汪琦从大妈哪里，往回走的时候脑子里不断的思考，在这个繁忙的都市，隐藏在这里的人们，他们中间有一些怪物，同时也有些拯救这个世界的英雄。神密特工队是一个秘密的特工组织，它的成立是为了保护正常世界人们与超越正常世界之间的关系，保护人们的正义之师，让人们重新认识和适应这个新的世界。
一年前之战名震江湖的汪琦特工组织一些能力强悍的特工，如冷静机智的林玲，专门设计各种高科技武器物理学的何岩特工，身手矫健的独行侠金惠子特工，成立一个特殊小组来调查一个叫做暗夜的神秘组织。在他的记忆中，曾经沉睡的几秒钟，是在一个叫做大海地的美丽地方，可是似乎事实并非如此，有些他不知道的东西被隐藏着。
在一次大爆炸事件中，一个叫做何岩的超能力者为了救人暴露了自己的能力，他随身携带一把金黄色的匕首，有个“金龙”样子的匕首，实际上他也是个高手排弹专家。柯林是一个黑客高手，她对超能力的何岩很感兴趣，意外混进了神密特工队，同时发的帖子正好与暗夜组织的秘密标签一致，被汪琦他们抓来调查。
汪琦着急了，有人发现了他，他赶紧向何岩求救但是没有效果，在失去知觉等多重压力之下，汪琦的意识越来越不受控制，神密特工队希望能够及时找到并救他。柯林也希望可以帮助他，运用音频技术，何岩利用物理高科技，还原了爆炸前的画面，原来爆炸是从人身体里面发出的。何岩想要找到可以救汪琦的方法，几个小时后汪琦的身体就会爆炸，柯林被黑衣人劫走了，柯林用黑客告诉了何岩她的位置。终于，在汪琦不受控制爆炸前，汪琦他们将他制服。在这件事上，汪琦发现柯林是个人才，想招贤纳士，可以被他们用。
