1931年10月10日，西大举行本科第一届新生（理学院第一班30人）开学典礼，马校长在会上发表慷慨激昂的讲话，他说：“广西大学成立了，从此，广西有了自己的大学，不必去外省读书了。广西经济贫困，是文化落后的省份，首先办实用科学。所设理、农、工3个学院，今年先招收农科和工科学生，以培养建设广西必需的人才。现在所请的教授是全国知名的教授，希望现招收的第一届学生勤奋读书，不要辜负广西父老的希望。”“我们要提倡这样的学风，师生共同生活，教授似家长，学生像先生的子弟；学生很用功，自修时间均在自修室自修。”“我们提倡‘锄头主义’来建设美好的校园。有了‘锄头主义’，才能有强健的体魄，才能担负起建设广西的任务。”
马校长亲自撰写校训：“勤恳朴诚。”
他还撰写了广西大学的校歌，歌词是：
保卫中华，发达广西，是我们立校本意；
为国牺牲，为民工作，是我们求学目的。
努力，努力，大家一齐努力，
求得知识，练好身体，更遵守严格纪律。
努力，努力，大家一齐努力，
对内团结，对外抵抗，为祖国奋斗到底。
学校行政组织分教务处、训导处、总务处，各处下设各小组。院系有理学院一年级1个班，预科三年级9个班，共有学生588人。
1932年9月，理学院成立数学、物理、化学、生物4个系，并成立农、工两学院。农学院分农学、林学两个系，实习有农场和林场；工学院设土木工程系，次年增设机械工程系，实习有机械工厂。
1934年秋，工学院又设采矿专修科。马校长亲自兼工学院院长，盘珠祁兼农学院院长，马名海为理学院院长。
1935年9月，广西大学将矿冶专业改为采矿冶金系。生物系因两年来无人报考，事实上并未开班。自此，全校理、农、工3个学院9个系，其中理学院有学生114人，农学院136人，工学院202人。另，附中学生350人，总计802人；有教职工90人，其中理学院30人，农学院23人，工学院23人，附中专任教员8人，语言科教授、讲师6人。
学校开办费为100万元，1931年复课后，5年经费由每年20万元增至28万，临时费年近20万元。到1935年底，校产共达1亿2000多万元。
说到广西大学初具规模，不能不感谢校长马君武博士。
马君武重回广西，致力于办好广西大学，努力培养广西人才，可谓呕心沥血。居正先生在《马君武碑铭》中，说马在广西大学的创建过程中“一木一石，一瓦一椽，一几一席，悉心擘画，手胼足胝，虽在疾中，未尝少息”。
西大第一届毕业生苏宏汉先生多年之后回忆当年的情景，仍然激动不已。他说：“蝴蝶山的沟坎是我们填平的，操场的土方是我们挖的，所有路旁的树木是我们栽的……将一座荒山建成幽雅安静而美丽的校园，这都是马校长策划的结果。”当然，这仅仅是校园面貌的改变，更重要的是广西大学在基础很薄弱的起点上，迅速获得了超常的发展，接近或跟上国内先进大学，引起全国的瞩目，这不能不说是马校长的功劳。
他儿子马保之回忆，马君武平日以俭朴著称，家居生活中除许多书籍外，陈设极为简朴，全都是陈年的旧家具。饮食方面，他从不讲究，如果他单独吃饭，煎两个荷包蛋就是佐餐佳肴。担任孙中山非常大总统府、大元帅府秘书长、总长、省长、大学校长期间，穿的都是长衫、布鞋，他不爱穿西服或当时的制服。他的官职不低，权力不小，但从不苟取一文，也从不浪费一文，操劳一生，遗留下的只有6000元港币的存款。他经常告诫两个儿子：为人务宜诚实、勤俭，切不能损公肥私；为人应该堂堂正正，光明磊落，才能扪心无愧。为了要儿子做到勤俭，在上海市郊杨行居住期间，叫儿子干农活，除护理果园之外，要他们踏水车、挑水。马君武从来就要求儿子成年后该自力更生。马保之筹办婚礼时，父亲叫他对婚礼的费用自行负责，且叮嘱不宜铺张，只将100元当作“见面礼”送给儿媳，还自撰并书就一副很有教育意义的楹联——“诚实为做人初基，勤俭乃立家根本”，送给马保之夫妇。
但为了建校，或有穷学生向他借钱，马君武却能慷慨解囊。
