中国现代史学家、评论者以及皇帝的老师和侍卫曾经反复强调过，明朝之所以会腐朽衰亡，主要原因是宦官对宫廷以及对各位官员的恶劣影响。所以，几百年来，不断有人用它来劝谏皇帝废除掉宦官制度，尽管这些人里面，大部分能混个官职都是靠那些皇帝宠爱的宦官的帮忙，而且他们还想通过他们这些宦官继续高升自己的职位呢。中国官僚系统中这样无比虚伪的陈词滥调，简直数都数不过来。这些奏折都只是冰山一角，这样的事中国有，其他国家全都有。虽然在慈禧统治下，宦官制度的弊端日益凸显，而且越来越严重，但慈禧本人表面上好像很诚恳地表示，她很欣赏这些官员的提议，她自己也憎恨手下宦官们作恶多端。
当然，也有一些真正对宦官制度的弊病恨到骨子里的人。事实上，在过去的五十年当中，任何一个当之无愧的改革家都会这样说，中国如果要跻身于文明大国的行列，首要的措施便是废除宦官制度。1898年戊戌政变的主要原因之一，是太监李莲英本人对光绪皇帝不满意，也就因为以前光绪皇帝曾经处罚过他。另外，李莲英也担心，皇帝如果有一天真的实行了改革，肯定会掌管大权，废除宦官制度。同样，事实表明，义和拳闹革命的那一阵子，也是这位臭名昭著、大权在握的宦官利用自己对慈禧太后的巨大影响，替那些反对外国的义和拳的贼匪们讲话的。事情过后，如果不是俄国公使的庇护，李莲英肯定会在和平协定的“黑名单”中排名头一个。之所以要在这里提到李莲英在这两件事中的表现，主要是为了强调一个事实：当时的士大夫阶层对宦官制度早就深恶痛绝了，而且中国各省对它也是有苦难言。所以，这些年来一些爱国进步人士（比如袁世凯和唐绍仪等人）已经非常深刻地意识到了，这种泯灭人性的宦官制度使中国在世界上的地位骤降，真是有百弊而无一利，况且一些报纸杂志，都纷纷催促朝廷尽快废除掉宦官制度。表面上，太后也持有同样的态度，而实际上却并不是这样。早在1906年，《泰晤士报》的驻京记者就一直在讨论，清政府正在酝酿的变法一定会把这个弊端十足的制度废除掉。不过，中国当时仍然占主导的保守派们普遍认为，宦官制度历史已久，至今已经有几百年的历史了，它的存在是非常符合中国根深蒂固的一夫多妻制度的，并且中国人又十分重视继承先辈留下来的传统。另一方面，有些人指出，周朝初年明君统治下的黄金时期，当时宦官在政治上根本没有任何地位可言。他们借古说今，认为贤明的统治者就应该废除过时的宦官制度。
1644年大清王朝在北京开始建都开始，满族统治者就接管了过去明朝留下的所有行政旧制度，也包括宦官制度，但同时也对宦官的活动和权力进行了严格的限制。年轻的顺治皇帝即位后第一次召见宦官时，满汉官员就联合上奏，批评了近来皇宫宦官的专横跋扈的行为，说这些奴仆“只能洒水扫地，不能接近高贵的主人”。顺治皇帝立即定下多条法令，这些法令到今天还被看作是金科玉律（至少在书面上的确如此）。法令禁止宦官担任官职，衔位不允许超过四级。更重要的是，清政府吸取明朝宦官魏忠贤引祸乱国的沉痛教训，下令禁止任何太监以任何理由离开京城。在此后两百年间，由于康熙和乾隆两位皇帝的英明统治，宫里的太监一直安分守己，从没惹过什么事。然而，在叶赫那拉氏进宫前，清政府在咸丰皇帝的统治下已经显出了种种衰落的迹象，这时太监的权势在紫禁城内又死灰复燃。慈禧掌权后，明朝末期太监的种种行贿受贿、横行霸道的丑恶行径全部露出水面，最终搞得整个皇宫乌烟瘴气。
慈禧统治期间，在她的庇护下，太监们权力很大，无人敢比，专横骄纵，胡作非为，甚至明目张胆。1898年，深受慈禧青睐的贴身太监李莲英就曾经大言不惭地说，只要他想让哪个官员升职，没有办不到的，想让谁降职，就必降无疑，更过分的是，他不把皇帝放在眼里。但是有许多传言是胡乱捏造，并没有什么真凭实据，比如说宫内荒淫无度啦，太监们为慈禧安排酒会搞狂欢啦等等，纯属谣言。有一些书中所涉及的这些方面许多完全属于偶然事件，尤其是康有为等维新派写的东西更是纯粹出于怨恨报复心理。跟常理不符，他们甚至编造出太后与荣禄关系暧昧，完全是无中生有，各位千万别相信哦。