继续旅行的小智一行人，在海上认识了开船的小美，并且收到小美的邀请来到船上朝下一个小岛前进。
“今天天气真好啊，大家都出来吧”上船后，小霞把神奇宝贝们放出来，大家都到水里去玩了，当然旱鸭子可达鸭还是只能在船上呆着。
不过好景不长，突然前方出现了大片黑云，而皮卡丘谨慎的看着那些黑云，两个脸颊也开始出现电火花。
“皮卡丘感觉到了吗”小智摸了摸皮卡丘，皮卡丘对着小智点了点头。
“不用担心一切都有我”小智抱起皮卡丘，而小霞也收回她的神奇宝贝。
海上开始出现风浪，船因此剧烈的摇晃，小霞也抱紧波克比，大家只能抱着栏杆，不知道船会飘往何处。不过小智心里大概知道是怎么回事了，洛奇亚的剧情要来临了。而同时，世界各地也出现了各种不同寻常的天气，也引起各类人士的关注。
等稳住船后，他们已经来到了目的地，小美在船的上方，看着远方说道“亚细亚岛橘子群岛海域的尽头”
“不知道洛奇亚知不知道项链的来历，毕竟海里突然出现那么巨大的快龙，它应该不会不知道的”听到小美的话，小智心里想到，手放在项链位置上。然后在水流的带领下，大家上了亚细亚岛。
“终于得救了，也许是我们运气好吧”从船上下来后，小霞稍微平复了心情的说。
“真的得救了吗”不过这时小建发现了他们远方出现了许多的带着奇怪面具的人，吓了一跳。
“这不是小美吗”这时其中一个人一边说着一边把面具摘了下来，是一个女人而且认识小美。
“是小优啊”而小美也认识那个女人，原来叫小优“从曼陀林分校分别后，算起来有五年没见了呢，不过那种打扮是什么啊”随后小美又问小优说。
“祭典啦，今天岛上会有祭典举行”小优回答说。
“小优，你还是当上祭典吹笛子的女巫吗”小美一听小优的话，就知道了还是以前的祭典，而且小优是充当吹笛子的女巫。
“我现在也不是小孩子了，祭典女巫由我妹妹担任了”不过小优则是说她不再是祭典女巫了。
“什么妹妹，谁是祭典女巫了，我当姐姐的妹妹真是不幸”然后看到远方出现了一个女孩子，不过穿着很现代，而且还带着一幅墨镜，和四周的人群看起来有超时代的画面。
“那是什么打扮，祭典用的衣服呢”而小优也看着妹妹的衣服不太认同，看来这姐妹俩有点分歧。
“我才不要穿那么老土的衣服呢，而且祭典是从傍晚才开始的”妹妹吐了吐舌头，然后回答说。
“真是没办法，小美这是我的妹妹芙萝拉，这样也能当巫女，时代真是变了”小优向大家解释了妹妹后，又吐槽了一下“这几位是”随后小优看到了小智三人，于是问道。
“他们是神奇宝贝训练家”小美介绍说。
“神奇宝贝训练家，太好了”听了小美的话，大家都激动的欢呼起来，弄的小霞几人一头雾水，而小智是知道原因的，看来又要拯救世界了。
“传说中随着世界毁灭，海之神出现，并与优秀的指挥者一起平息诸神的愤怒，指挥者也就是训练家，你就是那个训练家”而后从人群中走出来一位老爷爷，最后指着小智说他是那个训练家，也就是指挥者。
“你是神奇宝贝训练家”这时，芙萝拉也走了过来打量着小智。
“你好，我叫做小智”小智自我介绍说。
“哎呀，皮卡丘看起来很不错，不管了按照惯例亲一个，这是欢迎之吻”而芙萝拉听了小智的话后就要亲过来。
而小智看着马上要亲过来的芙萝拉，立刻就慌了起来，虽然瑟蕾娜不在这里，但小霞在这里啊，不知道她会不会吃醋的，不过还是被芙萝拉在脸上轻轻点一下。
“等等，这是什么惯例啊”小霞这时才反应过来了，迅速上前去，挡在小智面前，对芙萝拉说道。
“祭典开始了”老爷爷这时宣布祭典活动开始了，而小智他们也随着人群加入了祭典当中。
“这边的祭典真的不错啊”跟着祭典活动了一会儿后，小智坐在一旁大吃特吃，而在它一旁的神奇宝贝也加入战局，小智对它们说等一下会有很麻烦的战斗，现在它们都在养精蓄锐。
“是啊”小霞也慢慢融入庆典了。
“是那个女孩，我看出来了”突然传出一阵悦耳的笛声，而后前方的平台上出现了一位女孩，头戴白纱，一边跳着舞一边吹着笛子，很是梦幻，而小建则是说道。
“真的很漂亮”小智赞美了一句，不过下一句却是“真的是同一个人吗”
