章太炎谈论教育与学术的发展，从一开始就是“政府不能任，而士民任之”的调子，明显是继承中国古代私学的传统。这一点与康有为大不一样。康有为在《教学通义》中虽也大谈公学、私学之分，可那是周公六官皆学下的公私学之分，并没有后世官府之学与民间之学对峙的味道：
公学者，天下凡人所共学者也；私学者，官司一人一家所传守者也。公学者，幼壮之学；私学者，长老之学。公学者，身心之虚学；私学者，世事之实学。
至于秦汉以下的私学传统，康有为不大注意，而其兴学计划也只是“上法三代，旁采泰西”。章太炎不大敬仰三代之学，倒是对“天子失官，学在四夷”后的局面感兴趣，而对秦汉以下私学在中国学术史上的作用和地位更是十分关注。而其攻击新式学堂的诸多弊端，并非主张毁学弃智，而是推崇真正能出“方闻之士经世之才”的讲塾、学会与书院。反过来说，章氏之攻击“学校丛弊”，其所持的尺度其实赖于八年就读诂经精舍的经验以及其对中国书院教育的考察与认同。有人曾正确地指出：“虽时至晚清，国中学人如章太炎、康长素、蔡孑民、梁任公诸子，莫不曾在书院中讲学。”可还应当补充一句，真正领略书院讲学精神并力图将其发扬光大的，则当首推章太炎。
两汉以至隋唐，官学以外，名师大儒多聚徒讲学，传授经业。宋代学者在寺院教育的启发下，将唐代藏书、校书乃至研究学术的书院改造成讲学授徒的教育场所。自此以后，宋元明清数代，书院制度成为一种独特的教育形式，对中国教育和学术的发展起举足轻重的作用。
书院虽有官立与私立两大类，可最能体现书院特点的是私立书院（包括私人设立政府补助或地方政府所设）。书院作为一种教育机构的创立与演变，虽有官方的支持与资助，但其基本精神则来源于私人讲学的传统。从孔墨讲学，经稷下学官，两汉隋唐的精舍或讲塾，再到宋元以下的书院，此乃中国古代一脉相传的私学传统。黄宗羲曾撇开具体史实的考订，直探书院崛起的内在原因：
其所谓学校者，科举嚣争，富贵熏心，亦遂以朝廷之势利一变其本领；而士之有才能学术者，且往往自拔于草野之间，于学校初无与也，究竟养士一事亦失之矣。于是学校变而为书院。（《明夷待访录·学校》）
这里所强调的“朝廷”与“草野”、“科举”与“学术”之间的对立，正是官学与私学之纷争。后世学者论及书院，也大都注意到这一点。正如张正藩所指出的：“考书院与官学最大的不同之点，即在其教育目标之为‘教育的而非科举预备的’。”明清虽也有一些由官府资助的作为科举预备学校的书院，但真正的书院精神在于以义理之学修养之道为教育中心，以学术为生命，并不追求功名利禄。历代书院大抵以朱熹的白鹿洞学规为标准，具体规则可能变更，但述学以正人心，补官学之阙失，这一宗旨始终没变。柳诒徵在述及宋元以下之所以在国学及府县之学外，还有书院之设时称：“盖学校多近于科举，不足以餍学者之望，师弟子不能自由讲学，故必于学校之外，别辟一种讲学机关。”在书院讲授或受业者，须淡于荣利，故“志在讲求修身治人之法者，多乐趋于书院。此实当时学校与书院之大区别也”。
后世学者对书院的历史总结颇有差异，而在我看来，书院教学最明显的特征莫过于如下四点：第一，讲求身心修养和德操气节，不重科举出身；第二，教学中以自学为主，注重独立研究能力的培养；第三，提倡讲会制度，学术上自由争论互相辩难；第四，注重因材施教，师生间较多情感交流。至于“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物”（《明史·顾宪成传》），以至成为政治上反对派的重要基地，并非书院的普遍特色，也并非章太炎注目的重点，可暂时存而不论。
早期书院多为理学家讲学场所，故不专重知识讲授，更讲求“合礼”因而“合理”的生活习惯的培养。对后世教育（尤其是书院教学）影响甚大的朱熹所立白鹿洞书院学规，不只提出“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之”的“为学之序”，更强调“穷理”之外的“笃行之事”：修身、处事、接物。求学最终必须落实为做人，博学穷理自然归结为居敬笃行，朱熹对此学规有过如下诠释：