但是另一方面，无风不起浪，任何谣言一定都有它的来源。虽然京城里的老百姓都很爱戴慈禧，但是他们一致认为皇宫里的生活奢侈放荡，还公认太监们在宫里胡作非为。因为皇帝软弱无能，一些太监就目中无人、欺上瞒下，生出了好多是非，这些都加速了皇帝的死亡，慈禧的亲生儿子——同治皇帝就是一个很好的例子嘛。同样，咸丰皇帝和光绪皇帝的过早死亡虽然不能说由身边的这帮小人直接促成的，但是他们一个个都脱不了干系。近七十年来，清朝的皇宫内外，凡是大小事情，一切都和太监有着密不可分的联系。慈禧当政五十年期间，皇权实际上是由太监一手把持着。慈禧中老年期间最为器重的一位太监是李莲英，他的外号是“皮硝李”。这个人呢，真是名声臭到极点了，他一手导演了数不尽的宫廷悲剧的发生。李莲英对皇太后有很重大的影响：除了正式上朝以外，其他的场合下慈禧对李莲英态度极其和蔼可亲。李莲英毫不拘束，或许可以说除了荣禄之外，有这样的待遇是任何大臣以及慈禧的家人都盼望不来的。
1861年，咸丰皇帝在热河病重期间，年轻的叶赫那拉氏在随身服侍的太监当中偶然发现了聪明伶俐而且又得力能干的安德海，于是慈禧加以重用。后来，载垣造反的危急时刻，安德海成了慈禧忠心的心腹人员，成了叶赫那拉氏与荣禄之间联系的信使。两宫垂帘听政之后，安德海更是成了慈禧的贴身密使和随从，甚至后来成了她的智囊和左膀右臂了。所有的计划和决定，慈禧都必须和他商议后作出决定，当然安德海也从中得到了不少好处。另外，慈禧喜欢看戏，安德海投其所好，想方设法在宫里建了相当豪华的戏院，这深得女主人的欢心。安德海自己长相俊美，加上他的戏也唱得挺好听。
两宫刚开始垂帘期间，政权不稳定，载垣造反的余波还没有完全平息，就有官员上奏，指责说宫里过于豪华奢侈，说得有鼻子有眼。年轻的叶赫那拉氏非常自负，她已经开始听不进批评的声音了，同时她深信自己的贴身随从对自己是忠心不二的，他们绝不会犯任何错误，于是她根本毫无改正的意思。不过，这位固执的人还是蛮注重礼节的，她很看重自己的面子，所以她对身边的道德家们的指责深表赞同。太后当政的最初几年中，大家经常会看到这一类的语言相当得体的诏书，但是其中的诚信度确实让人怀疑，实际上也从来没有人真正把这类诏书太当回事。下面的这份诏书是慈禧垂帘第三年颁布的，也就是1864年，很具有典型性。有趣的地方是，当中提到了宫里太监偷窃的事情，但是直到今天，情况依然这样，没有改善。这份以两宫太后的名义颁布的诏书说：
奉慈安皇太后和慈禧皇太后的懿旨，根据御史贾铎的上奏，我听说内务府有太监演戏，把库存进贡的缎匹裁剪做成戏服，每上演一天，就有赏银几千两，请各位赶紧停止这种行为，这样的坏事必须防微杜渐。
尽管先帝去世的第二十七个月的祭祀活动已经接近尾声，我们还是颁布了一道诏书禁止所有活动，因为先帝的遗体还没移到最终的墓地；同时，我们颁布诏书，要求各省作季节性的进贡，目的是为了皇宫戏剧演出的服装费用。同时，我们准备颁布另一道诏书作为葬礼仪式的结束。我们适时地抓住时机，要求永远废除把戏子带到宫内作太监的习俗，我们这是明智之举。但是我们生活在深宫中，不可避免地，对外面的有些报道都一无所知。一些太监如果真作出了出格的事情，就必须不惜一切代价地加以取缔。我们坚决要采取大力措施立即铲除一切冒犯者。
这些事情既然传出来了，一定不是空穴来风，宫里偶尔有素质不高的太监，这也是难免的，他们借着自己的名声招摇过市，一定要当心啊。希望总管内务府的各位大臣能严密观察，如果真有这样的事情发生，必须从严查办，以免后患。
皇帝在自己学习研究之余，也要适当和大家多接触。如果只顾自己研究学习，只听好话，不管周围的琐碎的事情，是不行的。各位大臣应该随时侦察情况，让各位总管太监们认真做好分内的事情，如果太监再有这样类似的狂妄之举，比如在外招摇过市的事情发生，我们会让步军统领衙门一起查办。总管太监如果不能检举揭发，必须让这位总管太监革职，定重罪。这道旨意希望内务府认真记载，妥善保存。
