汉灵帝见太平道如此厉害，急忙与群臣商量对策，于三月戊申日以何进为大将军，率左右羽林五营将士屯于都亭，整点武器，镇守京师；又自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各京都关口，设置都尉驻防；下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军。
皇甫嵩上书要求解除党禁，拿出皇宫钱财及西园良马赠给军士，提升士气。汉灵帝接纳提案，在壬子日大赦党人，发还各徙徒，要求各公卿捐出马、弩，推举众将领的子孙及民间有深明战略的人到公车署接受面试。
而另一方面又发精兵镇压各地乱事：卢植领副将宗员率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋；皇甫嵩及朱儁各领一军，控制五校、三河骑士及刚募来的精兵勇士共四万多人，讨伐颍川一带的黄巾军，朱儁又上表召募下邳的孙坚为佐军司马，带同乡里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出发与己军联合。庚子日，张曼成攻杀南阳郡守褚贡，响应张角。
汉军在首战中并未得利，四月，朱儁军被黄巾波才所败而撤退。皇甫嵩唯有与他一起进驻长社防守，被波才率大军围城，汉军人少，士气低落。此时汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室的动作而有败退的迹象。
五月，京师见皇甫嵩被围，派曹操率军救援。不过援军未到时，皇甫嵩已心生一计，在傍晚时分起大风之际，命士兵手持火把暗暗出城，利用黄巾军营寨周围的杂草，用火攻大破敌人，城上亦举出火把响应，皇甫嵩以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大乱，四处奔走。黄巾军又遇上曹操的援军，被皇甫嵩、朱儁和曹操三面夹击，斩杀数万人，汉军大胜。
六月，南阳太守秦颉与张曼成战斗，斩杀了张曼成。黄巾军便改以赵弘为帅，以十多万人占据宛城。而皇甫嵩与朱儁军继续进击汝南、陈国的黄巾，追击波才到阳翟，最后在西华大败彭脱。余军想逃到宛城，但孙坚登城先入，众人蚁附般推进，大破敌军，成功讨平豫州一带的黄巾军。另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人。
张角病死后，他的弟弟张梁继续带领黄巾军与朝廷对抗。皇甫嵩与张梁在广宗交战。由于张梁率领的黄巾军士气高昂，勇猛善战，所以皇甫嵩一开始并没有取胜。皇甫嵩退下来，让士兵休息，另一方面又派人密切观察黄巾军的动向。皇甫嵩发现黄巾军由于首战获胜，情绪有些松懈。于是，他趁夜部署军队，等清晨天微亮鸡叫的时候，迅速冲入黄巾军的营垒。黄巾军还在睡眼惺忪的时候，突然遇到敌军，只好仓皇应战。这次战斗，从清晨一直达到傍晚，黄巾军损失惨重，死了共八万人。十一月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人。黄巾之乱平息。
黄巾起义是东汉末年农民与地主之间阶级矛盾不断激化的结果，是一次经长期酝酿的、有组织、有准备的大规模农民起义。黄巾之乱对于东汉末年的政局产生了深远的影响。为了尽快平定战事，因此中央下放军权至地方，使得黄巾之乱无法快速蔓延至全国，减缓了东汉覆亡的进程。但是却造成了地方轻视中央，使得具有野心的将领或是官员，凭借在黄巾之乱中得到的兵力割据地方，为东汉末年军阀混战揭开序幕，更为三国分立种下远因。
