三年庚午（日本宽永七年）：先是，芝龙旧党李魁奇再降再叛（明史），遂聚大小战船数百横行海上，连破吉丫、小二城，烧毁民屋殆尽（武经开宗）。熊文灿轻敌战败（据明史纪事本末吴旸语）。芝龙偕芝虎乘其不意，星夜水陆并进，遂擒之（武经开宗。按明史纪事本末云：「芝龙忌魁奇，斩之」；且系之二年条，今不并取矣）。海警渐息，而海盗锺斌又起（明史。武经开宗，「斌」作「进」。明史又作「锺凌秀」）。自闽海至广东澳，所在侵略；之浙江，诱官军败之，总哨皆阵没（绥寇未刻编）。后就抚，复叛，寇福州（明史）。肆妨商贩，居民被害甚惨（武经开宗）。文灿诱而遣泉州（明史、明史纪事本末），芝龙迎击败之；既而蹙之大洋，斌投海死。数平闽中巨寇，芝龙力也（明史），以功任都督（郑成功传）。文灿亦叙功增秩（明史）。
四年辛未（日本宽永八年），正月，帝召廷臣及各省监司议海寇备御，福建布政使吴旸曰：「海寇与陆寇不同，故权抚之；但官兵狃抚为安，贼又因抚益恣，致数年未息」。陆之祺曰：「海上官兵肯出死力，有司团练乡兵多设火器，以守为战，剿之不难」。广东布政使陆问礼曰：「广东寇俱自福建至，舟大而多火器，兵船难近，但守海门，勿令登陆，则不为害」（明史纪事本末）：皆无奇策。二月，擢文灿兵部右侍郎兼右佥都御史，总督两广军务兼巡抚广东。时锺斌余党入长汀，转掠江西属邑；文灿檄芝龙，芝龙击破之（明史）。长沙人洪云蒸穷追，尽覆其巢穴（明史）。
五年壬申（日本宽永九年），十一月，刘香犯福建小埕，芝龙时为游击，击走之（明史纪事本末）。
六年癸酉（日本宽永十年），路振飞巡按福建，香数勾红夷入犯。振飞悬千金，励将士，遣芝龙大破之。初，振飞论海贼状，谓维琏不能办，维琏罢去；及奏捷，力奏其功，复召用（明史。明史纪事本末云：「香侵长乐」）。
七年甲戌（日本宽永十一年），四月，香复犯海丰（明纪编年、明史纪事本末），闽、粤、江、浙靡有宁日（武经开宗）。帝以责文灿。文灿不能讨，乃议招抚（明史）。令守道洪云蒸、巡道康承祖、参将夏之本、张一杰入贼舟宣谕，俱被执。灿惧罪，诬奏「云蒸等信贼自陷」（明史、明纪编年、明史纪事本末）。给事中朱国栋劾之（明史）；帝谓：「贼受抚，自当听其输诚，岂有登舟往抚之理？弛备长寇，尚称未知，督臣节制何事」？命巡按御史确核以闻（明史纪事本末）。诏贬秩，令戴罪自效（明纪编年、明史纪事本末）。
八年乙亥（日本宽永十二年），四月，文灿欲以芝龙为援击香，维琏等以香与芝龙有旧，疑不遣，曾樱以百口保之（明史）。芝龙奉命，合粤兵击香（明史纪事本末）。芝龙既奉命，造巨舰于五羊城南；香侦知战舰未成，大驱数百艘直突河下。芝龙即令沿河设兵，与芝虎领战舰数十以迎。交战之际，烧己舰以烧寇舰，令兵各以腰牌为号，火发齐投水中。寇亦投水。四围小舟见牌号救之，无者斩杀，香逃去（武经开宗），芝龙追迫于田尾远洋（明史、明史纪事本末）。香胁云蒸出于舟中，令止兵；云蒸大呼曰：「我矢死报国，急击勿失」！遂遭害（明史、明史纪事本末、武经开宗、绥寇未刻编）。芝龙挥泪激励三军，追兵大进（武经开宗）。香势蹙，自焚溺死。承祖等脱归（明史、明史纪事本末、绥寇未刻编。谈往曰：「香恨芝龙数困己，窥其在漳镇，欲遣心膂徒歼芝龙室；芝龙迎而佯欢，饮以酒杀之；开船而诣香居，为再共事者（？）而斩杀」。与诸说异）。兹役也，芝虎窃隐于帆末，风转及香船，大呼飞下，击杀几尽。芝虎勇悍，声如乳虎，每战深入，终战殁矣（郑成功传）。浙西大盗屠阿丑与香老合谋，至是擒斩（菊泉集）。香余党千余人诣浙江归款，海盗悉平（明史），通贩益便（谈往）。台湾商船岁诣日本，至成功时以为常（华夷变态）。先是，万历三十八年庚戍（日本庆长十五年），幕府令执政本多正纯移牒于福建总督陈子贞，言通信使，且令商贾交易；其书有言：「我国家又安，财货饶足，朝鲜致贡，琉球称臣，诺蕃麕至」。