嘉靖三十四年（1555年）秋天，戚继光从山东调到浙江御倭前线，任浙江都司佥书。次年被推荐为参将，镇守宁波、绍兴、台州三府，不久又改守台州、金华、严州三府。这些地区是倭寇时常出没、遭受倭患最严重的地方。戚继光到任后，针对“卫所军不习战”的弱点，多次上书请求招募新军。经过几个月的严密组织和艰苦训练，他建立起一支以义乌农民和矿夫为主的3000新军，并创造了“鸳鸯阵”的战术，用以训练士兵。这支军队英勇善战，屡立战功，被誉为“戚家军”。
嘉靖四十年（1561年），倭寇50余艘船2000余人聚集于宁波、绍兴海面伺机入侵。戚继光立即督舟师出巡海上。倭寇遂离开台州防区骚扰奉化、宁海，以吸引明军，而后乘机进犯台州。戚继光将军队一部守台州，一部守海门，自率主力赴宁海。倭寇侦知戚军主力去宁海，台州空虚，遂分兵三路分别进攻台州桃渚、新河、沂头。戚继光部署兵力，与敌人展开了台州大战。
台州大战，由新河、花街、上峰岭、藤岭和长沙之战组成。
四月二十四日，倭寇大肆抢掠新河城外各地。城内精壮士兵大都出征，留守者人心惶惶。戚继光夫人挺身而出，发动妇女守城，迫使倭寇不敢贸然逼近。二十五日，在宁海的戚继光令胡守仁、楼楠二部驰援新河。二十六日，倭寇逼进新河城下。这时，援军赶到，双方展开激战。入夜，戚军打败倭寇，残倭从铁岭方向逃走。次日，乘胜追击，将残倭打得落花流水。此战杀敌约200人，保住了新河。
戚继光击败宁海之倭后，听说进犯桃渚之敌焚舟南流，改进精进寺。他认为敌人这样做，是想乘虚侵犯台州府城，于是挥师南下，决定急行军先敌到达府城。二十七日中午，双方于离城仅1公里的花街展开激战。戚军前锋以火器进攻，杀死敌人前锋头目，并连斩7倭。敌人主力大败退逃。戚军即分兵两路猛追，将一股敌人沉于江水中，另一股被歼灭于新桥。只一顿午饭的工夫就结束了战斗，共杀敌300余，夺回被掳民众5000余。
四月二十五日，泊于健跳沂头海面的倭寇，二十八日登陆，五月一日进至台州府城东北的大田镇，妄图劫掠府城。戚继光率1500余人在大田岭设伏，与倭寇对峙。敌人闻有备，于初三日沿间道逃至大田，欲窜犯仙居，劫掠处州（今浙江丽水）。大田至仙居必经上峰山，山南是一狭长谷地，便于伏击敌人。戚继光先敌人到达上峰岭，令每人执松枝一束隐蔽身体，严阵待敌。五月四日，倭寇列10公里长队向仙居方向行进。五日经上峰岭南侧，远望岭上满山丛松，未见有兵，毫无戒备，待倭寇进入伏击圈，鸟铳齐发，戚军列一头两翼一尾阵，居高临下，勇猛冲杀。倭寇措手不及，仓皇应战，当即有数百人缴械投降。余倭被迫退至白水洋朱家大院，被戚军围攻，全部被歼。这次战斗，戚家军以少胜多，共斩杀300余人，缴获兵器近1500件，夺回被掳民众1000余。六日，戚军凯旋台州府城。
五月十五日，戚家军又取得了藤岭战斗的胜利。五月二十日，消灭了窜犯宁海以北团前、团后占据长沙之倭寇。从四月下旬开始，戚家军以少敌众，在一个多月的时间里连续取得了新河、花街、上峰岭、藤岭、长沙等战斗的胜利，消灭倭寇数千人，使侵犯台州的倭寇遭到毁灭性的打击，次年.倭寇窜犯宁波，温州，戚家军和其他明军配合，全歼倭贼，此后，倭寇未再大规模进犯台州地区，浙江的倭患基本平息。
浙江倭患平息后，倭寇纷纷南下骚扰福建，福建成为倭患中心。嘉靖四十一年（1562年）七月，戚继光被派往福建剿倭。