董卓进京
黄巾起义之后，汉灵帝开始留心军事，他任用身体健壮、通晓军事的宦官蹇硕统领禁军。外戚何进也要听从蹇硕的指挥。
何进的妹妹何皇后生大皇子刘辩，王美人生二皇子刘协。灵帝欲废长立幼，但由于自己病重，要宦官蹇硕帮助刘协，并设立西园八校尉，以分何进的军权。蹇硕也因此想除去何进，立刘协为帝。
中平六年（189年），灵帝驾崩，蹇硕计划在何进入宫时杀掉他，但在司马潘隐的暗示下，何进称病不入。由于没有除掉何进，刘辩被立为帝，何太后临朝，何进与太傅袁隗辅政，何太后的哥哥何进就掌握了朝廷大权。何进掌权后，怨恨蹇硕曾经谋害自己，暗中与袁绍密谋将蹇硕杀掉了。
袁绍是个大士族的后代，他祖上历代都有人在朝中做高官，朝廷和地方的许多官员都是袁家的门生或者部下，势力特别大，所以何进把袁绍当成了自己的心腹，对他言听计从。
蹇硕被杀以后，袁绍劝何进把宦官势力彻底除掉，他说：“以前窦武消灭宦官之所以失败，是因为泄漏了机密。现在将军执掌兵权，应该替天下除害。那样的话就可以流芳百世，可千万别错过了机会。”
何进于是向太后请求把宫里的宦官全部撤换掉，太后饮食起居都要依赖宦官服侍，当然不愿意。
于是，袁绍劝何进秘密召集各地的兵马进京，迫使太后同意除掉宦官，何进同意了。
何进的主簿（管理文书、办理事务的官员）陈琳听了，连忙阻拦何进说：“您掌握了兵权，手里有的是兵马，要杀掉几个宦官还不像烧掉几根毛发一样轻而易举？如果你把地方的强大兵力召进京城，这就等于引狼入室，把自己手里的刀子交给别人来对付自己，将来必定会给自己带来灾难！”
何进不听陈琳的忠告，执意要召董卓的军队进京。董卓在凉州结交了许多当地的羌族豪强，割据凉州，称霸一方。在黄巾起义后，他因镇压起义军有功，被提升为并州牧，势力进一步强大。他本来就是一个野心勃勃的人，对中原地区一直就虎视眈眈，这次碰上这么好的一个机会，他岂能错过？因此当他听到自己被召入京的消息后，连忙带了三千人马赶来了。
可是何进剿灭宦官的消息已经泄露，几个宦官商量在宫殿门口埋伏了几十个武士，假传太后的命令，召何进进宫。何进一进宫，就被宦官杀了。何进被宦官杀害的消息传来，袁绍立即派弟弟袁术攻打皇宫。袁术率领军队烧掉皇宫的大门，涌入皇宫。他们见了宦官就杀，有些人虽然不是宦官，但由于没有长胡须，也被乱军误杀了。
宦官张让和段珪被逼无奈，便胁迫着少帝和陈留王一同出了宫。后来，尚书卢植、河南中部掾吏闵贡发现了他们，并解救下了汉少帝。正当几个人前行的时候，遇见了前来“助阵”的董卓。就这样，朝廷虽然诛杀了宦官，但是却又迎来了董卓。
董卓虽然进了洛阳，可是手下人马太少，他担心不足以让京城里的官兵慑服，于是每隔四五天，董卓就派军队在夜深人静的时候悄悄出发到军营附近的地方，第二天早上再严整军容，大张旗鼓地返回来。这样一连几次进出，洛阳的人都不清楚董卓到底从凉州调来了多少兵马。何进与何苗的部下因惧怕董卓的势力，纷纷投靠董卓。董卓又暗中吞并了丁原的部队。这样一来，洛阳的兵权就全落到了董卓手里，并且他逐渐掌握了朝廷的政权。
为了进一步独揽大权，董卓废掉汉少帝，另立少帝的弟弟陈留王刘协为帝，即汉献帝。