子贞读至是，怒谓「日本待我以夷狄欤」！不报；止许通贩（国史）。万历三十九年辛亥（日本庆长十六年），明人至骏府，幕府命令外国船皆来长崎。明年（日本庆长十七年），芝龙父绍祖及祖官来谒幕府于骏府，幕府亲问以外国事，绍祖献药品（武德编年、国史、武德编年集成。书芝龙父，据集成。按诸书皆以庆长十七年一官至日本为芝龙；然据南塾乘宽文十一年记五十年前芝龙投化之文，及谈往芝龙初来日本年十八之文，则庆长十七年芝龙年犹幼，恐非芝龙，故从集成为芝龙父矣。又按成功传以一官为芝龙小字，然其实当时明人来日本，率匿名称几官，盖一、二排行之类。官，称爷若郎之类，犹唐人五郎、三郎之称也。芝龙来日本称一官，故亦邹以为小字耳。然则芝龙父子同称一官，不必容疑。又按祖官不详何人）。幕府命馆长崎（逸史）。后芝龙亦乘商船，数来往日本（长崎夜话草）。时红毛复据台湾，与奸民互市。兹岁八月，给事中何楷陈靖海策谓：「台湾地广而腴，多鱼盐之利。芝龙等初倡乱以来，滨海不靖；今红毛又筑城其中，与奸民互市，屹然一大部落，非墟之不可。而墟之之计，非可干戈从事，必严通海之禁，俾红毛无从谋利，奸民无从得食，出兵四犯，我师乘虚击之。红毛舍此而去，然后海氛可靖」。不报。楷字符子，漳州镇海卫人，天启五年进士，博综群书，尤邃于经学。
十年丁丑（日本宽永十四年），帝信东厂谗，谓曾樱行贿谋擢官，命械送京师诘问。事关芝龙，芝龙具疏请罪。至士民击登闻鼓，讼樱冤，命削芝龙官，犹令樱巡视海道。时贼残十余州县，樱乃调芝龙剿贼，贼多降，一方遂宁（明史）。
十二年己卯（日本宽永十六年），三月：先是，万历中开洋市于漳州府海澄县，一年得税二万有余两，以充闽中兵饷。至于末年，武备废弛，遂致盗贼刼略，红毛亦时来夺取船货，遂就绝开洋之税。至是，闽人给事中傅元初上疏请开洋禁云：「语云：海上，闽人之田。海滨民众，生理无路，兼以饥馑荐臻，穷民往往入海从盗，啸聚亡命。海禁一严，无所得食，则转略海滨。近虽郑芝龙就抚之后，屡立战功，保护地方，海上颇是宁靖；而历稽往事，自汪直作乱以至于今，海上固不能一日无盗，特有甚不甚耳。海滨之民，惟利是视，鹜走至台湾，与红毛为市。红毛已据其地，以为窟穴，日夜往来漳、泉内港；而吕宋佛郎机之夷见我禁海，亦时时私至鸡笼、淡水之地，与奸民阑出市货。官府知之而不能禁，禁之而不能绝。徒令沿海将领、番夷、奸民坐享洋利，有禁洋之名而未尽禁洋之实。夫利归于奸民，而使公家岁失二万余金之饷，犹可言也；利归于奸民，而使沿海将领、不肖有司目为奇货，掩耳盗铃，利权在下，将来且有不可言者！洋税不开有此害，洋税一开即可复万历初年二万余金之饷以饷兵」（天下郡国利病书。潜确类书论倭舶事情曰：「嘉靖间夏言为科臣建言，祸繇市舶，请罢之。不知市舶之设，有无相易，华夷各便，第不当任内臣耳。自市舶罢而利孔在下。番货至，辄为奸商所负，已而投贵官家，贪戾尤甚。番人捣近岛索捕，每乏食，出没为盗。贵家又恐吓官府，出兵驱逐，遂激成汪直、徐海之变。大乱十余年，戕江南百万生灵，费朝廷千万财用。迩来反幸通番禁弛，中国人阑出交易，以故夷情得安。然市舶之利，固已坐失之矣」。此论与傅疏并见，可知当时事情，故附记焉）。
十三年庚辰（日本宽永十七年），八月：先是，芝龙任福建参将，至是累迁三省总戎大将军大都督事南澳总兵，世袭锦千（参取明史纪事本末、武经开宗）。既灭香，澄清海氛，且以海利交通朝贵，寖以大显（明史纪事本末）。
十六年癸未（日本宽永二十年）：先是，贼李自成、张献忠起，相继陷诸州，官兵数失利，京师大震（明史）。十一月：先是，鸿逵中崇祯庚午武举，为津抚郑宗周部将，转隶都督孙应龙麾下。登莱之役，应龙败绩，逮系天津；事白，复与同抚张廷拱共事。未几，以芝龙平红夷功，移荫锦衣卫千户，中庚辰武进士，故事勋卫射策甲科加三级，进都指挥使，兹岁为福建副总兵（郑成功传）。至是，设南赣兵三千统之。
