十九日（戊申），谕：『前因台湾贼匪剿捕完竣，但该处民情剽悍，虽经此一番惩创，恐事过即忘，不足令其怵目儆心，常思安分；特令于台湾建立福康安、海兰察等生祠，俾民人望而生惕。昨据徐嗣曾奏：「台湾应建生祠，拟于御碑亭后附连建盖」。因思福康安、海兰察等带兵渡台剿贼，固属有功；而李侍尧在泉州、厦门一带办理军需、始终无误，徐嗣曾前赴台湾帮办善后一切亦为妥协，且督、抚为守土大员，若不得与带兵之将军、参赞等同沐褒功之典，亦恐该处民人意存轻视。李侍尧、徐嗣曾，着准其一体列入。俟生祠建竣后，所有设立木牌，福康安自当居中，其左则海兰察、右则李侍尧，左次普尔普、右次鄂辉，左再次徐嗣曾、右再次舒亮；并将御制功臣生祠志事诗一首缮写清、汉字发往，一并刊泐碑旁，以示朕优奖勤劳至意』。
——见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千三百十一。
九月初二日（庚申），谕：『刑部议覆李侍尧「查办台湾海口得受陋规文武各员，将上淡水同知、都司并鹿仔港未设口岸以前之同知、守备等员问拟绞候，其余得受陋规各员俱问拟新疆」一折，此案上淡水及鹿仔港未设口岸以前，例禁商民出入；乃该管文武各员并不严行查禁，辄敢收受船户陋规，较之通商口岸得受规银者情节较重。该部议覆照得受枉法赃例，问拟绞候，固属按例办理。但鹿仔港自乾隆四十九年以后业经开设口岸，而上淡水亦经福康安奏准许令商民船只出口；是该二处现系通商之路，其从前该管文武得受陋规，尚属积习相沿，与枉法婪赃者稍觉有间。所有此案得受海口陋规文职段玠、李本楠等十七员、武职卓其祥、长明等二十八员，俱着从宽一并发往新疆充当苦差，其所得银两俱着按数追缴』。
初六日（甲子），谕〔军机大臣等〕：『据魁伦奏：「福州驻防阵亡之缺，应通行挑补」等语。满洲兵丁在台没于王事，自应将伊等子嗣坐补甲缺。其有年未及岁与无嗣孀寡，宜以甲缺一、作养育兵二，俾资养赡。魁伦何未见及此，着即遵旨妥办。至所称裁马六十匹，将草干赏给阵亡家属之处，着照所请行。并通谕广州、杭州等处将军：如有阵亡之家，俱照此办理。至鄂岳素不实行训练兵丁，乃与魁伦联衔具奏，恬不为怪，实属可耻；着传谕申饬』。
初八日（丙寅），谕：『据徐嗣曾奏「惩治台地棍徒并拏获纠伙杀命匪犯及设馆殃民之蠹役、挟嫌捏害之义民、割用印册冒支钱粮之征兵，分别从严定拟」各折，已交军机大臣会同行在法司核拟速奏矣。台湾为五方杂处之区，民情刁悍；从前地方文武因循废弛，遇事姑息，以致奸民无所忌惮，酿成逆案。今当贼匪甫经荡平之后，正当趁此兵威，随时严办；使匪徒敛迹，尽绝根株。徐嗣曾于拏获棍徒，凡该犯死罪者，俱立置典刑：所有陈光侯、潘波二犯不复拘泥成例，分别谋故，概从立决；其殃民之蠹役、舞弊之征兵、恃符藐法之义民，俱分别严行定拟办理。不谓徐嗣曾竟能如此明敏决断，实属可嘉之至！徐嗣曾前于柴大纪骫法营私不行参奏一案，咎无可辞；是以将伊革职，从宽留任。该抚自抵台湾后，帮办善后诸务，尚为妥协；今于地方棍徒蠹役等复能力加整顿，俾海疆刁悍之风渐知悛革，殊为不负任使。徐嗣曾着交部议叙，以示朕赏功罚罪、各不相掩至意。至府、县差役胆敢私设班馆，擅设刑杖、拶指等件，勾党盘踞、肆恶殃民，其情节实属可恶；徐嗣曾将为首各犯定拟斩决，所办甚是。但此等蠹役，自因地方官平日倚为耳目，不肖者纵其贪婪、昏愦者受其蒙蔽，以致该役等有恃无恐，扰害良善；于吏治民生大有关系。台湾既查有此弊，恐各省亦在所不免。着传谕各督、抚务严饬问刑衙门将班房等项名目永行禁革，以除奸蠹而绝弊端；如有任令差役等设立班馆、私置刑具各情事，一经发觉，不特将纵容之地方官从重治罪，并失察之上司一并严加议处，决不姑贷。仍着年终奏闻有无此弊。又，义民等因帮同守城剿贼，特予奖赏；伊等身邀顶戴，正应倍知安分。乃挟嫌捏害，图陷多人；是义民又为蠹民矣。