宣德五年庚戌（一四三○）十二月，钦差太监杨洪统领指挥千百户及随从人等，驾船大小三十只，装载彩币，赏赐阿丹、暹罗、爪哇、满剌加、苏门答刺、木骨都束、卜剌哇、竹步八国，虔恭奉祀神妃，朝夕拜祷保佑。一日，舟至中流，天日清雾，远望大屿横峙海中，上多怪石，错生海物。众曰：『舟中沉郁已久，盍登岸少舒』。各夺磴而上。又见旁有小矶，一女子携筐采螺蜃，竞赴矶迫视之。洪恐其肆慢，趋前呵止。女子忽不见。回首大屿已没，方知前所登屿，即巨鳌浮现，其美女乃天妃现身救此数十人也。各叩首谢。归奏上，奉旨赍香致祭。
托梦除奸
嘉靖中，奸臣严嵩当权，残害忠义。御史林公讳润，拟附本纠之。夜间草藁未毕，乃曰：『似此必无两静，但含默非吾初志』。假寐几上，梦神妃语之曰：『权奸蠹国，公报主忠诚，必俞所奏，当不负厥梗直』。寤而叹曰：『奸臣播虐忠良，神人共愤，天妃乃有除奸之灵！若此本得旨，当庙祀血食春秋』。果章奏而帝俞允，遂建庙于涵江东卓地面，以答英光。
妆楼谢过
天启乙丑、戊辰（一六二五、一六二六）间，萑苻草寇李魁奇出没南溟，结伙入吉了抄掠，复迤〈辶里〉到贤良港。港人拥神像江头，示以神灵梓乡，冀免扰害。神乃显梦于酋长曰：『而焚掠了城，为祸酷烈，今尚欲困吾父母之邦，若不速退，将歼尔类』！仍啸聚弗去。俄而狂飙跃浪，荡散其舟，大舡沉溺，余者沦落波中。自是悔罪乞宥，风且不静。愿起盖梳妆楼一座，并塑圣像以谢过，乃得风靖。遂移舟出港，备牲醴、香花到湄，买置木料，装运前来建造，俯伏叩拜。
清朝助顺加封
康熙庚申年（一六八○）二月十九日，舟师征剿，驻崇武，与敌对垒。夜梦天妃告之曰：『吾佐一航北汛，上风取捷，随使其远遁』。次日，果得北风骤起，敌遂披靡，大败而退。至二十六日舍厦门入台湾。内地海宇，自是清宁。万将军大感神助，立即具本奏神保佑之力。圣上甚慰阴功，钦赐御香、御帛，差官赍诏到湄庙加封致祭。
起盖钟鼓楼及山门
大总督姚奉命征剿，以海道艰虞，风波险阻，不易报效，中心恳挚，极力图维，素信神灵赫濯，祷应如响，恳祈阴光默佑，协顺破逆。于康熙二十一年（一六八二）差官到湄洲祖庙，就神前致祝许愿，俾不负征剿上命，即重修宫殿，答谢鸿庥。乃于二十二年（一六八三）三月二十三日天妃悦旦，特委兴化府正堂苏到湄庙设醮致祭，随带各匠估置木料，择吉起盖钟鼓二楼及山门一座；宫宇由是壮观。
大辟宫殿
大总督姚时议征剿，虽不辞责重任大之艰，而逾堑越沧，不无风波飘荡之虑。一片忠诚孚格，惟恃神灵默相。以故天威一震，寰服人心，于康熙二十二年七月初旬，台湾果倾心向化，举岛输诚。总督捧颁恩敕前至台湾，因少西北正风，又恐逗留诏命，自福省放舟，于八月二十三日亲到湄洲，诣庙具疏神前，虔祝顺风，愿大辟殿宇，以报神功。于是神前拈；。准将东边朝天阁改为正殿。舟尚未开，二十五夜见船上放光，深感神明有赫，即捐金付兴防厅张同、同知林升估价置买木料，乃边朝天阁另为起盖。遂择吉建造正殿，已经安基竖梁，缘兴防厅张丁艰谢事。