十七年甲申（清世祖顺治元年、日本正保元年），正月，前兵科给事曾应遴荐鸿逵曰：「缓急可用」，因诏益南赣兵二千，以舟师守镇江（明史纪事本末）。二月，议京师城守，诏天下勤王。三月，封宁还总兵官吴三桂为平西伯（明史。「平西」二字据三朝实录），飞檄召三桂入关（明纪编年）。贼先入关，京营兵溃，城陷，帝崩于万岁山（明史）。自成僭称帝，国号大顺。既而，三桂率兵入援（明纪编年）；贼遣人招三桂，三桂不从。时清主章皇帝令其摄政和睿亲王多尔衮为将军伐明。三桂致书求援，多尔衮许之；且曰：「率众来归，封以故土，晋为藩王」。三桂复致书，约以首尾夹攻。多尔衮星夜进发，至山海关，三桂降于清，与清兵合击，大败贼。五月，多尔衮共三桂捣北京，明臣民迎降（三朝实录）。
福王名由崧，神宗孙、庄烈帝之兄也。避乱南下，凤阳总督马士英、兵部尚书史可法等迎至南京，兹月即位（明史稿），称明年为弘光元年（明纪编年、三藩纪事、中兴实录）。史可法等为东阁大学士，入阁办事；马土英加太子太师，处军务；总兵鸿逵镇九江，黄蜚镇京口。六月，兵部侍郎吕大器劾士英卖官爵，不听。东平伯刘良佐攻临淮，不克。流贼陷重庆。怵阳知县刘士燝、山东佥事黄澍入贺，言士英罪可斩。诏令黄斌卿防御京口，调芝龙兵六千入卫。遣陈洪范使于清，赠金帛议和，终不成。是月，清师南行，晋三桂爵蓟国公（明史）；以银米犒军，三桂不受（吴三桂传）。八月，张献忠陷成都。封芝龙南安伯。九月，鸿逵移屯镇江（明史）。十月，章皇帝即位，奠鼎燕京，国仍号大清，建元仍顺治（三朝实录）。芝龙以总兵镇守福建。十一月，清取海州，山东、丰沛尽降。十二月，命何腾蛟专理恢剿。清兵围邳州。大阅京师。清兵入河南府，总兵李际遇降。
福王弘光元年乙酉、唐王隆武元年、鲁王监国未称元（清顺治二年、日本正保二年），正月，福王在南京。许定国给杀兴平伯高杰，寻降于清。二月，清兵取西安；三月，取郾城，又取西平。李自成逼承天，遣何腾蛟御之。清兵取归德府（明史稿）。四月，左良玉举兵，称除君侧恶，将讨马士英，适病死，子梦庚东下，至采石战败；赏功，赐总兵郑彩等银币有差（明纪编年。「总兵」二字据三藩纪事。按明遗民张斐曰：「举兵者梦庚，非良玉」。然则编年说得实，明史稿为父子分兵陷州县者盖讹，故不采焉。按彩，盖芝龙亲族也，然不详其系；华夷变态以彩为成功一名者，误矣）。清兵破扬州，史可法、任民育等死之（明史）。五月，封鸿逵靖卤伯。清兵进至扬子江，水师总兵鸿逵、彩等督兵守江，杨文骢监军。清兵以大炮击，每炮发，江水涌激数丈。二帅见势不可为，遁去。清兵乘烟雾蔽江，缚刍置木筏上，张灯顺流以下，绐京口兵；京口兵以为真兵，悉尽铳丸；而清兵潜从龙潭渡，逼都城。王遁至芜湖，中军田雄挟王降清（参取明史、明纪编年、明史纪事本末、三藩纪事、三朝实录、华夷变态。按明清闘记曰）：「芝龙装士兵一千为日本人，令持火器，芝豹领之，遣鸿逵阵，临江发大小铳御之，清兵死伤无算，清人患之，谋设藁人，尽其火药，然后得涉江」）。王践位无几，盛兴土木，庙门告灾，祖陵数震，而荒酒渔色，侈费无度，识者知其不堪旦夕矣（三藩纪事）。刘宗周上疏论时事谓：「新朝既立，自应立遣北伐之师，而诸臣之计不出此，纷纷制作，尽属体面；惟陛下再发哀痛诏，速兴问罪之师」。不听。陈子龙亦疏云：「中兴之主无不身先士卒，故能光复旧物。今入国门再旬矣，人情泄沓，无异升平：清歌漏舟之中、痛饮焚屋之内，臣不知其所终」！宗周字起东，山阴人，万历二十九年进士，天启初起仪制主事，首劾魏忠贤不臣，遂削籍；后吏部缺左侍郎，帝以宗周清正肯言，任吏部，直言不听，告归。及南都陷，恸哭不食死。子龙字卧子，崇祯十年进士，擢兵科给事中。遭京师陷，事福王，谏不听而去；欲为监国鲁王谋事，不就而死焉（明史）。
