小智一行人挑战完漩涡列岛大赛后，得知在银岩岛有神秘神奇宝贝的消息，为了满足好奇心，小智一行人决定前往银岩岛打听关于神秘神奇宝贝的消息。
“前面就是海底隧道了，穿过那里，我们就可以到了”反正在漩涡列岛呆的时间已经很长了，所以小智一行人来到了银岩岛，这里到处都是银色的岩石，还有用银色岩石制作的纪念品，不过来到这里没有什么特别的事情发生，所以小智就带着小霞、小刚来到了海底隧道，想要去那边的冲岛看一看。
“能走在海底下的洞窟，真的不可思议啊”走进隧道，小霞看着四周的岩壁说道。
“没想到可以直接到达银岩岛，这个洞窟真的很长啊”小刚也觉得不可思议。
“那里就是出口了，我们走”原来已经不知不觉的到达洞口附近了，小智说完就率先向前跑去。
“等一等我们”小霞他们也随后跟了上去。
“这是……雷恩”到达目的地，小智看见一只皮卡丘在草丛里面出现，这正是石英大会和自己对战过的皮卡丘雷恩，并且在寻找什么。雷恩也看见了小智等人，一时间愣了下来。
“雷恩？你怎么会在这里”话说阿弘应该不会抛弃自己的神奇宝贝，既然雷恩出现在这里，那么阿弘百分之百也在这里。
“果然，你也在这里”小智转头也看见阿弘出现在附近，很欣喜的能看见以前的对手。
“是小智啊”阿弘看到小智非常吃惊“自从石英大会之后就没有见过”随后大家一起找了一块岩石坐下来，阿弘怀念的说道。
“是啊”小智回想自己获得石英大会冠军已经过去这么长的时间了“对了，你来这里有什么事情吗”
“我是来寻找神秘的神奇宝贝，我来以前做过关于神秘的神奇宝贝的资料，根据目击的人员报告和征集来的书籍确定了神秘的神奇宝贝经常出现的地点就是这里，所以我就来这里调查了。小智，你呢”阿弘比较在意小智为什么会出现这种地方。
“我们之前参加了漩涡列岛大赛，其他的岛屿都去过了，只有这一座没来，所以就到了这里”小刚回答道。
“我们也一起来帮忙寻找神秘的神奇宝贝吧”小霞提议道。
“好”小智知道神秘的神奇宝贝是洛奇亚，这个洛奇亚和橘子群岛的那个有关系，所以小智想问它一些事情。
“我们去那边看一看吧，那里没人居住，也许神秘的神奇宝贝会在那里，船我都准备好了”阿弘指着不远处的一座小岛说道，而且船都备好了，看来是有备而来。
一个电灯怪和一个从来没有见过的神奇宝贝与一个小男生玩耍在一起，不亦乐乎。
“别这样电灯怪，你把海水拍打在我的脸上干嘛”小男生装作非常生气的样子，但是依然没有掩饰住自己的笑意。
“有人”小男生发现不远处小智等人划着一艘小船到了附近，小智一行人似乎没有注意到小男生的存在。
“小银，你到附近躲藏起来”小男生让神秘的神奇宝贝藏起来不让发现“记得，千万不要让那些人发现你”
“小弟弟，你知道附近有什么神秘的神奇宝贝么”小智等人发现了早他们前面到的小男生，打听关于神秘的神奇宝贝。
“你好，我叫修平。虽然我经常到这里来玩，但是你们所说的神秘的神奇宝贝我没有见过，我只见过常见的神奇宝贝”修平东张西望，害怕被别人看出自己知道关于神秘的神奇宝贝的事情“要是有的话会引起大的骚动”
“不对，我刚才看见这里不仅有电灯怪，而且还有其他的神奇宝贝”阿弘确定自己刚才发现了两只神奇宝贝，但是现在修平身边只有一只电灯怪。
“你们是不是看错了，这里水这么多，是不是被水闪到看错了”修平不自然的看着阿弘，如果真的暴露出来小银可能会出现危险。自己还是不相信眼前这些陌生人。电灯怪为了配合修平所说的话是真的，不断的点头。
“你们最好不要相信外面那些谣言，相信对谁都不好”为了掩饰自己的心虚，警告小智等人后转身游泳离开了。
“真的么？或许真的没有所谓的神秘的神奇宝贝”小智无奈的摇摇头，看来这一次还是没有具体的消息就要离开了！
“那么我们只好先去其他地方寻找一下了”小刚他们同样表示无奈，当初自己也是抱着满满的好奇心随着小智一起来调查的。既然得不到具体的消息，随即也打算离开了。
“看来他们打算离开了，小银没有危险了”修平松了一口气，小智等人的离开让修平放下了警惕，看来没有留下什么破绽。
小银看见小智等人离开，太过无聊又出现在海面和修平一起玩耍。
“小银，你出来的话会被发现的”小银突然出现让修平吓了一大跳，小智等人并没有走远，万一这个时候回头真的会被发现的。而一边的小智还没有察觉到，此时只要他们能转身，就会看到修平嘴里的小银就是洛奇亚的孩子！修平同样没有察觉到不远处有两个神秘人在隐蔽观察着修平和可爱单纯的小银开心的玩耍在一起。