总督祈祷疏文
福建总督姚启圣谨抒愚衷、上请天妃主裁而言曰：四海广阔，惟神是凭；风涛顺逆，亦惟神是主。是神之权大、德尊，适足侔天地而并日月也。今者，荷神有灵助，除六十年猖狂之大寇，竟停五、六月台飓之大风，除生灵之大害，立朝廷之殊功。启圣得以安享太平，皆尊神之默佑也。今启圣亲总舟师，遴福宁州总兵黄大来、参政道刘仔捧颁恩敕前至台湾，因尚少西北正风，是以越庙求神，冀借一帆，早到台地。启圣百叩稽首之下，见庙貌尚有未妥，寸心甚为不安；况正殿朝南，而朝天楼、山门各俱西向、亦非宜于神灵之所凭依也。今启圣议以正殿既朝南，则朝天楼、钟鼓楼、山门俱宜开辟朝南。此为一议。如神意定于朝西，则门山、钟鼓楼止须盖完，惟将朝天楼升高改为正殿，而以原庙为神寝宫。此又为一议。若神意不准二议，原欲仍旧向，启圣亦惟神是听，不敢有违。启圣既经目击，不敢吝惜，敬陈三议，分列三辟，惟神裁定！
托梦护舟
随征同知林升同总兵官游澎奉委往抚台湾，于康熙二十二年九月初五日由湄洲放洋，初六晚至台湾。十五日自彼开驾，而十八夜梦天妃在船；有四人戴红帽从水仙门而上，问其所来，答曰：『舟船有厄，将为尔护』。十九早，舟过柑桔屿，舟次搁浅，舵折四尺，将溺，众惊惧，投拜神前，恳求庇佑。倏见天妃现身降灵保护，乃得平稳。十九晚收进八罩，报复成功。总督慰甚。同知林升到家虔诚答谢。
涌泉给师
靖海将军侯施于康熙二十一年十月奉命征剿，大师云屯于平海。此地斥卤，樵汲维艰。只有神宫前小井一口，甚浅，当炎天旱候，尤为枯竭；数万军取给炊爨，弗继。将军侯乃祝诸神，以大师札住，愿藉神力，俾源源可足军需。祷毕，而泉水涌溢，真不异耿恭拜井之奇。因是千万军取用不竭。爰额之曰「师泉井」，作师泉志以着神庥。
师泉井记
今上御极之二十一载壬戌孟冬，予以奉命统率舟师，徂征台湾。貔虎之校，犀甲之士，简阅而从者三万有余。众驻集平海之澳，俟长风，破巨浪，以靖扫鲛窟。爰际天时旸亢，泉流殚竭，军中取汲之道，遥遥难致。而平澳迁徙之壤，介在海陬，昔之井廛，尽成堙废。始得一井于天妃行宫之前，距海不盈数十武，渍卤浸润，厥味咸苦。其始未达深源，其流亦复易罄。询诸土人，咸称是井曩仅可供百家之需，至隆冬泽愆水涸，用益不赡。允若兹，则三军之士所藉以朝饔夕餐者果奚恃欤？
予乃殚摅诚愫，祈吁神聪。拜祷之余，不崇朝而泉流斯溢，味转甘和。绠汲挹取之声，昼夜靡间，歕涌滋溉，略不显其亏盈之迹。凡三万之众，咸资饮沃，而无呼癸之虑焉。自非灵光幽赞，佐佑戎师，歼殄妖氛，翼卫王室，未有弘阐嘉祥，湛泽汪濊，若斯之渥者也。因镌石纪异，名曰师泉，昭神贶也。
