永平十八年秋天，明帝一病不起，在东宫前殿驾崩，享年四十八岁。明帝在位十八年，谨守制度，外戚不得封侯干政。馆陶公主是明帝的妹妹，想求一个郎官，明帝不答应，只赐钱一千万，并对群臣说：“郎官非同小可，一旦用错了人，百姓必会遭殃，因此一定要慎重。”所以明帝在位期间，百姓安居乐业，国内太平。不过明帝喜欢动用刑罚，楚王刘英和淮阳王刘延的案子，曾牵连甚广，冤杀无辜。
太子刘炟继位后，称为章帝。将明帝葬于显节陵，庙号显宗，谥号孝明皇帝，尊马皇后为皇太后。升太尉赵熹为太傅，司空牟融为太尉，蜀郡太守第五伦[4]为司空。
国丧刚过，西域接连传来警报，焉耆、龟兹二国勾结北匈奴，攻打都护陈睦。北匈奴屯兵柳中城，围攻汉校尉关宠。朝廷当时正办丧事，来不及发兵救急，连车师也被北匈奴诱惑，背叛汉朝，与匈奴兵一同攻打疏勒城。校尉耿恭激励将士抵抗，好几个月也没有解围，储存的粮草已经吃完。耿恭与士兵同甘共苦，所以众人虽然饥饿疲劳，仍然全力守防。北单于知道耿恭被困，就派人招降：“如果肯投降我，就封你为白屋王，并把女儿许配给你！”耿恭假装答应，引诱使臣登上城池，将使臣烧死。北单于非常恼怒，添兵围攻耿恭。耿恭再接再厉，坚守如故，然后派人请求援助。柳中城也危急万分。
章帝派征西将军耿秉，屯兵酒泉；令酒泉太守段彭与谒者王蒙、皇甫提调发张掖、酒泉、敦煌三郡的人马以及鄯善骑士，共七千多人，前去救急。段彭等人日夜兼程赶来，在交河城大战一场，斩杀三千八百多名敌兵，擒获三千多人，北匈奴退回，车师归降。章帝得知后，当然欢喜，就不再发兵。但交河城与柳中临近，同在车师前庭，段彭等打了胜仗，只能救出关宠，不能顾及耿恭。恰逢关宠积劳成疾，谒者王蒙想领兵东归。耿恭的军吏范羌当时也在军中，再三请求解救耿恭。众将不敢前去，只给范羌两千人，让他从山北绕道前去。途中遇到大雪，厚约一丈，范羌不辞艰险，翻山越岭，吃尽苦楚，才到达疏勒城。城中的将士听到有兵马到来，还以为是匈奴兵，立即登城俯视。范羌忙喊道：“我是范羌，朝廷派我来迎接校尉！”城上听到这话，高呼万岁，开门迎接。耿恭率领范羌等边战边走，历尽艰险，才进入玉门关。亲吏已死了一半，只剩下十三人，还都困顿不堪。中郎将郑众把守关口，将耿恭等人安顿一番，然后上书陈述耿恭的功绩。
章帝看到奏折，还没有来得及答复，耿恭已赶到洛阳。司徒鲍昱上奏说耿恭的气节超过苏武，应予以厚赏。章帝于是封耿恭为骑都尉、司马石修为洛阳市丞、张封为雍营司马、范羌为共丞，其余九人都补授羽林军将。不久又升耿恭为长水校尉。章帝不想再顾及西域，下诏罢去戊、己校尉及都护官，召回班超。班超还在疏勒国，奉诏回来时，疏勒国的百姓都很惊惶，不知所措。都尉黎弇哭着说：“汉使丢弃我们，我们还会被龟兹消灭，与其日后死亡，还不如现在让魂灵跟随汉使，送他们东归呢！”说罢，拔刀自刎。班超虽然悲叹，终究皇命在身，不敢逗留，便起程去了于寘国。国中王侯得知班超东归，都号啕大哭，依依不舍。班超大为感动，留下安抚于寘，过了几十天又到疏勒。疏勒已投降龟兹，与尉头国合兵背叛汉朝。班超率人斩杀叛徒，攻破尉头，疏勒才又安定下来。班超上书说明当地的情况，请求仍然留在西域，章帝于是收回了命令。
