休养生息是一个受到重创的国家必须经历的，朱元璋作为一个贫民出身的帝王，这方面的体会更深一层。针对元末大乱之后大片土地荒芜的现状，他承认战乱期间开垦的无主土地由耕者所有。新开垦的土地，有些地方可以免除赋税三年。
他还实行迁移人口的措施，将人口密集地区的无地贫民迁移到有大量抛荒无主土地的地方，后来还将东南富户迁移到南京和临濠，既充实了首都，便于控制，又拔除了他们在原来地方剥削劳动者的基础。同时将在战争中沦为奴婢者释放为自由民，将各级官员拥有的奴婢数缩减到很小的数目，使元朝以来盛行的储奴制度大为衰落，又增加了社会小生产者的数目。
如果说，农民皇帝朱元璋对社会底层的农民还有些许温情的话，那么对于士绅和官吏两个阶层来说，只剩下敌视和严酷了。这种农民起义军的一贯作风，即使在当了皇帝之后也没有大的改变，似乎对那些豪门富户、贪官污吏有着天生的反感和无情，只一句话：“拉出去砍了！”在朱元璋当政期间，先后六次进行大清洗，约有10万至15万名官吏与富户被屠杀。
朱元璋确实殚精竭虑，衣食起居也十分节俭，可崛起的新官僚巧取豪夺、恃权自专，严重伤害了农民利益。朱元璋为此采取了诸多措施，比如说改革官制、建都察院、实行特务统治、加强舆论控制，等等。但这些措施的火候不好掌握，很有可能误伤了好人。
朱元璋为了治国，为了保护农民而进行的残暴统治，表现得最为明显的，就是“空印案”和“郭桓案”。
洪武九年（1376年），朱元璋偶然发现地方官普遍在使用空印文书，认为一定有舞弊，大发雷霆，引发了空印案。明初规定，每年各布政使司、府、州、县均需派遣计吏至户部，呈报地方财政的收支账目及所有钱谷之数。府与布政使司、布政使司与户部的数字必须完全相符，不能有一丝一厘的差异，而且，这项统计要层层上报，在户部审核通过才算完事。稍有差错，即被驳回重造账册，加盖原衙门官印后，方为合法。
当时，各布政使司距离京城，远的有六七千里，近的也有三四千里。古代交通不便，一来一往，为了盖个府印，就要花上一年半载了。所以为了避免麻烦，上京的专员都带着盖有官印的空白账册，一但被户部驳回，就可重新填写。这些空印文书，都是骑缝印（即只有半边印），不能做别的用途。全国各机关都明白这个道理，户部也默认了，对此从不干预，习以为常。
洪武八年（1375年），朝廷考校钱谷书册，明太祖得知空印之事后大怒，以为其中有诈，认定系地方官吏借此舞弊贪污，下令严办，自户部尚书至各地守令主印者皆处死，佐贰以下杖一百，充军边地。
当时，朝廷上竟无一人敢说明真相，只有一位士人叫郑士利的上疏直言，力辩其诬。他说：“国家立法，必先明示天下而后罪犯法者，以其故犯也。自立国至今，未尝有空印之律，有司相承，不知其罪，今一旦诛之，何以使受诛者无言。”朱元璋读了大怒，把郑士利抓来追查幕后黑手。这位士人笑着说：“顾吾书足用否耳。吾业为国家言事，自分必死，谁为我谋。”于是，他也成为朱元璋怀疑的对象，被处死了。
为什么朱元璋对官场上习以为常的事情如此震怒？因为他亲身经历过元末那个时代，当时吏治相当腐败，很多不良的习气也带到了明初。朱元璋有感于此，打算彻底整顿官员的作风。他觉得，如果放任这种官员不遵守规章制度而讨巧的事情，那以后会出现更多更大的问题，因而对这个案子格外重视，处理方法也相当残酷。
如果说空印案对官僚系统是一个震动的话，那么九年后的郭桓案，可以说则是对整个社会的一个大震撼。
