随着鱼龙名正言顺地走入古生物学殿堂，在之后的几年里，康尼贝尔、居维叶、欧文以及英、法、德等国的其他古生物学家都对这种奇妙的生物进行了真正细致、深入的研究分析。居维叶曾对鱼龙有过较形象的描述：“鱼龙具有海豚的吻，鳄鱼的牙齿，蜥蜴的头和胸骨，鲸一样的四肢，鱼形的脊椎。”指出它们是一类古老的爬行动物。1835年，布兰维尔把鱼龙作为一个独立的纲，列入脊椎动物亚门。4年后，欧文将鱼龙和鳍龙类合并，作为一类，称为"Enaliasauria"，包括两个目：鱼龙目和蛇颈龙目。至此，鱼龙守得云开见月明，在经历了长达150年的误解和冷落后，一举成为世界古生物学的热点。
最早的蜥蜴形，尾巴逐渐进化为月牙形，因此外形上更加像一条巨型金枪鱼（也就是鲔鱼）。众所周知，金枪鱼是现代海洋里的速游高手，晚期鱼龙也应该和它们半斤八两。鱼龙的身形已经使得它们无法再回到岸上来繁殖，因此古生物学家很早就推测鱼龙是卵胎生动物，幼龙直接在母体里发育成形，生产出来就可以自己生活了。卵胎生指的就是动物的受精卵停留在母体的生殖道内，依靠卵本身的卵黄质发育成幼体，一到成熟，母体的生殖道收缩将幼体连同卵膜排出体外。
所以卵胎生动物的胚胎受到母体的适当保护，孵化存活率比卵生者较有保障。行卵胎生的动物有部分的鲨鱼、孔雀鱼和大肚鱼等。后来从化石得知，鱼龙确实是以此方式繁殖，在德国霍斯马登就发现多具小鱼龙正在脱离母体的珍贵化石。
在开始介绍鱼龙前，有两种奇怪的生物不能不提一南漳龙和湖北鳄，这两种动物都发现于中国湖北省南漳县境内，南漳龙发现于南漳县巡检镇凉水泉乡古井阴坡，湖北鳄发现于南漳县巡检乡白鹤船（白河川）土岭。
曾有一段时间的研究认为南漳龙和湖北鳄是同物异名，前者不过是后者的幼体罢了，但现在的研究似乎重新支持这是两种不同的生物，具体结论如何还要看古生物学家的进一步分析。这两个物种为中国独有，以前一直分在初龙类里，随着古生物系统研究的进一步发展，在越来越多的分类中将它们分到了鱼龙形态里，它们不是鱼龙的直接祖先，但是是目前已知形态最原始的鱼龙类动物，代表了一个独立的目——湖北鳄目。
其中，孙氏南漳龙是在1959油王恭眭初步研究并命名的。1965、1973年，杨钟健、董枝明又陆续找到了保存很好的湖北鳄完整化石，定名为南漳湖北鳄。从化石上看，湖北鳄身长1米，头部狭窄，吻细长，上下颞孔小；脖子粗短，背部有凸出、扁平的棘，棘顶有甲板，体形像个纺锤，尾扁宽，四肢桨状，前肢大于后肢。
脊椎数分别为颈椎10枚、背椎26枚、荐椎两枚、尾椎30枚以上。湖北鳄的牙齿呈板状，可能在海底软泥中挖掘软体动物、节肢动物等，然后咬碎吞噬。南漳龙的前后肢都和真正四肢动物差不多，但就其前肢大于后肢来说，显露出了它向着似鱼形态发展的趋势。
长期以来古生物学家对这两种动物的生活时代都不太清楚，当初发现南漳龙时，推测它应当属于早三叠纪，但1991年时有研究说它应是中三叠纪的动物。2002年，古生物学家经过实地考察后得出结论，南漳龙化石发现于大冶组最顶部或者嘉陵江组底部，即早三叠纪奥伦尼克阶早期，距今约2.41亿年。而湖北鳄的年代应当略晚于南漳龙。