岂可因其前有微劳，稍从末减！徐嗣曾请将诬告之义民谢恭即行正法、其不行阻止之黄武等概行责惩，办理实属允当。又据会同普吉保奏「兵丁郑振宿娼怙恶，连毙二命；审明后，已恭请王命将该犯即行正法」一折，所办甚是。其请将游击陈大恩等交部议处并自请交部之处，兵丁系营员管束，兹郑振有宿娼毙命情事，该管员弁平日不能约束查察，自应分别斥革议处。至文职于失察土娼固有应得处分，而戍兵非其所辖，且徐嗣曾一经禀报，即审明严办；其所请交部之处，并着宽免』。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千三百十二。
十八日（丙子），谕曰：『福康安上年命往台湾督办军务，其应得陕甘总督养廉，曾谕令在福建就近支领；今据称在福建时仅支过一半等语。福康安现在京供职，尚未即赴陕甘总督之任；所有未经支领一半养廉，着即在部库内照数支给，以资费用』。
二十五日（癸未），谕〔军机大臣等〕：『据李侍尧奏：「现患疮疾未痊，精神难以兼顾；伍拉纳即须前赴河南新任，所有巡抚任内审题稿案及大计、奏销、军政、武闱等事，实难兼办。现将审案暂委藩司伊辙布代审；并请简员来闽署理抚篆」等语。李侍尧染患疮疾，所有巡抚任内事件较多，自难兼办一切。徐嗣曾于台湾诸事亦俱办有条理，其军需报销等项即有未经办竣者，亦可将稿件带至内地，次第核销；毋庸久驻该处。着传谕该抚接奉此旨后，即料理起程内渡，接管巡抚印务，将大计、奏销及盘查等事逐一办理。徐嗣曾未经内渡以前，所有巡抚印务，着暂交伊辙布护理；其司道印篆，并着李侍尧拣员奏闻递署。至李侍尧疮疾，想即日就可痊愈；现在诸事俱有人接办，该督更可安心调摄，冀得速痊，以慰廑注也。将此各谕令知之；并将目今疮已全愈否，速行奏闻』。
是月，福建巡抚徐嗣曾奏：『台湾内山各社生番于八月上旬到郡，共计头目四名、番目二十六名、通事四名、社丁八名，委在台办事福州同知杨绍裘带同义民首曾中立、黄奠邦、张维光、叶培英、王松护送，于八月二十八日自鹿耳门登舟候风；约十二月望前可以抵京』。报闻。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千三百十三。
冬十月初六日（甲午），谕〔军机大臣等〕：『福建水师提督员缺紧要，前蔡攀龙在台湾带兵时，曾谕令王柄暂行署理。嗣因蔡攀龙难胜水师提督之任，已另简哈当阿补授；将蔡攀龙降补狼山镇总兵，复将王柄调寿春镇总兵。哈当阿未经到闽以前，水师提督印务自仍系王柄署理。第念此缺最为紧要，王柄素日亦非熟习水师之员，现在该镇署理提篆是否胜任？着李侍尧留心查察，即行覆奏。至闽省近年海洋盗风甚炽，劫掠频闻。李侍尧到任后，虽屡次拏获多案，严办示惩；但数月以来，未据李侍尧奏报续有拏获之案。该省近日盗风是否渐戢？并着李侍尧饬属随时留心查缉，多拏匪犯；务期洋面肃清，勿因日久生懈为要。至李侍尧前因左肩染患疮疾，奏明不能兼署抚篆，业经谕令徐嗣曾即速内渡；该抚未到以前，令伊辙布暂行护理，俾李侍尧得安心调摄。嗣据李侍尧奏疮疾业已出脓；迄今已及旬月，曾否疗治平复、调理复元？朕心深为廑念，并着将近日疮疾情形若何，据实具奏，以慰廑注。将此由六百里谕令知之，即速回奏』。
十二日（庚子），谕曰：『徐嗣曾奏：「据护台湾道杨廷理禀报：在嘉义平埔山边，将黄天养拏获，发交局员钱受椿审讯。该员再四盘诘，根究出庄天畏踪迹；即亲带丁役驰往内山，将庄天畏拏获。供系正月内逃入内山，复经庄潭、萧然二犯引带容留，送至黄天养山寮内藏匿被获。请将窝留之庄潭、萧然拟斩立决，庄天畏、黄天养解京审办」等语。庄天畏系庄大田之子，被士兵剿散，遁入内山；前据福康安具奏：「讯问拏获匪犯，虽供称被生番杀死，所供究不足信。仍应交该地方文武通行严缉，以净根株。其黄天养一犯，系为庄大田管种田亩之犯；亦应一并饬拏务获」。今徐嗣曾督饬各属严密查拏，杨廷理、钱受椿俱能认真缉捕，根究踪踪，将要犯按名拏获，实属可嘉！徐嗣曾、杨廷理、钱受椿均着交部从优议叙。其庄天畏、黄天养二犯，即着该抚派委妥员小心解京审办。庄潭、萧然胆敢容留逆属，即与党恶无异；应如该抚所拟，即行处斩，以示惩创』。
