威尔弗雷德通过杀死并吸收在场所有黑衣人的生命，将自己的力量提升到一个非常恐怖的程度，轻松战翻了在场所有人，拾柒发动了血之轮回、樊俊使用了内在潜力还是不敌，拾柒命悬一线。
为了营救拾柒，普拉琪娜体内沉眠的女武神觉醒，现世，轻松打倒了威尔弗雷德。威尔弗雷德临死前才发现真正女武神的羽毛是雪白，而不是灰白色。
女武神告知威尔弗雷德能够做到献祭生命并增强力量的，只有冥界女王赫尔，威尔弗雷德是被利用来使用赫尔宝珠吸取死去人类的力量增强冥界的力量。威尔弗雷德觉悟，自愿死后化为英灵来协助女武神，解放被赫尔囚禁在冥界的灵魂。
女武神还留有作为容纳神性躯壳的普拉琪娜的记忆，将自己的一片羽毛交给了拾柒，让拾柒能够有短时间化为女武神战斗的能力。
众人成功救出舞莎，并在女武神水镜的帮助下来到日升之国，发现日升之国原来是20世纪的日本，众人降临的地方是新宿，歌舞伎町。
在追寻平井的过程中，众人遭遇了一场人为的生化危机，在短短几个小时之内，新宿变成了一座充满丧尸和变异生命体的鬼城。
在迎战众多生化兵器的过程中，樊俊发现了平井的身影，在成功寻找到平井以后发现此平井就是现实生活中的平井，但是却拥有了一般人所不可想象的神奇力量。
平井留下了两具巨型生化兵器，并让众人在存活以后到位于亚美利亚内华达州的研究基地去找他。巨型生化兵器威力超强，宝林在战斗中为了营救单翼，注入病毒，变身成巨型仁王，击溃巨型生化兵器后化为碎片。
单翼收集了生化武器的信息，获得了身体部分变身的能力，但是身体机能会急速衰变，单翼立誓为宝林报仇。众人也从舞莎嘴里知道了黑莲成立的经过，舞莎与伍武言归于好。
通过海路前往内华达州的时候，遇上风暴，漂流到神秘小岛，岛上充满各种山海经异兽，众人被打散。樊俊蔡翔各自在迎战强敌的过程中特技发生变化，樊俊领悟终极召唤，蔡翔领悟死神来了，战胜四凶之一的穷奇之后，众人成功会合，并在鱼人部落的帮助下到达南美洲。
在南美洲地界发现塞恩古城遗迹，伍武感到似乎有人在古城内召唤他，众人进入古城后历经各种考验，最终与王下四骑士之一的深渊漫步者阿尔特留斯的幻影对决，伍武在战斗中领悟了奇迹巨雷枪和神怒，并最终获得了认可。古城中众人在阿尔特留斯的幻影指点下发现了他遗留下的阿尔特留斯大剑和狼之盾，伍武继承了A大的武器。
最终来到内华达州的研究基地，平井背后是高耸入云的一道天梯，平井告诉众人只要走上天梯就能成功离开这个游戏世界，让意识回到现实中，当然前提是要战胜平井以及手下。众人拼尽全力，终于来到了平井面前。平井化身为印度教破坏神湿婆，单翼、伍武、舞莎先后在战斗中牺牲，拾柒化身女武神也不敌，樊俊召唤出魔剑莱万丁交给拾柒，勉强与湿婆能够抗衡，蔡翔将自己生命献给死神，靠死神之镰斩断了湿婆的六只手之后在樊俊怀里死去。樊俊隐藏能力“deus ex machina”（机械降神）发动，召唤出各类游戏中的隐藏武器和魔法，将湿婆化为飞灰。
樊俊与拾柒踏上天梯，离开了游戏世界，回到现实世界以后发现，蔡翔还好好的活着，更让他们惊恐的是，发现了与自己长得一模一样的樊俊与拾柒。
游戏世界里出来的樊俊和拾柒决定去现实生活中的索天堂本部，寻求真相。在索天堂本部里，平井告诉他们，因为人类社会不知从何处而来的石化症，导致五大联合在找不到病源和医疗办法的情况下，决定通过将人类灵魂暂时保存到网络空间的方式来延续人类社会的存在，但是在实验过程中发生了异变，所有人的灵魂都没有被抽取到系统里，而是被复制了灵魂数据，眼前的樊俊和拾柒就是被复制出来的灵魂数据，而通过游戏世界的一系列历险，这些被复制出来的灵魂数据发生了极为奇特的异变，最终竟然通过Debug区域实现了具现化，回到了现实世界。
复制体樊俊和拾柒将何去何从？是否能够找到解救人类社会的办法？也许《囚生之所》的续篇会给出答案……
