十二月，王翊在大兰、张煌言在平冈、李长祥在东山、章钦臣在南镇及石仲芳在萧山、王化龙在会稽、余国望在金汤、吴金明在台州、袁应滮在奉化、柏襄甫在湖州皆如故（详「义旅」）。
顺治六年（永历三年、监国四年、朱成功称隆武五年）春正月，监国在玉环。张名振来朝。
三月，王翊徇奉化，败其兵河泊；再攻上虞，破之。马得功陷宁德县。
夏四月，福安城破。大学士刘中藻之守福安也，郑彩恶之；得功乘其隙，急攻城，中藻固守，杀其兵四、五千。得功周树栅，使城中不得出；中藻犹固守，自去年十月至于是月，乃没。沙埕亦陷，闽地尽失。
监国事急，使乞援于黄斌卿，不应；李向中以兵少不能救。会振威伯涂觉突围至，乃及章义军扈监国北入浙。张名振自松江之役丧其军实，斌卿遂侮之；名振招故部且之闽，自募一军屯于南田。监国至，遂奉之次三盘。郑彩、郑联皆弃监国去。
六月，张名振克健跳所。阮进亦弃黄斌卿，相与奉监国至健跳。
秋七月戊申，监国至健跳所；从者大学士沈荃宸、刘沂春、礼部尚书吴锺峦、兵部尚书李向中、户部侍郎孙延龄、左副都御史黄宗羲、右佥都御史张煌言、职方郎中朱养时、主事林瑛日朝于舟，谓之水殿。壬午，叛将田雄以万人围健跳所，张名振撄城守。阮进闻之，倍道入援，水陆夹击，杀伤千计；田雄逸去鹿颈。
镇将王朝先入觐，封平西伯。魏国公裔徐仁爵从次台州、又入海，有扈从功，亦封定南伯。朝先故王鸣谦部，斌卿诱而劫之，妻子皆失；不得已降，斌卿靡之，而不之任。张名振以千金结之，且力请于斌卿还其军，遂归心焉。斌卿之还自桃花渡也，一意保聚。籍舟山民十五以上皆为兵，田为公田；六十无子者田入官，夫死妻不得守。内地富民田在舟山者，尽举而入于官。制舟舶，恣封殖：期如土司有其地。既拒监国命，阮进乞籴亦不与。其部王大任劫金数万以馈斌卿，索无厌；大任惧，诉其逆于朝先，请讨之。遂及名振谋曰：『凡海中岛屿隶浙江者，故百有奇，舟山为大；而斌卿负固，不若诛之，以奉监国』。名振以斌卿与有旧，泣阻之，众不可。监国亦以南田健跳所无可恃，谋他适；闻张肯堂在舟山，手书曰：『朕将北还，卿素忠义，能从我乎』？肯堂劝斌卿奉迎，不听。诸人传檄讨斌卿。九月，师至舟山，黄斌卿使陆玮、朱玖兵拒战。名振、朝先进，屡败之。斌卿求救于安昌王恭囗〈木枭〉及肯堂，请迎监国以自赎。名振将许之，玮、玖背约走；名振请于监国，手敕谕之。朝先使尹明诈而入；丁丑，斌卿跪听敕，明猝斩之，投其尸于海。
冬十月乙巳，监国入舟山。城周数里，居民万户，即参将署为行宫。大学士沈荃宸乞罢，以张肯堂为东阁大学士。进张名振太师；擢李向中兵部尚书，孙延龄户部尚书，吴锺峦礼部尚书，朱永佑吏、工部尚书。召张煌言为兵部侍郎，董志宁等为给事中。故御史王翊、佥都御史李长祥、给事中徐孚远皆来朝。黄宗羲尝疏：『文武竞高秩，惟翊不自张，兵又劲，宜有以奖之』。长祥则合王朝先及诸义旅卫舟山。孚远在柴楼，地尤近；劝租税、输贡赋，避地者多归之。乃擢翊右佥都御史、长祥兵部左侍郎、孚远左佥都御史。使阮进、王朝先屯桐柏、南田，国事皆决于张名振。肯堂在位而不能与，咄咄不合；然老成硕望，中外倚之。
侍郎冯京第始说黄斌卿北都之变并失东南，盖借兵之失；今我无地，不足畏也。亲乞师于日本，黄孝卿副之。值日本驱天主教，红毛夷以舶载大炮来复仇，并京第等不得入；京第哭于舟不少已。日本酋某行部至，京第为血书告之，其撒斯玛王曰；『中国乱，我不遑恤，而令使者哭，于我国之耻也』。与其大将军议发罪人为兵，褒「洪武钱」数十万为佽；欲京第先归。孝卿假市物留长崎乐日本俗，不之促；日本轻之。
