夜已深，漆黑一片，伸手不见五指，然而谷中却是祥和一片，茂密的树林里偶尔能听到鸟儿的鸣叫声，阵阵花香，这就是而今的天下第一门派——神药谷。
神药谷，起源于六千年前，神药谷第一代祖师药王（姓名已不得考证）行走江湖时，偶然得一算命先生之说，在紫炎山一山谷建立门派，将之改名为神药山。并将此谷命名为神药谷。因药王行走江湖时看病救人，广结善缘。同样也救了一些各大门派的掌门，于是当时天下第一门派青霞山把当时招收的九名资质欠佳的弟子送与药王。
药王收了九名弟子之后不久便离世了，留下一本名为《医典》的医书，在药王弥留之际将九名弟子叫到自己的床前，药王对着九名弟子道：“你们可知我为合将门派立于此山”。九名弟子一脸茫然，然一名弟子却道：“难不成师父有所深意不成”。药王道：“不错，当年有一神算子为我算卦，说将门派立于此处百年后可发扬光大，所以你们要用心经营，好在如今正道当道，魔教匪徒龟缩于西方不毛之地，你们不用担心，切记紫莲重见天日之时，药谷发扬光大之日”。说完便撒手离去。留下九名弟子茫然无知。
九名弟子将祖师葬于后山，立牌位于祖师祠堂，而九名弟子苦心经营数十年，弟子也有数百人之多，却也未见门派有何起色，而魔教近年来蠢蠢欲动，魔教觊觎药王留下的《药典》，发兵攻打神药谷，幸得青霞门援助方解此厄。而九名弟子却死了七人，剩余两人带弟子回到门派后，两人想起祖师临死前说的话，觉得此山应该有宝贝，并且此宝贝与紫莲有关，并且此山以前名叫紫炎山，俩人愈发觉得有可能，于是二人匆匆传下医书，整日在山中寻宝，直到俩人身死。也没有一点线索。
就这样过了足足一千年，神药谷依旧平平淡淡，不知当时是不是那个神算子骗了药王。如今魔教气焰正盛，竟有一统中原之势。大战一触即发，数万魔众自西而来，一路打下大半中原，神药谷被迫弃门而逃，直到多年以后青霞门一弟子手持青霞剑破关而出，据说他破关之时，正是月圆之夜。青霞浩荡数十里，竟有阵阵龙吟，将当时青霞山下魔教弟子一举歼灭，并带领各大门派一举收复失地，神药谷的弟子也迁回神药山。但是神药谷已是破败不堪，祖师祠堂也是不堪，灵位散落一地，竟还有丢失的。
当他们回到神药谷后，发现谷中早晚紫气弥漫，一弟子偶然间在药谷寻到一隐蔽之及的山洞，洞中有一面镜子，古朴自然，不知陈列了多少年。镜子后竟有一多紫莲，像是装饰又像是镜子的把手。在镜子前面像是供奉了一本书。书上确是一尘不染，紫阳决三个大字赫然醒目，想必便是这本书的名字了，书中竟是一些修炼之法，于是举门上下学习书中真意，谷中弟子更是分成两脉，一脉主医，一脉主武。就这样又过了八百多年，神药谷大兴，弟子多达数千之人。
这时魔教余孽也是卷土重来，主宰天下之心不死。天下间又是一番腥风血雨，魔教一举打败青霞门、禅光寺、寒冰阁三大正道门派，眼看正道败北之际，神药谷当代掌门，正是当年那个发现拥有紫莲的那面神秘镜子的那个少年，然而今确是白发苍苍，鬓角斑白，手持紫莲镜，紫气弥漫数百里，镜光闪耀，以一人之力独战魔教十大魔主，那一战，日月都显得黯然失色，一人一镜，独战十大魔教魔主，十大魔主七死三伤，魔教大败，溃退于西方蛮荒地带，然正道长驱直入，神药谷七大弟子，带领数百人杀入蛮荒，直逼魔殿，把魔教余孽逼到西北苦寒之地。此战之后，奠定了神药谷的天下第一门派之称。