郭桓是当时的户部侍郎，朱元璋怀疑他与北平二司的官吏们互相勾结舞弊，便进行审问，最后把郭桓与六部左右侍郎以下的所有官吏一律处死，并且还追赃700万，追到各省的官吏，又杀了数万人。
郭桓到底犯了什么大罪，会引起如此大的震动呢？在朱元璋的《大诰》中，总结出了郭桓的几大罪状：
第一项，朱元璋曾下令：太平、镇江、广德有几个府减免官田钱粮一半，但是这些地方没有一粒米收到国库里，都被郭桓私分了。
第二项，郭桓收了浙西的秋粮，应该是450万担。实际上只交上去60万担，还交了一些钞，两者相加才合粮食200多万担，其他的200多万担又被郭桓私分了。
第三项，郭桓等在征收赋税时，一石粮折钞两贯，但两贯钱以外，又跟老百姓要了水脚钱100文，是用船运输的费用；车脚钱300文，是用车运输的费用；口食钱100文，是人马所要吃的粮食的钱；库子钱100文，是给掌管仓库的人的钱；蒲篓钱100文，是粮食打包需要的钱；竹篓钱100文，是用来装粮食的筐的钱；还要交沿江的神佛钱100文，是拜佛保佑运输粮食的船平安抵达所需要的钱。这些巧立名目的费用，全部进入郭桓等人的腰包。
第四项，当时官府养马，草料要从民间征收，谁给郭桓贿赂了，草就可以免征，他把这些负担分摊到其他没有给他贿赂的地区。还有在粮食里掺水以增加重量，最后造成仓库的粮食大批腐烂。
这起案子引发了朱元璋在全国范围内的反腐运动，牵连甚广，“天下中产以上人家破产大半”。
朱元璋想要用恐怖的手段，达到清明的吏治。他的做法，虽然震慑了官场，但也带来了极大的负面影响，就是让他的继承者东施效颦，用同样残酷的手法虐待官员，让政坛充满恐怖气氛。
荒唐的独裁治国术
如果说整顿吏治、打击贪污还算是朱元璋为了治国而进行的努力，那么，他推行的一些为了保证皇帝的绝对权威的手段，则不免显得草率，甚至荒唐了。
他在《大诰》中说：“今后布政司府州县在役之吏，在闲之吏，城市乡村老奸巨滑顽民，专一起灭词讼，教唆陷人，通同官吏，害及州里之间者，许城市乡村贤民方正豪杰之士，有能为民除患者，合议城市乡村，将老奸巨滑及在役之吏在闲之吏，绑缚赴京，罪除民患，以安良民，敢有邀截阻当者枭令。赴京之时，关津渡口毋得阻当。”
这番言论，明显违反了《大明会典》第一一三条的规定：“若军民出百里之外不给引者，军以逃军论，民以私渡关津论。”这里所谓的“引”，乃是指地方官府发给的路引，也就是通行证。朱元璋曾规定，地方军民无路引不得出境百里之外，而他的《大诰》，等于在国法上开了个口子。
他觉得光靠自己、靠政府监察系统，还抓不完、杀不光贪官污吏，就要求老百姓帮他扭送京师。作为最高统治者，却对自己的官僚机器如此不满意，必欲杀灭而后快，朱元璋大概是千古第一人。
明初四大案，胡惟庸案、蓝玉案、空印案、郭桓案，前两案株连被杀者四万人，后两案合计被诛杀七八万人。所杀者从开国元勋到一般行政官吏，包括普通富户或者读书人，几乎摧毁了明朝赖以运行的整个官僚系统。他在位时期，人们都十分害怕做官。
郭桓案后，被迫从国子监生中破格提拔千人之多，因为那场大案牵连的人员太多，造成很多国家机构空置，没有合适的人来填补空白。官僚体系如此，民间亦如此。朱元璋当政30多年，几乎把浙江的故家世族扫荡殆尽，其他地方大略相类。
中国古代皇权和相权的斗争，到朱元璋一朝画上句号。随着胡惟庸“谋逆”被诛、牵连数万众，太祖顺理成章地废除中书省，宰相的名号就此断绝，而皇帝直辖六部。
