贪纵营私、废弛营务，并令兵丁私回内地贸易，激变贻误，玩视贼匪，种种酿成巨案」。朕以德成自浙回京，距闽不远，所闻必非无因；随降旨令福康安、李侍尧、琅玕各行查实具奏。旋据琅玕奏：「风闻柴大纪私令守兵渡回内地贸易，每月勒缴银钱；又驻守嘉义县时，系畏贼不出，并非实心守城」。本日又据李侍尧奏：「台湾戍兵多有卖放私回，以致缺额。其留营当差之兵，亦听其在外营生，开赌窝娼、贩卖私盐；镇将等令其每月缴钱，经年并不操演」。经李侍尧咨查，始据柴大纪开报现在戍兵实止共有七千五百名；此外，则以伤亡散失、无可查核为辞。观之，不胜骇异。又称：「前岁贼匪滋扰府城时，柴大纪恇怯不敢出城；经永福等面加诮让，始带兵出城」等语。用兵之道当赏罚严明；此次贼匪滋事，竟由柴大纪平日废弛贪黩积渐酿成，岂可以守城微劳置之不问。况柴大纪先在府城，既畏贼不敢出战；又移驻嘉义县时保护无虞，全系兵民之力。即所奏粮饷断绝各情节，亦多不实。而其贪劣各款现经查有确据，此而不严加查办，何以肃军政而儆官邪！柴大纪着革职拏问，交福康安逐一严审明确，定拟具奏。其福建水师提督员缺，着蔡攀龙补授；所遗员缺，着梁朝桂补授。至常青在闽年久，擢用总督亦有年余；柴大纪平日骫法侵渔、废弛营务，常青岂无所闻！且据李侍尧奏，于常青前往台湾时曾以该处戍兵缺少札知常青；是常青渡洋时，李侍尧亦必将柴大纪各款迹一并向常青述及。常青既抵台湾，见闻更确；况与永福、杨廷理朝夕相见，断无不将柴大纪各款向永福等询问，永福亦断无不详悉告知常青之理。乃常青竟无一字奏及，殊属昧良辜恩，有心徇隐。常青亦着革职，即交与福康安一并严审，据实具奏。其福州将军员缺，着魁麟补授。魁麟资格本浅，念其系尚书查弼纳曾孙，且人尚明白；是以加恩擢用。现在台湾剿捕事宜虽即日完竣，而善后各事正需人经理；魁麟即由驿星速前往台湾，随同福康安学习办理一切事务。所有四川建昌镇总兵员缺，着张芝元补授』。
谕军机大臣曰：『柴大纪贪纵营私各款，节经谕令福康安、李侍尧详悉查明，据实参奏。朕即向军机大臣言及，以李侍尧在闽浙总督任内已将一载，于柴大纪贪劣各款自必早有见闻；此次奉旨饬查，李侍尧祗可诿为未经查访确实，及军务紧急之时未便将柴大纪参奏，以文其从前不即参奏之过。今据李侍尧奏到之折，果不出朕所料。李侍尧受朕厚恩，不意其扶同徇隐竟至于此！福康安于具奏之初，虽未将柴大纪实在款迹据实指参；而朕因福康安既有此奏，始向德成查询，是柴大纪贪劣各款得以逐细究出，尚由福康安发其端。至李侍尧调任闽浙已及一载，且驻札厦门，常接台湾地方官禀报，较之邻省传闻更为确切。既据称「到闽时，即风闻戍兵多有卖放私回之事」；何以不即据实查参？此何等事而可从缓办乎！至其纵令兵丁在外营生，甚至开赌窝娼、贩卖私盐，更出情理之外；而柴大纪所报现存戍兵止有七千余名，此外藉称伤亡失散，委无可查，更不成话！此等情节，李侍尧即因彼时军务紧急、柴大纪正在守城，未能遽行参办，亦应将其在任款迹密折奏闻；俾朕得早知情伪，则当其防守嘉义时，朕即怜其出力，亦不致破格加恩，屡膺懋赏。