本来共和国的初衷是国会、总统、内阁三足鼎立的平衡，因为摩擦的激越，脆弱的平衡很快转化为拉帮结派的冲突，转化为非理性对抗。这当中，年轻气盛的徐树铮的强势，又使得府院之间、内阁和国会矛盾加剧。徐树铮一直是段祺瑞的左膀右臂，是段祺瑞一手提携上来的心腹。段祺瑞任陆军总长时期，徐树铮即为次长。长期以来，段祺瑞养成了让徐树铮帮助处理大小事务的习惯，对徐树铮很依赖，甚至因为徐跟袁世凯发生过冲突——段祺瑞任总理时，曾想让徐树铮任国务院秘书长，袁世凯生气地说：“真正太不成话！军人总理，军人秘书长。这里是东洋刀，那里也是东洋刀！”给了徐树铮一个名义更高的官职，想把徐树铮从段祺瑞身边调开。谁知段祺瑞一点不给袁世凯面子：“请大总统先把祺瑞撤了，那时你想怎么办就怎么办。”袁世凯无奈之下只好气哼哼地说：“不像话！不像话！”后来，段祺瑞辞职，徐树铮也随之辞职。以黎元洪的初衷，当然不愿意徐树铮当国务院秘书长。黎元洪请总统府秘书长张国淦带话：“请你告诉总理，一万件事我都依他，只有这一件办不到！”张国淦不敢带话，找徐世昌商量。徐世昌劝黎元洪说：“我以为一万件事都可以不依从他，只有这一件事必须办到。不要怕他跋扈，芝泉（段字）已经够跋扈的了，多一个跋扈的，不见得更坏些。”黎元洪只好勉强同意徐树铮就职。
段祺瑞之所以坚定不移任用徐树铮，是因为格外看重徐树铮的才气和能力。徐树铮文武双全，除了深谙政治军事，将日常事务处理得井井有条外，还写得一手好文章、好诗词以及好书法。徐树铮还有着文艺天赋，拥有一副好嗓子，可以唱全本的昆曲，把旦角演得活色生香；对中国古代音律也有研究。不过徐树铮的致命弱点是心高气傲不择手段，这让他得罪了不少人。第一次世界大战爆发后，徐树铮是拥德派。日本对德国宣战之后，德军在青岛被日军围困，缺少武器弹药，徐树铮竟私下派人向青岛德国守军运去了一万多支步枪！由此可见徐的大胆。
三十六岁的徐树铮在当上国务院秘书长后，经常抑制不住自己对总统府的轻慢——有一个说法是：某次某省同日变动三个厅长，徐树铮拿着内阁总理任免书去总统府盖印副署，黎元洪问徐树铮任免的是哪些人，徐树铮不耐烦地回了一句：“你只管盖印好了，管他任命什么人！”一时黎大总统竟喃喃无话可说。徐树铮还让人写了一份通知，派人送到新华门总统府传达室，强调现在是责任内阁制，总统的所有信件，包括私信，皆要送到国务院开拆。总统府起初照办，直到徐世昌一日来访，问及前几日所寄信件，黎元洪方才知晓此事，顿时大发雷霆。又有一次，徐树铮不顾国务院调解龙济光部与李烈钧部武装冲突的决议，擅自拟写命粤、闽、湘、赣四省讨伐李烈钧部的命令到总统府盖印，黎元洪觉得不妥，拒绝盖印。徐树铮见总统府不盖印，径直以国务院名义电令四省会剿李烈钧部，结果江西督军李纯复电“无兵可调”，申明只能担任防守赣、粤边境等。徐树铮的强硬作派，在内阁中也颇起冲突，国民党员、内务总长孙洪伊多次在内阁会上与徐树铮发生争吵并以辞职相抗。黎元洪得知后，特将孙洪伊召进总统府以示支持。这样，本来发生在徐树铮与孙洪伊之间的争执，又发展为内务部与国务院的冲突，甚至演变为府院冲突。段祺瑞当然是支持徐树铮的，内阁当即拟就“孙洪伊着即免职”命令，由段祺瑞签发后送总统府盖印。黎元洪见到文件震怒咆哮道：“你们说的话算话，我说的便不是话么！”坚决不肯盖印。段祺瑞亲自来到总统府，请黎元洪盖印，黎仍拒绝。段愤然宣称，如再不肯免孙职，即请总统免我职。政局顿时混乱。最后，不得不由老资格的徐世昌等人出面调解，以孙洪伊和徐树铮分别离职结束纷争。