何进因畏惧宦官的势力，自己又说服不了妹妹除掉宦官，只好听袁绍的计谋——招各路军阀进京，这就为董卓进京埋下了祸根。董卓是一个有政治野心的人，并且知道审势度势。机遇又让董卓有了走进洛阳夺权的机会。袁绍因惧怕董卓，优柔寡断，未采取行动。这也是董卓得以掌控大权的原因。董卓掌权后，国家制度朝令夕改，反复无常，严重阻碍了整个国家政权机器的正常运转。
讨伐董卓，豪杰四起
废立皇帝之后，董卓便责令何太后迁居永安宫。不久，董卓又借故杀死少帝刘辩，毒死何太后。整个东汉政府几乎完全受制于董卓：皇帝的废立、朝臣的任免、重大政策的制定，都由董卓说了算。此时，董卓野心极度膨胀、目空一切。
改立献帝之后，董卓将自己升迁为太尉，成为三公之一，掌管全国军事和前将军事务，后又自封郡侯，拜国相，跃居三公之首，掌宰相权。自己加官进爵后，董卓还利用自己手中的特权，大肆加封董氏家族成员。他首先封自己的母亲为池阳君，越礼配备家令和家臣，地位与皇家公主相当。同时，董卓又拜弟弟董旻为左将军，封雩侯，另外还封自己年幼的孙女为谓阳君。更有甚者，还在襁褓中的婴儿也被封侯。
为了更有效地控制皇帝，董卓不顾朝臣反对，胁迫献帝将都城从洛阳西迁至长安。董卓还无视礼制和皇威，在自己的封地修筑了与长安城墙规模相当的坞堡，高厚达七丈，明目张胆地用“万岁坞”来命名，并规定，任何官员经过他的封地时，都必须下马，恭恭敬敬地对他行大礼。
董卓率军初次进兵洛阳时，见城中富人贵族府第连绵，家家殷实，金帛财产无数，便放纵手下士兵，实行所谓“收牢”运动。这些士兵到处杀人放火，奸淫妇女，劫掠物资，把整个洛阳城闹得鸡犬不宁，怨声载道。
一次，朝中许多官员被董卓邀请去赴宴。宴会上，董卓兴致高昂，招呼大家不要顾忌，畅怀痛饮。酒过三巡，董卓突然起身，神秘地对在场的人说：“为了给大家助酒兴，我将为各位献上一个精彩的节目，请欣赏。”说完，击掌示意，狂笑不已。顿时，整个宴席变成了肃杀的刑场。董卓把诱降俘虏的几百名北方反叛者押到场地正中央，先命令士兵剪掉他们的舌头，然后有的人被斩断手脚，有的人被挖掉眼睛。其手段之残忍，令所有在场官员和士兵惨不忍睹，许多宾客手中的筷子都被吓得抖落在地。董卓却若无其事，仍然狂饮自如，脸上还流露出扬扬得意的神色。
另有一次，董卓把俘虏来的数百名起义士兵先用布条缠绑全身，头朝下倒立，然后浇上油膏，点火活活将他们烧死，可谓残忍至极。
迁都长安时，为了防止官员和人民逃回故都洛阳，董卓将整个洛阳城以及附近二百里内的宫殿、宗庙、府库等大批建筑物全部焚毁。昔日兴盛繁华的洛阳城，瞬时之间变成一片废墟，凄凉惨景令人顿首痛惜。
废立皇帝之前，董卓就想利用袁绍来支持他，可是遭到袁绍的极力反对。他观察到手握实权的袁绍和曹操对己不利，认为必须尽早除掉。
董卓打算悬赏捉拿袁绍，周毖、伍琼劝他说：“废立皇帝这种大事，一般人是不能明白的。袁绍心里害怕不识大局，因此才逃跑，并没有别的图谋。如今如果捉拿他，只能逼他造反。袁家四代施恩立德，学生、部属遍布天下；如果袁绍招募豪杰，聚集徒众，有识之士再乘机响应，那么崤山以东就不归您所有了。不如赦免袁绍，任命他为郡守，他会很乐意的。”
董卓同意他们的建议，派使臣前去任命袁绍为勃海太守，封郧乡侯。又任命袁术为后将军，曹操为骁骑校尉。
袁术畏惧董卓，逃奔南阳。曹操改名换姓，想抄小路逃回家乡；经过中牟县时，亭长怀疑他，就把他抓了起来。当时县里已经收到董卓发放的海捕文书，但只有功曹心里知道这个人就是曹操。他认为天下混乱，不应拘捕英雄豪杰，就建议县令放了曹操。曹操回到陈留郡，变卖家产，招集了五千人的队伍。
当时，天下豪杰大多准备起兵讨伐董卓。