当时，由南漳龙、湖北鳄、汉江蜥以及远安贵州龙形成了一个最早期的上扬子地区海生爬行动物组合。有趣的是，南漳龙、湖北鳄居然与比它们进步很多的巢湖龙生活在同一时期，很可能它们是鱼龙形态中很早就分离出来的地方特色动物，也有可能它们在当时就已经是“活化石”了。
和南漳龙差不多一个时期，在亚洲开始出现一些极为早期的鱼龙。第一个重大发现来自日本主岛——本州岛的东北部海岸的本吉郡歌津町，在该町海岸露头的是坚硬黑色板岩。在古代，这些岩石是上好的砚台原材料。古生物学家就在这些板岩中发现了一种极为原始的鱼龙——歌津鱼龙。大多数歌津鱼龙的化石都是些破碎不堪的零散标本，但在1982年，来自北海道大学的一组考察人员发现了两具几乎完整无缺的骨架。大和民族坚韧的敬业精神在这群古生物学家身上得到了生动的体现：他们足足用了15年的时间，在显微镜下用小凿子、小镊子甚至是大头针一点一点地硬是把化石从板岩中敲凿出来。化石保存极为精美，其中完整的头骨和腰带是过去从没有发现过的。古生物学家通过电脑分析，发现歌津鱼龙的头骨和头后骨骼显示出陆生动物的特征，这使得它们看起来活像安了4个鳍的蜥蜴。从系统分类看，歌津鱼龙是仅次于湖北鳄的最早期鱼龙形态生物，它们不属于鱼龙进化主干，而是一个地方品种。
现在，日本为他们的歌津鱼龙专门建造了博物馆——宫城县歌津町鱼龙馆。鱼龙馆展示了歌津鱼龙的化石实物，包括含有约3喱米的头部化石的围岩，这与最初发掘出来的状态几乎没有区别。
同时还展示了歌津鱼龙的复原模型，其所处时代的海中场景图，德国和意大利的鱼龙化石等。
就在发现歌津鱼龙的同时，中国安徽也有了令人惊喜的发现——龟山巢湖龙横空出世。
巢湖龙的出现时间和歌津鱼龙大致相当，都是距今约2.45亿年的早三叠纪，化石保存得还算完好。巢湖龙是介于早期鱼龙形态动物和真正意义鱼龙之间的过渡品种，属于始鱼龙类，它的出现为辨清鱼龙发展起到了举足轻重的作用。
不过，自人们知晓鱼龙以来，它们的身世一直是个谜。由予过去发现的鱼龙品种身体已经高度特化，因此想要为它们寻根问祖简直比登天还难，长期以来古生物学家都搞不清楚它们到底从哪种动物进化而来，而目，对如何在系统分类学上给鱼龙归位也是一筹莫展。
过去一贯的看法是，鱼龙属调孔皿纲，和蛇颈龙、椐齿龙、原龙等动物是亲戚，其祖先可能是极为原始的一种爬行动物——杯龙。在杯龙和鱼龙之间，可能是盘龙类充当了进化过渡角色。但现在我们知道，这些观点并不完全正确，所谓的调孔亚纲，实际上可能是一些适应水生生活的双孔亚纲爬行动物，而原来分在调孔豫纲里的动物实则来自于不同的双孔亚纲分枝。比如说，原龙其实是初龙大类的，蛇颈龙、楯齿龙是鳞龙大类的。而唯独鱼龙始终不明归属，有的古生物学家说鱼龙根本就不是双孔亚纲动物，它们可能是由某种和海龟有远亲关系的生物进化来的。