京城内人人都知道慈禧非常喜爱看戏剧，所以这份谕旨颁发下来也不过是一纸空文罢了。但值得注意的是，从此以后，一直到慈禧宠爱的总管太监安德海临死，宫里一直有人上奏太后，说什么宫里过分奢侈，导致户部的财政紧缺，又不停地让各省送物资到宫中救急。
1866年，两位敢于直言的官员上奏太后，痛骂安德海的胡作非为。奏折里说：
皇帝的贴身太监的选择应该更加慎重才对。明朝之所以灭亡，其中的直接原因就是宦官之乱。这等小人口舌比弹簧还灵，精通拍马奉承的噱头，往往使用自己的忠心来向主子邀功，让主子对他们信任和喜爱。凭借皇帝的信任和保护，他们勾结私党，巩固自己的地位，最终使之坚固无比。为了避免这样的悲剧再次上演，我们恳请皇上要求身边的人尽量品行兼优。主子应该去除掉外貌好看的年轻太监，防止这些小人蛊惑主子，有任何不轨企图。
太后以皇帝的名义对这份奏折的批复是这样的：
奏折中说的话相当有道理。宦官影响朝廷的事情在历史上很多，我朝一定要以此为戒。自从我们大清开始建朝以来，先祖们相当圣明，不仅有明文禁止太监干预国家朝政大事，而且不允许他们偷听皇上谈论国事，更不能以任何方式影响他。因此，近二百年来，这些跳梁小丑们根本没有机会扰乱朝政，太监乱了国家朝政的事情早就成了历史遗留了。我们垂帘听政到今天，两宫太后也严格遵守我朝的朝廷禁令，坚决杜绝出现这样的宦官之乱。通过发布这道诏书，我们必须清醒，这些危险依然在威胁我们国家，因为我们还处在宦官的影响之下。我们现在必须颁布诏书，如果有任何小人妄想凌驾于皇权之上，必须及时处理这样的事情，我们必须第一时间知道处理结果。我们希望我们的随从人员都能品格兼优，这样宦官之乱的情况就不会发生。
这样，慈禧以最好的举止仪态，说这一切都是为了“保护我们的国家”。但是，在深宫中，生活还同过去一样在继续，他们过得逍遥自在，宦官对太后的影响在日益增加。在茶余饭后，人们都谈论着宦官在紫禁城中掌握实权，以及叶赫那拉氏和安德海在颐和园，经常穿着历史剧中的漂亮的服装，二人一起漫步游乐，而且他经常穿着龙袍。而且还有人说太后向他公开展示玉玺——皇权的象征。这些情况是很自然的，如果不是不可避免的话，无端的流言当然是对现实的夸大，甚至让人感觉安德海根本不是一个太监，因为竟然还有一次，有人竟然将安德海说成是慈禧太后一个儿子的父亲。毫无疑问，这些流言的很大一部分随着时间的过去会慢慢地得到验证。
在这些事情中，有一件事情的影响很深。是说慈禧太后违反了宫廷一条禁令，竟然让太监离开京城。1869年，因为资金短缺的缘故，她派自己的亲信安德海去山东以她的名义搜集贡品。
到此时，安德海已经惹怒了宫中几个太子皇族了，特别是得罪了恭亲王，而且他在宫中的影响日益提高。一次，太后传话给恭亲王，说她正忙于与太监谈话，他是不能听的。这次羞辱是恭亲王永远不会忘记的，对于恭亲王来说真是太丢人了。
这次安德海非法的山东之行，以及他在该省无法无天的行为使得恭亲王找到了一个盼望已久的珍贵机会，但是他不仅毁了安德海的名声，而且与慈禧树了敌。山东巡抚是一名很有才华的名叫丁宝桢的勇敢官员，他曾经在太平天国运动中表现不俗。恭亲王到达皇宫时，慈禧正在看戏呢，没有一刻迟疑，他要求觐见慈安太后——另一位垂帘听政的太后，而慈安太后仅仅会玩弄自己的虚荣却没有任何决策权，丁请慈安签一份诏书，是当面签署的。但是慈安是个很难说服的人，她很不情愿地同意了，这样做显然是出于对慈禧的妒忌。她迫不得已在懿旨上盖上了东宫太后的印玺，她想，如果慈禧知道了这件事，一定会大怒，她说：“西太后一定会杀了我。”得到这份谕旨，恭亲王立刻派特使火速送到山东巡抚丁宝桢那边。
下面是这份谕旨的详细内容：
丁宝桢上奏太监在宫外招摇煽动是非的折子。根据德州知州赵新禀报，七月有个姓安的太监乘坐两艘大平船，声势非常浩大，自称是奉谕旨出差，为皇帝置办龙衣。船上有一面太阳图案的三足乌旗帜，船旁边有龙凤旗帜，船头坐着男男女女许多人，还有女乐人，用各种乐器在演奏，沿河两岸的围观者多得围成了墙。还说本月二十一号那天，该巡抚已经到东昌、济宁各知府去追捕了等等。
