澎湖为海上偏陬，旧附于台湾府台湾县，列圣纶音，鲜专及者；而康熙五十二年以前，圣祖仁皇帝上谕，无不台、澎并称，以澎湖为台湾前蔽，规取澎湖撤台湾门户也。敬录之，自十九年始。六十年，诏移总兵澎湖，虽未行，足见澎湖之重。至高庙轸念岛民苦累，诏除私派渔规千余两，一时欢声雷动，如释重负。今则历年既远，考成凋谢，罕能深道其详者，盖太平之日久矣。道光、咸丰间，咸雨为灾，屡行赈恤；而高庙垂念灾黎，虑其生计未足，犹且殷殷下问、叠沛殊恩，有加无已。吾侪获生今日，虽陬澨赤子，皆在圣人怀抱之中，抚摩而休养之，何其幸也。兹编谨录谕旨二十二道，皆有关斯士掌故者，弁于首卷，以永志覆帱之恩，垂示万世云。
康熙十九年八月，上谕兵部：台湾澎湖暂停进兵，令总督、巡抚等招抚贼寇。如有进取机宜，仍令明晰具奏。
二十年上谕：郑锦既伏冥诛，贼中必乖离扰乱，宜乘机规定澎湖、台湾。总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等，其与将军喇达、侍郎吴努春，同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。
二十年七月，上谕议政王大臣等：今诸路逆贼俱已歼除，应以见在舟师破灭海贼。原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟识彼处地利、海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子太保，前往福建。到日，即与将军、总督、巡抚、提督商酌，克期统领舟师进取澎湖、台湾。其万正色改为陆路提督，诺迈还京候补。
二十年上谕：总督姚启圣统辖福建全省兵马，提督施琅进取澎湖、台湾。巡抚吴兴祚有刑名、钱粮诸务，不必进剿。
二十二年闰六月，福建水师提督施琅奏克澎湖，请议叙督臣姚启圣，优恤阵亡总兵朱天贵、游击赵邦试。奉上谕：据奏总统舟师、分配将士，将年久盘据海逆深入进剿，屡次击败贼众，斩杀甚多，烧毁打沉贼船，克取澎湖，招降伪官兵丁，得获炮位等项，具见卿筹画周详、调度有方、官兵奋勇，攻拔海洋险要重地，深为可嘉。在事有功人员，从优议叙。姚启圣亲至厦门弹压，殚心催攒粮运、鼓励将士，克奏肤功，亦从优叙。朱天贵等从优议恤。
二十二年九月，上谕吏部、兵部：向来海寇窜踞台湾，出没岛屿，窥伺内地，扰害生民；虽屡经剿抚，余孽犹存，沿海地方，烽烟时警。迩者黔、滇底定，逆贼削平；惟海外一隅，尚梗王化。爰以进剿方略，谘询廷议：咸谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全。朕念海氛未靖，则沿海居民勿获休息，特简施琅为福建水师提督，前往相度机宜，整兵进征。该提督忠勇性成，韬钤夙裕，兼能洞悉海外形势，力任克期可奏荡。遂训练水师、整顿战舰，扬帆冒险直抵澎湖，鏖战力攻，大败贼众，克取要地，立奏肤功。余众溃遁台湾，摄服兵威，乞降请命；已经纳土，登岸听候安插。自明朝以来，逋诛积寇，始克殄除。海滨要疆，自兹宁谧。此皆该提督矢心报国，大展壮猷，筹画周详，布置允当；建兹伟伐，宜沛殊恩。着加授靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替，以示酬庸。前进剿云南官员，曾各加一级，兵丁赏赉一次；复思官兵远抵海疆，冒险剿寇，非滇、黔陆路用兵可比，着再各加一级，兵丁再赏赉一次，以示特加优渥至意。
