秦始皇统一六国以后，采取了一系列措施加强中央集权。在完成政治上许多举措之后，秦始皇开始了精神上的控制。公元前213年，秦始皇在咸阳宫为儒生大排酒宴。在宴会上，众多儒生围绕着是否实行分封制，发生了激烈的争论。王绾、博士生淳于越等人主张实行分封，而丞相李斯等赞同实行郡县制，并指责淳于越等“不师今而学古”、“道古以害今”。最后秦始皇支持李斯的观点，并采用李斯的“焚书”建议，下令除秦纪（秦国史书）、医药、卜筮、农书以及国家博士所藏《诗》、《书》、百家语之外，凡列国史籍、私人所藏的儒家作品、诸子百家著作和其他典籍，统统焚毁。同时，禁止谈及《诗》、《书》和“以古非今”，违者定当严惩乃至判死罪。
秦始皇称帝以后，力求长生不老，先后派徐福、侯生、卢生等人寻求仙药。侯生与卢生当初是秦始皇身边的方士，长期为秦始皇求仙人和仙药，却始终没有找到。依照秦朝法律，求不到仙药就会被处死。于是，侯生、卢生悄悄地远走他乡。这使秦始皇十分恼怒，于是下令对所有在咸阳的方士进行审查讯问，欲查出侯生、卢生两人。秦始皇最后把圈定的四百六十余人，都在咸阳挖坑活埋。
这就是秦始皇的“焚书坑儒”，这是一段非常残酷的历史。史籍对此多有记载，历史学家也多有论述。但是各类书籍只对焚书作了详细记载，对坑儒一事则显得十分笼统。并且在坑儒的问题上，还出现了分歧：对于坑儒的次数，有的说只有一次，有的说有过两次坑儒；对于坑儒的数量，一说坑了四百六十余个，一说坑了一千六百余人。更有甚者，说秦始皇只焚书，没有坑儒。在秦朝的历史上到底是否有过坑儒事件？如果有这一事件，那么究竟几次？秦始皇到底坑过多少个儒生？这一系列问题，至今仍众说纷纭，莫衷一是。
争议之一，秦始皇是否坑过儒？“焚书坑儒”一直被人们引为秦始皇“尊法反儒”的重要证据。然而，有的学者认为，所谓秦始皇“坑儒”实是“坑方士”之讹。持论者主要从以下两个方面进行了论证。
第一，史籍中对此事件所提及的具体人物为侯、卢二生，以及韩众、徐市等四人，《史记》载明他们的活动仅限于访仙和求仙药，四人皆为神仙学派的方士。他们为秦始皇求仙，求不死药也纯粹是方士活动，后来没有成功，秦始皇感到上当受骗，发怒杀了这些人。这与后世君主肆意杀人的性质一致，只不过这次株连面过宽，冤假错案太多，所以才引起了人们的注意。侯、卢二生指责秦始皇无道，与儒家观点类似，但是这与儒家的政治主张或学派观点无关。司马迁记录“焚书坑儒”事件，用的是“方士”或“方术士”，明确指出是神仙学派之士。汉初大儒如贾谊、董仲舒等对秦政多有评论，屡屡谴责焚书事，但也从未论及“坑儒”之事。汉朝离秦朝时间之近，以贾、董之博学，“焚书坑儒”的事情应当知晓，假如秦始皇所坑确实是儒，尊儒的贾谊、董仲舒等绝无不议之理。据此可以判断，“坑方士”之说，才是更接近历史的真实情况。只是到了东汉以后，时间距秦已远，“剧秦”之社会舆论、儒家独尊之地位、加以“今文学派”虚指浮夸甚至作伪之学风日盛，提供了炮制秦始皇“坑儒”这一情节的土壤。班固用“术士”一词，其词义就更加广泛，他在《汉书·儒林传》中写道：“及至秦始皇兼天下，燔《诗》、《书》，杀术士，六学从此缺矣。”从这段话可以看出，他所谓的“术士”已有隐指“儒生”之意，于是就被后人附会为“焚书坑儒”。
第二，对被杀者所定罪名是“诽谤”皇帝，而并非因信仰或传播儒家学说。也就是说，引起秦始皇愤怒的并不是某一派的政治主张或某一学派的议论，而是方士们从他那里骗得“费以巨万计”的赏赐，可是“终不得有药”。反而却作诽谤之言，最后一个个逃跑了。皇帝上当受骗，于是惩处他们，这就是“坑儒”为“坑方士”的直接原因。所谓“坑儒”，实际是皇帝个人报复的恣意行为，并不是秦王朝的政策。秦始皇一怒之下，共杀所聘之“文学、方术士”四百六十余人。因此，即便四百六十余人中确有儒生之流，但秦始并非因信仰或传播儒家学说而定罪杀人，所以不能称为“坑儒”。而且，据《史记·秦始皇本纪》所记始皇三十四年焚书，所焚者为民间私藏之“百家语”，而非针对儒家。