十一月，监国以阮美为澄波将军，乞师日本。京第及黄宗羲既往，阮进复纳僧湛微言，贲以普陀藏经，兵必至；乃使美行。日本果喜；已知与湛微偕，则大骇。湛微者，固入日本为僧，无行；其大将军嫉之，且疑为西洋人。美知其为所卖，复以经返。论者谓日本且不武，虽至亦无济。
十二月，马得功攻南安，总兵陈已战死；陈奇入于海，复援林忠于双坑。
顺治七年（永历四年、监国五年、朱成功称隆武六年）春正月，监国在舟山。谒太祖庙，泣下：『高皇帝以布衣定天下，讫予小子，播迁无地，不能保有浙东数郡地』！群臣顿首请罪。
岐阳王裔李锡祚、李锡贡航海至，并以力闻；使佐阮进守螺头。
二月，张煌言来朝，以为兵部左侍郎。王翊亦来朝。
夏五月，马得功陷双坑，陈奇被杀，林忠入于海。
秋八月，兵部左侍郎王翊复新昌，拔虎山寨；遣使告捷。监国卒虑舟山弱，使周瑞、周鹤芝将楼船三百屯三盘为犄角。俄，瑞与鹤芝隙，监国使胡明中往解之；隙益甚。瑞依郑彩于闽，鹤芝自结于阮进。及彩逼于朱成功（详「闽海遗兵」），使来求助，鹤芝不应；张名振亦欲结成功，与进、鹤芝共击彩舟走之。
九月，降将金砺以兵攻舟山。恶王翊梗，先击奉山诸寨；砺出奉化、田雄出余姚，期会于大兰，连营三十里，游骑四出，执山民使为导，杀戮万计。大皎、大兰诸军皆溃，翊走入海（详「义旅」）。
顺治八年（永历四年--自三月后为永历五年、监国六年、朱成功称隆武七年）春正月，监国在舟山。王朝先初以骁勇军塞上，屡树功；与阮进援健跳所，战尤力。既杀黄斌卿，收其陆军甲仗，不及张名振；且与争粮汛，渐携贰。名振与阮进击郑彩，朝先中立；名振怨之，朝先不知，士卒散居民舍。二月，张名振猝攻之，朝先手杀数人，死。其将张济明跳而走，乞降于陈锦，尽泄舟山状。锦遂言监国在舟山通闽、浙，窥吴淞，为沿海患；请自定关攻其不备，风潮半日可达。降者耿应衡复使人为日者，入舟山说监国设醮禳星；从之。郎中朱养时疏『遗笑敌人』；不听。
秋七月，陈锦大举攻舟山；降将张天禄出崇明，降将马进宝出台州及金砺、田雄于定海。监国闻之，集诸将议；阮进请独守蛟关，使张名振帅总兵张晋爵、叶有成、马龙、将军阮美、阮济遏其南，张煌言、阮骏帅总兵顾忠、罗蕴章、鲍国祥、阮骍、郑麟及都督佥事李英杰断其北，都督佥事任麟为监使，中军金允彦、主事邱元吉、安洋将军刘世勋及马三泰任守城。监国惧甚，将弃舟山走。名振曰：『臣母耄，不敢轻去寒将心。
主上躬被甲冑犹有词，宫妃、世子岂可行乎』！因进策曰：『蛟门，天险也，敌必不至。请奉主上攻吴淞以缀之』。沈荃宸争，不听。或讥其避敌，曰：『吾母、吾妻悉在是，岂有他哉』？遂行。王翊、顾章立急入奉化，募军以缀锦。是月，马进宝入台州。
八月丙辰，陈锦陷奉化诸山寨，直攻舟山；张肯堂使阮进击之。进以三舟突斗，获楼船、战舰凡数十；馘十一人，纵之还。锦惧，将走。丙寅大雾，锦乘之，猝至蛟门，守者始觉。进急还救，遇诸横水，鏖战甚力；将掷火球焚锦舟，风忽反，灼进面；李锡祚救之不及，诸军败绩。锦入舟山，张肯堂、张名扬、刘世勋以军数千背城战，杀伤过当；城隍之炮，击杀千人。锦不能胜，乃穴地攻之。
九月丁亥朔，舟山火药竭，金允彦、邱元吉踰城降；众忿，脔允彦子而呼名振师还救。锦闻之，攻益急。丙子夜，星陨如雨，众骇。是日加午，城陷。刘世勋之出战也，将分兵护宫嫔行；监国妃张氏谕之曰：『将军意良厚，然山海之间，惧为奸人所卖；请死此清净土』。及城陷，妃整簪服，北面再拜，入井死；妃王氏及义阳王妃杜氏、宫嫔张氏从之。锦衣指挥王朝相、内官刘朝舁巨石覆井而后死。肯堂以下死者极众（详「殉节」）。锦屠舟山，戍以兵千、水师二千而还。其下皆言我兵之南，所难克者江阴、泾县及舟山耳。名振闻警急还救，会师火烧门，距城六十里，待潮乃能进；俄见烟起，知城陷。将他适，闻母范氏及室人尽焚死，哭踊自责曰：『两误家国』！奋身蹈海，监国及诸人共持之。