马君武是工科出身，广西大学初创阶段对理工科特予重视，当时经费很少，他特别强调要添置一些实验用的仪器。马君武一贯认为科学教育必须重视实验，绝不能仅凭课本和讲授，必须通过实验，才能增加学生的感性认识。所以他经常要求、督促有关人员，尽可能地将财力用在增加实验仪器方面。尽管实验仪器价格较贵，而且要往上海、广州去采购，仅一个材料试验机便花了20万元，在当时是件了不起的事情。康有为去世之后，他的家人有意将其藏书出售，马君武得知消息后，立即派人前往接洽，花了6000元，将康有为的2万余本私人藏书收购，运回梧州广西大学。当时，学校藏书达76000多册，其中中文占七成，外文占三成，善本古籍2万多册，报纸32种。故学校图书设备胜过当时中山大学。
为了吸引、鼓励各地人才到广西大学任教，马君武对外来教师给予相当优厚的政策，发给不同于本省教师的工资，尽可能安排最好的房子。马君武的大儿子马保之（原名马保罗），从金陵大学毕业后，马君武要求他约两位同班同学到广西大学任教，并指定儿子担任生物学助教，每周只上两个下午的课，但规定儿子每晚都要到教室，答复学生中有关化学、生物、数学、英文等方面的问题，还规定助教必须住在蝴蝶山上学校的宿舍中。当时，马保之每月的薪水是120元，外省籍的助教每月的薪水却比他多40元。父亲向儿子解释：广西既穷，又缺少人才，想将外省籍的老师罗致到广西来很不容易，外省籍的愿意来西大任教，只能用这种多给一些钱的办法来鼓励。
当时的广西，通用两种语言，一种是广话（白话），另一种是官话（桂林话），马君武要求将讲广话和讲官话这两种不同语言的学生，混合搭配在同一间宿舍，目的在于让两种不同语言的学生便于沟通感情，不易产生隔阂，也不致形成地域观念。
马保之回忆，父亲虽然住在山下，但除了假期之外，不论晴雨寒暑，他每夜都提着马灯上山巡视课室和宿舍，经常参加学生的讨论，有时也解答一些学生提出的问题。父亲的责任心很强，性格相当急躁，见到学生或教师中有时有些不对的地方，往往严加批评，受批评的通常不敢作声，他自己却从没意识到自己性格的急躁。他为官、办学都相当严肃，从不徇私情，不用私人。业余时间，他常和同事、学生闲谈，有时很风趣，引起一片笑声，往往使人忘却了他严肃的一面。他的朋友黄炎培先生曾说过：“马君武博士像一位幽默大师，当他轻松的时候，谈笑风生，诙谐不绝；当他严肃的时候，那分幽默感就消失到九霄云外去了。”
当时，大多数学生是农村富绅子弟，来到梧州读书，第一次见到繁华的城市风光，有的人便有点沉醉其中，老爱往城里跑，影响了学习。马君武便在全校学生大会上语重心长地说：“蝴蝶山自然景物幽美，形势天成，榜山横于前，阻隔混浊之梧州不映眼帘，盼大家少到市里，以节省金钱和韶光。于兹正值春风惠临，绿柳发芽，水碧山青，春鸟乱鸣，应乘时努力学习，往应该去的地方，如往图书馆、实验室、体育场和大自然去，以求得智识，练好身体。”
他曾为学生梁庆培写有一联，以鼓励学生励志，并勉励学生注意品行修养和勤奋治学。联曰：
守身严似犬防贼，治学勤如蜂筑巢。
后来，又在此联之下加了两句，成七绝一首，名为《示梁生》：
但使每年增一尺，到头终比万山高。
在马校长的得力治理下，西大日益健全和壮大，影响也越来越大。校内教师的教学、科研成果不少，学生的学习风气异常浓厚。马君武曾说过这样一段话，来描述西大的教学氛围：“西大有一种精神，就是‘大家拼命’，这或许是别间学校所没有的。”
他亲自为学校制订了“上山主义”，即要学生发扬建校时期的艰苦精神，以劳动为荣，保勤俭之本色，不受浮华繁艳的诱惑。他自己身体力行，爱校如家。他说过：“我有两个家，一个是很小的家，一个是很大的家，就是广西大学……当我在外面时，很多人问我，你在低头想什么？我答，我在想我的家……没有一天不挂念着。”
为了这个“家”，一度恃才傲物的马校长，却多次低下“勇武”的头颅。传闻他曾求张学良为其捐助一笔办学款，张学良拒见，他便在张的公寓门房外待了一夜，张学良只好接见。
作为一个教育家、大学校长，马君武对待学生既以言教，又以身教，既关心学生的学习，又关心他们的生活。他经常在中午或晚间去学生宿舍看望学生，检查学习，了解情况。在学生自修时，他常常提一盏马灯或一只灯笼，到学生宿舍，一个个房间巡视点名，问学生学习上有什么困难，教师讲课讲得怎样，有什么问题等等。学生有时向他提出数理化课程上的问题，请他解答，他能解答就当时解答，不能解答则说“我明天晚上答复你”，并且言而有信。因此，他对几百个学生中，哪个勤奋，哪个偷懒，学得怎样，都了如指掌。正因为如此，每个学生都不敢偷懒，晚上都能按时自修。
