不久之后，北京城经历了剧烈的变化。农历甲申年，即公元1644年，在短短的2个月之内，北京城的主人是换了又换。三月十六日，李自成军队到达北京西北的昌平县，火烧皇陵。三月十七日，起义军兵临北京城下。三月十八日，起义军进入北京外城。这天上午，李自成给崇祯皇帝写信，要求和谈，要价也不高。李在信中说：“北京政府割让西北一带给大顺军，实行高度自治；北京政府拨付一百万两白银慰问大顺军；大顺军可以替北京政府打击敌对势力，包括剿灭东北满清政权等”。但是，割地赔款这顶政治帽子太吓人了。明朝文武大臣和皇帝都不敢碰。于是北京朝廷的殿阁大学士和部院大臣们一个接一个在皇帝面前慷慨陈词，愤怒谴责李自成的狼子野心，表示要血战到底，誓与北京共存亡。宝贵的和谈的机会就这样被错过了。三月十九日，起义军进入北京内城，李自成坐到了金銮殿的龙椅上。义军几乎没有遇到明军的抵抗就占领了整个北京城。三月十九日清晨，众叛亲离的崇祯皇帝只好到煤山上吊自尽了。只短短几天时间，明朝的中央政权就被推翻了。真是天有不测风云，人有旦夕祸福。李自成入主北京后，立即勒令原明朝官吏和大户人家退赃。一时间，作威作福惯了的原明朝士大夫和富户开始人心惶惶，准备逃亡。
胡翰林当时寄住在林可任家。只见一队义军士兵冲进林府，到处翻箱倒柜。有一个义军头目指着林学士和胡翰林说：“狗贪官，不杀你们，就算对你们客气了。”然后，义军携带搜获的财物再去下一家。林学士对胡翰林说：“天变了，我们食朝廷俸禄，当以死报之。只是听说圣上已从齐化门往东去了，我们应当尽力去追随圣上。”于是林学士和胡翰林扮作老百姓，从小路逃亡。中途，他们走散了。林学士被乱兵杀死，胡翰林被一队义军抓住关在京郊一个寺庙。胡翰林受不了士兵羞辱，趁人不注意，就要上吊自杀。幸好被寺庙主持救了下来。
转眼一个月过去了。一天，胡翰林发现义军士兵在小声地商量着什么事情，似乎有什么大事情发生了。第二天，胡翰林起来一看，发现义军早跑的一个不剩了。寺庙外面，许多老百姓成群结队往南逃。大家向一名逃亡的老百姓一打听，才知道真的又发生了一件大事情。先是明朝钦命总兵官吴三桂从宁远回师勤王，刚走到山海关不久，就听说皇帝已经自尽，李自成部队已经占领北京了。吴三桂权衡利弊后，率部向李自成投诚。李自成命令吴三桂交出山海关，率部来京听封。吴三桂走到半途，听说自己在京城的府第被抄，父亲吴襄被打。刘宗敏还抢走了吴三桂的爱妾陈圆圆。吴三桂一听，怒发冲冠，说：“大丈夫不能保全自己的女人，还有何面目回去见人。”于是吴三桂立即率部调转头来，重新夺回山海关，并在山海关整顿兵马，准备与李自成部队决一死战。李自成随后亲率十几万人马，押着明朝太子及二王和吴襄，向山海关吴三桂逼来。吴三桂暗地里请满清八旗兵助战。四月十三日，李自成部队与吴三桂部队在山海关前决战。正杀的难分胜负之时，清军乘机向义军冲杀。李自成兵败如山倒，被迫退回北京。又于四月三十日火烧皇宫，放弃北京，往山西而逃。所有义军也跟着跑了。那个吴三桂带领明军到了北京城外，原想进城恢复明朝，不想满清摄政王多尔衮不许吴进城，命吴径直去追击李自成。现在北京的主人又变成了满清鞑子。另一名百姓对胡翰林说：“听说满清八旗兵烧杀掳掠、剃发食肉，与我们汉人不同民族。我们还是快逃吧！”胡随着众难民逃到固安县后停了下来。
