“非袁莫属”是清末民初那个短暂时候中国人的一般共识，章太炎认同这个共识一点都不奇怪。更何况，章太炎所在光复会的基本宗旨就是“以身许国，功成身退”，并没有革命党人打天下坐天下的意思。
章太炎思想倾向是当时国内知识界一个具有共性的主张。当清帝退位，重建统一后，究竟应该建立一个什么样的中央政权，是一个弱势的松散联盟，还是一个强有力的中央政权？鉴于俄国正在策动外蒙独立，日本正在加强在东北地区的活动，几乎所有负责任的政党、个人都主张加强中央集权，建立一个强有力的中央政府。这是章太炎此时政治构想的大前提，也是他无法认同南京临时政府的一个原因。
坐而言起而行，是章太炎的人生特色。当他意识到袁世凯是中国未来希望时，便理所当然觉得自己有责任去帮助他、支持他。1912年3月1日，章太炎发布通告，宣布将自己参与创办并主持的中华民国联合会与预备立宪公会合并，组建统一党，宗旨为统一全国建设，强固中央政府，促进完美共和政治。第二天，章太炎在联合改党会议上发表主题演讲，强调统一党不取急躁，不重保守，惟以稳健为第一要义；强调统一党集革命、宪政、中立诸党而成，无故无新，惟善是与。立论不近偏枯，行事不趋狂暴，在官不闻贪佞。
统一党的主体为立宪党人，程德全、张謇、熊希龄、汤寿潜、赵凤昌、唐绍仪、汤化龙等，都是治国良臣、能臣，一时之选。他们在感情上亲近袁世凯，甚至可以说统一党就是袁世凯可以凭借的政治力量，是“总统党”。
既然决定支持袁世凯，章太炎对袁世凯就显得格外热情，他在民国初建那些日子，殚精竭虑为袁世凯出谋划策，提供一个又一个建议。
对于章太炎的拥戴和建议，袁世凯感激不尽，投桃报李，4月9日，聘请章太炎为总统府高等顾问。章太炎觉得很有面子，欣然答应，没有再像孙中山几个月前聘请同样职务时那样婉拒，那样扭捏。此后，章太炎坚定站在袁世凯一边，成为民初政争中最拉风的一个重要人物，为袁世凯威望提升与维持贡献不小。
章太炎在许多问题上的建议都是从大总统立场进行考虑，袁世凯对章太炎充分信任，在章太炎逗留北京那些日子里，袁世凯数度邀请章太炎到总统府畅谈一切。章太炎有时代表大总统巡视南北，联络各方，貌似大总统特别代表或特别助理。
民国元年很快就要过去，按照南北和谈时的规划，国会将要选举，正式大总统也要选举。为了这些选举，袁世凯请章太炎到东北地区观察情形，疏通关系，以为选举准备。章太炎到东北，每与人接谈，必盛称袁世凯功德，以为现在麻木不仁之中国，必须要有袁世凯这样的开明专制。
章太炎东北之行不仅帮助了袁世凯，而且使他个人对东北的战略地位有了新的认识，所以他回到北京不久，便接受了袁世凯的任命，出任东三省筹边使。
东三省筹边使应该是章太炎与袁世凯反复协商的结果，也是章太炎的自愿选择。他多次建议袁世凯殖边、开发东北，巩固东北，以防止、抵制日俄对东北的觊觎和蚕食。
东北危机由来已久，早已成为袁世凯心腹之患，沙皇俄国利用中国内乱策动蒙古独立，而日本也不断扩大在东北的利益。现在有章太炎这样的人愿意前往东北从事积极的建设，袁世凯何乐而不为。几经磋商，袁世凯同意设立东三省筹边公署新衙门，给章太炎的任命，就是东三省筹边使，其职责就是代表中央政府全面负责和协调东三省管理和开发。
1912年底，章太炎带着随从离开北京前往长春。1913年的上半年，章太炎基本上都在东北度过。应该承认，章太炎在那段时间尽心尽力尽职尽责，他把工作重心放在调查研究和资源勘察上，既委派专人调查并绘制边境详图，以划清国界为筹边的入手办法，又派员对东三省矿产资源和可开垦荒地进行详细勘察，期待在摸清东三省家底的基础上逐步形成开发方案。
对于东北开放和未来建设，章太炎有非常好的构想，然而仅仅七个月时间，从来没有从政经验的章太炎对于官场各种各样的规则、潜规则很不耐烦；袁世凯的中央政府也没有像原先承诺的那样支持到位；而东三省原有政治架构、行政体制更是使章太炎有心无力，许多计划永远只是计划，这不能不使章太炎失望、伤心。到了1913年6月，当袁世凯财政总长梁士诒刻意阻挠东三省筹措资金计划时，章太炎于6月18日愤而辞职，大骂梁士诒不是东西。章太炎发给袁世凯的电报说：只管推宕，不要你的钱了。
