然而，就在这以后不久，变法运动却轰轰烈烈地在全国开展起来。
光绪皇帝亲政后，大力任用维新派。1898年6月11日，他发布“明定国是”诏书，宣布变法，任命康有为为总理衙门章京，有专折奏事之权；派梁启超负责办理大学堂和译书局事务；后又任命谭嗣同等四人为军机处章京。维新派一时得志，于是各方面的变法主张提出来，经皇帝批准，发向全国。民心为之大振。
但好景不长，仅过了103天，变法就失败了。同年9月21日，以慈禧太后为首的顽固派，发动政变，囚光绪，废新政，并捕杀了谭嗣同、杨深秀、刘光第、杨锐、康广仁、林旭六人，史称“戊戌六君子”。康有为和梁启超逃亡日本。慈禧太后下令在全国缉拿维新派人士。章太炎因为报名参加了强学会，编过杂志，写过文章，也在被通缉之列。
章太炎本打算等谭嗣同的遗体运到上海，要设奠相祭，但没有实现。因为清政府查拿甚急，经亚东时报馆日本人安藤阳洲、山根虎臣的介绍，章太炎决定到当时被日本占领的台湾避难。
到达台湾，章太炎被台湾总督倪玉源太郎委任为《台湾日日新报》记者。
《台湾日日新报》是台湾最大的报纸，每天出六版，四版日文，两版中文，社长名叫守屋善兵卫。中文版原有两名记者，一名谢汝铨，一名李书，都有文才。但比起章太炎来，学问当然低了一大截子。他们是台湾土生土长的，所以对章太炎的文名还不了解。章太炎刚来，李书与他谈天，觉得他文采华赡，议论超绝，又读了他的文章，更佩服不已。有一天，他们谈起读书的心得，章太炎问李书从几岁开始读书，李书答说开读很晚，二十岁方才延师启蒙。章太炎听后连连摇头，说太晚了。他告诉李书，自己是六七岁时启蒙，到二十岁时差不多就罢读了。李书很惊异地问，那么小就读书，怎么能记得住呢？章太炎自负地答道，不一定全部记得，但百分之九十五能背出来。李书不信，要试验一下，于是拿自己背诵的书来询问章太炎。想不到章太炎不假思索，对答如流，有些甚至还说出见于哪部书的哪一页。李书惊叹不已，越发敬重他了。
章太炎在报社的附近有一间房子，经常在这里写文章，由报馆派人拿去发表。
他到台湾不久，给康有为写了一封信，对这位流亡中的维新派首领表示了亲切的慰问，鼓励他坚持进行维新变法这“旋转乾坤”的事业。康有为收到信后，十分感动，立即回信说：“……神州陆沉，尧台幽囚，惟冀多得志士相与扶之。横睇豪杰，非足下谁与？惟望激昂同志，救此沦胥！”
尽管如此，章太炎还是寄希望于大官僚们，因为他还看不到更有力者在。
与在上海时务报馆时相同，章太炎的文章仍然爱用生冷字样，让读者摸不着头脑。不少读者向报馆反映，弄得报馆主笔木下新三郎不得不劝解他。木下采取了委婉的语调：“先生，您所撰文章，是要自读自解呢，还是想和一般人共读而俱解呢？”章太炎知道他的来意，话也不说，摊开纸，提笔写道：“世人之知不知，解不解，我可管不着，吾只患吾文之不善。苟文善，会尚有知之者。请勿问！”他追求的是文章的完美。主笔见他这般顽固，也没有办法，摇头而去。
章太炎身为日本人所办报纸撰稿人，却常常对日本统治者在台政策加以指摘。起初，他的批评言论还不很激烈，当局虽也注意到，但没有追究。后来简直是“恣意攻击”了。有篇文章里竟有“台湾总督府官僚，大多擅作威福，压制人民”等语，主笔不察，原文照登，终于惹出事端。台湾总督把报社社长叫去严厉训斥一顿。社长守屋善兵卫回来，派人去找章太炎，要他去听训话。章太炎岂是随便低头的人。他写了一张字条，要社长来他住处：“何不唤守屋来？他不知士前为慕士，王前为趋势者乎？”守屋善兵卫气得七窍生烟，亲自到章太炎住处，大嚷大叫，骂他“傲慢无理”“不解事理”，并且下逐客令道：“如果你不愿在本报操觚，就辞职归去吧。”
章太炎自知在这里待不下去了。守屋善兵卫走后，他自言自语地说：“名善兵卫，竟是恶兵卫。礼貌衰，则去之，何用逐？”
