埤南附近吕家望社番素称强悍，役使邻近百数十里之各番社，号曰番王。上年戕杀射马干社番两人，抗犯不交。本年五月，哈水社番负米归社，复被劫杀，经索犯讯明正法。六月，该社勾结埤南辖境大庄诸化番七百余人，匪首刘添汪助之，焚劫大庄民宅；除粤人外，概被杀戮，并戕杀分防营弁委员雷福海等。围攻厅治，众至四千余人，全台大震。张兆连千五百人壁埤南，分防六百里；贼围厅治及张营，攻守十七日几死。刘铭传命总兵万国本以威定兵船炸炮解其围，别命吴宏洛往讨，电知北洋总兵丁汝昌以兵输炸炮佐之。八月，贼集邻番以死拒。诸将血战半月，毁其巢。于是诸叛番皆乞抚；获匪首刘添汪诛之。而中路万雾社独悍虐异他番，通判吴本杰令各社壮丁为营勇箝之，辄逃归肆杀。乃下令绝盐粮、火药入山中，万雾惧，乃复降；送子入学且为质，许焉。北路绕食、竹加山、衣卯、京孩儿诸番数十社既降，仍肆杀不可制。是月军至，其酋红衫佩铃，鹄立待战。于是郑有勤、刘朝带苦战，冒绝险，尽拔之。独前营总兵陈罗剿内溪既定，雨作，浮桥冲失，疑为该番折毁，陷害官军，斩六级；番怒，袭杀营官、练官十余人。有勤移军讨之，撤罢陈罗军，内溪四社复乞抚（刘壮肃奏议）。
十五年（一八八九）二月，嘉义户部主事徐德钦获王焕解台北，讯知鹿绅无通匪实据，复密派委员程起鹗提查鹿局，亦无接济军火。始放释在押郑营，令到鹿罚捐三万两充为军费。除施家珍一人仍归案拏办外，其绅商概不追究。鹿港遵谕缴捐，王焕仍在监（施案纪录）。
三月，卞宝第、刘铭传、林维源奏：全台生番一律归化，逆首就擒，请将出力人员奖励（东华录）。
九月，副将刘朝带开山，中伏阵亡。台湾内山八、九月间，生番例杀人曰做享；刘朝带自内山开巨道八十里，遥达花莲港，中伏阵亡，弁勇死者二百人。巡抚刘铭传察其地近老狗社、加九岸，则令吴宏洛统诸军，十一月入内山攻剿。十二月，大军至白阿社，番酋筑碉堡死拒。大军筑台山巅，用炸炮环击，破其巢，获其酋有敏阿斩之。加九岸平。
十二月，全台清丈给单完竣。原额赋银十八万两，清丈后年额征五十一万二千九百余两；随征补水、平余，加以官庄租额，新垦、旧垦全年共征银六十七万余两。除补水、平余外，实计正额溢出银三十六万余两。澎湖一厅，地皆斥卤，祗能栽种杂粮；年征地粮等银一百三两零，仍循其旧。初，乾隆间大学士福康安以林爽文之乱，番目潘明慈等助战有功；乱定，选番属四千人，设屯十有二，以番社长授千把、外委十八人为屯军，授番地及民田近十万亩，岁折征番银四万元，备屯军俸饷。阅岁既久，番不能耕，辗转归民，番乃益病。至是整顿屯田，无论屯田番地，切实丈量，归入清赋案内，分别升科；将各屯编籍为民，俾令各执各业。屯丁仍留原额四千，按月加给番银四元，每年按屯抽调，分扼山内生番；坐饷八元归台湾镇支发，出防行粮归统将发给。