今柴大纪既迭荷殊恩，其贪劣款迹始节次败露；是台湾逆匪滋事，竟由柴大纪平日贪纵、废弛营务牟利，酿成如此重案。朕因此宵旰焦劳，筹办军务，经年尚未蒇事；而各省派调官兵、接济粮饷所费不赀，且地方百姓受贼戕害扰累者更不可胜计。设非朕留心询访，节次降旨令将柴大纪款迹查参，李侍尧必致始终缄默不言；最此等贪污酿变之人不但幸免重戾，且冒受渥恩。李侍尧瞻徇容隐之罪，尚复何辞！又，柴大纪经杨廷理诮让，始带兵出城。李侍尧既知柴大纪有如此恇怯畏贼情事，何难即向永福、杨廷理确切札询并将其在任各款一一访查得实；而折内尚称「其在盐埕桥打仗及克复诸罗县城最为出力，前此所闻又似难以尽信」，为之含混支吾，以掩饰其从前不及早参奏之非，岂能逃朕洞鉴乎！又据称：「柴大纪固守待援，不肯舍士民而出，实心服其为人」等语。前据福康安札知军机大臣，以柴大纪守御县城并非伊之力量，城中粮食并非断绝；其不肯出城一节，亦系义民等不肯将伊放出、伊亦畏贼不敢出城等语。是此次李侍尧所奏又有讹淆，更不得藉称柴大纪有守城微劳，竟置之不办也。着福康安即传永福、杨廷理二人面加询问，逐一根究；并着将柴大纪贪劣各款据实严参，候朕另降谕旨』。
又谕：『前此台湾贼匪攻扰嘉义时，经常青派令魏大斌、田蓝玉、蔡攀龙先后带兵前往援应，途中遇贼拦截，随征兵丁多有损失。又，贵林、杨起麟由盐水港、鹿仔草前赴嘉义，遇贼被害，所带兵丁俱为贼匪冲散。又，郝壮猷在凤山失事，驻守兵丁亦俱溃散，后又有陆续投出者。已节次谕令福康安、常青、李侍尧查明具奏。此等兵丁奉派随征及防守县城，一遇贼匪攻扰，即纷纷散失，绿营恇怯积习最为可恶！此内除自行投出外，其余散失兵丁，未必尽系被贼戕害；或临阵脱逃、潜匿不出，甚至投入贼党助贼抗拒官兵，皆所必有。自应严切查明，分别核办。计此旨到日，剿捕事务自当早已完竣；着福康安等即将前此屡次散失兵丁，除陆续投出外，实在阵亡者若干名？查明确数，交地方官上紧缉拏。其从贼之兵，情罪更重于从贼之民；拏获时，尤应从严办理。至福康安「攻克小半天」一折，系十二月十九日拜发，距今已逾一月；如尚未有擒获贼首信息，则是生番等狡犷性成，始终不肯将林爽文献出，福康安徒事招赏，殊属无益！昨已有旨令福康安等将各隘口之兵撤回，前赴南路将贼匪搜剿净尽；再移兵向北，擒拏逆首。计节次调派各省驻防绿营官兵并屯练降番及台湾额兵约有六万，即其中有伤亡损失者，存兵尚不下四、五万，足敷剿捕之用；即直进内山，亦何所虑！福康安择其精锐带往南路，随营剿贼；其鹿仔港、盐水港、鹿仔草各要隘处所，亦着派二、三千兵分投驻守。其余伤病残废之兵若概留该处，既不能得力，且须给与口食并转需人看守，殊属无益；着福康安等细加酌量，将此等无用之兵先行送回内地，既可以挑出冗兵，又可节减繁费。此旨到日已属二月中旬，该处气候已渐炎热，官兵在彼难以久驻；福康安等务须悉心筹划，设法赶办，毋又致师老力疲，蹈常青等之辙』。
