而就在小智他们说话的时候，荣格博士突然被凭空出现的一只化石翼龙给抓了起来，向着屋后飞去。
“荣格！”大木博士看到后，一边向前跑，一边向荣格博士伸出手，想要救下荣格博士。
“爷爷！”不过跑了没几步后，突然再次出现了一只化石翼龙，把大木博士也给捉了起来，小茂喊道。
“喷火龙！喷射火焰！”小智当然不会让大木博士就这样被捉走，喷火龙嘴里喷出一道蓝色的火焰，向着空中的化石翼龙冲去。
“什么？”不过突然在弹道飞行轨迹上，出现了一只怪力，硬生生的用身体挡住了喷射火焰，接着就化为了一堆数据，消失了，幻影的主谋者也趁着这个时候离开了。
“小茂，我们上，要赶快救出大木博士，喷火龙，龙舞！”看到镰刀盔和多刺菊石兽向着喷火龙而来，小智立刻让喷火龙用剑舞强化。
“水箭龟，剑舞！”小茂那边也选择了强化，“水之尾！”刚强化结束后，就一击水之尾抽飞了一只太古盔甲，被抽飞的太古盔甲在空中化为了一堆数据。
“龙爪！”小智这边也不慢，喷火龙一个加速冲到镰刀盔和多刺菊石兽身旁，龙爪使出，直接打散了这两个数据。
“厉害。”小茂说道。
“你也不赖！”小智和小茂背靠背，说道。
“喷火龙，龙尾！”说话的时候，一只怪力冲了过来，喷火龙一个神龙摆尾就把它打散了。
“比比？”小茂说道。
“求之不得！”小智也是满满的战意。
“爆炸燃烧！”
“水炮！”
被两人的神奇宝贝轰炸的全场已经打扫的差不多了。
“哟！看样子我赢了呢！”小茂说道。
“喏，早着呢，那边还有三只，你也不过是多打了一只而已。”小智撇了撇一个方向，还有三只。
“这是怎么回事？”不过突然这三只幻影神奇宝贝自己解散了，变为了数据，向着研究所内而去，小茂看到后，不明所以。
“大家小心！”而这时刚刚被捉走的大木博士带着一只梦幻向这边跑了过来。
“大木博士，你没事吧？”小智看到大木博士后立刻问到。
“嗯，不过……”大木博士表示自己没事，随后看向研究所。
“哈哈哈……”
“幻影的主谋者？怎么会是荣格博士？”随着一声怪笑，幻影的主谋者再次的出现了，不过这次没有带面具，居然是荣格博士，而他的身旁也有一只神奇宝贝，小茂看到后不解的说。
“是超梦，怎么会？”随后小茂看到那只神奇宝贝则是大吃一惊。
“不，它不是超梦，是幻影系统所制造出来的。”小智一看就知道是怎么回事。
“没错，这是幻影超梦，是最强的神奇宝贝！”幻影的主谋者说道。
“爷爷，这到底是怎么回事，还有这只梦幻？”小茂发现一切都超过了自己的认知，所以问一旁的大木，而后大木博士就向大家解释了，原来一开始的幻影主谋者只是幻影，想要大木研究所的研究数据，大木博士不给，不过突然出现了这只不同寻常的幻影梦幻，幻影的主谋者非常的痛恨这只梦幻，说是失败品，就从这里大木博士推断出了这个幻影主谋者是荣格，不过荣格用这只幻影梦幻胁迫大木博士最后把研究数据交了出来，而这些数据中不乏小智告诉大木博士的关于传说中的神奇宝贝的数据，荣格把所有的数据整合，制造出了眼前的这只幻影超梦，是对当年神奇宝贝联盟把他踢出神奇宝贝学界的报复。
“居然会是这样！”大家了解到事情的真相后，都非常的吃惊。
“我要让你们看看我的理论是多么的完美无缺，还有小智，居然说我的幻影神奇宝贝只是堆砌的数据，那就让你看到它的实力！”随后荣格博士就操纵着幻影超梦向这边攻了过来，两发铁尾就把水箭龟给打败了，喷火龙也是被打了个半残。
“水箭龟！”小茂看到暴鲤龙被打败后担心的喊了一声，随后把水箭龟收了回来，小智也收回了喷火龙。
“说你的幻影神奇宝贝是堆砌的数据，这是事实。”小智也有点火大，居然胁迫大木博士，并且打败了自己的神奇宝贝，“超梦，让他看看谁才是真正的超梦。”小智一边说着一边甩出了一颗大师球。
“我当初复制的神奇宝贝至少还是真正的生命体，虽然我很希望看到自己的同类，不过它只是一堆数据罢了。”超梦早已知道事情的始末，看着眼前这个和自己相似外表的神奇宝贝面无表情的说，随后一发波导弹发射而出。
“你居然有真正的超梦！”荣格看到小智的超梦后也是吃了一惊，“不过，它是比不过我的完美的幻影超梦的！”看到幻影超梦成功的用一只手挡下了超梦的波导弹后，荣格说道。