戚继光入闽碰到的第一个倭巢是横屿，这是福建宁德县城东北海中的一个小岛，岛上倭寇有数千人，盘踞数年，明军无可奈何。戚继光决心攻拔这一据点。他让士兵每人拿一束草，随进随用草填泥，士兵摆成鸳鸯阵，戚亲自击鼓，士兵在战鼓声中踏草前进。上岸后，兵士奋勇当先，与倭寇展开激战。后续部队也涉过泥滩，双方夹击，乱了敌倭的阵势，很快占领了倭巢，并将其焚毁。此战生擒倭寇近30人，斩300余，解救被掳男女800余人，取得了入闽抗倭的第一次胜利。
横屿之战后，戚家军在宁德稍作休整，便向福清挺进，相继攻拔福清境内的数个倭穴。八月二十九日抵达福清城，九月二日于牛田（今福清东南）大败倭寇，大部歼灭，救出被掳男女900余人；九月十三日，乘机奇袭盘踞林墩的倭贼，歼灭倭寇4000余人，救出被掳男女2100多人，消灭了兴化（今莆田）一带的倭贼。十月间，戚家军班师回浙江，从事休整和补充兵员，以俟再战。
戚继光回浙后，倭寇又大肆劫掠福建沿海。嘉靖四十一年底攻陷兴化府城，在城中烧杀奸淫掠夺，无恶不作，盘踞两个多月才弃空城退出，经岐头攻陷平海卫（今莆田县平海），以此为巢，四出骚扰。福建再次面临倭患的威胁。明朝调新任福建总兵俞大猷和先期援闽的广东总兵刘显与戚继光一道抗击闽倭。
嘉靖四十二年（1563年）四月，戚继光抵达福建，立即察看倭巢地形。在攻击平海卫倭寇的战斗中，戚家军为中军，担任正面进攻，俞大猷为右军，刘显为左军，从两翼配合攻击。二十一日，戚家军以胡守仁部为前导分兵三路，以火器打乱了倭贼前锋骑兵，乘势发动猛攻，俞、刘二部从两翼投入战斗。倭寇三面受敌，狼狈窜回老巢。三路明军乘胜追击，将敌人围困于巢中，并借风火攻，荡平了倭巢。此战只用了四五个小时，歼倭2000多人，解救被掳男女3000多人，明军收复兴化城。
平海卫之战后，戚继光又率部消灭了原侵扰政和、寿宁的倭寇。嘉靖四十三年（1564年），又相继大败倭寇于仙游城下、同安王仓坪和漳浦蔡丕岭，斩获颇多。余倭逃往广东。至此，福建倭患基本平定。
嘉靖四十四年（1565年），戚继光与俞大猷配合，歼灭了广东的倭寇。至此，明东南沿海抗倭之战取得了最后胜利。
倭寇的侵掠骚扰，给东南沿海地区的人民生活和社会经济造成了极大的破坏，平定倭患，使人们能安居乐业，发展生产。在平定倭乱的过程中，明朝政府的一些官员认识到，“海禁”既不能限制私人海上贸易，也不能防止倭寇。反而驱使沿海居民走上武装走私的道路，与倭寇内外勾结，为害颇大。嘉靖末年，比较有远见的官僚，纷纷建议政府解除海禁，发展海上贸易。到明穆宗隆庆时，明政府开始取消“海禁”，准许对外通商。这无疑顺应了社会经济发展的趋势，促进了正常的海上贸易和东南沿海商品经济的发展。
抗倭战争的胜利，与广大人民群众的支持和其他抗倭将领的配合是密不可分的。戚继光率领戚家军实现了他的“封侯非我意，但愿海波平”的灭倭志向，在剿倭战争中，戚继光身先士卒，与士兵同甘共苦，严格要求士兵，不准扰害百姓，做到兵民相体，在战略战术上，攻其无备，出其不意，进攻重集中兵力打歼灭战，防御重积极主动而不是机械地死守，在防御中伺机反攻，创造了独树一帜的“鸳鸯阵”，发挥集体互助、长短兵器结合的机动、灵活、严密的作战力量，有效地打击敌人。这是戚家军屡败倭寇的重要原因，也是戚继光和戚家军留给后人的一份宝贵财富。