“天地愤怒世界毁灭之际，海之神出现，与优秀的指挥者一同平息诸神的愤怒，小智如果你真是那个优秀的指挥者的话，就请给我们看证据吧，到附近三个岛拿到三个宝物，然后放到岛上的祭坛上，然后由我来向众神吹奏奉献之笛，这样就结束了”芙萝拉跳完舞后就走到小智他们面前并且对小智说。
“那宝物在哪里”小智故意问道。
“在各个岛的神社中”芙萝拉一边吃着一边回答说“而且到岛上有船，到神社还有楼梯，很简单的”芙萝拉又解释了一番，看来历年来的祭典都很简单，不过小智想说今年可是不一样的。
“那我们现在就出发吧”小智想到这件事情越早处理越好，于是现在就出发。
“不用着急，祭典要持续到明天，明天早上再去也来的及”而芙萝拉则是觉得事情很简单，不需急着去。
“还是现在去，早点结束比较好，今天的事今天完成。小霞你们就待在这里等我的好消息吧”而小智则是坚持自己的想法，收起神奇宝贝，带着皮卡丘就出去了。
“小智等等”小霞还没说完，小智便离开了他们的视线。
“船我来开吧，我送小智先去火之岛”小美这时也跑了出去，说要载小智过去。
可惜，船刚到一半，海上就起了风浪，这让小智有点进退两难。
而就在此同时，大木博士研究所“橘子群岛是小智他们现在旅行的地方？如果发生危险，小智一定又会独自去面对”听了新闻说是橘子群岛的海底洋流发生了变化后，小智妈妈担心的说。而后大木博士也接到了内木博士的电话，说橘子群岛的神奇宝贝们也发生了异动。
“终于到岸了”经过了一路的颠簸后，终于平安的抵达火之岛，不过把眼睛里的蚊香去掉就真的平安到达。
“船长在这里等我吧”小智说了一声后，然后带着皮卡丘就朝神社跑去。
“这个应该就是宝物了，时间紧迫，我还是快点离开好了”到神社的路上可以说比较安全，没有发生什么事情，而后就看到前面一个建筑物里有一个红色发光的珠子，小智看着它自言自语的说到。
当小智走上前去，把珠子拿了下来，而后就看到红色珠子里好像有一股火焰在燃烧，拿起来感觉很温暖，小智也没管那么多，收起来就要去下一个岛拿其他的宝物。
不过离开的时候又遇到拦路虎
“火箭队经典台词”
“火箭队，我今天很忙，没时间和你们耗”小智知道今天拖越久就会越麻烦，所以没有时间浪费在火箭队身上。
“你忙关我们什么事，把皮卡丘交出来就放你过去”武藏则还是想要抓皮丘。
“你们的对手是我们，小智你快去别的岛，这里我们帮你挡住”这时小霞他们跑了过来，挡在了火箭队面前。
“小霞你们怎么来了”小智问道。
小霞还没有解释，又出现意外了。
就在这时突然有大量的闪电袭来，闪电到处肆虐。
“那是”对于出现冒着闪电的黄色大鸟，小建非常的好奇。
“闪电鸟，电和飞行系的神奇宝贝，同样也是传说中的神奇宝贝”小智严肃的看着闪电鸟，他现在没有时间和闪电鸟打。而与此同时，闪电鸟也停在了神社上，身体四周发出大量的电流，而本来的火山口也被电流而改变了。
“怎么回事”小霞感到自己好像有点飘起来的感觉很是担忧。
“是电气场地，它在改变这里的场地属性”小智说到。
“原来如此啊喵”喵喵在旁边也随后说道。
皮卡丘放出电流和闪电鸟交流。
“这种攻击根本就无效”武藏看到后则是很不解。
“不是在攻击，是尝试交流啊喵，这是电系神奇宝贝的交流方式，它说这里明明是火焰鸟的岛，为什么要到这里来喵”喵喵翻译说。
皮卡丘看到没有反应于是加大了电流输出，终于使电流缠绕上了闪电鸟，闪电鸟开始变得不耐烦了，也随后给了回应。
“它说这个岛的主人已经不见了，既然不在了，就由我来支配这个岛喵”喵喵为大家翻译，闪电鸟也随后放出更多的电流，好像是要彻底的改变这个地方，来适应自己，不过突然所有的电流都开始向上传去，仿佛受到了什么吸引一般。
“那个是什么”而后就在大家的眼前出现了一个庞大的飞行物，小次郎吃惊的喊道。
两个方形金属物突然把小智一行人和火箭队圈了起来，而后另外两个金属物也把闪电鸟给关了起来，随后带着大家向飞行物飞去。
“是火焰鸟”进了飞行物后，小智就看到了旁边被关着的火焰鸟。