“什么声音”这时突然传来一声凄厉的惨叫声，小霞立刻问道。
“那边”小智的波导感觉对方了，然后转身向前跑去，小霞他们也迅速追了上来。
“啊——”大家一路疾跑来到刚才的地方，看到修平抱着小洛奇亚快速的逃离后面的潜艇，潜艇还时不时发出能量球攻击他们。
“又是你们”潜水艇上方伸出一个平台，上面站着两个人，阿弘看到俩人后喊道，看来之前有接触过。
“哦呵呵呵（亚马多版火箭队台词）”。
“是亚马多和小三次”
“是小三郎啦，刚才不是报过名了吗”小智怀疑他是不是那个南波博士的儿子，为什么这两个人的名字总是被人叫错。
“又是你们，还有上次妨碍我们的小鬼”亚马多这时双手抱在胸前，看着小智他们说道。
“火箭队，赶紧放了洛奇亚”小霞这时对着亚马多他们说道。
“做梦，这个洛奇亚是我们的了，好不容易碰到，我们绝对不会放过这个机会的”亚马多当然不会同意小霞说的话。
“那就没得说了，蓝鳄决定是你了”对坏人小智没什么好说的，抢回来就对了。
“去吧，戴鲁比”“去吧，柯波朗”亚马多和小三郎看到小智派出了神奇宝贝，也派出了戴鲁比和柯波朗来应战。
“去吧，克鲁兹”阿弘也派出了一只神奇宝贝。
“是沙基拉”小刚看到阿弘派出的神奇宝贝，吃了一惊，毕竟沙基拉是强力和稀有的神奇宝贝，特别是进化成班吉拉以后，非常强大。
“戴鲁比，喷射火焰”“柯波朗，连环腿”
“蓝鳄，水炮”“克鲁兹，铁头功”
柯波朗旋转朝这边过来，由于蓝鳄的水炮射程范围大，在柯波朗还没有靠近的时候就被蓝鳄的水炮打了下来，那边阿弘的克鲁兹则是硬顶着喷射火焰使用了铁头功，把戴鲁比撞了回去。
“我的克鲁兹外壳可是很硬的”阿弘对于自己的克鲁兹非常的有自信。
“可恶，回来吧戴鲁比、柯波朗”亚马多和小三郎完全占不到便宜，气愤的收回了戴鲁比和柯波朗。
“皮卡丘十万伏特”趁着他们收回神奇宝贝，小智直接让皮卡丘攻击。皮卡丘的电流打在上面，虽然没有让潜艇爆炸，但却让潜艇发生故障，开始自动下潜。
“可恶，撤退”亚马多和小三郎马上钻进潜水艇里去，有这帮人的阻挠暂时无法捕捉洛奇亚，而且最重要的是不要让潜艇继续下沉，他们可不想来个海底求生记。
“火箭队已经跑了！你可以上来了”小刚对着海面的修平喊道。
修平闻言，望着刚才收回神奇宝贝的小智他们，在听到小刚的话后，才从海面中上岸，对着众人朗声道“多谢你们！才让小银逃过一劫”
“不用不用，倒是你没事吧”小霞对着修平说道。
“没事了，它呢，叫小银”修平指着那只幼小的洛奇亚说道。
“呜～”小洛奇亚也缓缓从海面上爬上岸，对着众人欢叫，似乎感谢搭救一般。
众人带着好奇心望着小洛奇亚，与巨大的洛奇亚呈现在众人的震撼感不同，娇小的洛奇亚仿佛迷你型一般，充满着可爱感，小霞好奇的走向小洛奇亚去，虽然它不是水系神奇宝贝，但是它确是被称为“海神”。
小智仔细的观察着洛奇亚，微微皱起眉头，果然是太小还没掌握战斗方法，而且每天生活在父母身边，没进行过特训，不然以洛奇亚先天的资质来看，就算是幼年期，对抗刚才那两个毫无战斗能力的火箭队根本没问题。
“果然是洛奇亚啊～”小智望着小洛奇亚说道，手放在洛奇亚脑袋上拍了拍，他在想洛奇亚母亲什么时候来？
“洛奇亚”阿弘闻言，顿时带着疑惑的神情朝小智望去，小智见此，将自己在橘子群岛遇到洛奇亚的故事慨述一遍给阿弘听，阿弘闻言，有点惊叹的点点头，没想到小智还有这般奇遇呀。
就在此时，小智的波导感觉有人在靠近，于是说到“有人来了”众人闻言，先愣一下，随后，伴随着一艘船靠岸，小洛奇亚连忙躲到修平身后，众人望着那艘船，不到片刻，一位穿着条纹背心，身下穿着紧身牛仔裤的靓丽少女从船下走下来，小智见到那人惊讶喊道“露佳小姐，你怎么会在这里”
这个露佳小姐是小智在漩涡列岛的时候认识的，小智帮她找到了她祖父留下的洛奇亚的羽毛。
“我是来寻找答案的喔”那名被小智称为露佳的少女缓缓说道，将项链上的小盒缓缓打开，里面正躺着一条洛奇亚的羽毛。
“怎么了”小智突然发现修平一直看着大海，于是问道。
修平听着耳边传来微凉的语气，随后望着小智笑道“没有，我在看现在这个时候，洛奇亚的母亲应该要来接小银了吧”
“洛奇亚的母亲”众人一惊，顿时齐喊道，随后一想，也是哦，有孩子就应该有母亲，下一秒，小智等人眼神再次变的兴奋起来，终于又可以见到洛奇亚了。
这时，小智突然感觉到有一股波导正在海底以极快的速度朝这边靠近，忽然，众人发现海面上渐渐浮现出一个巨大的黑影…