根据以上两点，不能说被杀的四百六十余人中没有儒生而全是方士，但由其代表人物为侯、卢二生可推知，被杀者的主体应是方士，其被杀的原因更与儒家的政治主张或学派观点无关。因此，不能说秦始皇是“坑儒”，只能说是“坑方士”。但是，关于“焚书坑儒”，占主导的观点还是赞同传统的说法，即秦始皇坑的是儒，而非仅仅是方士。只是在坑儒的次数上，颇有争论。
争议之二，秦始皇坑儒次数以及人数。对于这一问题，《史记》、《资治通鉴》、《藏书》以及现代的《中国通史简编》，都说始皇坑儒仅有一次，即公元前212年的那一次。剪伯赞主编的《中国史纲要》也认同这一观点，书中这样写道：“第二年（公元前212年）又发生了坑儒事件。起因是有些书生对始皇不满，说他‘专任刑律’、‘乐刑杀为威’等等，秦始皇以为他们‘或为妖言，以乱黔首’，就把他们逮捕，严刑拷问。先后逮捕了四百六十多名儒生，最后全部在咸阳坑杀。但也有一些材料记载：秦始皇起码坑了两次儒。第一次是在咸阳坑儒四百六十余人，这是公开坑杀。”其目的是想“杀鸡骇猴”，“使天下知之”，以儆效尤。第二次规模更大，一下坑了七百余人，不过采取的是秘密暗害的手段，方法也更为“巧妙”和残忍。东汉卫宏在《诏定古文官书序》中记载，秦始皇在骊山温谷挖坑种瓜，以冬季瓜熟的奇异现象为由，诱惑博士诸生集于骊山观看。当众儒生争论不休、各抒己见时，秦始皇趁机下令秘杀填土埋杀，七百多名儒生全部被活埋在山谷里，外人不得可知，一直隐瞒了二百余年之久。后来唐朝张守节编写《史记正义》时，将这段史料编入了史书。唐朝颜师古注《汉书·儒林外传》也引用了这段故事。
有人认为，既然载入了《史记·儒林传正义》，秦始皇骊山坑儒应当是事实，只不过因为手段秘密，当时人知之者甚少，极少数知情者又不敢公开罢了。不过，也有人虽不否认骊山坑儒的史实，但却认为秦始皇坑儒只是一次，至于咸阳坑儒、骊山坑儒，是一件事的两次不同记载。不过，这种说法的支持者不多。因为这两次坑儒差异太大：一次是在咸阳公开坑杀，另一次是在骊山温谷秘密坑埋；前一次是四百六十人，后一次是七百余人。尤其需要指出的是，首次记述秦始皇第二次坑儒的卫宏是一名治学态度相当严谨的学者，他的著作都是经过长期的深入采访、研究、整理才写出的，学术价值很高。加之东汉光武帝比较开明，重视学术研究，所以卫宏揭露的秦始皇第二次坑儒真实度很高。
这一说法得到了不少人的认同。元代史学家在《文献通考》卷四十《学校考》记载：“始皇使御史案问诸生，转相告引，至杀四百六十余人。又令冬种瓜骊山，实生，令博士诸生就视，为伏机，杀七百人。”《太平御览》所引《古今奇字》记述也同意这一说法：“秦始皇密令人种瓜于骊山温谷处，瓜实成，使人上书曰：瓜冬有实。诏下博士诸生说之，人人各异。则皆使往视之，而为伏机，诸儒生皆至，方相难不决，因发机，从上而填之以土，皆压死。”有人据此认为，秦始皇坑儒不止发生一次，并且进一步指出秦始皇第二次坑儒的原因：因为第一次只坑杀了在京都的四百六十余博士、诸生，广大儒生还散布在全国各地，更加强烈的继续反对秦始皇的暴政，就连秦始皇的长子扶苏也说：“天下初定，远方黔首来集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安，唯上察之。”这种说法也有一定的道理，有其当时的历史背景。所以秦始皇坑儒到底几次，多少人，至今没有统一的答案。其实，460人也好，700人也好，焚书坑儒（即使所坑是方士）属于一种极端残忍的野蛮行为，秦始皇也因“坑儒”之举背上千古骂名。然而，直到今天，秦始皇究竟有没有“坑儒”以及数量等谜团还是有待解开。