“原来火焰鸟被抓来了”芙萝拉听了小智的话后有点吃惊。
“你们是没收到邀请来到这里的人，觉得如何火之神火焰鸟、雷之神闪电鸟，我的新收藏品”这时从上方出来一个人，并对小智他们说道。
“等一下大叔，收服神奇宝贝为什么不放在神奇宝贝球里，这样不就是侮辱他们吗”小霞听了大叔的话很生气，对着大叔喊道。
“我不是神奇宝贝训练家，是收藏家，能用我的眼睛看到的东西，才是收藏品”大叔说完后，就把小智他们从关的地方放了出来。
“急冻鸟，开始行动了”这时大叔前面出现了一段影像，是急冻鸟“要出来了，冰之神”随后大叔就上去了，完全没管小智他们，看来认为小智他们翻不出什么大浪。
而此时，全世界的神奇宝贝们都开始向亚细亚岛前进，大木博士和小智的妈妈也乘上了前往橘子群岛的飞行船。
“这里好像写着什么”芙萝拉看着旁边的石板。
“火之神、雷之神和冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将令世界走向灭亡”芙萝拉为大家翻译石碑上的文字。
“怎么会这么严重”小霞惊呼到，这确实难以让人相信。
“如果世界灭亡了，就没有精灵可抓了，我们会失业的喵”喵喵这时想到自己会失业。
“小霞你们让开，我来救火焰鸟它们”小智示意他们退后，然后拿出神奇宝贝球。
“出来吧喷火龙，妙蛙花”小智放出两个大将“喷火龙对着火焰鸟使出爆炎电击，妙蛙花对着闪电鸟使出阳光烈焰”它们两个的攻击足以破坏那些金属物。
随着一声巨响，火焰鸟和闪电鸟成功脱逃了。
“成功了”看到火焰鸟和闪电鸟逃了出来，小霞高兴的喊道。
“是啊”小智也很高兴，不过它们现在正处于愤怒状态，随后它们就撞破墙壁飞了出去，开始破坏飞行物。
“怎么办要撞上了”由于飞行物被火焰鸟和闪电鸟破坏，所以失控了，开始向下坠去，看着向下坠去的飞行物，火箭队担忧的喊了起来。
“大家快点抓住喷火龙”小智收回妙蛙花，然后一起离开飞行物，至于火箭队就只能祈祷他们安全了，小智实在无暇顾及了，不过以他们的“坏人主角光环”或许除了自己就他们最不怕死了。
“小智你看”成功着陆后，小霞指着前方对小智说道。
“看来我们降落在雷之岛了，我正好需要这里的宝珠，你们等我一下”看到前方的神社和黄色的宝珠，小智就知道是到了雷之岛，而后就上前把宝物拿到了手，黄色的透明宝珠里面有电流在乱动，而且有麻麻的感觉传来，像皮卡丘的电击疗法，小智赶紧把它放到口袋里，而后带着大家离开。
“他们完全愤怒了”随后传来火箭队的声音，看来他们也安全着陆了，不过火焰鸟、闪电鸟和不知什么时候出来的急冻鸟愤怒了，开始乱放技能，完全变成一场大乱斗。
“我们快点到祭台上去”等它们到祭台的时，一只河马王正等着他们。
“把宝物放到那里”河马王用心灵感应对着小智说道。
小智听后立刻向那边跑去，把火之宝物和雷之宝物放到了祭台对应的位置上。
“他们过来了”小霞这时看着向这边一边飞一边放着技能的火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟，对小智说道。
“可恶我们还差一个”小智说到。
“海之神洛奇亚”不过就在他们到的时候，从海里传来一股漩涡激流，把他们阻碍在了外面，而后出现了一只神奇宝贝，河马王看到神奇宝贝的真容后说道。
“这是海之神”芙萝拉听了河马王的话重复说。
“海之神只有在拯救世界的时候才会出现，不过也无法阻碍世界的灭亡”芙萝拉看着天空中和火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟缠斗的洛奇亚说道，看来她知道一些传说。
“只有当火之神、雷之神和冰之神拥有的宝物与海之笛调和的时候，才能消除他们的愤怒，现在能完成这件事的只有优秀的指挥者——小智”而后洛奇亚通过心电感应向小智表达了解决这次事情的方法。
“为什么你会知道我？不过算啦，大家就在这里等我吧”小智这时站了出来。
“可是小智”小霞还想说些什么，不过被小智打断了。
