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灭霸为了获得无限宝石派出齐塔瑞大军进攻地球，无数超级英雄从四面八方赶到主战场，也就是纽约。在这个战场上，无数人舍生忘死，最终纽约以及地球得到了拯救。而在这之前，这些超级英雄们已经拯救了整个地球四十七次以上。这不过是又一次拯救了地球而已。
灭霸对此十分生气，但他没有直接出手，而是决定分化超级英雄和普通人类。
在萨诺斯的干扰下，在政客们看来，超人类注册法案其实已经草拟了很久。只不过即使经常被提议，但仍然无法通过。而后超人类注册法案在曼哈顿一场对尼克·福瑞的报复攻击以及绿巨人在拉斯维加斯毁灭性的爆走事件之后又受到重视。拉斯维加斯事件一共死了26个成人、2个小孩以及一条狗，而这是一般民众无法得知的。在此事件之后绿巨人班纳博士被投入太空之中。
地球上90%的变种人发现他们的力量不由自主的在减弱。
超新星战团，其成员包括黑夜鞭笞者、娜摩丽塔、快球和菌人等，他们在史丹福以拍摄真人实境秀的方式，追捕一帮反派，也就是钴人、冷心和硝化人等。追捕过程中硝化人自爆了，爆炸造成至少600人死亡，其中包括了许多小孩和超新星战团除了快球之外的所有成员。在史丹福的其他超级英雄们开始搜寻生还者。
公众舆论开始反对超能力者。就连许久没活动的超新星战团成员也被贴上“婴儿杀手“的标签。Hindsight为了撇清他和超新星战团的关系，把他们的秘密身分公布在网站上，使得许多人遭到攻击。女绿巨人强迫Hindsight关闭网站，随后Hindsight被John Jameson逮捕。愤怒的市民们在一家俱乐部外面攻击霹雳火。
在舆论迅速倒向一边的情况下，此前一直没有得到广泛支持的超能力者注册法案很快被国会通过了。根据法案条例，所有想要公开使用超能力者要向政府注册，其中如果有想要成为超级英雄的人要接受适当的审查和训练。该法案适用于天生具有超能力者、后天借由科技得到超能力者以及想要挑战成为超能力者的一般人等。此前一直反对注册法案的钢铁侠意识到这一改变已无可避免，同时也认同超级英雄们没有得到足够的约束与训练，于是转而支持该法案，并与持相同观点的英雄们一起帮助政府对其推行和维护。
“接受了注册法案就等同于让政府研究我们的能力、基因和威胁程度等，甚至还包括我们的装备乃至于技术，这是我不能接受的！”
美国队长拒绝帮助神盾逮捕违反法案的超能力者，因此被神盾特工攻击。随后变成逃犯的美国队长成立了地下组织“秘密复仇者“来反对注册法。这组织成员包括唐昊、天启、赫拉克勒斯、猎鹰、丹尼·兰德、马特·默多克、卢克·凯奇和少年复仇者们。另一方面，钢铁侠、神奇先生、汉克和女绿巨人赞同这个法案。蜘蛛侠在一场记者会中脱下他的面罩，以表示他支持这个法案。奇异博士、纳摩以及黑蝠王则表示不会加入任何一方，要钢铁侠和神奇先生不要再来找他们。同时政府宣布他们三个人不受法案所管。
支持注册派的英雄们在政府授意下追踪没有注册的超能力者，并关押拒绝注册者。美国队长带领的秘密复仇者和钢铁侠带领的注册派大打一战。路过拜访朋友的石头人也卷入事件。当地黑帮的一名年轻成员在混战中死于非命后，石头人不耻双方的行为而离开美国：
“我不会支持一个错误的法律，但也不会和政府交战。”
秘密复仇者收到一个假警报，中了注册派的陷阱。这场战斗中，一个新武器现身了，雷神托尔的克隆人。“托尔”失去控制用雷电杀死了“歌利亚”比尔·福斯特。美国队长宣告撤退，隐形女用她的能量护盾保护秘密复仇者，使他们安全撤离。
比尔·福斯特的死震惊了两方，巨身女和夜鹰投降了注册派，而霹雳火和隐形女则是加入了反注册派。
蜘蛛侠知道看管“战犯“们的设施“42“的存在后认为他站错边了，于是转而支持另外一方。钢铁侠因此派出小丑、小丑女、死射以及南瓜头等人去追捕他。最后惩罚者杀了这几个反派，救了蜘蛛侠，带他到秘密复仇者的藏身处。蜘蛛侠伤势复原后，加入了反注册派，并且公开发表声明他要反对注册法案。
惩罚者想要加入美国队长的阵营，因为他无法接受钢铁侠将许多反派纳入注册派势力的做法。美国队长同意了，但要求他服从指挥，禁止杀人。在惩罚者入侵巴克斯特大厦想要窃取42号反物质监狱的建筑图时，隐形女跑到亚特兰提斯想要说服纳摩加入秘密复仇者，不过他还是拒绝了。超级罪犯金甲虫和掠夺者跑到秘密复仇者的基地想要加入美国队长的队伍，却在美国队长准备表示同意时被惩罚者一枪打死，美国队长一怒之下把惩罚者踢出队伍。
在奇异博士冥想的过程中，乌阿图问他为什么不用他的能力阻止这场战斗。奇异博士说魔法和人类间的俗事无关，不过他会尽力祈祷，使结果往好的方向走。
最后一战从斗篷把全部成员传送到纽约开始。纳摩突然带着一群亚特兰提斯的士兵现身帮助秘密复仇者，另外一方则是有复制托尔和惊奇队长的帮助。神奇先生帮隐形女挡了一枪，海格力斯毁灭了复制托尔。石头人跑来保护市民。美国队长用EMP令钢铁侠的盔甲停止运作，然后开始痛打托尼。就在美国队长要给钢铁侠致命一击的时候，一群警察、紧急救难小组以及消防队员等人跳出来阻止了他。美国队长此时才发现本该保护人民的超级英雄之间的战斗竟然毁掉了整个街道，他意识到双方的争斗只会给人民带来危害。于是美国队长投降，并宣布解散反注册派。而就在这时，一粒子弹要了他的命。动手的是被九头蛇操纵的冬兵巴基，而在那一刹那，巴基摆脱了控制，接住了倒下的史蒂夫：
“不！史蒂夫，你不能死！”