此时，梁启超正在日本主办《清议报》，许多维新志士聚集在日本，而且，章太炎的老朋友钱恂新任湖北留日学生总监。章太炎在台湾早已感到闭塞，对国内外的斗争情况知道得太少，在台湾更难找到与自己志同道合的人。于是，他接受了梁启超和钱恂的邀请，于1899年6月离开台湾去日本。
康有为其时已不在日本——日本政府迫于清政府的压力，拿出九千元钱将他送到加拿大。另一个志在倾覆清朝统治的革命者孙中山此时住在华侨众多的横滨。梁启超多次到孙中山处商谈，计划联合组会。他在《清议报》上发表的文章，言词激烈地攻击以慈禧太后为首的顽固派。他的文章语言浅显而生动，极受留学界和国内读者的欢迎。章太炎来日本后多次与梁启超在一起交换对时事的看法，一致表示，大敌当前，以往在时务报馆时双方的矛盾应一笔勾销。章太炎在给汪康年的信中谈到他对梁的新认识，并劝汪也与梁重归于好：“伯鸾旧怨，亦既冰释，渠于弟更谢血气用事之罪。松柏非遇霜雪，不能贞坚，斯人今日之深沉，迥异前日矣。竹林旧好，公宜一修。”
在同一封信中，章太炎提到他见到孙中山的事，他与孙中山在日本只见过一次面，留下的印象有好有坏：“兴公亦在横滨，自署中山樵，尝一见之。聆其议论，谓不瓜分不足以恢复。斯言即流血之意。可谓卓识。惜其人闪烁不恒，非有实际，盖不能为张角、王仙芝者也。”这后几句话预示了他日后与孙中山的矛盾。他认为孙不是那种冲锋陷阵的人物，虽有革命见解，能否付诸实施却值得怀疑。这第一印象当然是不完全准确，但对以后两人关系的发展有相当大的影响。
章太炎在日本只住了三个月。在得知国内维新失败后的风波平息下去后，回到上海。而在海外的革命者和维新派还没有找到有效的斗争策略。孙中山领导的兴中会在华侨中运动筹款，准备发动武装起义。被清政府通缉而逃亡的康有为在与孙中山接触后，没有看到联合的可能性，就在加拿大等地组织了“保救大清皇帝公司”。
章太炎自己也在犹豫徘徊之中。改良当然是好事，不流血而能达到国家富强，何乐而不为？但六个维新志士血迹未干，清廷通缉“新党”的文告仍流布全国，这样的统治者，怎么能“良”得起来？搞革命，则缺少张角、王仙芝那样的人物。在他看来，孙中山也难以有所作为。
章太炎回到上海，发现清廷的侦探仍在四处活动，很不安全，于是返回浙江老家，但也不能常住在家，“时徘徊湖上，间亦至余杭小驻，行踪诡秘”。
在与外界联系不多的情况下，他仍然关心着国内的政治斗争。不久，他读到苏舆编的《翼教丛编》一书，怒火中烧。这本书是国内顽固派攻击康有为、梁启超和维新变法最激烈也最有代表性的著作，主要撰稿人有叶德辉、朱一新、王仁郡等。苏舆在序言中说：“邪说横溢，人心浮动，其祸肇于南海康有为。”又大骂康、梁“伪六籍，灭圣经也；托改制，乱成宪也；倡平等，堕纲常也；伸民权，无君上也；孔子纪年，欲人不知有本朝也”。认为康、梁罪大恶极，必欲歼之而后快。
章太炎立即撰写了《〈翼教丛编〉书后》和《今古文辨义》两篇文章，给予回击。
虽然他并不完全同意康有为做学问的方法，但他在文章中还是客观地指出，对经书的怀疑是早已存在的，例如，汉代的王充就著有《问孔》，唐朝的刘知几著有《惑经》，宋朝的朱熹不承认《孝经》为正式的经书。康有为对经书的怀疑也有其合理性。
对于几位攻击维新派的老顽固，章太炎已经看透了他们的真面目。他们现在高谈忠君爱国，等国家遭难时，他们很容易成为卖国贼，“今之言君权者，则痛诋康氏之张民权；言妇道无成者，则痛诋康氏之主男女平等。清谈坐论，自以孟荀不能绝也。及朝局一变，则幡然献符命、舐痈痔惟恐不亟，并其所谓君权妇道者而亦忘之矣”。
章太炎发现住在浙江很不安全，不如到有各国租界的大都市上海。于是他到上海参加《亚东时报》的编辑工作。在这里他结识了唐才常。唐才常是湖南浏阳人，谭嗣同的同乡、同学和好朋友，两人都曾积极参加维新运动，被人们称为