看到了这个折子，我们感到很惊讶，因为自从这位太监出行后，就传出种种非法的事情，如果再不从严查办，那怎么能安定内宫呢？所以我们委派马新贻、张之万、丁日昌和丁宝桢迅速统办侦缉，到下面去把六品蓝翎那个姓安的太监严密查办。让随从人员做好明确的指证，不需审讯，当即就地正法，不允许有任何狡辩行为。如果这位太监见风头不对撤回京城的话，则立即让曾国藩严惩不贷。如果这个过程中有什么疏忽，拿这些巡抚是问。如果他随从的人员中有类似的匪徒行为的，也一并惩处。不需再另行颁布诏书。这是六百里内的秘密谕旨，各位知道就行了。
这时，慈禧太后对自己宠爱的太监身处危难之中的事情，还蒙在鼓里呢。对他的死也一无所知。恭亲王和慈安太后之所以能如此秘密地把事情办成，很大程度上也是在于安德海平日里骄横跋扈。十天后，慈安太后在恭亲王的压力下，不得已下了一道谕旨，这才公布了出事总管太监的事情。
这里根据丁宝桢上奏的折子说，已经在泰安县城把犯人安德海捉拿归案，遵旨就地处决。他的随从人员，也在当天遵旨让丁宝桢分别从严查办了。我们大清朝家法代代相承，执法必严，只要有在外面惹是生非的，统统要立状定罪。这位太监安德海竟敢如此大胆妄为，作出了种种违法乱纪的事，实在是罪有应得。经过这次严厉惩办，各位太监一定要注意自己的言行，好自为之。总管内务府大臣以及总管太监等各人回去以后要对自己府内所管的太监严加管教，严厉约束，让各位太监谨慎当差。如果有不安分守己的，在外面胡乱生事的，除了要给太监治罪，连同管太监的人一并惩处。一定要通知到各省督查巡抚，遇到有太监冒充说是奉谕旨行事，无论他们有没犯法，立刻捉拿归案，上奏惩办，从严惩处。
这份谕旨行文非常委婉，但是因为担心惹恼了叶赫那拉氏，所以与平时慈禧给别人定死罪时所发的谕旨的方式差距有十万八千里。慈禧向来遣词用语都是直言不讳，有啥必说的，而这种“话里藏刀”的方式是她能掌控大权的一个秘密武器。
安德海在山东被就地处决后，他的几个随从的太监也都被一并处死，但还有六个人得以逃脱，后来他们中有五个被捕捉住处死了。安德海的家人被发配到大西北的边关，当了军奴。安德海被处死后的几天，还有一位逃脱的太监回到京城，经过李莲英把这个消息告诉了慈禧太后。起初，慈禧太后不相信有这种事情发生，因为东宫太后一向都是胆小怕事，从来不爱抛头露面的，怎么这次竟敢一声不吭就神不知鬼不觉地擅自颁布了两道谕旨，根本不顾其中的严重后果。等她后来慢慢缓过神来，慈禧怒不可抑了，立即奔向仁寿宫，怒气冲冲地问慈安太后究竟是怎么回事。慈安心惊胆战，把全部责任都推到恭亲王的头上，但这仍然丝毫不能平息慈禧的怒气。慈禧与慈安争执了半天，慈禧愤愤离去，她发誓要报仇。这件事成了叶赫那拉氏的政治生涯的一个重要转折点。过去对于性格温顺的慈安太后，慈禧表面上非常友好，礼节很周全。但从这件事发生后，她在国家大事方面花了更多的时间和心思，她只有一个目的，就是要巩固好自己的权位，绝对不能让大权落到旁人手中。从此以后，慈禧太后完全不顾东宫太后的存在，当起了清朝政府的独一无二、名副其实的统治者。
大发雷霆之后的第二天清晨的早朝上，慈禧太后严厉训斥了恭亲王，威胁说要把他的职务罢免，并收回他的爵位。不过，慈禧暂时并没有处罚恭亲王，但是她心里一直在暗暗等待时机，采取报复行动。不可否认，慈禧后来又提拔了恭亲王，但是其中的原因在于她的权力离不开恭亲王的极力辅佐相助。另外，慈禧对恭亲王的女儿非常喜爱，还认她做了干女儿。