十六年（一八九〇）正月，刘铭传亲赴宜兰苏澳督战。老狗番去苏澳深入八十里，山高路绝，乃命军开道、设桥梁以往。二月，宏洛自南涣循高山以进，诸将自溪底赴之。社番拒，辄破。师行十日，乃至老狗社隘口；两山壁立，绝壑巉岩，中道仅一人出入。总兵传柯德鼓勇方入，隘伏作，死之；后军至，已无迹矣。宏洛自武搭山巅走西北，抄老狗社后，与溪底军悬绝二十里，声息俱穷，山险不得下。众番数百人突至，血战破之。是日，铭传自登武搭山勘形势，宏洛已去二十里，不相闻。武塔以西，奇峰迭嶂，天日不开，师危甚。土人言老狗诸番无村落，散处群谷间，虽深入不获也；独地狭无田，非出山不获食。大军诚壁隘、绝其粮，可不战下也。铭传从之，乃令宏洛毋下山折兵锐，设地雷群隘绝之；开道武搭山南，与溪底军合。番夜出求粮，值地雷，尽死。三日饿益甚，痛哭送子以降；乃振旅而返。是役也，始以游击郑有勤冒饷、违节度，诛之；终以提督李定明失援傅柯德，罢其军夺职，众乃竦然（以上刘壮肃奏议）。
十月，台湾巡抚刘铭传革职留任。当法踞基隆，毁坏煤矿，乏煤应用。十二年，商人张学熙接办该矿，积水过深，学熙无力购办机器，仅用人力开办；数月亏折本银数千两，力不能支，退办。铭传商同江督曾国荃、船政裴荫森并台湾各凑本银二万两，委派补用知府张士瑜招集商股六万两，合成本银十二万两。十三年正月，开局试办。自春至冬，经士瑜添购机器、雇用洋师，抽去矿中积水，每日可出煤百吨；核计出售价值，局用仅可勉支，毫无利息。推原其故，皆由煤炭出矿之后，运至基隆海口，海滨浪大，难用驳船；旱道山路，脚费太多，非造铁路以利转输，煤务不能获利。查矿局官商原本十二万两，办理机器工程尚形竭蹶，无力再办铁路火车。十二月，复收回官办，所有商本银六万两并船政原入银二万两，由台湾捐输存余项下筹拨归还。另派洋师玛体荪监督，由铁路公司自八斗煤矿分接车路一道，直通基隆码头。迄十五年六月，综核出入，每月亏折银三、四千两。据洋师察勘，非添本百万、另开新矿，不能获利。适有英商范嘉士愿集本银百余万，来台承办，议议章程十一条奏请；经总理衙门、户部会奏议驳。十六年，经林维源访招富商蔡应维、冯城勋、林元胜等情愿鸠资三十万元，与官合办，为期二十年；官一商二，仍缴原矿本银十二万两，承受矿存房屋机器。以十万元作官本，其余按月缴煤扣除；矿务一切事宜由商经营，官不过问。批准定于七月一日接办。复经总理衙门、户部会奏：此次所奏，仅称访招富商同官合办，迨章程送部后，会同查核，其办法种种纰缪可疑者三、必不可行者五。此事既经官商合办，自应官为主持，何以一切事宜悉授权于商人，官竟不能过问？且章程内既称各股皆系华人，何以总管矿务转用洋人？显有冒充影射情事。其开挖河道，自撤藩篱，更于海防大有关系。以特旨饬令另议之件，该抚并不奏明请旨，辄即议立章程，擅行开办，尤非寻常轻率可比；请旨交部议处。部议革职；奉旨：革职留任。于是煤务饬商退办，暂仍其旧（刘壮肃奏议）。
十七年（一八九一）二月，刘铭传奏：台湾高山巨岭，地利宜茶；第民人种辍无定，因就茶收丰歉量抽抚垦经费，包商缴收。光绪十三年试辨之初，收数未畅。十五、六两年每年约可收银六、七万两，均随时拨充办理抚垦之需；按年截清数目，汇入善后案内列款造报。