歌津鱼龙和巢湖龙化石的现世，清楚地显示出了其还带有陆地祖先的一些关键特征，有力地证明了鱼龙同样是从双孔亚纲中分出来的一个物种。目前，古生物学家基本都认同：鱼龙是双孔哑纲中独立于初龙和鳞龙之外的第三大类群。如果这一观点是正确的，那么双孔亚纲将包括初龙形态、鳞龙形态和鱼龙形态三大种群。
进入中三叠纪，鱼龙开始出现爆炸性的迅速进化，其中有一个重要的大类，就是杯椎鱼龙。杯椎鱼龙是中生代海洋里的猛兽，它身长约10米，在传统分类法中，它是属于萨斯特鱼龙科的，但是鉴于它们的身体结构还很原始，甚至还比不上混鱼龙，因此现在古生物学家都同意把杯椎鱼龙从萨斯特鱼龙科中分离出来，独立成为一支较古老的鱼龙系。从外形上看，杯椎鱼龙确实比较原始，并不像后期鱼龙那样背鳍隆起，尾部形成了月牙形尾鳍。它的身体圆润细长，尾巴像鳗鱼一样是直的，背部光溜溜还没有进化出背鳍。但是杯椎鱼龙倒是拥有一副典型的鱼龙牙齿，喙部也已经伸长了。
直到最近，古生物学家发现的完整杯椎鱼龙化石都集中在北美洲，虽然欧洲和南美洲也有一些破碎际本，但是很难确认。
2001年，中国贵州关岭发现了两具几乎完整的杯椎鱼龙头骨，其中正模全长1.06米，负模长0.85米，时间是晚三叠纪，李淳将其命名为亚洲杯椎鱼龙。这一发现不仅是亚洲首次发现杯椎鱼龙，更延长了该物种的存在时间近1000万年，说明杯椎鱼龙结构虽然比较原始，但作为一种大型鱼龙，其具有非常强的海洋迁徙能力。
亚洲杯椎鱼龙的眼睛比较特别，眼眶呈椭圆形，约占头骨全长的15％，显然不及周氏黔鱼龙的眼眶大（占头骨全长的32％）。实际上，这是所有已知鱼龙类中最小的眼眶。发现化石的巩膜环保存极为完整，负模上由7~9块巩膜骨环绕而成，巩膜环外径13.5厘米，内径5.3厘米。吻部很长，约占头骨全长的54％。亚洲杯椎鱼龙的牙齿比较稀疏，尖端略微向后弯曲。上颌前部牙齿着生在完整的齿窝内，下颌的最特别之处在于牙齿仅分布于齿骨的前半部分，下颌后部不仅没有牙齿，甚至连牙齿萌生的齿槽都观察不到。也就是说，上颌后半部分的牙齿在下颌的相应位置上没有与之咬合的对象。
中三叠纪还有一种比较原始的鱼龙类，那就是著名的混鱼龙。它身长只有1米左右，包括好几个品种。
混鱼龙在外观上保留了不少原始爬行动物的形态。过去一直认为它不仅有4个桡足和1个小尾鳍，还有1个背鳍。但是最近不少人开始怀疑这个背鳍是不是真的存在，有的复原图干脆就把这个背鳍给取消了。混鱼龙是介于杯椎鱼龙和晚三叠纪鱼龙之间的品种，它们可能和杯椎鱼龙共同生活了上千万年，说不定还和湖北鳄一起生活过呢，祖先与后代共存的现象在自然界一点儿都不稀奇。
混鱼龙在中国也有发现，就是著名的茅台混鱼龙。茅台混鱼龙是在仁怀（茅台）新桥月亮田发现的，生存于中三叠纪，在形态上还保留着许多原始的特征。与典型的鱼龙相比，它的头骨比较短，颞孔很小，脊椎骨椎体两端深凹，肱骨短而宽。可惜这具标本只保存了部分脊椎骨和肩带。前几年，在中国关岭地区新发现了一种混鱼龙——关岭混鱼龙，化石基本完整。关岭混鱼龙全长只有1.3米左右，后肢比前肢略长，脊椎体为双凹的圆形式样，肋骨与茅台混鱼龙明显不同，因此被古生物学家鉴定为一个新种。