安德海死后，接替他总管太监职务的是我们前面已经提到过的李莲英，这个人同样也成了西太后的最为贴心的奴才。接下来的四十年中，这个李莲英太监注定在中国的政治舞台上扮演了极为重要的角色：他手上掌握着千万人的生杀大权，操纵着各位高官的职位升降，各省的纳税所得全都中饱私囊。李莲英十六岁进宫，外貌美丽俊俏，举止大方得体，深得慈禧的欢心。据可靠资料记载，李莲英很早就深得太后的宠爱，经常得到太后的赐座，甚至还有传言说他与太后同坐龙椅之上。私下的非正式场合，他甚至可以自由畅谈。后来，李莲英与慈禧太后关系日益亲密，他在几乎所有重要的国家大事方面全部参与，说话极有分量。晚年他每当与人谈到太后，动不动就称“咱们”，这个称呼只有关系亲密的朋友或者有血缘关系的家人之间才会用的。手下人都很恭敬地称李莲英为“九千岁”。只有非常严肃的国家重要典礼上，这位仅次于“万岁”的奴才才会遵守太监的应有礼节，态度比较收敛。
尽管李莲英这个人极其贪婪腐败，属于那种小仇必报之人，对异己态度凶残，但是他对慈禧太后始终忠心耿耿，每当女主子遇什么危险时，他始终竭尽全力地加以保护她。另外，李莲英性格外向、开朗而且随和，喜欢说笑，擅长装扮自己，喜爱讲故事取乐，为人极其慷慨大方，最重要的一点是，他富得流油。不仅慈禧太后对他宠爱有加，就连许多满族高官也不惜放下自己高贵的架子，对他奉承不迭。1909年11月，慈禧太后出殡时，李莲英步行给她送葬，那情那景不免让人心中充满怜悯，暂时忘记了他在七十年来所犯下的滔天罪行。年迈体弱而且多病的他，走路几乎是步履蹒跚、一瘸一拐了，在所有送葬的人中，只有他表现出发自内心的、自然的悲痛。看到这位创造了秘史的人，大家不禁心生疑惑：陪同最高贵的女主人的同时，也是她亲密无间的伙伴，李莲英那诡秘的脑袋里面究竟在想什么呢？慈禧太后当政的近五十年来，李莲英对她一直忠心不二，在这样一个时局动乱、人心不古的时代，能忠心耿耿守着主子的奴才还有几个？年轻时，每次太后出行，李莲英必在轿子前服侍着。这么多年来，两人共同经历了许许多多的辉煌与落魄。而如今他却孤孤单单的一个人被留下了，置身于纷繁的变故中。虽然他年纪大了，影响力在日益消退，但是他的精神和昨天一样抖擞。
因为前面有安德海的例子，所以在言行举止方面，李莲英极为谨慎，从不侵扰外省，也不追求高位，最多是法令所规定的太监的最高等级，也就是四品顶戴。但是，有了慈禧太后的庇护和纵容，李莲英要求朝中的官员贿赂他，然后他把赃款与老佛爷平分。1900年西巡时，太后与这位总管太监就是用这种方法谋得了不义之财。当时，李莲英的运气不算好，因为离京太匆忙，他把财宝藏在一个自认为安全的地方，地点只有几个少数的贴身随从知道。哪里想到其中有个人把这事告诉了法国人，于是这些奇珍异宝被洗劫，从西安返回京城后，李莲英做的第一件事便是请慈禧太后把这个人斩首。北京有银行家估计，这位总管太监的家产约有二百万英镑，主要投资在北京城的各家当铺银行。这些巨额财产主要是李莲英在将近八年中通过各省的进贡物品和各位官员给他的贿赂得来的。当时向李莲英买官的价格竟然有三十二万两黄金，相当于四万英镑呢。
李莲英之所以能搜刮到如此多的巨额财富，主要的秘密是他不因财少而不贪。从下面的一封信中，我们就能看出苗头。这封信是李莲英写给一个给皇宫提供物品供给的商人的，估计他们之间类似的交易很多。纸质非常普通，随信附帖子是他个人的一贯做法，落款是个普通商人。这封信的内容很简明扼要：
王七老爷：
不好意思，小弟最近囊中有点羞涩，请七老爷暂时先借银票一千五百两，让我派去的人速速带回来。
改天再叙。
弟 李莲英
至于他所要的具体金额，李莲英心中很有数，知道在各种情况下供货商们能提供的回扣是多少，所以他每次“借款”都能够如愿到手。