“我拿到两个宝物了，只剩下冰之宝物，我现在站在拯救世界最近的位置，虽然这一路也许会很艰难，可是我想要拯救这个世界，如果世界毁灭了，就没有神奇宝贝了，没有大家了，我不能让世界毁灭，而且传说中也只有优秀的人类指挥者才能拯救这个世界，我现在是最符合的了”小智也看着前方的冰之岛和火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟。
“我们走吧洛奇亚”小智骑着洛奇亚离开了。
在骑着洛奇亚前进的时候，三只鸟发现了小智它们，火焰鸟不断的释放喷射火焰，闪电鸟释放十万伏特，急冻鸟释放急冻光线，不过洛奇亚都用技能和防护罩给挡住了，不过这撑不了多久。
“出来吧喷火龙，水箭龟，妙蛙花”小智决定派神奇宝贝拖延一下它们。“水箭龟对付火焰鸟，妙蛙花对付闪电鸟，喷火龙对付急冻鸟”
面对三圣鸟，喷火龙它们都是很傲的神奇宝贝，毫不畏惧的对着它们出招。
虽然一开始大家和三圣鸟不相上下，随着时间拖延，逐渐大家都落入下风了。
“可恶，难道真的只能这样吗”小智从背包里拿出喷火龙和妙蛙花的mega进化石。
他之前一直不用mega进化，是因为他觉得神奇宝贝它们本身的潜力还没有完全挖掘出来，贸然使用mega进化会让它们产生过分依赖，这对它们的未来发展是种弊端，所以决斗场上他宁愿输，也不愿提前使用mega进化，不过现在情况不一样只能破例了。
不过看着手里只有两个mega进化石，他突然在想水箭龟怎么办，看来只能在旁辅助攻击了。
不过洛奇亚眼睛向后看了看小智，似乎知道小智有困难，它用念力从羽毛里取出一样东西，飞到小智手里。
“洛奇亚这是”小智看到飞到自己手里的东西居然是mega进化石，还是水箭龟的。
“这是我在海里一个遗迹中发现的，当初发现它的不一样，所以就收藏了，现在送给你了，反正留给我也没什么用”洛奇亚说到。
“那真是谢谢你了洛奇亚”小智说到，对他来说得到这个是一件开心的事。
“洛奇亚麻烦你把大家都传送过来”小智对洛奇亚说道。
“没问题”不一会大家都出现在小智面前。
火焰鸟它们突然发现那些胆大妄为的家伙突然不见了，等它们回过神来看到全在洛奇亚那里，气冲冲的杀了过来。
“各位接住这个”小智将mega进化石对应抛给了喷火龙，水箭龟和妙蛙花。
然后将项链拿了出来，紧紧的握住它，这也是他第一次使用mega进化，心中有一丝紧张。
小智先闭上眼睛，然后舒一口气，睁开那充满自信的眼睛，全身散发着淡蓝色的波导喊道“喷火龙，水箭龟，妙蛙花mega进化”
一声巨吼响彻天地，就连远处的小霞她们也发现了洛奇亚那里的情况。
“那是什么”小建指着那个方向，他们只看到三条如同基因链一样的东西，散发着光芒。
而小智这边，key石分出三条半截的链条，同喷火龙它们对接，光芒包裹着它们。
等光芒散去后，小智直接后退倒下，大口大口的喘气。
“小智没事吧”皮卡丘担心道。
“我没事，就是有点用力过度一样，休息一下就好，mega喷火龙，mega水箭龟，mega妙蛙花你们的任务还是阻止三圣鸟”小智摸了摸皮卡丘同时给喷火龙他们下令到。
喷火龙它们对着小智点了点头，朝三圣鸟冲了过去。
小智这边有喷火龙它们的阻挡，很顺利的来到了冰之岛，穿过冰之森林来到了冰之洞穴，小智他们在经过了长长的冰之洞穴后成功的平安到达了冰之岛的神社。
“终于拿到冰之宝物了”小智看到神社后，就立刻跑上去将宝物拿了下来，蓝色的宝珠中有蓝色的冰冻射线在跳动，还有凉凉的感觉，小智马上将他收起来。
“宝物呢”沿着冰山向下跑去，洛奇亚出现并问小智。
“当然拿到了”小智拿出宝物给洛奇亚看。
“上来吧”随后洛奇亚就把小智驮上了背，不过这时一道火焰和闪电打了过来，洛奇亚马上开启防护罩，赶紧离开这里，火焰鸟和闪电鸟在后面紧追不舍。
“看来即使得到新力量，现在也不是这些神兽的对手”小智的想法没错，火焰鸟它们经过了那么长岁月的时间，除了见识短一些，战斗经验却非常丰富的。