他本能地仇恨任何官吏，官越大恨越大。明朝初期的宰相，李善长、汪广洋、杨宪、胡惟庸，每一个都不得善终。
这是一种不正常的心理。第一，不论何时何地，他总要抱着一种二元的眼光去看问题。在他的眼里，不是朋友就是敌人。他觉得自己有义务替己方把一切敌人都消灭光。第二，你不消灭别人，别人就要来消灭你，因此就是生命不息杀戮不止。
如果把这种心理带入现实政治当中，特别是带入政治生活的最高层，那就是整个国家的灾难了。
高层政治家，特别是专制时代的皇帝，如果出身太低，恐怕不是国民的福分。这样的人，固然能使大多数平民感到亲近，但自己本身的心理阴暗面太多，特别是早年的种种人生经验，可能造成执政上的偏执，从而给整个国家带来灾祸。
从“空印案”的处理上，就能看出朱元璋的草率和简单化思路。他以为从“空印”的事情上发现了全国性的舞弊，于是一路追查下去，全国的地方计吏都几乎杀光，杀得整个行政系统几乎崩溃，只好提拔国子监的学生充数，官僚体系因此更加效率低下。
草根的出身，使得朱元璋对于知识分子的作用产生较大误解。他认识不到知识分子是自己统治的同盟军，应该给予礼遇和尊崇，反倒相当程度上把“士”跟“吏”混为一谈，动辄打屁股或者当廷“掼死”。
廷杖固然不是朱元璋的发明，但他却把这种刑罚发挥到极点，以至于后来士大夫人格扭曲到以遭受廷杖为荣——这意味着你具有了挨打的资格。知识分子被抽掉了精神的脊梁骨，整个社会进一步“扁平化”，一盘散沙；政府如聚沙造塔，随时都会崩溃。这个教训，似乎一直没有得到很好的反思和吸取。特别是在社会动荡或者突发灾难的时候，弱点就会完全显露出来。
从冤狱到屠杀
针对可能威胁其皇位的开国功臣们，从“胡惟庸奸党案”到“蓝玉奸党案”，政治谋杀持续十多年，被卷进杀死的各色官吏约5万人。到朱元璋死时，所封的9个公爵、54个侯爵除了没威胁的两三个，全部消灭了。
据说，大屠杀的目的是确保后世子孙能坐稳江山。但是，朱元璋为什么要采取冤狱和屠杀的方式来巩固统治，而不是像宋太祖赵匡胤一样，通过“杯酒释兵权”实现和平过渡呢？
回答这个问题，要考虑到朱元璋个人经历中的两种思维：
第一，在元末大乱时期，他备尝世态炎凉，对人性产生了深深的怀疑，一起打天下的兄弟难道就不会起来造反吗？
第二，长期的军事斗争生涯，让他形成了惯性思维，没有敌人也要制造出敌人来。
而且，朱元璋也并不是一时心血来潮而杀人。他曾经就赵匡胤的政治策略进行过深刻反思。朱元璋在位期间的每一个案件，都是他深思熟虑出来的结果。
在对待功臣方面，朱元璋握紧一个“严”字。建国初期，朱元璋主要是惩戒部分不法功臣，以此形成威慑作用，但到了他执政后期，特别是1390年之后，“惩戒”便变成畜意的杀戮。在两大谋反案件（胡惟庸案和蓝玉案）中，被牵连而死的人都数以万计，加上其他的诛杀，开国功臣中能够全身而退的只剩下个别的。
甩掉丞相搞独裁
丞相作为帝王之辅佐，由来久远，基本上可以说，中国自有帝王始，就有辅佐朝政，处理实际事务，掌握次高权力的丞相这一可称“天下第二人”的职务。到了明初，宰相制最终终结于朱元璋。这不是一时的冲动，是在他建国为帝后，为了巩固帝权，经过多年的思虑和谋划才决定的。
最初，他对设立宰相辅佐国政的制度，也是一如前代，并无疑虑。早在他还是称为吴国的时候，便已经设立了丞相的职位。从吴至明，丞相共有左、右二员。那时位居左丞相的是李善长，位居右丞相的是徐达，丞相任所称中书省。