三月，刘铭传奏病仍未痊，恳请开缺。奉旨：准其开缺。
四月，以邵友濂为福建台湾巡抚。
十八年（一八九二）正月，邵友濂奏：查台北大嵙崁、三角涌、双溪口一带地方逼近番社，光绪十七年三、四月以来，屡有凶番杀害民人，自一、二命至十余命不等。迭据各抚垦委员禀经前护抚臣沈应奎严饬统带隘勇各营总兵陈罗，督饬驻防弁员拿护番犯迈灰西学、带木乌芸、哇素老涯、野微罅隆等四名，讯明分别惩办。马速社番拒捕，伤毙勇丁八名；将该社立时焚毁。嗣因查办番案日久无功，当由沈应奎将陈罗及隘勇前，左两营管带各员先后撤换。九月间，三角涌等处杀人之案愈出愈多，凶番啸聚成群，胆敢于吶哮及古摆鹤等处地方围攻碉堡，肆行焚杀；分防隘勇地广兵单，迭有伤亡，不敷堵御。沈应奎饬调定海正、副二营六成勇丁暨就地陆续添募土勇千余名，并经商准帮办林维源亲赴大嵙崁督饬剿办，当于竹头角、吶哮等处会军兜剿。讵凶番纠结后山内加辉各社围扑隘勇，前营隔绝，所扎碉堡粮运水道一息不通，军火施放殆尽。该营管带游击林福喜间道驰书告急；接统隘勇各营已革游击郑荣督带土勇冒险驰救，伏番遍地，动辄伤亡。雇募化番前驱，自十月二十四、十一月初六日将该处九碉次第援应，一面饬派通事谕散勾结，各军会捣合吻坪，凶番节节抗拒，勇丁奋击，互有死伤。郑荣由竹头角进扎吶哮，土勇队长六品军功林李川于夹板山接仗阵亡。抚垦委员直隶州知州陈长泰会同定海正、副营由后策应，鎗伤腰胁，仍复挥军进击，番众溃散。土勇管带军功陈福胜、守备林建庸等分由大霸、大窝前进，各毁凶番之社；已据瞠眼等社哀求归抚，但未一律敉平。臣自到任后，屡次会唔林维源详加查度，内山咸菜瓮、五指山一带社番均甚平靖，其加辉各社并已悔罪乞降；惟浅山、水流东各社横梗于中，若非亟予惩剿，难保不煽惑化番，滋蔓难图。惟所藉剿番之勇，仅止定海正、副营六哨及新募士勇，兵力尚嫌单薄；现经饬调道员林朝栋督率所部栋字各营，克日驰赴会剿。
五月，邵友濂奏：台湾孤悬海岛、屏蔽七省，设立行省，外固海防、内办抚垦，均须重兵择要布扎，训练防守。全台原有三十一营十七哨、屯军五哨、炮勇五哨、练军三营，嗣因内山大嵙崁一带社番滋事，兵力单薄；当经奏明添募四营，以资兜剿。计截至光绪十七年底止，淮军共三十五营十七哨、屯军五哨、炮勇五哨、练军三营。其修建西学堂、基隆海口洋式炮台、台湾等县衙署、监狱、坛庙、祠宇等项工程，添购外洋器械以及一切筹办情形，均随时分别奏咨在案。兹据台湾善后局司道详称：台湾筹办海防善后并招抚事务，自光绪十七年正月起、至十二月底止，海防善后报销新收台湾关税、盐课、厘平余及遵删等款银一百五十五万四千六百一十九两零，开除及给淮军官弁勇夫办公经费薪粮柴草工食、炮勇、轮船弁勇、屯丁盐粮、水陆练兵薪粮公费、随营文武员弁及各局员役盐菜夫折、购买外洋军火器械价值、正腰站书兵工食、修建西学堂书院、洋式炮台、恒春县城垣、兵勇营房、仓库、衙署、监狱、坛庙、祠宇、基隆社寮浮桥平船各工、制造旗帜工料以及一切杂支各款，共银一百九十四万六千五百三十六两零，尚不敷银三十九万一千九百一十六两零。又光绪十六年台防前后报销案内，不敷银八万六千一百四十两零。统共不敷银四十七万八千五十六两八钱零。