李莲英花钱奢侈不需多说，他除了花费慈禧的私人钱财外，还多次动用国家的财政拨款，给朝廷带来了巨大的经济损失。例如，1894年中日甲午海战时，中国之所以败给了日本，一个主要原因就在于李莲英挪用了大量海军经费重修颐和园，而他连同手下从中侵吞了许多。1885年，朝廷派醇亲王管理海军处，庆王、李鸿章和曾国藩辅佐他。曾国藩（实际是海军处的核心灵魂人物）死了以后，海军事务便落入了一帮丝毫没有经验的年轻的王爷们手里了。1889年光绪皇帝理政，他过问的第一件事便是重修颐和园，因为自从1861年起，这里被八国联军烧光，便成了一片废墟。但是，重修的耗资巨大，国家没有经费，于是，李莲英建议挪用海军拨款。皇帝太后竟然批准了，海军处于是变成了内务府的一个下属机构，所有的拨款均必须由内务府支配。甲午战争爆发后，慈禧下令撤掉海军处，遭到全国上上下下的一片批评的声音。在慈禧的眼里，海军处和颐和园重修的款项就是一码事，既然重修即将完成，拨款也将用完，所以海军处便没有继续存在的必要。有人建议把颐和园用去的款子还给海军处，但估计那是绝对不可能办到的事情。
1889年，总管太监李莲英第一次跟着醇亲王视察被淹军港旅顺、威海卫等地。当时人人都说官员对待李莲英的态度远比对待醇亲王的态度更为殷勤百倍。北洋海军中，总督丁汝昌手下的大小官员都竭尽全力地讨好这位朝野有名，大权在握的太监，争相成为他的门生弟子，因此李莲英受到的贿赂不计其数。中外许多人纷纷指责李鸿章，认为他应该为甲午战争的失败负责，但是这些人全忽视了这样一个事实（甚至李鸿章自己都不敢公开提及这件事）：本该用在海军日常开销方面的钱和沿海公事修建的拨款十分之九都被总管太监用到颐和园的修建事宜上了（其中很大一部分进入了总管自己的腰包），海军官兵对这个都怨声连连，交战期间不肯奋勇直前，而枪炮器械也是残缺不全。了解英国历史的读者可能都记得，英国同样在危难关头遇到过类似的事情，但庆幸的是，海军官兵的士气基本上没有受到什么影响。
戊戌政变的一个重要原因是李莲英非常憎恨光绪皇帝，后来慈禧与这位名不副实的统治者之间的疏远与敌对大都因为李莲英而产生，甚至有人说他跟光绪皇帝的驾崩也有关系。光绪皇帝立志变革维新，李莲英对此又是恨又是怕，担心改革把自己改掉。那些一心想建立新制度的广东新党在1898年纷纷到北京去，李莲英对这些人深恶痛绝。因此，他自然而然成了反对改革的第一个，他极力鼓动太后恢复原来的政体，义和团闹事期间，慈禧对团员们的法术大为惊叹，如果当时不是李莲英在旁边推波助澜地蛊惑，使她对这种骗人的把戏坚信不疑，估计慈禧不会支持拳变。当时反对外国人的浪潮也不会蔓延到山东省内，而中国人也不必承担巨额的赔款金额，看看中国政治和皇宫风云变化，这位皮匠出身的太监竟然能掀起中国境内的滔天巨浪，真是太有趣了！李莲英为自己的女主人送葬的时候心中一定充满忧伤。他侵吞了大笔财富，如今自己离坟墓也不远啦！
义和团鼎盛时期也恰好是李莲英权力达到顶峰的时刻，端王向太后或军机处汇报时一定会再三强调，他们的所有行动全得到了总管太监的同意或许可，还说这份或者那份谕旨是得到他的许可才下发的。端王之所以器重李莲英，主要是为了牵制住反对者的嘴巴，因为他很清楚，很少有人敢于反对总管太监本人同意的事情。慈禧奖励义和团成员，而且奖励那些杀死外国人的士兵，所有的奖金都是李莲英劝太后自己掏腰包拿出来的。
八国联军的援军渐渐接近了北京，甚至连顽固派们也能一眼看出，义和团已经是支撑不下去的强弩之末了。此时，李莲英忧虑得很，他痛苦到了极点，不仅因为他自己的语言失误，而且更重要的是，每当太后盛怒时总要找个发泄对象，李莲英肯定一次又一次成为她的替罪羊。慈禧又怕又怒，肯定会把一切责任都归到李莲英头上，因为当初是他极力主张要重用义和团抵抗洋人的。八国联军的援军抵达北京的当天，澜公匆匆忙忙跑进皇宫，大喊鬼子已经打进京城啦。太后恶声恶气地质问他：“我以为洋鬼子已经跑了呢，前两天你不是对哀家说我军在天津打了胜仗了嘛？其实咱们心里非常清楚，直隶总督和李秉衡已经死去。”一听到这话，站在一旁的李莲英出去对早已吓坏了的太监们说：“老佛爷现在气得不可收拾了，但是也没有啥好办法，我们只有跑到陕西那边，在那里等等救兵来，再把这里的鬼子们打跑。”两宫太后出巡后，李莲英的恐惧和害怕远远比老佛爷多得多了，直到他们安全抵达西安，他才恢复了平日的镇定。