“喷火龙，水箭龟，妙蛙花再拖住它们一会儿就可以了”小智大喊道。
“洛奇亚加快速度”暂时摆脱了火焰鸟和闪电鸟的纠缠，小智对洛奇亚说道。
“我明白”而后洛奇亚也全力加速，现在天气由于三神鸟长时间失控，天气开始反复无常起来，乌云遮蔽了天空，不断的劈着闪电，飘着雪花，还有龙卷风从水中卷出。
“洛奇亚，小心后面”就在马上到达祭坛的时候，突然从后方飞来四个三角形的金属环，小智一看，是那个收藏者的机器，于是提醒洛奇亚，而后洛奇亚也反应过来，使用了它的专属技能空中爆破，金色的能量呈射线远距离的射向坠落于雷之岛的飞行物，直接把它破坏掉了，而没了飞行物的控制，金属环无力的掉了下去。
“小智快点过来”没了阻碍，终于平安到达了祭坛所在的位置，小霞她们也跑了过来。
“我没事，第三个宝物我也拿到了”小智立刻跑上祭坛，把最后的宝物放到了所处的位置“芙萝拉剩下的拜托你了”看到三个宝物就位后开始发出红色、黄色和蓝色的光芒，最后综合为绿色充填于祭坛，并从中流出绿色的泉水，绿色的泉水把周围的铭文充填后，攀上四周的七根石柱，把石柱转变为了翡翠，小智对芙萝拉喊道。
随后芙萝拉走上祭坛，吹奏起了笛子，随着笛声不断传播，七根翡翠般的石柱也随着韵律和音符而发光，绿色的泉水不断的涌出，从祭坛向下流去，泉水向大海远处扩散，绿色的开始晕染，大海完全染成了发光的绿色。
而就在这时，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也随之复原了，围绕在四周飞舞。乌云散去，天空开始慢慢放晴，明媚的阳光照耀着大地，覆盖的冰雪慢慢消融，绿光散尽后大海终于又呈现了蓝色，展现了它的广博。
“上来吧小智”洛奇亚看到世界复原后，俯下身对小智说道。
“好”而小智则非常高兴的攀上洛奇亚的背，皮卡丘也跳上了小智的肩膀，而后洛奇亚就带着小智飞上了大海的天空，小智俯瞰着下方的大海非常的兴奋，途中小智把喷火龙它们收回球里，经历了这么一场大战，它们现在需要休息。
虽然刚才也经过，不过那时是要带回冰之宝物没有时间欣赏，而且这时洛奇亚的身后从海里带出一股海流，在空中前进，非常壮观，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也飞在一旁，之前来橘子群岛的神奇宝贝们也要各自回自己的故乡了，现在是真正的天海交融了。
飞行了一段时间后，海流回落于大海中了，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也飞回了自己的岛屿，洛奇亚则是把小智送到了祭坛所在的岛上，芙萝拉这时也停止了吹奏，祭坛也恢复了原样。
“就把我当成传说中的存在吧，对于这个世界来说也是一种幸福”事情都圆满的结束了，时间也到了傍晚，红色的夕阳映照着大家，大海也被染成了红色，洛奇亚此时也要离开了，他通过心灵感应对大家说道。
“洛奇亚，你认不认识这个，这是用你和凤王的羽毛做的”小智举起来它的项链和GS球。
洛奇亚看了看项链，又看了看GS球说“小智这是你应得的，具体的我不太清楚，现在也不能告诉你”随后洛奇亚就潜入了水中离开了。
“这是我应得的，到底是怎么回事”小智在洛奇亚那里不但没有得到答案，反而得到了更多的疑问。
“小智，小智”这时一旁有人在呼喊小智打断了小智的思路。
“妈妈”原来是小智的妈妈他们终于从祭坛后的山上爬了上来，小智看着急切跑过来的妈妈，却非常的尴尬，他没听妈妈的话。
“小智我看到了，为什么做这么危险的事，总是把自己置身于危险之中”小智的妈妈气喘吁吁的跑过来就非常生气的问小智说。
“可是小智拯救了这个世界”小霞则是在一旁替小智说话，希望缓解一下气氛。
“快点来研究这件事吧，返回真新镇了”大木博士刚到这里后就急着回去研究了，小智的妈妈因为是同一班机，所以也只好跟着走了，小智本来还想和妈妈多聊一会儿呢，不过现在没有机会了
又解决了一件事，第二天，小智他们又要踏上旅行，岛上的居民都为小智送行。