邵友濂奏：台湾云林一县，向在林圯埔建治，业经前督、抚臣奏明有案。兹查林圯埔迫近内山，气局褊小，催科抚字，时有鞭长莫及之虞。前据代理台湾府知府龙景惇转据绅董郑芳春等以林圯埔相距二十五里之斗六地方，村落相连、人烟稠密、田土膏润、形势适中，禀请将县治移设该处；当经批饬核议。嗣据台湾府知府陈文騄前往查勘，该处地属中央，西螺、涂库、他里雾、林圯埔环其四隅，为云林扼要之区。南至嘉义，北抵彰化，东入山，西至海，道途远近相若，足资控制；且斗六门旧有都司一员，文武同城，遇有会商，亦甚便利。惟城工需费浩繁，现拟暂植竹围，并建置四城门楼，以资捍卫。衙署庙宇，一切亦拟次第兴造。前项工程，先由该处绅富劝办；如有不敷，再请公帑。衙署未造以前，暂以昭忠祠为栖止。至林圯埔地方空虚，应否添设佐杂分防？侯察夺情形，再行妥筹办理。
十二月，邵友濂奏：恒春射不力社番滋事，经派记名提督台湾镇总兵万国本、记名提督张兆连督兵剿办，攻克吧仕嚜社；一面密约后山各营规取草埔后社，以炮为号。八月十一、二等日，该番截我运道，乘夜扑营，攻打彻晓。十六日五鼓，山后炮作，万国本、张兆连分督十二营，前后各分两路，募令屯兵化番响导进兵；该番阻扼淡水坑，伏堑凭高，极力抵拒。官军一鼓作气，夺其所据，进逼草埔后社；山势险阻，径窄只容一人，官军骤以开花炮、洋火箭进轰，屹然不动。各营复选精壮军鎗，更番迭上。自午至酉，卒不能入。万国本熟商张兆连，用大炮、抬鎗连环互击；十七日黎明，山谷骤震，各营弁勇番丁声势百倍，阵亡接踵，兵不回顾，节节进剿，隘卡尽为我夺。该番聚保大社，力渐不支。日晡，官军乘势猛攻将军埔后社，立时平毁；四面追杀，毙番八十余人，夺获洋鎗一十七杆、镖刀各百余件，擒获番目加必、姑柳、龟令、万贵等四名，搜捕首犯零阿零父子未获。十八日夜，台囗〈风贝〉骤来，山溪暴涨，万国本、张兆连激励将士忍耐饥寒，于狂风猛雨中擎枪危立。二十一日，乃得引火为炊，伐木树营，以资守卫。该番横被风雨，无社可归，呼号四彻。迨风定雨霁，官军渐整队伍，广购眼线，蹗知零阿零啸聚凶番二、三十人窜匿家新路。二十八日，官军猝往掩捕，该番惊出不意，凭倚深林，且窜且拒；弁勇林外堵截，击毙数番，冒险入林，将首犯零阿零生擒到营。二十九日，搜获从犯加别一名。九月初三日，又获吧咕一名。先后发交恒春县知县陈文纬讯明，一并军前正法。初八、十六、二十等日，各营搜剿余匪，迭有斩获。万国本、张兆连抚定余番，督同恒春营、县妥筹善后，赦令先获犯目加必、大木、郎失炎等回山约束。改谢不力为善化社，另立社长，誓与就近庄民永远相安。官军先后阵亡勇丁、化番四十四名，被水冲毙十三名，受伤五十一名，合上次吧仕嚜社伤亡各勇，分别查验恤赏医养（以上东华录）。
台湾府知府程起鹗在二林堡购获李盘，送省辕斩之（施案纪录）。