初平三年（192年）四月，司徒王允、尚书仆射士孙瑞与董卓的亲信吕布共同密谋诛杀董卓。之前，王允先后与司隶校尉黄琬、尚书郑公业、执金吾士孙瑞等人多次商议诛杀董卓的事情。
考虑到董卓平时戒备森严，而且他本人武力过人，如果不采取周密措施，恐怕不易得手。于是，王允便物色了董卓的亲信吕布作内应。吕布年青勇猛，武力超群。起初董卓对他深为喜爱和信任，收他为义子，并提拔他担任骑都尉。后来，董卓又迁吕布为中郎将，封他为都亭侯。董卓明白自己树敌太多，常常怀疑有人暗算他，于是便把吕布当做自己的贴身侍卫。不管董卓走到哪里，吕布总是形影不离，负责保护董卓的生命安全。
董卓非常宠信吕布，发誓说他们情同父子。但董卓心胸狭窄，一次，吕布不小心得罪了董卓，董卓大怒，随手抽出刀向吕布掷去，幸亏吕布眼疾手快，才得以幸免。当时，吕布并没直接顶撞董卓，而是立即向他谢罪道歉，董卓便不再追究，以后也根本没把这件事放在心上。可是，吕布却从此心怀私恨。
董卓虽然妻妾成群，但仍不满足。一次偶然的机会，董卓看中了吕布手下的一名婢女；为了与她私通，董卓借故支开吕布，让他去防守中阁。吕布得知董卓与他的婢女私混的消息后，十分气愤，更加加深了他对董卓的仇恨。当他私下听说司徒王允要谋算董卓的消息后，便主动前往，向王允等人揭发董卓的各种罪状。
王允把诛杀董卓的计划告诉吕布，并要求他充当内应。起初，吕布不同意，他说：“不管怎样，他和我之间有父子关系，要我做内应，恐怕不行吧！”王允开导说：“你姓吕，他姓董，又不是骨肉亲情。况且董卓现在是人人得而诛之的国贼，你难道还认他作父亲吗？他向你掷刀的时候，把你当儿子看待吗？”在王允的敦促下，吕布最终答应了。
一切准备就绪，正好逢皇帝大病初愈，朝中文武大臣都集会于未央殿，恭贺天子龙体康复。吕布借此机会，事先安排同郡骑都尉李肃等人带领十多名亲兵，换上卫士的装束隐蔽在宫殿侧门的两边。董卓刚到侧门，便遭到李肃等人的突袭。董卓大骇，慌忙向吕布呼救。吕布正襟危坐，大声道：“我们是奉诏讨杀乱臣贼子！”绝望中的董卓虽然奋力反抗，但已无济于事，当场被杀，并诛连三族。
董卓被杀的当天，满朝文武和所有士兵都高呼万岁！长安老百姓高兴得在大街小巷载歌载舞，共同庆祝奸贼被诛。
据说董卓死后，被暴尸东市，守尸吏把点燃的捻子插入董卓的肚脐眼中，点起天灯。因为董卓肥胖脂厚，一连烧了好几天，受过董卓迫害的袁氏家族，把董卓的尸体烧掉，把骨灰洒在路上。
董卓的残暴本性与政治野心相结合，便直接导致了他对东汉政权和社会的巨大破坏。多行不义必自毙，董卓的倒行逆施终于激起了众人的愤怒与反抗。董卓最终遭受群起而攻之的被杀下场，是应有的结果，作为历史的垃圾，他将永世遭到人们的唾骂和谴责。正如宋人苏轼所说：衣中甲厚行何惧，坞里金多退足凭。毕竟英雄谁得似，脐脂自照不须灯。
曹操陈留起兵
曹操，字孟德，小名阿瞒，沛国谯郡（今安徽毫州）人。曹操出生于一个显赫的官宦家庭。曹操的祖父曹腾，是东汉末年宦官集团中的一员，据说是汉相国曹参的后人。父亲曹嵩，是曹腾的养子，官至太尉，不知为何家之子。曹操祖辈世居高位，在政治上、经济上颇有势力。
灵帝熹平三年（174年），曹操二十岁，举为孝廉，被任命为管理洛阳北部治安的官员，虽然官不大，但他做得很认真。洛阳为东汉都城，是皇亲贵戚聚居之地，很难治理。曹操一到任，就申明禁令、严肃法纪，命令部下特制了几十根五色大棒悬挂在府门前，并发出命令：如果有人犯法，无论他地位多高，都要用五色大棒加以责打。