熹窃观古昔圣贤所以教人为学之意，莫非使之讲明义理，以修其身，然后推以及人；非徒欲其务记览，为词章，以钓声名，取利禄而已也。（《白鹿洞书院揭示》）
章太炎反对学校成为科举新样利禄之途，论辩中常针对新学之士“唯禄利是务，恶衣恶食是耻”，这与朱子之要学子讲求身心修养颇多相通之处。只是不愿染道学气味，章太炎不屑絮絮叨叨教人如何修心养性，只拈出“攻苦食淡”四字作为学者治学的准则。
章太炎对学校攻击最烈的是其教学方式：“专重耳学，遗弃眼学。”“眼学”、“耳学”之分，不只是一般读书方法的区别，而是两种学制在教学方式上的根本差异。以耳学为学问，乃古人治学之大忌，颇有但凭听闻不加钻研乃至道听途说欺世盗名的味道。《文子》“道德”篇中专门批评导致“学问不精听道不深”的“耳听”，可作为理解“耳学”的钥匙。章氏之批评学校之重“耳学”，除强调其可能导致“学在皮肤”外，更将其与“眼学”相对立，突出治学中自力修持与他人辅助之别。在《救学弊论》中，章氏论读史“其所从入之途，则务于眼学，不务耳学”；而在《章太炎论今日切要之学》和《与邓之诚论史书》中，章氏又称“历史之学宜自修，不适于讲授”；“史书宜于阅读，不宜于演讲”。可见，章太炎心目中的“眼学”即“自修”，“耳学”即听教师“讲授”。“讲授”固然利于启发初学引导入门，可能让大众听得进去的必是卑之无甚高论，真正精微之处是无论如何难得以语言传授的。读书只能自家体会，教师最多从旁略加点拨，关键处助其一臂之力。倘若全凭讲授，囿于耳学，最好也不过获得些许高等常识——还难保不因教师的愚钝而误入歧途。借用朱熹的一句话：
读书是自家读书，为学是自家为学，不干别人一线事，别人助自家不得。（《朱子语类》卷一一九）
书院教学之所以强调自学为主，正是基于这一认识。教师“只是做得个引路底人，做得个证明底人，有疑难处同商量而已”（《朱子语类》卷十三）。如今变为教师讲授学生听讲，考试及格即予毕业，而及格与否的依据又是教师的讲义，学生于是只能专重耳学老死讲义了。在章太炎看来，这种“耳学之制”，其根本缺陷在于立制者过求速悟，乃至鼓励偷懒侥幸，培养不肯虚心切己体察穷究的恶习，于治学为害甚大：
制之恶者，期人速悟，而不寻其根柢，专重耳学，遗弃眼学，卒令学者所知，不能出于讲义。
章氏平生治学推崇自得，“耳学”自然不及“眼学”便于沉潜玩索。1912年章氏答张庸问，论及治学方法时称：
学问只在自修，事事要先生讲，讲不了许多。予小时多病，因弃八股，治小学，后乃涉猎经史，大概自求者为多。
讲究“自求”，并不抹煞导师的引路之功。只不过从师问学，不当“但据一先生之言，穷老尽气，不敢少异”（全祖望《甬东静清书院记》）；而是自修为主，“读书有不明白处，则问之”，就像当年章氏“事德清俞先生，言稽古之学”时一样。
求学贵自得，还在于学问并非全靠书本，倒是很大程度上得益于自家的人生体验。章氏自称：
余学虽有师友讲习，然得于忧患者多。
而这种“忧患”的人生体验，别人（包括书本）无论如何是取代不了的。讲理工医农，或许不需要此等个人性的经验；可讲人文社科，则特别倚重这一纯属个人的体味。单有“思想精微”还不够，“必须直观自得，才是真正的功夫”。当然，章氏此话的范围只限于哲学家而不包括天文学家或物理学家。对于哲学家来说，“不能直观自得，并非真正的哲理”。得出这一命题，自是基于章氏平素学佛参禅注重验心，可也与其“近遭忧患，益复会心”，“迩来万念俱灰，而学问转有进步”的人生阅历大有关系。自省学问之进展，“盖非得力于看书，乃得力于思想耳”，故对于世人之注重耳学不求自得甚不以为然。
章太炎心目中理想的教育体制，是“倚席讲论，群流竞进，异说蜂起”的“学会”。这种“学会”的设计，其实源于中国传统书院的“讲会”。朱熹主持白鹿洞书院时，曾于淳熙八年（1181）邀陆九渊到书院讲“君子喻于义小人喻于利”一章，自此开创书院讲会传统。到明代，书院讲会盛极一时，且逐渐制度化，如《东林会约》中对书院讲会仪式就有十一项明确规定。此等讲会，有大师主讲，有同学论辩，不拘一格，质疑驳难，颇有学术自由的味道。因为正如明人吕泾野论及讲学时所称的：
