此刻东汉朝廷十分惊慌，派重兵守住洛阳与附近的关口，又派皇甫嵩为左中郎将，朱隽为右中郎将，率领四万多名精兵来镇压黄巾起义军。颍川的黄巾军首领波才打败了皇甫嵩，把他围困在长社城。官军看到黄巾军作战勇猛，声势浩大，皆十分畏惧。
然而，老奸巨猾的皇甫嵩，却看出了黄巾军缺乏作战经验的弱点。他召集自已的部下言:“打仗须用计谋，兵不在多而在于精。我观黄巾军结草为营，定畏火攻。若我们乘着月黑风紧之夜去偷袭，放火烧他们的营寨，定能大获全胜。”遂于一个刮风之夜，皇甫嵩命官军偷袭他们的营寨，放火焚了波才的军营。此刻，波才从梦中惊醒，速速整顿队伍，奋勇抵抗，可是已迟了。皇甫嵩、朱隽与骑兵都尉曹操率领官军，包围了他们，乘乱砍杀了成千上万的黄巾军战士。汝南、陈留两地的黄巾军闻讯赶来援救，亦为其击败。波才别无良策，只好败退阳翟。
北方由张角兄弟亲率的黄巾军打了胜仗，击败了东汉官军的北中郎将卢植与工中郎将董卓。汉灵帝闻讯速令皇甫嵩从河南北上，夹击黄巾军。张角派张梁迎战皇甫嵩，两军在广宗城大战。张梁作战很英勇，他亲率黄巾军奋勇冲杀，打得皇甫嵩招架不住，只好紧闭营门，躲藏起来。就在战局十分紧张之时，张角却病死了。张梁因为料理哥哥的后事，放松了警惕。皇甫嵩乘机向黄巾军反扑，他命官军连夜准备，天刚蒙亮就发动进攻，打破了黄巾军的大营。张梁率众奋勇抵抗，他与三万多名黄巾早战士壮烈牺牲了。皇甫嵩攻破大营后直接劈开张角的棺材，砍下他的脑袋，送到京城去请功。接着皇甫嵩又去进攻张宝率领的黄巾军。张宝势力孤单，在下曲阳战死。
经此一役，黄巾军的主力被东汉政府镇压下去了。但是各地黄巾军仍在战斗，沉重地打击了东汉朝廷的统治。在黄巾军的影响下各地各族农民起义军，也纷纷起来反抗地主阶级斗争。直到汉灵帝的儿子献帝刘协在位的时候，农民起义的浪潮还没有平息下去。