当时有一位随行的内务府官员给在北京的一位老乡写了一封信，信里的一些内容谈到了那段动乱时期的宫廷生活以及李莲英和慈禧的其他贴身太监们在国家大事中起到的重要作用。
陕西巡抚岑春煊在陕西边境迎接老佛爷的大驾光临，老佛爷掀起了轿帘子看看他，问：“你可知道我们在北京城都受了些什么苦？”“微臣不知道啊。”太后用手指了指李莲英怒声说：“都是他干的好事，我可是被他害惨了。”这位总管太监脑袋一耷拉，一声不敢发。后来，岑巡抚了解到李莲英的手下在乡里抢劫老百姓的财物，他便立即报告给太后，太后勉强同意他对其中的三人就地处理，但是岑巡抚本来还想把总管太监也算进去一起办，但是又顾虑到太后对他的器重，所以哪里敢把她触怒啊？李莲英这才捡回一条小命。朝廷恢复了旧制度后，李莲英找了机会公报私仇，依靠荣禄的帮忙，他请求朝廷把岑春煊调到山西去当巡抚。因为两个原因，一是由于山西局势危急，联军很快逼近了，二是由于让岑春煊主管内务府的开销，管理有方，所以他逐渐取得了皇太后的信任。这个人相当秉公廉洁，全国上上下下无人不知他的名声。所以，他管理皇宫的理财用度后，花销很快便急剧下降。岑春煊的第一项措施是禁止太监向官员的勒索，给他们规定了金额适当的津贴。眼看岑春煊逐渐获得了老佛爷的信任，李莲英满肚子愤愤不平，想尽办法破坏他的名声。最后，在荣禄一伙的帮忙下，李莲英这才说服老佛爷把岑巡抚调走。几个月以来，慈禧太后每天跟这位刚正的巡抚探讨国家和宫中的各种事情，如果她能把岑春煊这样的人才留到自己身边，来削减满族的达官贵人和太监的腐败行为，肯定能有不少益处。自从岑春煊调到山西当巡抚后，李莲英便肆无忌惮了，他竟敢私自扣押甚至把岑春煊写给老佛爷的许多奏折销毁了。渐渐地，李莲英重新得到了女主人的宠爱和信任，他又和往日一样骄横跋扈了，甚至比过去在京城内做得更过分。有时召见大臣，他竟敢不传达太后的谕旨，说自己太累，当天的公事实在处理得太多了！
这段时间，南方各省进贡上来的大量贡品必须先得到总管太监的过目，李莲英家里的绸缎、珍珠玛瑙堆积得比山高。凡事有贡银，太后拿一半，余下的太监们拿五分之一，剩下的交给荣禄准备军务。太监们在西安和开封发了横财，于是李莲英苦口婆心地劝太后不要回京城，说外国人必定要报复她。不过，他之所以这样吓唬太后，贪财是一个方面，还有一个原因是他害怕使馆列出的黑名单上有自己的名字。当时看来的话，这种事极有可能发生。于是，李莲英让手下一个姓蔡的太监每天向他汇报京城的动静。后来，对于慈禧太后的改革政策李莲英尽管不太满意，但还是听从了荣禄的劝告，保留自己的意见，表面上表示赞同。
当时各省运送到西安的贡银达到每月五百万两之多，由李莲英以及另外一个老佛爷宠爱的孙太监来打理。这位孙太监格外贪财霸道，他的勒索之道比起李莲英来是有过之而无不及。有一回，湖北的贡银元宝到达了西安，运到内务府由孙太监负责验收。称完重量后，孙太监说数目不够。负责运送元宝的湖北官员说：“不可能的啊，湖北的银元都是足色，每个五十两，不会有错的。”孙太监傲慢无礼地瞅了那人一眼，说：“你送过几回贡银，知道宫里的规矩吗？”哪位官员尽管自己吓得屁滚尿流了，但还坚持说贡银数目不可能有任何差错的。孙太监顿时就大怒，骂道：“难道你认为老佛爷的秤是假的不成？”说着就要上前动手殴打了，恰好慈禧听到了他们的争论（她当时居住的院子不算大），出来指挥太监把贡银搬到自己的住处亲自验收。她说：“我想呢，最近确确实实有贡银数量不足的情况发生，我的太监是要自己检查验收的，免得我受欺侮。”那位湖北官员于是耷拉着脑袋告退，出门时刚好碰到了内务府大臣荣禄。他好言相劝：“我知道你肯定受了委屈，千万不要往心里去。最近老佛爷管这些太监比较严厉，他们赚钱很少的，并且北京的好多财产都遗失了，你要体谅他们啊。”