二十二年，赐靖海将军侯施琅：海氛之不靖，囗〈舟宗〉艟出没，波涛震惊，滨海居民鱼盐、蚕织、耕获之利，咸失其业，朕心恒悯恻焉。迩者滇、黔、陇、蜀、湖、湘、百粤，悉底敉寗；蕞尔台湾，险阻负固。尔施琅奉命徂征，决策进取，楼船所指，将士一心，遂克岛门，逼其营窟；勇以夺其气，诚以致其归。捷音到阙，时值中秋；对此佳辰，欣闻凯奏，瀛壖赤子获登袵席，用纾南顾之忧，惟尔丕绩。即解是日所御之衣驰赐，载褒以诗：『岛屿全军入，沧溟一战收。降帆来蜃市，露布彻龙楼。上将能宣力，奇功本伐谋。伏波名共美，南纪尽安流』。
二十三年四月，上谕户部、兵部：台湾僻处海外，新入版图，应设立郡县营伍，俾善良宁宇，奸宄消萌。教化既行，风俗自美；着于赤嵌设台湾府，附郭为台湾县，凤山为凤山县，诸罗为诸罗县；设一道员分辖。又设总兵一员、副将二员、兵八千名，分为水陆八营。澎湖设副将一员、兵二千名，分二营，设游击、千、把等官。
二十三年，御祭护国庇民妙灵昭应宏仁普济天后圣母文：『国家茂膺景命，怀柔百神，祀典具陈，罔不祗肃。若乃天休滋至，地纪为之效灵；国威用张，海若于焉助顺。属三军之奏凯，当专译之安澜。神所凭依，礼宜昭报。惟神钟灵海表，绥奠闽疆，昔籍明威，克襄伟绩，业隆显号，禋享有加。比者虑穷岛之未平，命大师之致讨；时方忧旱，光泽为枯，神实降祥，泉源骤涌；因之军声雷动，直捣荒陬，舰阵风行，竟趋巨险。灵旗下台，助成破竹之功；阴甲排空，遂壮横戈之势。至于中山殊域，册使遥临，伏波不兴，片帆飞渡。凡兹冥佑，岂日人谋？是用遣官，敬修祀事。溪毛可荐，黍稷惟馨。神其佑我家邦，永着朝宗之戴；眷兹亿兆，益宏利赖之功。惟神有灵，尚克监之』！
二十四年三月，福建提督侯施琅奏请恤赏进剿澎湖伤亡兵丁，部覆：毋庸议。上谕大学士等：凡军功议叙、恤赏，俱关紧要。如迟延日期，往返咨查，恐奸宄之徒舞文作巧，易生弊端。朕思此等贫兵，早给一日恤赏，使得早受一日实惠。此后着一概速行议恤。
五十一年十一月，上谕大学士李光地曰：张鹏翮疏奏，福建水师甚紧要。朕思台湾、澎湖之地，关系甚大；海坛、南澳，不甚紧要。
六十年十月，上谕大学士等曰：福建总督、巡抚、提督俱奏请台湾添兵。朕意添兵无用也。台湾地方，水师着副将一名、兵三千名驻扎；陆路营着副将一员、兵二千名驻劄。水师有事，陆路可以照应；陆路有事，水师亦可照应。其台湾总兵官移于澎湖，亦着兵二千名驻扎，令其管辖，均有裨益。至驻扎之兵，不可令台湾人顶补，俱将内地人顶补。兵之妻子，毋令带往；三年一换。
乾隆二年上谕：朕查闽省澎湖，地系海中孤岛，并无田地可耕。附岛居民，咸置小艇，捕鱼以餬其口。昔年提臣施琅倚势霸占，立为独行，每年得规礼一千二百两；及许良彬到任后，遂将此项奏请归公，以为提督衙门公事之用，每年交纳，率以为常。行家任意苛求，鱼人多受剥削，颇为沿海穷民之苦累。着总督郝玉麟，宣朕谕旨，永行禁革。其现在捕鱼船只，饬令该地方官，照例编号稽查办理。此项陋规，既经裁除，若水师提督衙门有公用必不可少之处，着郝玉麟将他项银两酌拨数百金补之。
十九年上谕：喀尔吉善等奏，台湾、澎湖等处，飓风顿作，沉失商渔船只、坍塌民房，田禾间有刮损，诸罗、彰化二县被灾较重等语。台湾地居海外，贫民猝被风灾，殊堪悯恻。着该督抚查明被灾户口，加以抚绥。所有本年应征地丁钱粮，照例分别蠲缓。食贫民，酌借口粮，妥筹接济。其坍塌房间、击沈船只，查明给与修费及掩埋之资。仍乏督饬属员，安心查办，务使灾黎均沾实惠。至应行拨运内地补仓米榖，并着暂停运，留备赈恤之用。该部即遵谕行。钦此！