不同乃所以讲学，既同矣，又安用讲耶？（《明儒学案》卷八）
讲会上“异说蜂起”，此乃常事，不求定于一尊，更不待朝廷裁制。令章太炎惴惴不安的是，由允许“群流竞进，异说蜂起”的书院讲会，转为由“国家预设科条，以为裁制”的官立学校，很可能会窒息学子的独立思考和自我判断能力。关注“异说”，反对“一尊”，这一思路无疑更具有现代意识；可章氏立论时对新式学堂有所误解，而对传统书院又未免过分美化。其实，真能贯彻自由讲学原则的书院并不多见，往往还因山长个人成见而使得学子眼光和口味过分褊狭。而现代大学作为“网罗众家之学府”，倘如蔡元培所主张的，“循‘思想自由’的原则，取兼容并包主义”，更可能使学子眼界开阔思想活跃。也就是说，章氏立说的精华，其实不在于其对学校的批评或对书院的推崇，而在于其提倡自由讲学的基本立意。
章太炎对“耳学之制”不满，还有一个原因是学子才性不一，教师只管大班讲授，无法因人施教，未免糟蹋人才。因此，他主张对“高材确士”“以别馆处之”，令其访名师，赴学会，让其自由发展。“此则以待殊特之士，而非常教所与也。”因人施教不只是为了便于把握传授学问的深浅，更包括师生之间情感的交流和志趣的契合。古人说“从先生游”、“从先生学”，非只是课堂上之传授知识，更包括日常交谈中的言传身教。许寿裳曾著文回忆1908年与鲁迅、周作人、钱玄同等从章太炎先生学时“如坐春风”的情景：
先生讲段氏《说文解字注》、郝氏《尔雅义疏》等，神解聪察，精力过人，逐字讲释，滔滔不绝，或则阐明语原，或则推见本字，或则旁证以各处方言，以故新谊创见，层出不穷。即有时随便谈天，亦复诙谐间作，妙语解颐。
此等“随便谈天”，其实更见性情，并非只是可有可无的点缀。一部《论语》，所录何止先生论学之语，更包括孔门师徒的“随便谈天”。若干年后，弟子记得的，很可能不是先生传授的某些具体的学术见解，而是业师的一个手势、一个眼神，或者几句无关宏旨的隽语。鲁迅对其业师是这样描述的：
太炎先生对于弟子，向来也绝无傲态，和蔼若朋友然。
若干年后，鲁迅“听讲的《说文解字》却一句也记不得了”，可“先生的音容笑貌还在目前”。
这并非鄙薄具体学问的传授，而是认定传道授业解惑中，最好能自然而然地体现一种学术境界和人生精神。相对于集中课堂分科讲授专门知识的新式学堂来，传统书院的讲学更容易做到这一点。不同于章太炎的坚持独立讲学，20年代中期，梁启超任教清华学校的国学研究院，希望“在这新的机关之中，参合着旧的精神”。具体说，就是“一面求智识的推求，一面求道术的修养，两者打成一片”。可两年多后，梁启超不得不感叹此理想的不易实现。一方面是学校上课下课，“多变成整套的机械作用”，一方面是师生之间，“除了堂上听讲外，绝少接谈的机会”。有专门教授指导治学的研究院尚且如此，一般中学大学更是可想而知。说到底，这是中西教育思想的差异，“西方教育重在传授知识”，而“中国教育则在教人学为人”。晚清教育改革的口号是“远法三代，近取泰西”，可三代之学未免过于遥远过于模糊了，实际上只能“近取泰西”。西化学校不可阻挡的崛起，使得整个教育界“师不亲，亦不尊”，“所尊仅在知识，不在人”。这对普及教育，增长知识，开拓学生的学术视野，乃至富国强兵救亡图存，都是很有好处的；可对于蔡元培、章太炎、梁启超乃至钱穆等人所设想的“完全人格教育”，却是不小的打击。这或许是现代人为“进步”而不得不付出的代价。意识到“教育现代化”过程中某种传统人文精神的失落，乃至为之痛心疾首，章太炎不得不奋起疾呼“救学弊”——尽管在时人看来，这又是“章疯子”别出心裁故作惊人之论。
有趣的是，青年毛泽东虽不治国故之学，可也对世人之“争毁书院，争誉学校”不以为然，认定“从‘研究的形式’一点来说，书院比学校实在优胜得多”：
一来是师生的感情甚笃，二来是没有教授管理，但为精神往来，自由研究。三来课程简而研讨周，可以优游暇豫，玩索有得。
只是毛泽东只注重书院的“研究的形式”，而不是像章太炎那样将其作为中国私学传统的表征；具体评价上也不像章太炎一边倒，而是认为书院和学校各有短长，希望能“取古代书院的形式，纳入现代学校的内容”。