胡翰林在固安县城每日占卜行医，掩人耳目，混口饭吃。他在街上闹市区摆个摊桌子，挂出“胡半仙算命测字”的招牌就营业了。当时固安县的县官及一些大户人家已经开始逃难，整个县城乱哄哄的。一日，胡半仙看见一个大胖子员外和一个婆子吵吵嚷嚷朝他的方向而来。那两人越走越近。看样子，那胖员外蛮有钱，那婆子蛮泼辣。胖员外对胡半仙说：“大仙，请您给我们算一卦。现今兵荒马乱的，满清鞑子又要打过来了。您说我们老百姓是留在城里好呢，还是躲往外地好？”胖员外话刚说完，那婆子就揪住那员外的耳朵说：“好啊。我就知道你心痛那两个小娘们，不想走远路。你说，我娘家那里哪点比这里差？”那胖员外痛的哎呀哎呀直叫，求那婆子快放手。那婆子揪了好一会儿，才松手。胖员外捂着耳朵给自己打圆场：“老婆你这是干嘛？让人看笑话！”
胡半仙一看一听全明白了。这婆子想全家躲到她娘家去，而这员外因带着几房妾室还犹豫不决。于是胡半仙给他们占了一卦。卦上写着：“千好万好不若家山好”。胖员外见了卦词听了胡半仙的解释后又眉开眼笑。他对那婆子说：“你看，老天爷都要我们留下来。搬家的事，我们还是再等等看。”于是，胖员外拿出一两银子给胡半仙，表示感谢。并说，如果此卦应验的话，将来还有重谢。
不久，清兵进了固安县城，张贴安民告示。告示要求全县官吏士民各安本业，而清兵竟然没有烧杀掳掠。那员外见家产和妻妾果真无事喜出望外，遂又封了十两纹银给胡半仙。胡半仙几次推辞，可那员外硬要把银两塞给他。胡半仙没法，只得收了银两。两人又闲谈了许久才散。这时胡翰林的打扮言行还真像个胡半仙。胡也借机打听到不少消息。当胡听到恩师林学士已死于乱兵之手时，真的是不敢相信，眼泪是流了又流。胡几次想去北京城林府一探究竟，怎奈北京满清重兵驻扎，他这个前明的翰林官还不宜暴露身份，遂不敢成行。
明朝北京失守，崇祯皇帝上吊，吴三桂引清军入关并占领北京一带的消息很快传到南京。各路逃难的官吏、士人纷纷聚往南京。侯方域也回到南京，投在南京兵部尚书史可法门下。
四月底，聚在南京的众文武大臣因为议立新帝一事分为“拥潞”派、“拥福”派和中间派。“拥潞”派，阴主之者，礼部侍郎钱谦益，力持其议者兵部侍郎吕大器，右都御史张慎言然之。前山东按察使佥事雷寅祚、礼部员外郎周镳往来游说。但是凤阳总督马士英、革职废员阮大铖、司礼监韩赞周、操江提督刘孔昭、江北四总兵黄得功、高杰、刘良佐、刘泽清、魏国公徐鸿基、吏科给事李沾、监察御史朱国昌主张拥立易于控制的福王，反对拥立贤明的潞王，成为“拥福”派。吏部尚书高弘图、礼部尚书姜曰广、兵部尚书史可法等部院大臣一时犹豫不决，没有公开明确表态，是为中间派。
史可法与姜曰广私下商议拥立人选时，对“拥潞”一事含糊地说：“此兵端也！”在史可法的言论被别有用心的人泄露之后，“拥潞”诸人气势汹汹，舆论大哗。史可法只好引避不言了。
在这种情况下，马士英极力拉拢中间派的核心人物史可法，约史可法在浦口密谈。正在史可法还犹豫不决时，马士英联合诸镇率军五万，拥着福王朱由崧浩浩荡荡直奔南京北岸仪真县。史可法万般无奈之下，只好拥着福王先往南京而去。马士英则亲率大军驻扎南京江北岸，与操江提督兵马遥相呼应，已等同于逼宫。
甲申年五月初一日，南京朝堂之上，大明众臣见风使舵，福王荣登大宝。福王对众臣加官晋爵。凤阳总督马士英，倡议迎立，功居第一，升东阁大学士兼都察院右都御史，仍督凤阳等处军务。吏部尚书高弘图、礼部尚书姜曰广、兵部尚书史可法皆升补大学士，各兼原职。总兵左良玉、黄得功进封侯爵，总兵高杰、刘良佐、刘泽清进封伯爵。其它各官都有升赏。不久，史可法上奏设江北四镇，自请赴扬州督师。已复任光禄寺卿的阮大铖也上“江防策”。马士英借福王名义，下旨加史可法太子太保，以兵部尚书兼东阁大学士赴扬州督江北四镇。命阮大铖为江防兵部侍郎，旋升兵部尚书，总督南京城江防事宜。