嘉庆十七年二月上谕：据武隆阿等奏，澎湖地方偶被风灾，捐赀购买薯丝前往接济一摺。澎湖地方，上年雨泽愆期，小米、膏粱收成歉薄；自八月二十一日以后，飓风连作，花生又多被吹毁。该处孤悬海岛，闾阎向鲜盖藏，贫民口食维艰。前据汪志伊等奏到时，业经批交该督等，将被灾情形、又应如何酌量抚恤之处，查明速奏。着汪志伊、张师诚，即遵照前旨，据实查明，妥速办理。其武隆阿先行捐办之薯丝二千七百石，即着作正开销，毋庸该镇道捐廉归补。钦此！
道光十二年奉上谕：上年澎湖地方早稻歉收，又飓风，晚收更减；业经该通判借给义仓钱文以资餬口，并兴、泉、永道带银同台湾府解往薯丝银钱。除该道平庆等捐廉归补银二千两外，其实在动用若干，同给过丁口名数，着照例造册，咨部核实，拨项归补。所借义仓钱文，应俟本年秋收缴还。至捐输民人陈均哲等，着照例奖励。所有澎湖厅应征道光十二年分地种、舡网、沪缯等项钱粮，又上年未完下忙民欠银两，着加恩准其旧粮缓至本年秋获后征收；本年钱粮着缓俟道光十三、四两年带征，以纾民力。钦此！
二十三年三月，上谕军机大臣等：据达洪阿等奏，通筹经费，分别撤留兵勇一摺。现在台湾南北两路地方平靖，囗〈口英〉夷亦经受抚，虽沿海未便撤防，而帑项不可虚縻，自当随时撙节。该镇等议：自本年正月起，原设兵勇分别撤留。台湾各口尚应酌留弁兵四千二十一名；澎湖一厅孤悬，各口弁兵应照旧留防；其郡城之安平水师三营及澎湖水师两营，兵数较多，仍分两班更替休息，并停下班口粮。其余兵少之处，皆不分班。至乡勇、屯丁名数，亦议定台湾各口酌留一千七百四十九名，澎湖一厅酌留四百名，俾经费稍可持久。所有各属不领口粮之义勇，亦酌量情形分别解散，以纾民力等语。均着照所议办理。怡良即责成该镇、道等实力稽查，毋留奸匪，以固藩篱。所有上年拨给台湾经费银两，经该镇备文，赴省请领；一俟解到，即归还道库，作为备贮。
咸丰元年六月谕：内阁吕恒安、徐宗干奏，台湾、澎湖地方偶遇风灾，委员查勘、筹款办理一摺。据称澎湖厅上年晚收歉薄，本年三月复被风霾，以致杂粮枯萎，民情倍形拮据；业经该镇道会商，于道库提银二千两，又拨银三千两，委员解往该厅，查明分别抚恤。仍着察看情形，或应加赈、或应缓征钱粮，即行据实具奏，并详明该督、抚核实办理，以副朕轸念灾区至意。
元年十月奉上谕：恒裕、徐宗干奏，查勘澎湖灾民，抚恤完竣，并请缓征一摺。福建台湾府属澎湖地方，本年三月间，风霾咸雨为灾，前经降旨，令该镇道察看情形，分别办理。兹据奏称：委员遍历各乡，查明户口，均匀散赈，地方甚属安静。惟被灾处所，民力未免拮据，加恩着照所请：所有年额应征地种、船网、沪缯等银五百九十三两零，一并缓至咸丰二年秋后带征，以纾民力。该镇道即刊刻誊黄，遍行晓谕，务使实惠及民，毋任吏胥舞弊，以副朕轸念灾区至意。其捐赈及董事出力之官绅士民等，均着照例咨部，分别请奖。所捐银两，免其造册报销，余着照所议办理。该部道知。
元年十月二十三日，闽浙总督衙门承准军机大臣字寄，本年十月初三日奉上谕：本年福建台湾澎湖厅属被风，业经降旨分别缓征抚恤，小民谅可不致失所。惟念来春青黄不接之时，民力未免拮据；着传谕该督、抚等，体察情形，如有应行接济之处，即查明据实覆奏，务于封印前奏到，候朕于新正降旨加恩。钦此！
光绪十二年上谕：澎湖为由闽赴台要隘，扼扎劲旅、认真操练，方足以资缓急。该处地方若由台湾巡抚管辖控制，自便得宜。并着详细议奏。其余未尽事埋，该督、抚如有所见，务当明晰敷陈，以备采择。将此由五百里各谕令知之。钦此！
十二年三月二十四日奉上谕：刘铭传奏，澎湖为闽、台门户，非特设重镇，不足以资守御。杨昌浚与该抚意见相同；拟将澎湖副将与海坛镇对调，仍归总督管辖等语。即着会同筹议具奏，等因。钦此！