明朝出任丞相的只有李善长、徐达、汪广洋、胡惟庸四人，时间只有十三年。洪武十三年（1380年），朱元璋因“胡党案”撤销中书省，胡惟庸以谋反罪被诛以后，权力由六部分摊，军队设立左、右、中、前、后五军都督府，一切权力由皇帝直接掌握。朱元璋成了中国历史上权力最大的君主。
首先要说的应是李善长。在朱元璋为郭子兴的部将时便与朱在军中共事，那时朱元璋才27岁，而李善长则已41岁，但他们相交极厚，彼此非常相得。
李善长其人，史称“少读书，有智计，习法家言，策事多中”。从指挥作战和组织供应，他都兼管。建国之初，一切有关政治、经济等项的法规和制度，也都是由李参与制定，或者由其牵头的，所以被封为开国六国公之首。
然而，建国之后，朱李开始逐步相离了。当时中书省掌管全国军、政大权，对一切庶务都有专决的权力。李善长自作主张的行为并未有所收敛。而对皇帝朱元璋来说，这样的做法简直忍无可忍。他对李的不满，便是由此开始，只不过隐忍不发而已。
到洪武四年（1371年），机会恰好到来。李善长因患病在家，多日未能前往中书省治事，自觉心有未安，便上疏恳请致仕（退休）。他这样做一则是略示未能任事心有末安；二则也是借此以为试，看看皇帝对他究竟如何看待，这是历代大臣所惯用的一招。
朱元璋得奏之后，并没有如他想的那样下旨慰留，而是顺其所谓，立即钦批准其致仕。当然，朱元璋心里还是有一些歉意的，所以对李善长的家人也特加恩礼，到洪武九年（1376年）更将自己幼女临安公主下嫁李善长的长子李棋为妻。
当时徐达北伐未归，中书省无人，朱元璋就提拔了追随他多年的旧人汪广洋。汪为人谨慎小心，廉明持重，与李的专断截然不同，可以令朱元璋放心。但汪却没有丞相之才，事事请示，又令他日渐失望。所以李善长将胡惟庸荐入了中书省，汪则依照酒例升为左丞相。
胡惟庸是淮西定远人，是朱元璋的故旧。他很早便以精明干练受知于李善长，曾多次受其推荐和提拔，后来更成了亲戚。胡惟庸的女儿嫁给了李善长的弟弟李存义的儿子李佑。胡惟庸于洪武三年（1370年）进入中书省，任参知政事，后在七年内连升三级，即中书左丞、右丞相、左丞相。到洪武十年（1377年），他已经变成了皇帝之下第一人，位极人臣了。胡得李的指点和旧部配合，使汪更加相形见绌，终被朱元璋贬到广东。
朱元璋对胡惟庸虽基本满意，但并不放心，始终暗地里察访着胡的言行。而胡在挤走汪之后，也不由得无所顾忌，趾高气扬起来了。当了左丞相的胡惟庸，不知自重，专横跋扈，结党营私，这就对皇权构成了威胁。
这并未瞒住朱元璋。于是洪武十年（1377年）又将汪广洋再次调回中书省，以钳制胡惟庸。不过这一招失败了，汪本庸才，重任后更是小心翼翼，不敢得罪胡惟庸，反使胡更加恣纵起来了。后来刘基（伯温）暴卒，出现了一些不利胡惟庸的说法，朱元璋本想借此利用汪广洋整倒胡惟庸，而汪却回护胡惟庸。朱元璋一怒之下将其再次贬谪，后余怒未息，又下诏遣专使赐死汪于途中。
处置了汪广洋，给胡惟庸的震动很大，他本就有很多隐瞒了朱元璋的独断行为，又有贪欲敛财的经济问题，所以也联络亲信，开始有所动作了。同时朱元璋已经怀疑他有异心，当有人上告胡的结党谋反之后，立即就予以审究。洪武十二年（1379年），即胡惟庸当上左丞相仅2年时，朱元璋不动声色地发动了大清洗。
他借故逮捕了胡惟庸及一批官员，第二年朱元璋就处死了胡惟庸，连同被处死的还有一大批官员。