“浏阳二杰”。他原来在湖南编辑《湘学报》，因接受谭嗣同的邀请，到北京参与变法维新，不想刚走到汉口，得知政变发生，好友被杀，遂折回湖南。此后到香港、日本等地游学。在日本认识了康有为，拜为老师。
正当革命派和改良派联合不成，各行其道的时候，清朝宫廷里又一次掀起波澜。慈禧太后感到光绪皇帝虽然被囚禁，但总是一个危险的因素，随时有复辟的可能，所以必须彻底夺去他的皇位。政变后不久，她就曾密电南方的督抚们，想听一听他们对此事的意见。两江总督刘坤一回电说：“君臣之义已定，中外之口宜防。”指出这样做的危险，慈禧只好按下不表。现在她觉得时机成熟了，就下诏立端王载漪之子傅隽为大阿哥。诏书以光绪皇帝的名义发出。
诏书一下，舆论大哗，海外的华侨多受康有为保皇思想影响，现在闻听要废掉皇上，更增加了对慈禧太后的仇恨。在上海，候补知府、电报局局长经元善联合上海绅商士民致电北京，坚决反对立储，电文说：
总署王爷中堂大人钧鉴：
昨日卑局奉到二十四日电旨，沪上人心沸腾，探闻各国有调兵干预之说，务求王爷中堂大人公忠体国，奏请皇上力疾临御，勿存退位之思，上以慰皇太后之忧勤，下以弭中外之反侧。宗社幸甚，天下幸甚。
署名的1231人中有章太炎的名字。但章太炎事先并不知道。这样大规模的请愿活动，使慈禧太后极为恼怒，立即下令缉拿经元善等人，解京治罪。经元善逃往澳门。章太炎也在通缉名单中。此时有的人劝章太炎上书有关主事者，说明自己署名是他人妄加，就可以脱去干系。例如汤寿潜出主意，要他写信给梁鼎芬，因为梁此时正很得意，能向朝廷说话。章太炎听后表示，虽然自己列名其中是别人“妄署”，但自己即使因此被捕被杀，也决不向梁鼎芬这样的败类求援。
唐才常一边办报，一边筹划军事活动，在上海组织自立会，又召开“中国议会”，章太炎也应邀参加。这个议会的主要宗旨是：一、保全中国之自主权，创造自立国；二、不承认清政府有统治中国的权力；三、请光绪皇帝复辟。章太炎见了宣言，当即表示反对，认为是自相矛盾，一面排满，一面又勤王，既然不承认清政府，怎么又要拥护光绪皇帝？他再三同唐才常讨论，但没有效果，于是退出该会。他回到住处，气愤地剪去辫子，并换上西式服装。
在那时，剪掉辫子可不是一件小事，是公然反抗清朝的统治，是“大逆不道”。章太炎此举无疑是宣布同改良派的彻底决裂。他还写了一篇《解辫发》，表明自己的志向。他已清楚地知道，依靠清朝统治者变法的路子是走不通的。孙中山对这篇文章评价极高：“有清以来，士气之壮，文字之痛，当推此次为第一。”
唐才常后来到汉口组织自立军，准备武装起义，因为被当局侦知机密，起义失败，他本人被湖广总督张之洞捕获杀害。他的结局同他的好友谭嗣同一样。他留下的诗句是：“七尺微躯酬故友，一腔热血洒神州。”
自立军起义失败后，清政府缉拿有关人员。章太炎虽然退会，但也在通缉之列，不得已回浙江老家暂避风声。过了一段，看看没有动静，又来到上海。他的好友劝他不要太激烈，他笑答：“辫子都已剪去了，还有什么好说的呢？”在当时，如果一个中国人没有辫子，在大街上走动，是十分惹眼，也十分危险的，那分明是向人说：我是革命者，我是反清的！所以，章太炎在上海也很难立身，原来照顾他的朋友怕受连累，不再接纳他。正好，这时美国基督教会在苏州办了东吴大学，需要中文教员，一个朋友就推荐他去那里任教。
他的业师，原诂经精舍山长俞樾老先生这时已回到老家，颐养天年。章太炎到了苏州，就去拜见老师。俞樾平时待人慈祥和蔼，但一见章太炎，却发了很大脾气，痛斥这位高足“不忠不孝”：写文章“指斥乘舆”是不忠，“背父母陵墓”到海外游历是不孝，“不忠不孝，非人类也”，最后用孔夫子训斥学生的声调说：“小子鸣鼓而攻之可也。”
师徒两个当即争吵起来。章太炎后来写了《谢本师》一文，宣布与俞樾断绝师生关系。章太炎跟随俞樾学习多年，十分尊敬他的学问和人品。他这么做，或许是对老师曲为爱护，以免清廷加害。