马太后素来谦让，从不替母家办任何私事。她的兄弟马廖、马防、马光，虽然做了官，明帝始终没有提升他们，马廖只是虎贲中郎，马防与马光只是黄门郎。章帝继位，才迁升马廖为卫尉，马防为中郎将，马光为越骑校尉。司空第五伦担心太后一族过于强盛，就上了一封奏折。章帝看到后，还想给舅舅封爵，马太后坚决不从。建初二年四月，天下大旱，一群趋炎附势的大臣上奏说是因为没有封赏外戚，有关部门也请求按照以前的法典分封外戚。章帝想依从众人，马太后仍坚决不答应，又下诏给三辅，凡马氏亲属，如有扰乱吏治的，必须依法据实上奏。
建初三年，章帝册立贵人窦氏为皇后。皇后是前大司徒窦融的曾孙女，祖父名叫窦穆，父亲名叫窦勋，都因惹怒皇上而被免官。窦融八十岁才去世，赐谥戴侯。后来谒者弹劾窦穆父子，朝廷于是令窦氏家属各回扶风原籍。窦勋曾娶东海王刘强的女儿泚阳公主，因此准许留在京师。后来，窦穆又因贿赂郡吏，被抓入狱中，与儿子窦宣一同被处死，窦勋也因此被诛杀。只有窦勋的弟弟窦嘉从不曾违法，被封为安丰侯。
窦勋有两个女儿，容貌秀丽。母亲鞮阳公主常常担忧家道中落，多次召相士给两个女儿卜问吉凶。相士见了二女，说她们以后都是贵人。二女六岁就能读书，家人都很惊奇。建初二年，二女都被选入后宫，章帝早已听说二女才貌双全，等见到芳容，果然是倾城倾国、美丽无双。章帝将她们引见给太后，太后也对二女另眼相看。当时宫中的宋、梁等贵人被章帝宠爱，两位窦女入宫后，压倒群芳，居然夺宠。长女尤其聪慧，不但能知晓皇帝的意思，还能博得宫廷上下一致赞扬。第二年三月，长女被立为皇后，妹妹也被封为贵人。可惜二女入宫受宠已两年多了，没有生下一个儿子。当时宋贵人已生下一男，取名为刘庆，章帝急着立储，于是立刘庆为皇太子。窦皇后不便从中阻挠，但心中闷闷不乐，难免与宋贵人因此挟仇。
那时，烧当羌人迷吾勾结其他羌人，侵入金城，打败太守郝崇诏，又攻入陇西汉阳。章帝命马防为车骑将军，与长水校尉耿恭一起，调集三万人马前去讨伐。司空第五伦说贵戚不应领兵，于是上谏阻止，章帝不从。马防领兵出征，打败羌人，杀敌四千多名，余众有的投降，有的逃跑，只有封养羌布桥还驻扎在望典谷，负隅顽抗。马防又与耿恭进攻，大获全胜，布桥归降。
马防奉命回都，留下耿恭剿抚剩余的羌人。耿恭斩获颇多，威名远震，羌人十三个种族，约几万人，全部投降。以前耿恭到陇西，曾上奏说已故安丰侯窦融以前在西州，羌、胡都畏惧他，儿子窦固又攻击白山，立下大功，应让他镇抚河西，让车骑将军马防屯兵汉阳，借以示威。这本是防边之策，免得劳师远征，哪知马防反恨耿恭推荐他人，夺了自己的权利，就令监营谒者李谭弹劾耿恭。章帝不辨真伪，反将有功无罪的耿校尉抓入狱中。后来耿恭侥幸免去死罪，丢官回家，饮恨而终。
马防得逞以后，气焰更加嚣张。建初四年，国泰民安，有关部门请求加封外戚，章帝就封马防为颍阳侯、马廖为顺阳侯、马光为许侯。马太后事先没有听说，封赏之后才知晓，难免会有一番感叹。那年，马太后染病去世，尊谥为明德皇后，与明帝合葬于显节陵。