“宋案”：另一种观察
章太炎愤而辞职，除东三省工作根本推动不了，可能还有一个重要背景，就是宋教仁被杀。
宋教仁是同盟会——国民党的重要领袖，也是议会政治的热情参与者，面对第一次国会选举，宋教仁信心百倍，南北奔波，东西奔走，就像西方民主国家的政治家一样，到处去争取选民、争取选票。应该说在当时政治家中，宋教仁最像政治家，他距成功登上内阁总理位置只有一步之遥。
然而，就这一步却永远阻断了宋教仁的议会梦，甚至一度阻断了中国人对民主政治的追求和梦想。1913年3月20日，宋教仁在上海车站被刺身亡。这对中国人特别是南方革命党人来说，无疑晴天霹雳，促人猛醒。
当宋教仁被刺时，章太炎还在东北。他根据各方面情报认为宋教仁被刺肯定是一个政治谋杀，而指使者就在北京。他虽然不能肯定这件事与袁世凯有直接关系，但他相信刺杀宋教仁的主谋一定是北京的“佞臣”。章太炎大声疾呼舆论界主持正义，揭露真相，认真监督，追究真凶；对于南方革命党人，章太炎竭诚呼吁唯有各党中革命人才纠合为一，辅以学士清流，介以良吏善贾，则上不失奋斗向上的精神，下不失健全的体魄。只有这样，中国的政治问题或许能够找到出路，或许能够平稳度过“宋案”带给中国民主政治的困扰。
基于这些判断与考虑，章太炎于宋案后离开东北赶赴上海，与国民党人孙中山、黄兴、陈其美等一笑泯恩仇，接续先前合作，接受孙中山对宋案的判断，以为当时中国政治上最严重的问题还是腐败与专制，中国如果不能从根本上铲除腐败与专制，如果继续容忍这些“国病”于中央，那么什么民国，什么共和，其实只是一块空招牌，民主共和依然是一场空想一场梦。
章太炎能够接受南方革命党人的判断，承认宋教仁血案绝对不是一个简单的刑事犯罪，而是政治谋杀，而且这个谋杀的主谋一定来自北京。这是章太炎与孙中山等人判断相近、相似的地方。只是章太炎在没有更明确证据时，没有像孙中山那样坚定地将矛头指向袁世凯，以为袁世凯就是这一事件的主谋，负有不可推卸的责任。章太炎认为，宋案直接受益者或许是袁世凯，但袁世凯的政治智慧使他不会这样愚蠢、这样笨。所以章太炎对北京的指责略有分寸，留有余地，只是说这些事情都是那些“佞臣”所为。这些“佞臣”，据章太炎说，就是总统府秘书长梁士诒、参谋本部次长陈宧、拱卫军司令段芝贵和国务总理赵秉钧等所谓“四凶”。
与章太炎主张不同，国民党人特别是孙中山坚决主张武力讨伐袁世凯，黄兴原本主张法律解决，主张不破坏《临时约法》政治框架，以法律方法进行抗争。也就是说，国民党应该利用宋案与袁世凯进行斗争，不要再像民国元年那样一味吹捧袁世凯，一味颂扬什么“非袁莫属”。但是，这种斗争应该止于法律范围内，要斗而不破，要限定在议会、舆论，无论如何不能拿起枪，像当年对付清廷那样对付袁世凯。然而，黄兴并没有说服孙中山，孙中山的主张渐渐在党内占了上风。
章太炎是一个说话比较苛刻的人，他很少赞美别人，总是贬损别人。民国的政治家、学者，被他贬损的不知凡几，受到他赞扬的却微乎其微。宋教仁却是章太炎一直看好的政治家，他在东京的革命党人中，独独看好宋教仁。他认为宋教仁绝对具有宰相的能耐和风范，如果给他一个机会，宋教仁一定会将中国引领到一个健康的政治轨道。
从这个前提说，章太炎此时虽说算不上与袁世凯闹翻，但他对袁世凯门下那些宵小格外反感。假如，宋教仁之死真的与袁世凯有关，凭着章太炎的性格、风格，他肯定不会放过袁世凯。也正是从这个意义上说，宋教仁案的真凶可能就是民国法庭的认定，与内阁总理赵秉钧有关，与袁世凯无关。
袁世凯不是宋案的直接受益者，宋教仁即便竞选成功，组建议会第一大党，也只是组阁，只是在大总统袁世凯之下办事，而不是去与大总统较劲。宋教仁与袁世凯早在前清时代就建立了良好的互动关系，所以章太炎尽管介入革命党人处理宋案，但他并不认同孙中山等人的判断。这应该是我们今天重新思考宋案的一个可供参考的方向。