马君武对贫寒学生更是关心有加。他在校内筹集“苦学基金”，基金由学校银行存款利息和教职工自愿捐助的钱组成，用来鼓励成绩优秀而家境贫寒的学生能继续完成学业。《学生免费暂行条例》规定奖学金分6个等级：在一个学期内每次月考各科平均成绩在90分以上的，可以免去全部学杂费、伙食费和书籍费，这是最高级的奖励。学期各科平均分数达80分以上的，可免学费，这是最低的奖励。二者之间，又按成绩高低，还有4个等级。另外，还搞勤工俭学，以补贴学生生活费之不足。当年在西大读书的贫苦学生，好些人就是依靠获得奖学金和工读苦学成才的。
马校长慧眼识人，对可造就的人才悉心培养。著名教授秦道坚（台湾大学教授），青年时期家庭困难，上不起学，听说广西大学可以半工半读，便来到梧州，给马君武校长写了一封信，信中除了介绍自己的情况，还特意要求学校能安排勤工俭学。马君武得知他在考试中成绩排名第二，当即在信上批示：准予注册，应交的膳、宿、学、杂费日后再定。入学不久，秦道坚因身体不舒服，有一天上课时竟趴居桌子上睡着了。恰好马校长来巡视，他将秦道坚唤醒后说：“才九点钟就困了，你可要好好用功。”言罢转身而去。秦道坚要求工读的事却一直没有批下来，每逢收费的日子，会计部门就会将一张欠费条子送来，弄得他有口难辩。好不容易期末考试成绩出来了，他考的是第一名。第二天，马君武就叫人把他请到校长办公室，对他说：“拿着条子到会计室去，把这一学期欠的费用结清，以后每天在化学实验室工作两小时。”
秦道坚一直称马君武为恩师。粤桂战争时，秦道坚流落到香港某报馆当临时书记，他想到上海求学，又没有钱。马君武得到消息后，立即汇来路费，叫他到上海后暂住在自己家中，后又介绍他到上海大夏大学读书。当时还有二十多个西大预科生在上海求学无门，马君武照顾他们生活的同时，分别介绍他们到各大学读书。
马君武任校长时，爱才如宝，用人唯贤，在选择教员时，不论其贫富，不以衣着取人，唯才是用。有青年教员郑建宣，壮族，广西宁明县人，与马君武非亲非故，武昌大学毕业后，在省立四中即梧州中学教书，只因教学有方，被马君武聘到西大当助教。一天深夜，当他正在阅览室埋头备课时，被巡夜的马君武碰见。马校长对这个勤奋工作的年轻助教留下了深刻的印象，通过深入的了解、考察，马校长认为郑建宣是一个可造就的人才，于是，在1933年派他去英国曼彻斯特大学留学，后来回西大任教。1980年，我辈采访郑建宣先生时，他任西大副校长。他说，他回国时，马君武已不当校长，寄居上海，他便到上海拜访马校长。马校长一见他，非常热情，倒茶让座，又捏捏他的手臂，笑呵呵地说：“国外的洋面包，把你养得又白又胖了。”他向马君武请示是否回校任教，马校长当即说：“你是广西人，用广西钱留学，怎么不回广西？”并亲笔写信向广西大学推荐。年过古稀的郑副校长，回忆起四十多年前见到老校长时的情景，仍然热泪盈眶，激动不已。
郑建宣教授不仅自己热爱广西、热爱西大，后来，他的儿子、我国著名的高能物理学家郑志鹏教授同样热爱广西、热爱西大。父子俩的“西大情结”让人敬佩：当年，广西大学送郑建宣教授留学英国，他的老师是诺贝尔奖获得者小比尔格教授；1978年，郑建宣教授的儿子郑志鹏被选送到德国留学，其老师是诺贝尔奖获得者丁肇中教授。星移斗转，1958年广西大学重建，从吉林大学请回郑建宣，任命为广西大学常务副校长；1989年，广西区党委任命郑志鹏教授兼广西大学副校长，到了1995年至1997年，郑志鹏兼任广西大学校长，为西大申报“211工程”（即国家教委制定的在21世纪建设100所重点大学的规划）做出了重大贡献。1996年，西大申请“211工程”获得教育部通过。
西大不了情，父子两校长，一时在广西传为美谈。
因此，差不多所有在马校长任内读过书的学生，都爱戴马君武。有人这样描绘马校长与学生之间的关系：“他视学生如儿女，学生视他为父母。”
然而随着局势的发展，这样的好校长却受到国民党军政当权者的排挤，最后不得不离开广西大学。这是后话。