随即引发府院之争的，是新任司法总长张耀曾牵涉到的一起贩毒案：上海海关查获了一起贩卖毒品案，有人供出张耀曾与贩毒有关系。安徽督军张勋、省长倪嗣冲、奉天督军张作霖、吉林督军孟恩远、黑龙江督军毕桂芳、湖北督军王占元、山东督军张怀芝、福建督军李厚基等十余人电请罢斥司法总长张耀曾。有人认为这是北洋系借机打击西南派，向黎元洪反映段祺瑞公报私仇。与此同时，由黎元洪提名的外交总长唐绍仪，遭到了北洋系的强烈反对，张勋、倪嗣冲等三十四人（包括督军、省长、都统、师旅长）通电反对，有人甚至给唐绍仪安上了十二条罪名，声称唐绍仪如果来京将性命不保。唐绍仪无奈之下只好通电总统总理辞职，痛诋张勋、龙济光等干政。内阁人选的问题，也引发了“府院之争”。
1916年8月初，原总统府秘书长张国淦辞职，议员丁世峄继任。丁世峄是有名的笔杆子，有文人个性。丁世峄按黎元洪的要求，力主提高总统权力和地位，限制国务院的权力。8月下旬，丁世峄提出《府院办事手续草案》，主要内容有两点：第一，总统得随时出席国务会议；第二，所有国务院议决事件及任免官吏命令须经该管部长官同意后，再呈大总统盖印，如总统有不同意见，得交回国务院再议。很明显，这个《草案》加强了总统府对于国务院的控制，对于此，段祺瑞当然不同意。双方经过几轮谈判，议定了几条折中办法：第一，总统不出席国务会议，但国务会议议事日程先期呈阅；第二，国务会议议事记录随时呈阅；第三，紧急军政要件由国务员进府直接报告；第四，总统对于国务会议议决案件，如有认为不合者，得令总理及主管国务员说明理由，说明后如仍认为不合，得交回复议一次；第五，每日呈阅文件与呈请用印，由国务院秘书长亲送。这样，府院之间算是赢得了一段时间的平静。
《密勒氏评论报》当时的一篇相关社论常被忽略，这篇社论对于北京政府总统黎元洪、总理段祺瑞以及国会自身三足鼎立的政治斗争评论道：北京政府的国会与政府各部门之间的政争，基本上说来，同其他国家的类似政争没有什么区别，因为它总是伴随着民主政治制度而来。这种政争通常包括权力的争论，行使权力的程序，权力和特权等等，即使在当今最发达的民主国家，这些问题都还没有办法加以解决。但在中国，由于政府尚未能够享有完全的主权，问题就显得更为复杂。再者，中国仅有一项《临时约法》起作用，而且有人还在争论它的合法性。因此，一些较为开化的中国官员，经常在遇到困难时，就去他们在北京的外国朋友处听高见，但是，他们所得到的劝告，往往掺杂着那些劝告者及其同僚们的一己私利。
《密勒氏评论报》的观点，很大程度上有着旁观者甚至过来者的清醒和理智。显然，将袁世凯去世之后社会所产生的矛盾归结于“府院之争”是不科学的，视社会风气的不良、领导人物的钩心斗角为北京政府政局波动的原因，以个人品行和人际关系为焦点作道德评判，毕竟是皮相之说。社会的运转和变化，除了人力之外，更有其深层次的因素，那才是关乎社会走势的决定因素。只不过很少有人注意到这样的观点。对于激烈的总统、总理与国会之间的争斗，更多的人愿意坐山观虎斗，围观起哄。这种幸灾乐祸的阿Q心理，延续着中国数千年一如既往的老传统。它图的不是解决问题，而是在看热闹中获得快感。
五周年庆典
虽是千头百绪，却也百废待举，黎段时期的民国给人传达的就是这样的信息。到了十月，最重要的一件事，就是庆祝中华民国成立五周年。此前，一则消息的公布颇让上下振奋，国民政府决定10月10日在北京南苑操场举行盛大阅兵仪式。这是中华民国自1912年成立之后，首次举行大规模阅兵仪式。黎元洪这样做，旨在展示新成立的中华民国的威武，提升全社会的士气，同时希望以一次成功的阅兵仪式巩固自己的政治地位。