随后就是超梦和幻影超梦在对轰，各种技能甩出，不过双方全部都挡了下来。
“可恶，既然这样，就不要怪我了！”看到自己占不到上风，荣格操纵起了手中的仪器，只见幻影超梦的身上出现了好多的头，风速狗、阿柏怪、班吉拉等等神奇宝贝头，随后各种绝招同时发射了出来。
“超梦，精神破坏！”面对荣格的大招，小智也让超梦使用了精神破坏来阻挡攻击，超梦也不负众望，从身体中辐射处大量的粉红色能量波挡住了幻影超梦的攻击，一阵阵烟雾撞击产生。
“小心！”而就在这时，幻影超梦再次发射了一道破坏死光，不过不是朝着超梦，而是想着小智他们而去，超梦第一时间就发现了，不过自己正在抵抗着幻影超梦的其他攻击，无暇顾及。
眼看就要攻击到小智他们了的时候，“砰”的一声，用东西阻挡住了攻击。
“是梦幻！”看到发着绿色罩子帮小智他们挡住了攻击的梦幻，小胜说道。
“可恶，你这个失败品，不要再来妨碍我了！”荣格看到后，生气的双手颤抖，幻影超梦突然撤掉了攻击超梦的攻击，一个瞬移就出现在了梦幻的前方，一个尾巴抽击，把梦幻抽上了天空，接着两只手上变出两颗头，发射出两道破坏死光，打向梦幻，这一切都在一瞬之间，小智连反应的时间都没有，就看到梦幻被打中了。
“miu——”梦幻在痛苦的叫声中慢慢的变为了数据消失了。
“这失败品终于消失了！”荣格看到梦幻消失后，笑着说道。
“你错了。”小智此时低着头，看不清是什么表情，“它不是什么失败品。”小智的双眼散发着红光，一脸平静的看着荣格。
“小智！”在小智一旁的小霞有点担心，他刚才在小智低头的时候看到了小智的眼角有亮光闪过，知道那是伤心的泪水，而现在的平静是小智愤怒到极点的样子。
“什么，真是好笑，明明是你看不起我的幻影系统的！”荣格则是不以为意的说。
“它不是你的数据，它是有灵魂的，我相信它并没有消失，它只是到它该去的地方去了！”小智望向天空平静的说着，仿佛梦幻正在那里和他挥手告别一般，“荣格，你成功的激怒了我，超梦！准备好了？”，小智向超梦说道。
“要用那招吗？”
“嗯，虽然还在测试阶段，不过可以一试。”小智说道。
“那就来吧！”
“知道了！超梦！mega进化！”小智说着，从身上爆发出强大的波导，渐渐蔓延到超梦身上，肆虐的能量以超梦为中央向四周扩散，引起强大的狂风，把幻影超梦和荣格吹得睁不开眼，而小智则是完全的不受影响。
“这是……”能量散去后，出现的超梦，总有健壮的肌肉，身高也拔高了些许，力量得到了大幅提升，锐利的双眼闪烁着光芒，荣格有点颤抖，他仿佛感受到了那强大的力量，仿佛一下就会被打败一般。
“超梦，速战速决！”小智对mega进化后的超梦x说道。
“知道！”超梦也非常的生气，自从跟了小智，一直感受着神奇宝贝和人类之间的美好感情，可是这次却让他看到了人类丑恶的一面，超梦一个加速，使用神速，在百万超梦还没有反应的时候，就到了它身后，一个近距离影子球把幻影超梦打向前方，随后再次使用了神速，波导弹打出，幻影超梦被打向空中，超梦神速追上，取得幻影超梦的上空位置，双手出现了两把黑刀，这是街头试刀，“轰”的一声，幻影超梦被打到了地上，一阵烟雾产生，烟雾散去后，就看到幻影超梦躺在一个大坑中，身体正慢慢的变得虚幻，“砰”的化为了数据，而荣格的幻影系统也应声发生了爆炸，庭院中的装置一个一个的爆裂开来，彻底的报废了。超梦也退出了超进化形态，小智和超梦也是因为脱力而瘫坐在地上大口喘气
“不可能！”荣格吃惊的看着这一幕，嘴里喃喃的说着。
“好了，现在请跟我们走吧，好好赎罪然后改过自新。”大木博士看到幻影系统已经毁了，所以对荣格说道。
“不用可怜我，我的幻影系统才刚刚开始呢！”荣格却不领情，转身，走进了正着了大火的研究所。
“荣格！”大木博士喊了一声，不过被大火给阻拦住了。
就这样，事情告一段落了，君莎小姐随后赶来，不过大火扑灭后，却没有找到荣格，小智对荣格博士最后的一句话若有所思，也许之后不知道在什么地方还会再见呢。
大木博士急着赶回研究所去查看数据的损失，急匆匆的走了，而小茂则是说自己还有些时间，要和小智旅行一段时间，小智也是非常的高兴，三人踏上了新的旅途，而晚上，小智和小茂也是时不时地斗嘴打架，精彩的旅行还在继续，还不止这里
