1549年，耶稣会传教士圣方济各·沙勿略在鹿儿岛上陆，这是天主教踏上日本第一步。日本正处于战国时代，织田信长敌视寺庙，在他的庇护下，天主教盛行。倘若他不死于部下叛变，或许日本变成基督教国家也说不定。织田放鹰捕鸟，送给传教士示好。信徒们大嚼牛肉，以示信仰上帝。不过，耶稣会巡察使叹息：日本的领主们不理解欧洲国王为何耗巨资布教，认为最终将掠夺土地以补偿。丰臣秀吉顶替了织田，蓦地翻脸把天主教定为邪教。取代丰臣的德川家康1612年发出禁教令，翌年驱逐传教士。第二代幕府将军德川秀忠大量处死潜伏的传教士和窝藏他们的信徒。第三代将军德川家光为阻止基督教传入，断行海禁。排查天主教信徒的手段是“踏绘”，即踩踏耶稣或圣母玛丽亚的像。在各地施行，被特许贸易的荷兰人和中国人也不例外。
1637年岛原（今属长崎县）、天草（今属熊本县）的农民不堪苛政，揭竿而起。这两地的旧领主信奉天主教，很多农民也入教，新领主按照幕府禁教令残酷迫害。起义军固守一座城池，抵抗数倍之众的幕府军。统领松平信纲采取各种方法，终于镇压住起义军。这是一场宗教战争。为根绝异教徒，实施“寺请”制度。每个日本人都隶属于一个佛寺，叫作檀家，登记在册。檀家是施主，寺庙像派出所一样管理户籍，施主结婚、旅行、外出打工之际开具介绍信，证明此人不是邪教徒。这个制度一直延续到明治五年（1872年）制定户籍法。江户时代日本人生下来就有固定的宗旨、宗派和家庙，但这样的宗教恐怕只能说是行政管理，并不是信仰。一度岌岌可危的禁止杀生食肉的戒律也复活，违反者甚至处以流放远岛的重刑，整个国家变成了一座庙。政权与寺庙联手，根除异教，刹住了饮食生活西洋化趋势。吃洋食要等到1873年明治政府废除了对基督教的禁令，文明开化，才重新开始。战败后生活向美国看齐，终于不成功，1980年又提倡营养上较为合理的日本式饮食了。
佛教的终极理想是解脱，从烦恼的束缚中获得自主性自由。大乘佛教出现了救济思想。佛教本来信仰释迦牟尼，也就是信仰创始人，但日本信徒不是信仰释迦牟尼，而是崇拜开山祖师。他们被当作佛菩萨的化身，例如亲鸾是观音菩萨的化身。宣说本尊之教的祖师比本尊更重要。祖师的行状对于信徒来说就是人生的指导。归根结底，信仰的是人，而不是神。
神道是神道，佛教是佛教，这是近代以来的意识。近代以前，所谓宗教是宗派之教义的意思。寺庙与神社分家，各干各的，终究清除不掉根深蒂固的信仰习俗。神道是土著信仰，但现行神道是明治维新时代编造的，只有百余年传统。观赏皇室行事，有模有样，很有点古色古香，便认定是古来的传统，其实是近代的保留节目。北京天坛公园的祭天活动是娱乐，根本无关乎宗教。1873年，已经是明治六年，日本才屈从欧美的压力废除了“寺请”。寺庙不能强迫居民当施主，但家里死了人，还要请和尚做法事，哪里找和尚，可能又找到过去曾管过自家的那个庙。外来的思想与文化不断地冲击人们的心，难以定于一尊。虽然标榜无宗教，日本人也受到扎根于日本风土的宗教文化影响，形成了特定的宗教观。日本人的无宗教，不是无神论，也不是否定宗教，往往是不属于哪个宗教团体的意思。日本人属于宗教团体，而不是属于那个宗教，不属于信仰。这大概也与源于村落共同体的集团性有关。
奈良药师寺金堂的药师三尊像（药师如来、日光菩萨、月光菩萨）是日本佛教美术的杰作，这金堂毁于1528年。据住持高田好胤（他是药师寺历史上第一个娶媳妇的）说：“战败后，药师三尊天气好的日子日光浴，下起雨来，得打着伞做法事。”今天的富丽堂皇是1976年重建的。贫困时，热的是邪教，佛教热是富起来之后的事。
