其他区域的佐加在XIG和高速导弹的攻击下也渐渐被压制了下来，就在所有人庆祝危机被解决的时候，真正的灾难才来临，露露耶那突然出现了一个露出水面就有一百多米的怪物，算上水底的部分，起码200米。
随着怪物的出现，地球表面也出现了一层黑雾，这种黑雾带有强烈的电磁干扰，人类引以为傲的高精密电子产品瞬间就成了废物，除了一些带有反电磁设备，大都数武器装备都成了废铁，好在远在太空的部队没受到干扰。
“泽井总监，出大事了，全球的设备都失效了。”泽井总监看一个工作人员急冲冲进来。
TPC远东总部的设计就有防电磁干扰，所以没受到太大的破坏，只是，不远处的海面，浓浓的黑雾正侵袭而来，XIG总部也收到了这个待遇，林冲赶紧开启了防护罩，并且让人先撤离进动物园。
黑屋遇到保护层的时候也是被阻挡了一下，不过也就是一下，然后防护罩就失去了作用，对方似乎无视物理隔离，强光也无法驱散这东西，林冲让正木敬吾试了一下光遗传因子转换器的光，只是也就打个平手，能阻挡但无法彻底驱散。
林冲看到了这个结果，心里不免有些失望，于是告诉了泽井总监，好在林冲的星火集团开发的量子通讯没被黑屋干扰，算是唯一在黑暗笼罩下能用的通讯方式。
各地围剿佐加的TPC和XIG在黑雾出现后就停止了，因为电子干扰，几乎所有的战斗机都报废了，好在跳伞设备能正常使用，没有人在这受伤。
“林总，对于这黑雾怎么办？”泽井总监已经知道这东西的特性了，跟以前那只大蝙蝠的黑雾类似，没有质量，只是大蝙蝠的只有遮挡阳光的作用，这家伙却能够发出电磁干扰，瘫痪人类的设备。
“还能怎么办，能够防电磁干扰的也就那些宇宙战机了。”太空的环境有许多电离辐射以及电磁干扰，在太空的仪器设备一般都有防御这些的装备，林冲这是打算用这些了。
“调集火星舰队的那些吗？”泽井总监只想到了那里的。
“不行，那是为火种舰队准备的，我这XIG还有一批封存退役的，以及，算了，两个宇宙站的就不用了，万一失败了，他们也跑吧。”林冲想了想，估计也打不过，就不让那些精英送死了。
“也是，其他国家也有一些退役的太空战机，TPC还有几架改造的飞燕一号太空战斗机。”泽井总监被林冲这么一提，茅塞顿开，他没考虑这么巨大的怪兽是小小的战斗机能够对付的吗。
XIG分部和各国的空军已经准备好了迎战的战斗机，也做好了出击的准备，只是TPC这边，海面上的黑雾已经开始包围他们的远东基地了，估计会和XIG总部一样沦陷吧，不知道为什么，黑雾只是攻击这两个位置。
这时大古与丽娜早已接到队长赶回基地的的命令了，在白雪号的高速飞行之下，他们很快就回到了日本，就在返回基地的路上，他们发现整个世界已被笼罩在一片黑暗里，明明是白天，但天上一点光都没有，就像没有星光的黑夜一般，也就是白雪号用的麦克斯动力系统，不然也得在黑雾的干扰下报废。
看到这些丽娜不禁担心起来，她问大古，他们能赢吗，如果他们的命运如同以前的文明一样，注定灭亡的话，。
大古很坑的的回答说：“这算什么命运，我们一定要改变它，我坚信，我们人类一定能赢。”
丽娜受到大古的鼓舞，原本的失落浑然就消失了，不禁点了点头。
他们还没进入基地，就惊见基地已被黑雾笼罩，于是他们赶紧进入基地，好在麦克斯动力系统是用光作为动力的，对于黑雾有一定的克制，不然，大古他们还不一定能闯进去。
此刻，基地内部的人也早就发现了异常情况，野瑞发现电脑探测到一种不明物体从基地底下正在往上冲，可是安全防御系统却没有启动，也没有任何质量的反应，只有一些高层知道，这是黑暗力量的入侵。