广东进贡的贡品有二十四种，但是在检查验收的太监们为了勒索退掉了九种。押送贡品的官员非常惊恐，生怕老佛爷指责他们私吞贡品，所以他们没办法，只好贿赂太监，这是太监最常用的勒索贿赂的手段了。另外他们还以太后的名义购买了大量的物品，但是绝不付账。太监们的卑劣行为使整个西安，乃至整个陕西的百姓大受其害。而且当时陕西已经由于常年干旱，庄稼颗粒无收，百姓生活在水深火热中。岑巡抚的报告中记载：面粉九十文一磅，鸡蛋三十四文一只，猪肉四百文一磅，而鱼根本是无处可买。这些价格都比南方贵起码五六倍。
许多太监都以羞辱皇帝来取乐，把他弄生气，惹他发怒，他们就达到目的了。当时西安宫内有传言说，皇帝性情变化无常，他经常和小太监们玩捉迷藏游戏，一见到太后过来，就立即躲到角落里，不发一声。生气时，皇帝会发脾气，拿瓷器扔到太监和宫女身上。当然这些传言不靠谱，大多数这类传言都是由总管太监和那些反对新政的人信口捏造的，他们的目的是为了毁掉光绪皇帝在外界心目中的光辉形象。
上文已经提到了，两宫西巡回到北京城（1902年）之后，李莲英对慈禧太后的影响比过去更大了，宫里的大小事务全由他管理。另外，他也随着太后开始公开表示支持改革措施。对于预备颁布的宪法修正案，他也附和同意。他常常跟慈禧太后开玩笑，说她一定会皈依基督教。他说：“老佛爷，我们现在也是假洋鬼子啦。”
然而，年纪渐渐大了，身体虚弱了，但是他同过去一样执着地捍卫自己的职业特权，想尽办法百般阻挠废除宦官制度。1901年，两广总督陶模上奏了一份折子，说因为后宫妃嫔数量在减少，所以应该用宫女来代替太监。李莲英看到这份折子，先是藏了起来不上报给慈禧太后，直到劝说太后不同意了才拿出奏折。陶模的这道非常有名的折子内容是这样的：
国家的昌盛得依靠明君才行。君王如果多与君子亲近，对国家大业有好处；君王如果亲近小人，国家必定会混乱。如果一个人除了处理宫廷的事情，还要负责国家的各种大事，尽管他的地位很显赫，但是因为责任重大，所以绝不是一个人能承担得了的。即使君王身旁有正直的君子相辅佐，也会时不时有犹豫不决的时刻出现，难免会出现疏漏的地方。如果君王百姓之间有卑劣的小人阻挡着，国家怎么可能不危险？这些小人不一定就是些大奸臣或者无恶不作之人，但是这帮人从不读书，什么道理都不懂得，只知道如何拍马奉承。这样的人整天陪伴在君王的四周，国家在无形中就被毁了。大臣中即使有些能力不行，但也不会如此地亲近君主。每天接近太监，君主的美德也会逐渐失掉。亲信了小人，君主一定会离百姓越来越疏远。
如果要断绝宦官流毒，必须斩草除根才行。如果留着根芽，难免还会复活，所以需要连根一起铲除。皇上碰到大好机会，可以全心全力地实施新政，但是他身边整天都是这些小人陪伴，哪能不烦恼呢？前朝开始启用太监，因为当时宫里的妃嫔太多。我们朝代后宫人数减少了，所以可以让宫女来服侍，宫内的各种差事可以用士人来做，不一定再用太监了。
现在，西安行宫的太监数目众多，是削减他们的良机，只需要留下二三十个忠心的服侍就可以了。等两宫太后回到京城，如果数量不足还可以再招，总之宫内的旧制度需要作彻底的改变了。现在，宦官制度已经存在了千年了，是个陋习，可以废除，如果这样做的话，太后皇上的美名一定会千古流传的。
如今，改革是大势所趋，太后和皇上都收到了来自大臣官员的很多这方面的建议。但是，我作为一名大臣，私下认为，虽然宦官制度的改革表面上看不是什么大事，但是关系重大，我们的改革能否成功，就看宦官制度能否废除掉。其他国家都已经废除宦官制度，只有中国到目前还保留着这项旧制度，这也使得我们大清朝遭受了许多批评。作为宫外一名大臣，我本不应该过问宫内的事情，但是，在这个紧要关头，我也提点建议，以报答圣明的皇帝的大恩大德。
从那以后，陆陆续续有许多大臣上奏痛骂太监旧制度的害处，时不时听说宦官制度就将废除了，但是太监的权力丝毫没有减小的迹象，像陶模这样正直并且刚正不阿的官员在当时毕竟还是少数。表面上朝廷已经出台了许多新政，但是真正为老百姓谋利造福的措施却少之又少。旧制度根深蒂固，而且反对势力相当强大，内地的报刊起初还锋芒毕露，但渐渐地开始被地方官吏压制，开始那些痛骂太监旧制度害处的话慢慢地也都无影无踪了。