冬十月，监国泊舟日南山，进次嵓头，谋入海坛。贻书朱成功曰：『余与公，宗盟也；居歌「行苇」之章，难赋「脊令」之句。其无吝偏师，拯此同患』！及徐孚远以成功书至，言永历帝已立于粤西。监国覆书，言不得已而践位之故；乃来迎。张名振、张煌言奉以行。田雄以书召煌言，峻拒之。
顺治九年（永历六年、监国七年、朱成功称隆武八年）春正月，监国次厦门。朱成功来谒，议相见礼；其下潘庚锺曰：『共奉粤西朔，则皆臣也』。成功不然，曰：『外藩与诸王非敌体，矧监国乎？吾以宗人府正礼见』。从者泣曰：『彼卑我矣』！监国不应。成功贽千金、缎百端，饩廪皆备；食诸从臣及宗室，其著者侍郎曹从龙、蔡登昌、任颖眉、张冲符、太常寺卿任延贵、太仆寺卿沈光文、主事傅启芳、钱肃遴、陈荩卿、张斌、叶时茂、林泌、通政司张吉生、张伯玉、侍读崔相、中书邱子章、锦衣卫杨灿、内官陈进忠、刘玉、张晋、刘文俊、李国辅及副使马星、俞图南、总兵张子先数十人。遂奉监国居金门，月节供银米。郑芝龙在北京，遗书成功曰：『许龙在南、张名振在北，汝必取之』。成功不从。犹切责名振，答曰：『济则实绩，不济则在方寸间』。袒其臂而示之，涅「赤心报国」，字长径寸，深入肌理。成功骇愕曰：『知公久矣，如言者何』！出诸谤书，厚盈尺；名振遽火之。成功礼之为上宾，接姻好，赠万金及呢币；以为总制，屯其军于嵓头，进攻漳州、又攻泉州。张煌言间行入吴淞，还募军于温、台；名振亦以军北，望祭舟山诸死臣，将士皆哭。
顺治十年（永历七年、监国八年--是年鲁王去监国号、朱成功称隆武九年），监国在金门。
三月，鲁王自去监国号，为寓公。时有构王于成功者，礼渐疏；监国不自安，乃去其号。张煌言激发诸镇，致贡于王。遗臣王忠孝、郭贞一、卢若腾、沈佺期、徐孚远、纪石青、林复斋调护之，王乃安。
是月，张名振以兵凡万人东北入浙江，获金允彦于金塘山；磔之，以祭死者。平原将军姚志卓及刘孔昭、其子允锡皆以兵会，副都御史王江从名振夺稗沙营，进攻崇明不下，遂入吴淞，焚张天禄舟三十；深入狼山，历丹阳、丹徒，攻镇江，止于金山，还军崇明。又有谗诸成功者，使归厦门；长杨王朱述桂为力白。及相见，语至夜；更益以兵，陈辉、王秀奇、洪旭、周全斌皆从。名振再以兵北，遇风折兵十之一，乃还。
秋九月，张名振以军驻崇明之平阳沙；饥不得食，与众偕饿。士卒皆泣曰：『太师枵腹，我辈忘饥矣』。竟不忍散。
冬十二月，马得功等攻平阳沙，乘冻涉江，其势锐甚；凡兵万余、骑三百。名振鼓而进，浴日将军王善良首陷阵，姚志卓、任麟、王有才攻其左，张煌言、王焌攻其右；两军各纔三百人，纵横血战俘馘，攻兵无反者，军势复振。
顺治十一年（永历八年、朱成功称隆武十年）春正月，鲁王在金门。如家人舆导不备，或以名刺谒宾旧。
张名振、张煌言攻崇明，掠金山卫，遂入长江，历狼山、抵泰兴。释被掠诸生李公仁，与语；公仁请趋中原，名振曰：『此吾志，苦兵弱。然中原覆没，海中明朝依然如故』。遂破镇江，掠瓜洲、仪真，泊于观音门；杀参将姚姑娘等。甲辰，还次金山；与张煌言、刘孔昭偕登，纱帽角带，须发皓然，望祭孝陵，泣下沾襟，设醮三日。题诗曰：『十年横海一孤臣，佳气钟山望里真；鹑首义旗方出楚（自注以济秦藩，泊金山），幽燕羽檄已通闽。王师枹鼓心肝噎，父老壶浆涕泪亲。南望孝陵兵缟素，会看大纛禡龙津』！居二日，上游与期者不至，乃以辎重返；凡夺舟及来归者至五百艘，旌旗蔽江。更攻崇明而还，屯于南田。
是月，朱成功使陈六御、桂应麟以兵至温州之平阳，进攻崇明；姚志卓、徐仁爵助之，两人皆战死。郑芝龙更使成功执鲁王以自赎（事在去年）；至是，成功不可，送王入粤。王不知，将不行；成功强之。是月去闽，遇风不能进，居于南澳；寻还。