又谕：『据徐嗣曾奏：「柴大纪所奏正法及戮尸各犯内有许怀等三十五名，本系误拏；经知县陈良翼审属良民，据保释放。柴大纪以正法匪犯名数具奏在先，逼迫该县通报，以符奏案。兹因清查叛产犯属，查出许怀等至今尚在。随将许怀等覆加研讯，委无从贼情事；质之原保人等，亦俱供证相符。除已故之赖天足等十一名外，已将许怀等二十四名概行省释。前任知县陈良翼扶同柴大纪混行通报，依律拟斩监候」等语。柴大纪自到诸罗后恇怯畏葸，每次奏报御贼情形，妄称俘馘多名，以掩其株守不前之罪；即义民、兵丁缉获匪犯，亦俱称临阵生擒，饰词入告：种种诈妄不实、卖官婪索，已出情理之外。兹复查出许怀等三十五名被民兵误拏，尚在羁留候讯，柴大纪先已开单具奏，混开正法七名、戮尸七名；及该县陈良翼讯明实系良民，柴大纪必欲回护原奏，按名正法。争执再三，复令该县扶同捏报，始准释放。是柴大纪妄奏冒功、蒙混回护，几令无辜良民数十人陷于重辟；情节尤为可恶！柴大纪已于前案正法；核其所犯贪诈之罪，必须将伊子一并惩治，方蔽厥辜。从前甘省冒赈案内，因王亶望等赃私狼藉，拖累多人，酿成巨案，罪浮于法；是以查明伊等之子，发往伊犁。今柴大纪遗误军机，失陷地方；又复挟诈欺罔，拖累无辜：尤非王亶望之止于贪婪玩法者可比。着将柴大纪之子查明发往伊犁，给与兵丁为奴，以示惩儆。余着该部核拟具奏』。
谕军机大臣曰：『徐嗣曾奏：「现在台湾尚有应办事件，拟俟明年夏间奏请内渡，于万寿节前趋赴陛见」等语。前因李侍尧染患疮疾，曾谕令该抚即行内渡，接管巡抚印务。今台湾诸事业经办有条理；即有未经办竣者，想奎林不日即可到彼，该抚自可面为交代，令其接手办理。现在内地应办事件亦属紧要，自富速回本任，不可再稽时日。至来京瞻觐，不妨稍缓，何必以此为要耶！将此谕令知之』。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千三百十四。
二十六日（甲寅），大学士等议覆：『福建巡抚徐嗣曾奏，「查出柴大纪误拏良民许怀等作为匪犯，妄奏正法戮尸，经前任嘉义县知县陈良翼审系良民释放，柴大纪逼迫该县扶同捏报」。陈良翼依律拟斩监候，许怀等请概行释放』。得旨：『陈良翼于已经保释之民人仍作为正法戮尸之匪犯，扶同柴大纪混行通报，罪固难辞。但此案皆由柴大纪妄拏捏奏，玩视民命，当军务紧要之际，尚敢回护冒功，枉陷无辜，全不虑人心涣失，实属罪不容诛；若非陈良翼虚心研鞫，痛切剖陈，几致无罪良民骈首就戮。是陈良翼之扶同通报，系为保全多命起见，因而从中婉转，虽该员于查办柴大纪劣迹时不即据实禀报，直至办理缘坐始行呈明，不值再加录用；其罪究属可原。所有陈良翼问拟斩候之处，着加恩宽免并即释放回籍。余依议』。
二十七日（乙卯），谕曰：『李侍尧现患疮疾，又增口疮痢症，未就痊愈，正资调理。该督本年原奏请来京陛见，其总督印务亦需人接署；着福康安即行驰驿前往，署理闽浙总督，俾李侍尧得以安心调摄。若该督疮疾渐次平复，则俟福康安到闽接印后，再行来京陛见；倘精力难以支持，徐嗣曾尚未内渡，福康安未到之先，所有总督印务着魁伦暂行兼署』。
二十九日（丁巳），谕：『福建按察使员缺，前经降旨将万锺杰补授。因台湾地方紧要，是以将该员仍留台湾道任；其按察使员缺，交该督奏派道员署理。但台湾甫经平定，一切正资熟手经理；计该员回至内地，尚需二、三年之久。而福建刑名事务亦关紧要，若不特行简署，不足以专责成；所有福建按察使员缺，着王庆长署理』。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千三百十五。