野瑞不知所错，同时也在担心在星火集团总部的卡莲，他不停地说不可能，怎么会这样的时候，大家又接到一个大古与丽娜带来的坏消息，基地已经被黑雾封锁，就在大家商量对策的时候，八尾博士突然慌慌张张地跑来说F4机库出问题了。
那可是亚特迪斯号停放的地方，这可是TPC的核心位置，怎么会，不过现在来不及讨论对策了，野瑞用有线通讯器与F4机库里的职员进行联系，却没有应答，八尾博士解释道：“机库的工作人员已经到亚特迪斯号避难了，亚特迪斯号已经做好了出发准备。”
这是泽井总监的指示，再没法和这种力量抗衡的时候，只能跟XIG一样撤离基地，他们还不知道，目前的麦克斯动力系统和正木敬吾开发的光遗传因子转换器还是能克制一下这东西的。
宗方和大古不甘心，带着武器来到F4机库，此时只见黑雾已逼近了F4机库，F4机库里还有一部分工作人员正在慌忙撤离，得知这一情况，居间惠队长赶紧命令丽娜用电脑把亚克迪斯号调离F4机库。
丽娜熟练的操作系统，把亚克迪斯号调上了2号起飞轨道，泽井也走了进来，他已经下令，TPC都有的的工作人员都到亚克迪斯号里去避难。
TPC远东总部被黑雾笼罩的范围在不断地扩大，宗方想把防御门关上，用来隔绝黑屋，可黑雾竟从门缝里钻了出来，用物理的力量根本阻止不了它，泽井早就知道这种情况，就在所有的职员到亚克迪斯号里去避难的时候，吉冈却不肯。
他说誓死也要保住基地，决不能把基地拱手让人，这是当逃兵。
泽井很生气，对着吉刚说胜利的前提条件是他要活着，正在两人争执的时候，丽娜惊见黑雾已慢慢逼进了司令室，主系统已经失控了，野瑞赶紧启动了隔壁的备用系统，让亚特迪斯号能正常进入飞行轨道。
这时候吉冈也不得不听从泽井的命令赶快撤离，正当大家准备走出司令室时，丽娜突然注意到了大古的异常，她叫大古，大古说他想一个人去，丽娜当即明白大古是想变成迪迦奥特曼去对付那只怪物。
丽娜立刻阻止他，这时，队长也仿佛发现了什么，突然对泽井他们说，让他们先走。
大家上了亚克迪斯号，八尾博士让野瑞把麦格斯的动力充满，另一边司令室里，队长待泽井等人走后，上前对大古说道，她刚看到迪迦奥特曼时还以为见到了上帝，后来她才慢慢发现，原来迪迦奥特曼即是光也是人类，就是大古你。
丽娜惊讶的看着队长，她竟也知道了大古就是迪迦奥特曼的秘密，居间惠队长却说大古没有义务去对付一个根本赢不了的敌人，大古不明白，队长从什么时候起也变得开始相信命运了，什么叫根本赢不了。
丽娜还是一副自信的样子，她鼓励大古一定要赢，大古却点了点头，拿出神光棒，在丽娜和居间惠面前变成了迪迦奥特曼，变身时的光芒竟然驱散了一部分已经入侵过来的黑雾。
这时，正在亚克迪斯号的人已经发现黑雾已经进了2号轨道，正当他们焦急地等待队长他们时，居间惠正拉着丽娜进来了，不过此时的丽娜还在想着大古，宗方让丽娜赶紧驾驶亚克迪斯号，还不知道大古的事。
听到了宗方之后，丽娜立刻恢复了原来的冷静，这是作为战机飞行员的一种本能，只见丽娜熟练地走到驾驶座前坐下，并熟练地启动麦克斯动力系统，在麦克斯动力系统的保护下，亚克迪斯号带着TPC所有的工作人员缓缓的离开了基地。
飞出基地后，他们遇上了带着光遗传因子转换器赶来救援他们的林冲一行人。
林冲在得知TPC也被黑雾包围之后，赶紧联系正木敬吾，他们带好装备，坐上了一架太空运输机，此时也就这玩意能不受干扰的运送光遗传因子转换器这么大的东西了，像大力神这类的地球内飞行的飞行器已经在电磁干扰下报废了。