章太炎在苏州任教期间，因为专心于讲学和研究，加上性格古怪，闹了不少笑话。他本就不喜欢洗澡和理发，又因为忙，所以经常蓬头垢面。一个姓竺的同事负责催促他，每每说你可以去理发了，他就去，但常常理后不付钱，由竺某代付。但令人感到可笑的是，他竟连竺某是谁也记不清楚。有一天，他忽然指着竺某问另一个同事：“他是姓竺吗？”同事大笑。
因为他的辫子已剪去，在苏州这样的小地方更成为人们注视的对象，于是只得买一条假辫子塞在帽内。他走路不知深浅，所以在街上时，帽子和假辫子总要掉在地上，引得路人驻足观看，指指点点。他生性不识路途，一出门就迷路，从他住的天赐庄到观前街并不远，他却每次都迷路。当时，东吴大学的同事们有一个赌，说太炎走这一段路如果不迷和不掉辫子，输一桌酒席。
竟没有人敢应赌。
同事中有一个叫黄人的，也教文学，与章太炎一样坚决反清，他也是一个怪人。他们两个经常在一起谈论时事和学问。黄人不像章太炎那么激烈，更专注于做学问。他在明末抗清志士中找出四个与自己同姓的学者，都是他最崇拜的人，其中的黄道周和黄梨洲，章太炎也极佩服。
可是，他们两个在学问上有很多不一致的地方，因此常常争论不休。
黄人比章太炎厉害的，是也从不洗澡，头发和身体上发出的臭味比章氏更重，以至于他上课时，教室里前三排没人敢坐。
有一天两人散步到一个小茶馆门前，走进去边喝边谈，直到天黑，起身付账时，两人发现都没有带钱。没有办法，只好将章太炎留下作人质，黄人回去拿钱，因为章容易迷路。可是，黄人是个书痴，回到家中，看见刚从上海寄来的书籍，立即打开翻阅，越看越上瘾，竟将取钱的事忘得一干二净。章太炎左等右等，都不见黄人来，无奈想出一个办法，让茶馆派一个小伙计跟他回家拿钱，另付些小费，这样既可清账，又解其迷途之忧。等回到家，只见黄人还在津津有味地读书呢。
章太炎在东吴大学没待多久，因为他的革命思想总不能不表露。他在课堂上经常向学生讲述中国历史上民族英雄的故事，以启发他们的反清之志。一次作文，他出了个《李自成胡林翼论》，全校为之震动。消息很快传到江苏巡抚衙门。巡抚恩寿立即派人到学校，找到校长，称“有乱党章某，借该校煽惑学生作乱，要求许予逮捕”。正巧，章太炎回杭州过年，没有被抓到。他的朋友赶紧派人去给他报信，让他立即逃往日本。这样章太炎仓促地收拾行囊，乘船东渡。
其时，孙中山正在横滨。他对章太炎的到来表示热烈欢迎，兴中会设宴，大家欢聚一堂，章太炎与孙中山正式定交。
兴中会同志每人向章太炎敬一杯酒，章太炎来者不拒，连饮七十多杯，不觉其醉。其后的几个月里，他多次与孙中山见面，商讨革命的方法、步骤等问题。
章太炎这次在日本参加的最大活动是“支那亡国二百四十二年纪念会”。革命同志以南明永历皇帝朱由榔1661年被杀为明朝灭亡的标志。纪念明亡，实际上是为了激发人们对清朝统治的痛恨。章太炎撰写了大会宣言，历数清朝压迫汉人的罪恶，号召人们起而斗争。
开会的消息传出，清政府驻日公使十分恐慌，连忙与日本外务省交涉，要求制止。日本警视总监接到命令，给章太炎等十个大会发起人发了通知书，要他们去警署一趟。
章太炎摇着羽扇，大摇大摆地去了。
警长问：
“你们是清国哪个省人？”
章太炎回答：“我们都是支那人，不是清国人。”
警长吃了一惊，又问他们属什么阶级：
“是士族，还是平民？”
章太炎答道：“遗民。”
警长弄不清楚他是什么意思，只好照本宣科地念了警视总监的命令，要他们取消会议。
章太炎等据理力争，但无济于事。
开会这一天，由于几百名留学生不知道计划受阻，赶到会场，都被日本警察劝散。孙中山也从横滨赶来。大家临时商定，到横滨举行纪念仪式。会议虽然开得不大，但它的影响是深远的，一大批爱国青年从此走上了革命道路。
