由纳修亲手交给七皇，巴利安的王牌‘升阶魔法-七皇之剑’。以堪称前所未有的威胁性效果为王牌，巴利安七皇对Ⅳ他们开始猛攻！Ⅳ他们被那强力压倒，可是他们为了保护游马，还有为了使鲨鱼醒悟，各自都竭尽浑身力量来对抗。并且，Ⅳ拿着Ⅴ传授的王牌，展开要把纳修逼到走投无路的战略！
Ⅳ与纳修的白热化决斗画上终止符的时候，游马他们到达了秘密基地。想到为了保护自己而拼命作战的同伴们，令游马十分痛心。可是，鲨鱼作为巴利安七皇的领袖·纳修复活，现在已经没有能由得自己感伤的时间了。顺着他们自己的行踪追来的巴利安七皇马上就要逼近那里这种危机状况下，游马终于对揭开序幕的最终决战下了战斗的决心！！
乌云弥漫的心园市，就像是在宣告世界的末日。巴利安的猛攻越来越激烈，连吉器人们也发生系统错误，人的气息都从街上消失了。为了摆脱这个紧急事态，游马和Astral打算向巴利安世界出发！另一方面，追寻游马和快斗下落的米扎艾尔在Ⅲ和Ⅴ面前现身。将这个世界的未来托付给游马的Ⅲ·Ⅴ，为了阻止米扎艾尔前进而开始决死的决斗！！
对巴利安的王牌‘升阶魔法-七皇之剑’采用了封锁对策的Ⅲ和Ⅴ，夺取米扎艾尔的王牌怪兽“No.107 银河眼时空龙”成功！再加上，Ⅴ他开发的‘升阶魔法-紧急型混沌之力’使自己的「No.9」升阶，将米扎艾尔逼向极限！！但是，自己身为“驭龙使”的自尊被伤到的米扎艾尔用新的战略发起反击！
游马继承了拼命作战的同伴们的意志。他为了打倒宿敌上千主上，与星光一起前往巴利安世界。但就在那途中，以前作为火热决斗者与游马多次决斗本应联结牵绊了的阿里特出现了！可是现在的阿里特已经面目全非，就像被什么给附体了似的，他的表情充满了邪恶。游马为了恢复本来的阿里特这名决斗者，以决斗对抗！
游马摸索解开阿里特身上诅咒的方法，认为遗迹的「No.」会成为救回阿里特的线索。在那里，游马奋不顾身地召唤出「No.54 反骨斗士狮心」！另一方面，更加凶恶起来的阿里特召唤出新[No.]，把游马逼向绝境……！！但在最后一刻游马终于唤醒了阿里特。
正当游马他们乘坐的异次元飞船要冲入巴利安世界的时候，在巴利安世界的德鲁贝、梅拉古和贝库塔对峙着。自己吸收「No.96」拿到更强的邪恶力量后的贝库塔，企图打倒俩人并吸收他们的力量！随后，被囚的纳修和梅拉古听到了贝库塔讲述那被隐藏的冲击性事实！
由贝库塔说出的冲击性事实，将德鲁贝、梅拉古的愤怒推向最高潮！作为给心怀拼死觉悟誓要打倒贝库塔的那俩人更进一步的冲击，永续魔法「上千主上的玉座）」的可怕效果袭击过来！另一方面，取回记忆的阿里特为了救还被洗脑的基拉古，拿着遗迹的「No.」向基拉古挑战决斗。
阿里特失去巴利安的力量，但怀着想救回本来的基拉古这份火热之心，展开拼命的攻防！那样的激斗面前，游马受到这种为了救回朋友不惜任何牺牲的真决斗者魂所感动。那个时候为了探索出「源数代码」的关键而向月球出发的快斗，与同为「银河眼」驾驭者的米扎艾尔对峙，得知两只「银河眼」的起源！
两名「银河眼」驾驭者快斗和米扎艾尔的决战舞台是月球。各自操纵的「银河眼」发出怒涛之光，咆哮声响起，反复进行着前所未有的激烈攻防！快斗仿照以前金龙说的遗迹传说，终于成功产生新的「银河眼」！！这快斗的「新银河眼」和米扎艾尔的「时空龙」的对峙，引导世界走向希望！
快斗与米扎艾尔的决斗越来越激烈。快斗在失去轨道 7支撑就连站也站不了的状况下，为了完成自己背负的宿命，遍体鳞伤地对抗米扎艾尔！可是，米扎艾尔使出的「超银河眼时空龙」的压倒性效果下，他正被逼向极限……！就在俩人种种思绪的交错之中，现在真正的「驭龙者」在此诞生！！
麦扎艾尔的真实记忆被唤醒，但麦扎艾尔却坚信着时空龙，麦扎艾尔再次令混沌No..107复活并向快斗发起直接攻击！挨过混沌No.107 超银河眼时空龙2回合猛烈攻击后，快斗No.62 银河眼光子龙皇归来并再次击杀掉麦扎艾尔的混沌No.107 超银河眼时空龙。
决斗过后，快斗获得了由No.107 银河眼时空龙、No.62 银河眼光子龙皇、No.46 神影龙胶子龙、合成的No.100 源数龙，快斗将No.100托付给麦扎艾尔后，并告诉麦扎艾尔要走自己相信的道路。
与异晶人七皇之一的麦扎艾尔因共同驱使「银河眼」的命运而纠缠其中，最终在月球上战胜了麦扎艾尔，解开了No.的钥匙封印，将No.100托付给麦扎艾尔后，就在他意识逐渐模糊即将要闭上眼时，突然感到有一股奇妙的力量包裹着了他。这股力量救了他一命，但是由于消耗过多。在意识消失前最后一刻一道身影，随后就昏过去了。这是要快斗快昏过去时看到的最后的东西了。
另一方面，麦扎艾尔看见快斗被突然出现的身穿黑袍遮住面孔的神秘人用不知名的力量包裹在由能量体形成的圆球中。
“你是谁！你要对快斗做什么？！”
“我是谁这不重要，天城快斗之命由我救，去做你应该去做之事吧。”
正在麦扎艾尔犹豫要不要相信眼前这个人的时候，手里的卡片里传出时空龙的呼唤。时空龙你是要我相信他吗，麦扎艾尔看着手里的卡片。
“看在时空龙的份上，我相信你。请照顾好他。”