在易，地中有水曰师。师之行于天下，犹水之行于地中；既着容民畜众之义，必协行险而顺之和。是知师以众正，乃克副大君讨贰抚顺、怀柔万邦之命。而扬旌海外，发轫涯涘，神异初彰，闿惠覃布，诞惟圣天子赫濯之威，以致百灵效顺，山海征奇，亶其然乎！
昔贰师剑刺大宛之山，而流水溢出；耿恭拜祷〈硫，足代石〉勒之井，而清泉奔涌；并能拯军士于渴乏，着万里之奇功。乃今井养不穷，三军获福，予之不敏，曷以答兹鸿嘉之赐哉！是用勒之贞珉，以志不朽云。
灯光引护舟人
将军侯施于康熙二十一年十月舟次平海。因谋进取，于十二月二十六夜开船。一宵一日，仅到乌坵洋，因无风不得行，令驾回平海。未到澳而大风倏起，浪涌滔天，战舰上下，随涛浮漾外洋，天水淼茫，十无一存之势。次早风定，差船寻觅。及到湄州澳中，见人船无恙。且喜且骇曰：『似此风波，安得两全』？答曰：『昨夜波浪中，我意为鱼腹中物矣！不意昏暗之中，恍见船头有灯笼，火光晶晶，似人挽厥缆而径流至此』。众曰：『此皆天妃默佑』！即棹回报上。将军侯因于康熙二十二年正月初四早，率各镇营将领赴湄致谢，遍观庙宇，捐金调各匠估价买料，重兴梳妆楼、朝天阁，以显灵惠。
澎湖神助得捷
康熙二十二年六月内，将军侯奉命征剿台湾。澎湖系台湾中道之冲，萑苻窃踞，出没要津，难以径渡。侯于是整奋大师，严饬号令。士卒舟中，咸谓恍见神妃如在左右，遂皆贾勇前进。敌大发火炮，我舟中亦发大炮，喊声震天，烟雾迷海。战舰衔尾而进，左冲右突，凛凛神威震慑，一战而杀伤彼众，并淹没者不计其数。其头目尚踞别屿，我舟放炮攻击，遂伏小舟而遁。澎湖自是肃清。
先是，未克澎湖之时，署左营千总刘春梦天妃告之曰：『二十一日必得澎湖，七月可得台湾』。果于二十二日澎湖克捷，其应如响。又是日方进战之顷，平海乡人入天妃宫，咸见天妃衣袍透湿，其左右二神将两手起泡，观者如市。及报是日澎湖得捷，方知此时即神灵阴中默助之功。将军侯因大感神力默相，奏请敕封，并议加封。奉旨：神妃已经敕封，即差礼部郎中雅虎等赍御香、御帛到湄，诣庙致祭。时将军侯到湄陪祭，见佛殿僧房尚未克竣，随即捐金二百两凑起。
琉球阴护册使
康熙二十二年，钦差册封琉球，赐蟒玉正一品汪、林等官时在福省，于六月二十日谕祭天妃于怡山院。是时东风正猛，不意行礼甫毕，旗帜忽皆北向，遂解缆而行。所有应历水程，悉若飞渡而下，才二昼夜即到马齿山，遽至那霸港，直达迎恩亭前。琉球之人皆谓从来封驾未有若此飞渡而来。迄夫典礼告竣，开驾而回，狂涛震撼，巨浪滔天。舟中人皆颠覆，烟灶等物尽委逝波，茫无彼岸，诚万难获全。天使官肃将简命，共吁神妃求佑：『返节无恙，当为奏请春秋祀典，永荷神庥』！虔祷方终，神应如响。黑夜中漂泊，众见舟竿上有二灯笼光焰在前。时束桅铁箍巳断十三，桅应散而尚全；系篷之顶绳断不可续，篷宜堕而犹悬：桅拴裂逾尺，桅应倒而仍柱。船不及坏，因急驶往归闽海港。中使囗囗囗囗囗复囗奏请春秋（以下残阙十余字）。