最近若干年，又有另外一种说法，以为宋教仁被杀，可能是革命党内部的一次火并，宋案与孙中山，尤其是陈其美有关。研究者旁征博引曲径通幽，证明孙中山、陈其美等人确实有过这样的劣迹，确实用过阴谋手段干掉过党内异己。这个观点获得了很多人喝彩。
其实，如果从章太炎视角观察，就会发现这个看法很难成立。章太炎此时虽说与孙中山等人一笑泯恩仇，不计前嫌，共同处理宋案及其相关问题。但是按照章太炎的性格，假如宋案真与孙中山、陈其美有关，那么他不论出于哪个方面的考虑，都会拍案而起，怒斥孙、陈。章太炎的性格使他必须这样做，他更不会知假作假，与孙中山一起一方面为宋教仁之死悲哀，另一方面替他们隐藏着这样大的秘密。历史研究确实要在不疑处有疑，但处处怀疑，可能也是一个误区。
善后借款
孙中山、国民党借着宋教仁之死渐渐走上武力抗争的道路，但这并不是袁世凯所说的那样：孙黄二人只会捣乱，不懂建设。他们之所以奋起抗争，最主要的原因，还是来自北方的刺激。
1913年4月26日，袁世凯指派国务总理赵秉钧、外交总长陆徵祥、财政总长周学熙为全权代表，与英法德俄日五国银行团的代表进行谈判，至次日凌晨，终于达成总额两千五百万英镑“善后借款合同”。
根据这项合同，借款的主要用途为四大方面：一是整顿和重建中华民国行政机构，毕竟这个新政府刚刚创建，有一系列事情要做。二是为了结束南京临时政府，主要是遣散南方军队所需的款项。三是偿还前清积欠的外债和赔款，因为中华民国是大清国法律上的继承者，这是中华民国应该履行的法律义务。四是履行南北妥协时中华民国对清室优待条例中的承诺。一百年后，实事求是地说，新成立的中华民国百废待兴，这笔借款能够达成，不仅不容易，也非常有用非常必要。
从这笔款项的四个用途看，主要是要解决辛亥革命的遗留问题，特别是结束南京临时政府重建一个统一政府的问题。而且最先想到借款的，其实还是孙中山的南京临时政府，只是五国银行团不太愿意与南京临时政府打交道，所以还是等到袁世凯中华民国政府建立，谈判方才有机会开始。
假如不发生宋案，国民党对这个借款合同不是同意而是期待，现在宋案发生了，一切感觉都不一样了。尽管中华民国政府反复解释此款项的用途并没有变化，一定还会优先解决南京临时政府善后，尽最大限度合理遣散那些已经用不到的军队。袁世凯和政府的解释无法说服孙中山等国民党领导人，他们在借款合同签订的同时，就将善后借款与宋案合并一起考虑，以为善后大借款是个阴谋，是袁世凯个人欲望的大暴露，就是他要以国家名义扩充其私人的北洋军队，就是准备与国民党人彻底分手，武力抗争。基于这种担心，孙中山、黄兴以及具有国民党身份的江西都督李烈钧、广东都督胡汉民和安徽都督柏文蔚通电一方面反对善后大借款，一方面严究宋案主凶，暗示宋案与袁世凯有着直接关系，善后大借款是个大阴谋。
在大家都有诚意的时候，什么事情都好说，你好我好大家好。几个月之前孙中山不厌其烦劝说各位同志相信袁世凯，现在则到处指责袁世凯不可信，从天使到魔鬼，这在孙中山和革命党人那里无须转折无须铺垫。国民党下决心武装抗争，决心武装反袁，担心袁世凯在独裁道路上越走越远。这是孙中山的说法。而袁世凯好像此时也有点失去理智，以为孙中山、黄兴等人太过分，反复声明假如孙中山、黄兴和国民党胆敢起兵闹事，扰乱政治和社会，那么他必定将以中华民国的名义出兵讨伐，绝不客气。大局危机越来越不可收拾。
居间调停南北
在南北纷争日趋严重时，章太炎并没有坚定地站在南方国民党人的立场上，当然也没有站在袁世凯立场上，他似乎对南北双方都有点儿不满足，都有点儿看不上。章太炎能够看上的只有黎元洪，所以他在南北纷争日趋紧张的日子里，只愿意与黎元洪保持一致，甚至愿意站在第三者的立场，努力调解南北纷争，希望双方都不要诉诸武力，还是回到国会中和平解决。
当南北分歧越来越严重调解无望时，章太炎的方案也在变化，以为既然纷争不可调解了，那么就尽量保全大局吧，为了这个大局与和平，章太炎请求大总统袁世凯退位，并声明不再出面竞选总统，有点儿像前临时大总统孙中山一样，退居民间。这是对北方的要求和期待。
